<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104663.1	1	AAGCTTGAGCATCTTCCCATACTTTGTGGCTGTACAGTGTTGTTGCATAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	167877	AAGCTTGAGCATCTTCCCATACTTTGTGGCTGTACAGTGTTGTTGCATAT	167926

CU104663.1	51	CAGCCATTACTTTACCAATTCTGTGTTCCTTCCCTGGGTTTGTATGAATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	167927	CAGCCATTACTTTACCAATTCTGTGTTCCTTCCCTGGGTTTGTATGAATG	167976

CU104663.1	101	TTTCTACTAGTTGGGTACCTGTGAGGGACTTTGGGAGACCTTGTGTATAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	167977	TTTCTACTAGTTGGGTACCTGTGAGGGACTTTGGGAGACCTTGTGTATAG	168026

CU104663.1	151	AGAAGAGTTTTATAACTGCATAACTGCCTATTTGATTTGTATAGAGTCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168027	AGAAGAGTTTTATAACTGCATAACTGCCTATTTGATTTGTATAGAGTCTT	168076

CU104663.1	201	TATCAGTTGTCTCTGGCTTTAGGGTATATTAGGGACATCTCCGCAAATAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168077	TATCAGTTGTCTCTGGCTTTAGGGTATATTAGGGACATCTCCGCAAATAT	168126

CU104663.1	251	CCATATAGTTTCATATCTCAGTAAGTTGTGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168127	CCATATAGTTTCATATCTCAGTAAGTTGTGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTT	168176

CU104663.1	301	TTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168177	TTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG	168226

CU104663.1	351	GCGCGATATCAGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACACCATTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168227	GCGCGATATCAGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACACCATTCT	168276

CU104663.1	401	GCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTAGGACTACAGGTGCCCACCACGATGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168277	GCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTAGGACTACAGGTGCCCACCACGATGC	168326

CU104663.1	451	CTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGAACGGGTTTCACTGTGTTAGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168327	CTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGAACGGGTTTCACTGTGTTAGCC	168376

CU104663.1	501	AGGATGATCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGTCCGCCTTGGCCTCCCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168377	AGGATGATCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGTCCGCCTTGGCCTCCCA	168426

CU104663.1	551	AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCAGTTGTGTCCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168427	AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCAGTTGTGTCCA	168476

CU104663.1	601	GTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACGAAGTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168477	GTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACGAAGTC	168526

CU104663.1	651	TCGCTCTTGTCCCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCGATCTCGGCTCAATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168527	TCGCTCTTGTCCCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCGATCTCGGCTCAATG	168576

CU104663.1	701	CAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168577	CAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAG	168626

CU104663.1	751	TAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168627	TAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTT	168676

CU104663.1	801	TTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168677	TTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCT	168726

CU104663.1	851	GACCTCAGGGGATCCACTCGCCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGATTACAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168727	GACCTCAGGGGATCCACTCGCCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGATTACAG	168776

CU104663.1	901	GCATGAGCGACCGCGCCCCGCCGTCCAGTTTTTTACATATGTGTGTTGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168777	GCATGAGCGACCGCGCCCCGCCGTCCAGTTTTTTACATATGTGTGTTGGG	168826

CU104663.1	951	CTCTTGAGTTTATTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTAGATGGAATCTTGCTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168827	CTCTTGAGTTTATTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTAGATGGAATCTTGCTGT	168876

CU104663.1	1001	GTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTACAATTTAGGCTTACTGCAACCTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168877	GTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTACAATTTAGGCTTACTGCAACCTCC	168926

CU104663.1	1051	GCCTCTTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCATCCTACCTCAGCCTCCTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168927	GCCTCTTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCATCCTACCTCAGCCTCCTG	168976

CU104663.1	1101	AATAGCTGGAACTACAGGCCTGCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTTTGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	168977	AATAGCTGGAACTACAGGCCTGCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTTTGT	169026

CU104663.1	1151	ATTTTTAGTAGAGATGGTGTTTCGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169027	ATTTTTAGTAGAGATGGTGTTTCGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAAC	169076

CU104663.1	1201	TCCTGAGCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169077	TCCTGAGCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATT	169126

