<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU179639.8	198691	CCATGCGAGCATAGGGAGAACATGCAAACTGACCCAGCTGGGATCGAACC	198740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1	CCATGCGAGCATAGGGAGAACATGCAAACTGACCCAGCTGGGATCGAACC	50

CU179639.8	198741	AGTGACCTTCTTGCTGCGAGGCGATTGTGCTAGTGTAGATTTATGATGAA	198790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	51	AGTGACCTTCTTGCTGCGAGGCGATTGTGCTAGTGTAGATTTATGATGAA	100

CU179639.8	198791	AAACAAAAGAAAAAATTTGAGAAAACAACCTTAAAAATAAGTGTAATTTA	198840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	101	AAACAAAAGAAAAAATTTGAGAAAACAACCTTAAAAATAAGTGTAATTTA	150

CU179639.8	198841	TTTTTCAATCACCGCCCACTTTATTAGGTACTAGTACCAGGTTGGACTCC	198890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	151	TTTTTCAATCACCGCCCACTTTATTAGGTACTAGTACCAGGTTGGACTCC	200

CU179639.8	198891	TTTTGCCTTCAGAACTGCCTTAAACCTTAGCATAGATTCAACAAGGTACT	198940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	201	TTTTGCCTTCAGAACTGCCTTAAACCTTAGCATAGATTCAACAAGGTACT	250

CU179639.8	198941	GGAAATATTCCTCATAAATTTCGGTTCATATTGACATGATAGCATTATGC	198990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	251	GGAAATATTCCTCATAAATTTCGGTTCATATTGACATGATAGCATTATGC	300

CU179639.8	198991	AGTTGCTGCAGAGTTGCTGCAGATTTGTCAGCTGCACATTCATGATGCAA	199040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	301	AGTTGCTGCAGAGTTGCTGCAGATTTGTCAGCTGCACATTCATGATGCAA	350

CU179639.8	199041	ATGCTCTGTTACTGATGTTCAAAGTGTGCCAAGAAAATATGCCTCACACA	199090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	351	ATGCTCTGTTACTGATGTTCAAAGTGTGCCAAGAAAATATGCCTCACACA	400

CU179639.8	199091	ATTACACCACCAACACCAGTCTGAACCATTGTTACAAGGCAGGATGGATC	199140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	401	ATTACACCACCAACACCAGTCTGAACCATTGTTACAAGGCAGGATGGATC	450

CU179639.8	199141	CATGCTTTCATGCTCTTAATGCCAAATTCTAGCCCTAACATCTGACTGTT	199190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	451	CATGCTTTCATGCTCTTAATGCCAAATTCTAGCCCTAACATCTGACTGTT	500

CU179639.8	199191	GGAGCAGAAATTGAGACTCATCAGTCAGGTAACTTTTTTCCCAATCTTCT	199240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	501	GGAGCAGAAATTGAGACTCATCAGTCAGGTAACTTTTTTCCCAATCTTCT	550

CU179639.8	199241	ATCCTCTGTGCAATTTTGGTGAGTCTGTGCAAATTGTGTATTTTTACCAA	199290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	551	ATCCTCTGTGCAATTTTGGTGAGTCTGTGCAAATTGTGTATTTTTACCAA	600

CU179639.8	199291	CAACAATGCCAAGTTCAAAGTTACTTAAATCAACTTTCCCATTTTGTTGC	199340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	601	CAACAATGCCAAGTTCAAAGTTACTTAAATCAACTTTCCCATTTTGTTGC	650

CU179639.8	199341	TTGCTTTAAACTGCAGCAGATTGTCTCCAGGTCTACATGCCTAAATGCAT	199390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	651	TTGCTTTAAACTGCAGCAGATTGTCTCCAGGTCTACATGCCTAAATGCAT	700

CU179639.8	199391	TGAGTTGCTGCCATGGGATTTGCTGATTATAAATTTGCATTATCTGACAT	199440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	701	TGAGTTGCTGCCATGGGATTTGCTGATTATAAATTTGCATTATCTGACAT	750

CU179639.8	199441	ATATTGATAGTGTGATATGTGAAACATTTAAAAATGTATTTTCATTATGT	199490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	751	ATATTGATAGTGTGATATGTGAAACATTTAAAAATGTATTTTCATTATGT	800

CU179639.8	199491	TTATTATTTTGTTATATTCATGTTTTGTTTATGTTTTCATTATAGACTGA	199540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	801	TTATTATTTTGTTATATTCATGTTTTGTTTATGTTTTCATTATAGACTGA	850

CU179639.8	199541	AAAGAACTAATACATATATTAAACCCGTTTTTTAGCATCCAAAAAATCTG	199590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	851	AAAGAACTAATACATATATTAAACCCGTTTTTTAGCATCCAAAAAATCTG	900

CU179639.8	199591	GCAAATTGACATGATACATAGAAAAAAGGCTGTTTTGCCTGCAGTGTCTT	199640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	901	GCAAATTGACATGATACATAGAAAAAAGGCTGTTTTGCCTGCAGTGTCTT	950

