<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT009478.9	121373	AAGCTTGCTTCAACGGGCATAATACCAAAAAGAGTGATGCAGCACCGACA	121324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120255	AAGCTTGCTTCAACGGGCATAATACCAAAAAGAGTGATGCAGCACCGACA	120304

C  CT009478.9	121323	CTTTGAGATTGAGGGGCAACACATGTTGATATATAATTCTATGTAGTCAC	121274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120305	CTTTGAGATTGAGGGGCAACACATGTTGATATATAATTCTATGTAGTCAC	120354

C  CT009478.9	121273	CAAAGTTCCGCATTCACATAGTTAGTGACCGTTGGATCGAGATCAGACAA	121224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120355	CAAAGTTCCGCATTCACATAGTTAGTGACCGTTGGATCGAGATCAGACAA	120404

C  CT009478.9	121223	TGCAGATTTCAAGATGAGTATCTACTTGAAATCTGCAGTGTTTGATCTTG	121174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120405	TGCAGATTTCAAGATGAGTATCTACTTGAAATCTGCAGTGTTTGATCTTG	120454

C  CT009478.9	121173	AGTTATTAGTGGTATCGGTGTGTGGTGTCCGTGTAAGTGACACTACTTCA	121124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120455	AGTTATTAGTGGTATCGGTGTGTGGTGTCCGTGTAAGTGACACTACTTCA	120504

C  CT009478.9	121123	ACTACCATTACAAAATAAAATAAAAAAAATGGTGATTACAAAATATAGAT	121074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120505	ACTACCATTACAAAATAAAATAAAAAAAATGGTGATTACAAAATATAGAT	120554

C  CT009478.9	121073	ATACCTAGAATTGAAAACAAAGCCAGCAAGACCACCTATTTTAAGCATAG	121024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120555	ATACCTAGAATTGAAAACAAAGCCAGCAAGACCACCTATTTTAAGCATAG	120604

C  CT009478.9	121023	AGTCTCTCCACTTCAAAATTTTATCTTTTTCATTTGCAAACCTCTTTTCA	120974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120605	AGTCTCTCCACTTCAAAATTTTATCTTTTTCATTTGCAAACCTCTTTTCA	120654

C  CT009478.9	120973	AGATAATTAAACCCATCTTGAAAAGGACCCAATTGTTTCCTGACATGAGA	120924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120655	AGATAATTAAACCCATCTTGAAAAGGACCCAATTGTTTCCTGACATGAGA	120704

C  CT009478.9	120923	TGGATCAACCTTATAGAAAACAGGAATAATAAGCCTTTCAAGATCACAAA	120874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120705	TGGATCAACCTTATAGAAAACAGGAATAATAAGCCTTTCAAGATCACAAA	120754

C  CT009478.9	120873	TCCTGTTGAGTTCATCAAGACACCAATGAGAATCAGCATAGTTAGGTGAA	120824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120755	TCCTGTTGAGTTCATCAAGACACCAATGAGAATCAGCATAGTTAGGTGAA	120804

C  CT009478.9	120823	ATGATAACAATGGAAGCAGCAGAGTCATCAATGGCTTCAAGAAGAGTGGT	120774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120805	ATGATAACAATGGAAGCAGCAGAGTCATCAATGGCTTCAAGAAGAGTGGT	120854

C  CT009478.9	120773	AGCTATGTGGTCCCCACGGTCCAAACCCTCATCATCCATGAAAGCACGAA	120724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120855	AGCTATGTGGTCCCCACGGTCCAAACCCTCATCATCCATGAAAGCACGAA	120904

C  CT009478.9	120723	CACCTTGTTTGTGAAGTGATTCATACAGTTTTTTGGTGAAACATTCGCGA	120674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120905	CACCTTGTTTGTGAAGTGATTCATACAGTTTTTTGGTGAAACATTCGCGA	120954

C  CT009478.9	120673	GTATCTTCTCCTCGGAAACTCAAAAACACATCCCAACGTAACCTGAATGC	120624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	120955	GTATCTTCTCCTCGGAAACTCAAAAACACATCCCAACGTAACCTGAATGC	121004

C  CT009478.9	120623	TCCACCACCACCACCACCACCCGAAGAAGATGATGATGACATCATCATGG	120574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121005	TCCACCACCACCACCACCACCCGAAGAAGATGATGATGACATCATCATGG	121054

C  CT009478.9	120573	TTTGTGTTGATGATTCTTTGTGATTATGATTTTGGTTTGTTTCTTGAGAA	120524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121055	TTTGTGTTGATGATTCTTTGTGATTATGATTTTGGTTTGTTTCTTGAGAA	121104

C  CT009478.9	120523	AAGTAATTTAATATAGTATAATATGAGAAATAATGCTAATACATGTGAAT	120474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121105	AAGTAATTTAATATAGTATAATATGAGAAATAATGCTAATACATGTGAAT	121154

C  CT009478.9	120473	ATAGCGTTTACTTTACTTCACTACTTTGATACTATTGTTAATTGGTTGAC	120424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121155	ATAGCGTTTACTTTACTTCACTACTTTGATACTATTGTTAATTGGTTGAC	121204

C  CT009478.9	120423	TCCAAGTATAGTTTTGTTTGTTGTAACTATGTCTATAACCCACAAAGACA	120374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121205	TCCAAGTATAGTTTTGTTTGTTGTAACTATGTCTATAACCCACAAAGACA	121254