CU104663.1	1251	ATAGGCATGAGCCACCCTGCCCGGCCAGCTATTGAGTTTTTGTATTTTTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169127	ATAGGCATGAGCCACCCTGCCCGGCCAGCTATTGAGTTTTTGTATTTTTG	169176

CU104663.1	1301	GAGGGGCGGGAGGGCTCTTGAGTTTTTTATGTTTTGTTTGTTTGTTTATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169177	GAGGGGCGGGAGGGCTCTTGAGTTTTTTATGTTTTGTTTGTTTGTTTATT	169226

CU104663.1	1351	TGTTTCGTTTTGTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169227	TGTTTCGTTTTGTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAG	169276

CU104663.1	1401	TGCAGTGGCGCGATCTCCGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169277	TGCAGTGGCGCGATCTCCGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCATG	169326

CU104663.1	1451	CCATTCTGCTTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169327	CCATTCTGCTTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACC	169376

CU104663.1	1501	ATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCGGGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169377	ATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCGGGT	169426

CU104663.1	1551	TAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCACGTGATCCGTCTGCCTCGGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169427	TAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCACGTGATCCGTCTGCCTCGGCC	169476

CU104663.1	1601	TCCCAGAGTGGTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGCCGGTTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169477	TCCCAGAGTGGTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGCCGGTTCT	169526

CU104663.1	1651	TGAGTTTTAACTAGGTCTGCTTTGTGTATTTTTCTGGCTAAGTGTCCCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169527	TGAGTTTTAACTAGGTCTGCTTTGTGTATTTTTCTGGCTAAGTGTCCCTG	169576

CU104663.1	1701	TGAGTGTCCATCCCTTCCCCCATCTCCATGTACGGTAATCCCAGCTCATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169577	TGAGTGTCCATCCCTTCCCCCATCTCCATGTACGGTAATCCCAGCTCATA	169626

CU104663.1	1751	TTTGTGGCCAGGCACCAGCTTTGGCTGCCTTTGTGCCCTCCCAGGCCAGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169627	TTTGTGGCCAGGCACCAGCTTTGGCTGCCTTTGTGCCCTCCCAGGCCAGC	169676

CU104663.1	1801	TTCCTCAACAACCAGCACCTCTGACCTGGATGCCTCAGCTTAGACACATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169677	TTCCTCAACAACCAGCACCTCTGACCTGGATGCCTCAGCTTAGACACATA	169726

CU104663.1	1851	AACACATTCCATTCCCTGTCCCTGCCTTGTAACAAGTTCACTCCCTGCCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169727	AACACATTCCATTCCCTGTCCCTGCCTTGTAACAAGTTCACTCCCTGCCT	169776

CU104663.1	1901	TATCCCTCACAGGAATCCTCAACAGATGCCGCTGTAAGTGGGGAGAGAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169777	TATCCCTCACAGGAATCCTCAACAGATGCCGCTGTAAGTGGGGAGAGAAG	169826

CU104663.1	1951	CTGCTCAGGTGAGTGGGTCCCACACATACTACACACTAATGCATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104673.1	169827	CTGCTCAGGTGAGTGGGTCCCACACATACTACACACTAATGCATGAATTC	169876

Overview

Query
CU104663.1 - 174797 bps
Hit
CU104673.1 - 169876 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197120001200011678771698761
280.47225603150953151555-114039146271
382.88262591111454112044-114045146221
480.12224625294918119641202591
587.423205609842798986-130136306991
683.87271573114010114582-130145307081
784.592595409724497783130147306911
881.69232569129883130451-134304348711
992.442212938719387485-140755410451
1085.332655085517355680-168448689581
1191.272213082642926736-168526688341
1292.22202942642926722178658789521
1393.0822428999777100065-11075421078301
1484.89270516551655568011180951186171
1580.84229591111454112044-11181081186971
1682.032355819812598705-11182251188251
1792.83231306264292673411182321185381
1892.31233311264292673911210381213491
1994.123028812670012698711210381213251
2093.422628899778100065-11210461213331
2180.0422963028691511273931280131
2283.51270568167690168257-11274401280091
2391.4522030611048411078911681621684651
2481.892466204292343542-11681641687981
2584.84296594171278171871-11681921687981
Short-link