CU179639.8	199641	GCCTTGAACATGGCTCCCTTTGCCATTTCATTCTGTGAACTAAAAGGAAA	199690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	951	GCCTTGAACATGGCTCCCTTTGCCATTTCATTCTGTGAACTAAAAGGAAA	1000

CU179639.8	199691	AGACATGAGAGAACACAAAAAAGGCCTGTGCTCGATCCCCAGGGGCCTAT	199740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1001	AGACATGAGAGAACACAAAAAAGGCCTGTGCTCGATCCCCAGGGGCCTAT	1050

CU179639.8	199741	AAAACTCAAACAACTCAAATCCATAAATAGGGTCAAGCGCTCTAACAACT	199790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1051	AAAACTCAAACAACTCAAATCCATAAATAGGGTCAAGCGCTCTAACAACT	1100

CU179639.8	199791	TACCCTCTAAAGTTATCATTCTTACACCAGCAAAACAACTCCAGACAGCT	199840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1101	TACCCTCTAAAGTTATCATTCTTACACCAGCAAAACAACTCCAGACAGCT	1150

CU179639.8	199841	TGAGAGATAAATGGCTCGTGTTAAATGATGTAGTAAAAGCAGCTAATGTG	199890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1151	TGAGAGATAAATGGCTCGTGTTAAATGATGTAGTAAAAGCAGCTAATGTG	1200

CU179639.8	199891	TCTTAGCAGTTCTCCAGTGGTGTGATTCTGACCCCCTCTTTGACCGATCA	199940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1201	TCTTAGCAGTTCTCCAGTGGTGTGATTCTGACCCCCTCTTTGACCGATCA	1250

CU179639.8	199941	CTGCCGTCTGGACTGGAGTATTGTGTATTGTTCAGTCACAGCGGTTTTAT	199990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1251	CTGCCGTCTGGACTGGAGTATTGTGTATTGTTCAGTCACAGCGGTTTTAT	1300

CU179639.8	199991	GAAAGAGAAAGCGATATTTGGTGCCATAATGATGTAGTTATCTTCGCTAT	200040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1301	GAAAGAGAAAGCGATATTTGGTGCCATAATGATGTAGTTATCTTCGCTAT	1350

CU179639.8	200041	GTGCTATGCAGCATGCATATCTGGCTAATTAGCAGTCTCTCCATGTTATG	200090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1351	GTGCTATGCAGCATGCATATCTGGCTAATTAGCAGTCTCTCCATGTTATG	1400

CU179639.8	200091	TTGATAGTAGCAGTATTATTTGGCGTTCATGCTGAAGAATGAACAGTCCT	200140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1401	TTGATAGTAGCAGTATTATTTGGCGTTCATGCTGAAGAATGAACAGTCCT	1450

CU179639.8	200141	CCTTCTGTCGCTCGGTTTTGACAGACTTGCTCAGTTTTATCATTTCAGTT	200190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1451	CCTTCTGTCGCTCGGTTTTGACAGACTTGCTCAGTTTTATCATTTCAGTT	1500

CU179639.8	200191	TAGCCTTTGATGTGTGAGAATCTTTATGTTGTGATGTGATTTTAGGTGCA	200240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1501	TAGCCTTTGATGTGTGAGAATCTTTATGTTGTGATGTGATTTTAGGTGCA	1550

CU179639.8	200241	GGTTTTTGTTTTGCTGTAAAGACCATGTAGTAATAATCATGCCATGTTCA	200290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1551	GGTTTTTGTTTTGCTGTAAAGACCATGTAGTAATAATCATGCCATGTTCA	1600

CU179639.8	200291	TGCATTTATCCATATTTAATGATTCATTTTGAGTCAACGTTTAAGTAAAG	200340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1601	TGCATTTATCCATATTTAATGATTCATTTTGAGTCAACGTTTAAGTAAAG	1650

CU179639.8	200341	GTAACAGAAGGAAAATCTGGATATACTGTAACTAAGCATAGCTGGTTAAT	200390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1651	GTAACAGAAGGAAAATCTGGATATACTGTAACTAAGCATAGCTGGTTAAT	1700

CU179639.8	200391	ATGATTTTAATACATGGAAATGAGCCTTAATCATCATTGTTCACTCATTA	200440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1701	ATGATTTTAATACATGGAAATGAGCCTTAATCATCATTGTTCACTCATTA	1750

CU179639.8	200441	TCAAGCAAATCCTGTGAGTGTAAAAACAGGTCAATTGGAATAAAACACAG	200490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1751	TCAAGCAAATCCTGTGAGTGTAAAAACAGGTCAATTGGAATAAAACACAG	1800

CU179639.8	200491	ACTGTGTCCAAAATTGCATACTTTCATTCTACAGTATGTAGTTTTCTAAA	200540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1801	ACTGTGTCCAAAATTGCATACTTTCATTCTACAGTATGTAGTTTTCTAAA	1850

CU179639.8	200541	ACAGTATGCAAGCAAAGTTGTATGTCTGAATTCATAGAATAAAAAAACAG	200590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1851	ACAGTATGCAAGCAAAGTTGTATGTCTGAATTCATAGAATAAAAAAACAG	1900