C  CT009478.9	120373	GCACTGCGTCTTGTCTGTGGCATGTGGGAGACCTTGTTTGACTTCGTCAA	120324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121255	GCACTGCGTCTTGTCTGTGGCATGTGGGAGACCTTGTTTGACTTCGTCAA	121304

C  CT009478.9	120323	CTTCCTTCCTTCATTATACAATTAGTTACGATGCGTTAGATAATGGGAAA	120274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121305	CTTCCTTCCTTCATTATACAATTAGTTACGATGCGTTAGATAATGGGAAA	121354

C  CT009478.9	120273	ATGAAAGGAAGTACTTGACTTTGACAGAATTGACCGACGTTCACTAGTTT	120224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121355	ATGAAAGGAAGTACTTGACTTTGACAGAATTGACCGACGTTCACTAGTTT	121404

C  CT009478.9	120223	ACGTTAGATACCCTTAATTAATACTATCAACTTGTCTTCAAATATAAAAA	120174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121405	ACGTTAGATACCCTTAATTAATACTATCAACTTGTCTTCAAATATAAAAA	121454

C  CT009478.9	120173	GTCAAATATTATCTTTAAATATAAAAAGTCAAATATAATACACATACAGA	120124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121455	GTCAAATATTATCTTTAAATATAAAAAGTCAAATATAATACACATACAGA	121504

C  CT009478.9	120123	CAAAAATAATTTAAATTTAATATTAATCACATACAAAATAGACACATTAA	120074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121505	CAAAAATAATTTAAATTTAATATTAATCACATACAAAATAGACACATTAA	121554

C  CT009478.9	120073	TTACATTAACAACTTTATTTGACTTCCTCGCTTCTCTTCTTTTTTGTTTT	120024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121555	TTACATTAACAACTTTATTTGACTTCCTCGCTTCTCTTCTTTTTTGTTTT	121604

C  CT009478.9	120023	TCCAATATAATAGAAATTTACGATAAAGGGTTGATGTCTATCTAAGGTAG	119974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121605	TCCAATATAATAGAAATTTACGATAAAGGGTTGATGTCTATCTAAGGTAG	121654

C  CT009478.9	119973	AGAAGATCTTTGTATTCAACTAAGGTATTTACATCTATGTATTTTCATTG	119924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121655	AGAAGATCTTTGTATTCAACTAAGGTATTTACATCTATGTATTTTCATTG	121704

C  CT009478.9	119923	TAATTTCTCTAAAATTTATAAACTTCCTTCATTTTCAATGGTTACGTCTT	119874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121705	TAATTTCTCTAAAATTTATAAACTTCCTTCATTTTCAATGGTTACGTCTT	121754

C  CT009478.9	119873	TTTTCTAAAATTTCTCTTTCACCGTCCAAAATTCGAACCTCCCACATTGT	119824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121755	TTTTCTAAAATTTCTCTTTCACCGTCCAAAATTCGAACCTCCCACATTGT	121804

C  CT009478.9	119823	CATATTTTTCAAGGTTTTGTTTTAAATCATCACATTTCAAGGCTTTTCAA	119774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121805	CATATTTTTCAAGGTTTTGTTTTAAATCATCACATTTCAAGGCTTTTCAA	121854

C  CT009478.9	119773	GTACCAAATATAAGGTAAGGTCGCATTCATTAGAAATATTGTCCTTTAAT	119724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121855	GTACCAAATATAAGGTAAGGTCGCATTCATTAGAAATATTGTCCTTTAAT	121904

C  CT009478.9	119723	ATGAATTGTTTTTCTTTTACAAACTAAAATCATTGGGATTATATATTATG	119674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121905	ATGAATTGTTTTTCTTTTACAAACTAAAATCATTGGGATTATATATTATG	121954

C  CT009478.9	119673	AATGTGTTCGGTATGTGTTGAATCTACTTTTTTTTTTTTTTGTCATTGTG	119624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	121955	AATGTGTTCGGTATGTGTTGAATCTACTTTTTTTTTTTTTTGTCATTGTG	122004

C  CT009478.9	119623	TATTTTAGTTTATTTGTATGTGTGATTTTGATTGTTTCAGATATGGACCA	119574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	122005	TATTTTAGTTTATTTGTATGTGTGATTTTGATTGTTTCAGATATGGACCA	122054

C  CT009478.9	119573	ACAACCCAACCCTATTAGACGTGACAGACCTACAATGATTGTATTTGTTA	119524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	122055	ACAACCCAACCCTATTAGACGTGACAGACCTACAATGATTGTATTTGTTA	122104

C  CT009478.9	119523	GAGGAGAGTGGATGTAGTGAGTTGACCCAAGTGAATACCTTGTTTGTGTA	119474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	122105	GAGGAGAGTGGATGTAGTGAGTTGACCCAAGTGAATACCTTGTTTGTGTA	122154

C  CT009478.9	119473	GTGATTCATACAGTTTTTTAGTGAAACATTCGCAAGTGTTTTATTCTCGG	119424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	122155	GTGATTCATACAGTTTTTTAGTGAAACATTCGCAAGTGTTTTATTCTCGG	122204

C  CT009478.9	119423	AAACTCAAAAACACATCCCAACGTAGCCTGAATGATCCACCTGAAGAAGA	119374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU151877.3	122205	AAACTCAAAAACACATCCCAACGTAGCCTGAATGATCCACCTGAAGAAGA	122254

Overview

Query
CT009478.9 - 121373 bps
Hit
CU151877.3 - 122254 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019182000119374121373-11202551222541
281.582455954290943503155288558791
379.5735934364543737156008561001
498.67702753120621121373-11110051117561
Short-link