CU179639.8	200591	TGAGCAAGAAGTACCTGGATGACCTACTACTTCCAGTGACATTCTGGAAC	200640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1901	TGAGCAAGAAGTACCTGGATGACCTACTACTTCCAGTGACATTCTGGAAC	1950

CU179639.8	200641	GTGCATCAGCTGGACACAACGCCATCCCATGATGCACAGCAAAAGAATTC	200690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179664.10	1951	GTGCATCAGCTGGACACAACGCCATCCCATGATGCACAGCAAAAGAATTC	2000

Overview

Query
CU179639.8 - 200690 bps
Hit
CU179664.10 - 70567 bps
Total alignments
123
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195420001986912006901120001
295.38566524232487114207142711
395.56394524962540114318143621
498.573770107581082716173161801-1
510033671076110827161718617841
61003265107631082711932019384-1
71003265107631082712701527079-1
810033671076310829119331193971
910032651076310827127014270781
1086.83981673431334479134273593-1
1189.03981553454334697131483302-1
1287.852083625308153442128830291961
1310039815553155611161718617981
1410036755553355607127014270881
151003878555345561116172161798-1
161003776555365561111932019395-1
171003675555365561012701427088-1
1810037775553655612119320193961
191003650571945724316260862657-1
20100324657194572391619562401
2198.363061585585861816261962679-1
22100336158558586181617362331
2396.885764666626672516207862141-1
2496.7254616666566725163483635431
2510059606666666725128830288891
2698.7539806784667925161718617971
2798.723878678486792516172061797-1
2898.6737756784867922127014270881
2998.683776678496792411932019395-1
3098.6837766784967924119320193951
3198.684176678516792612701327088-1
3297.53680733027338111932019399-1
3398.7736817330573385161718617981
3498.6733757330773381127014270881
3598.6834767330873383119320193951
3698.773681733107339016171861798-1
3798.673375733147338812701427088-1
3889.583348793307937712914129188-1
3981.6698289793947968212883129110-1
4082.311082777941179687161867621411
4181.947116795637967816348963614-1
4297.3334758308683160127013270871
4310031578308683142147528475841
4497.33074830878316011932119394-1
4597.33074830878316012701427087-1
4697.330748308783160119321193941
4710037768886288937119320193951
4896511008887388972161720618191
491003879888748895216172061798-1
501003776888788895311932019395-1
511003675888788895212701427088-1
5210040768887988954127014270891
5386.8743998895589053127156272511
5483.41862178927889494127463276891
5593.54329391433915251614062311
5698.533468914369150312708827155-1
5793.1375892610926671404140981
5879.898935392673930251412244821
5978.81311189793398050161750618671
6090.1438719801898088144144483-1
6187.62581059851998623135104352081
6285.66130300996379993613474035040-1
6397.473279105040105118161719617971
6498.65337410504110511411932119394-1
6598.65337410504110511412701427087-1
6697.47327910504110511916171561793-1
6798.653374105041105114119321193941
6898.653374105041105114127014270871
6997.223572115559115630147524475931
701004076115563115638127013270881
711003879115564115642161720617981
721003776115565115640119320193951
73100398011557111565016171961798-1
7498.75398011557311565211931619395-1
75100367511557511564912701427088-1
76100305511748311753712701227066-1
77100305411748311753614752847581-1
7893.94107132129598129729163483636141
7995.52115134129599129732128830289631
8089.1799157129739129895129040291961
8180.393110214266414276513462734734-1
8298.784082144756144837161714617951
83100387814476214483916171861795-1
841003675144762144836127014270881
85100367514476314483711932119395-1
86100367514476314483712701427088-1
8795.743794144763144856119320194131
8897.13069144782144850147529475961
8979.675817714540814558412893829119-1
9087.1615325714658314683916186762131-1
9187.81214361146583146943128836291971
929294125146583146707163490636141
9389.2108176154217154392141184293-1
941003777155235155311161719617951
95100377715523615531216171961795-1
961003675155236155310119321193951
971003675155236155310127014270881
98100367515523715531111932119395-1
99100367515523715531112701427088-1
1001003367159242159308161718617841
101100366715924415931011931819384-1
102100326515924415930812701527079-1
10397.22387215924415931516171461785-1
10498.593871159244159314119331194011
1051003265159244159308127014270781
10690.2219227616436916464416186762142-1
10791.45264374164375164748128831291971
1081004177177427177503127012270881
109100377717742917750516172161797-1
1101003777177429177505161720617961
111100417717743017750611931919395-1
1121003776177430177505119320193951
11398.73437917743217751012701027088-1
11498.813884177617177700161715617981
1151003675177622177696127014270881
1161003776177623177698119320193951
117100408317763517771716171661798-1
118100377617763717771211932019395-1
119100367517763917771312701427088-1
12081.387420418248018268312898329190-1
1211003054185405185458119319193721
122100305418540618545912701327066-1
123100305418540618545914752847581-1
Short-link