<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104670.1	1	AGTCTTCTGGGTAGGACACAGAGCAGATTACATTTGATTGAGTAAAAGTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	158908	AGTCTTCTGGGTAGGACACAGAGCAGATTACATTTGATTGAGTAAAAGTA	158957

CU104670.1	51	AGGAATGTGACATTTCATGCACATTTTATAGCCCCAAATGACAAAAATAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	158958	AGGAATGTGACATTTCATGCACATTTTATAGCCCCAAATGACAAAAATAA	159007

CU104670.1	101	CATGCTTCTCAAGCCACCTGGAACATTTTATAGCTTTCTGTTTTTTTTGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159008	CATGCTTCTCAAGCCACCTGGAACATTTTATAGCTTTCTGTTTTTTTTGC	159057

CU104670.1	151	ATTGTAGGCTCCTGTGTCCATCAATTTATCAGCATTTTTCTTGGCAAGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159058	ATTGTAGGCTCCTGTGTCCATCAATTTATCAGCATTTTTCTTGGCAAGGA	159107

CU104670.1	201	TTCCCTGAAATGTCTCCAAGTTTGGAAATTTTGTTTTTATGAAAAGTGGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159108	TTCCCTGAAATGTCTCCAAGTTTGGAAATTTTGTTTTTATGAAAAGTGGG	159157

CU104670.1	251	GCATGGGACCAGAGGACGGACTTGGTCAGAAAAACAAAATATGATTATTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159158	GCATGGGACCAGAGGACGGACTTGGTCAGAAAAACAAAATATGATTATTT	159207

CU104670.1	301	TTGATCCATGTCCTTATTTCTTGGTTACTAAATAGCTGCCCTCTGTATTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159208	TTGATCCATGTCCTTATTTCTTGGTTACTAAATAGCTGCCCTCTGTATTT	159257

CU104670.1	351	CTTTGATTTTAATAAATCGTCCAGATATGGATTTTTAAAATTCTATGTAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159258	CTTTGATTTTAATAAATCGTCCAGATATGGATTTTTAAAATTCTATGTAT	159307

CU104670.1	401	GTTTTTTGAGACAGGGTTTTGCTCTGTCACCCACGCTGAAGTGCAGTGGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159308	GTTTTTTGAGACAGGGTTTTGCTCTGTCACCCACGCTGAAGTGCAGTGGC	159357

CU104670.1	451	TCATTGAAGCCTTCAACTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159358	TCATTGAAGCCTTCAACTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCT	159407

CU104670.1	501	CATGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGGCACCATGCCGGGCTAATTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159408	CATGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGGCACCATGCCGGGCTAATTTTT	159457

CU104670.1	551	AAAATTTTTTTAGTAGAGACAAAGTCTTGCTATGTTGCCAGGCTGGTCTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159458	AAAATTTTTTTAGTAGAGACAAAGTCTTGCTATGTTGCCAGGCTGGTCTT	159507

CU104670.1	601	GAACTCCTGAGCTCCAGCCATCCTCCCACCTTGGCCTCCTAAAGTGCTGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159508	GAACTCCTGAGCTCCAGCCATCCTCCCACCTTGGCCTCCTAAAGTGCTGG	159557

CU104670.1	651	GATTACAAGTGTGATCCACCACACCCAGGCCTAGTTTTTAAAATGATATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159558	GATTACAAGTGTGATCCACCACACCCAGGCCTAGTTTTTAAAATGATATT	159607

CU104670.1	701	TCATTTACGTAGTTCAAATAAAAATGACATCAATAAGTACATGAGAAATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159608	TCATTTACGTAGTTCAAATAAAAATGACATCAATAAGTACATGAGAAATA	159657

CU104670.1	751	TCACTCCTACCCCACCCTTACCCTCTCTTTTTCCCCTCACATTGCTCGTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159658	TCACTCCTACCCCACCCTTACCCTCTCTTTTTCCCCTCACATTGCTCGTC	159707

CU104670.1	801	AGTAACCATTTTTACCAGAATAGTGCCTTATTTATTCTCCCAACGTTTCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159708	AGTAACCATTTTTACCAGAATAGTGCCTTATTTATTCTCCCAACGTTTCT	159757

CU104670.1	851	TTATGCAAACATAAATAAAATACTTTTATTTCCTCTTTCATTACACAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159758	TTATGCAAACATAAATAAAATACTTTTATTTCCTCTTTCATTACACAAAA	159807

CU104670.1	901	AAAGCATGTTATATACATCTTGCTCCTTCCTTTTAAAATCGTAACTAAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159808	AAAGCATGTTATATACATCTTGCTCCTTCCTTTTAAAATCGTAACTAAAT	159857

CU104670.1	951	ATACTGGGTATCCTTCCCTATCACCACGTAAAGCTGTTCCTCCTGCCTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159858	ATACTGGGTATCCTTCCCTATCACCACGTAAAGCTGTTCCTCCTGCCTTT	159907

CU104670.1	1001	TCCATTTTGACAGCTCTATAGTATTCCATTGGTGGATCGACCAGAGCTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159908	TCCATTTTGACAGCTCTATAGTATTCCATTGGTGGATCGACCAGAGCTGT	159957

CU104670.1	1051	GTGTTCGCCAGTCTCCTATTGCTGGGTTGTTGGGCTGTTTCTGATCCGTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	159958	GTGTTCGCCAGTCTCCTATTGCTGGGTTGTTGGGCTGTTTCTGATCCGTT	160007

CU104670.1	1101	GTTATTATAAATAATGCCACAATGAATAACTTTATACCTAAGCAAGTTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160008	GTTATTATAAATAATGCCACAATGAATAACTTTATACCTAAGCAAGTTTA	160057

CU104670.1	1151	CCTTTGTGTAGGTGAATCTATAAGATAGATTCCCAGAAGGGGGATCTCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160058	CCTTTGTGTAGGTGAATCTATAAGATAGATTCCCAGAAGGGGGATCTCTG	160107

CU104670.1	1201	GGTCAAAGGGTTTGTGCGTGTATAGTTCTGGTAGATATTGCAGGTCTGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160108	GGTCAAAGGGTTTGTGCGTGTATAGTTCTGGTAGATATTGCAGGTCTGCT	160157

CU104670.1	1251	CCACAGAACTGTGCCATCTGCACTGCTGCCAGCAATGCATGGGACAGTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160158	CCACAGAACTGTGCCATCTGCACTGCTGCCAGCAATGCATGGGACAGTCT	160207

CU104670.1	1301	GTTTCCTCTCAGCCTCCTTCACACACTGTGATATCATATTCTGGACTCTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160208	GTTTCCTCTCAGCCTCCTTCACACACTGTGATATCATATTCTGGACTCTT	160257

CU104670.1	1351	GCCAACCAAGGAAAGATTTATGTATAAGTTCAACATGGATGCACTTAGGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160258	GCCAACCAAGGAAAGATTTATGTATAAGTTCAACATGGATGCACTTAGGC	160307

CU104670.1	1401	TAATTCTCCTTCCTGCATTTCCTTCAGAACATCCTCAGTCTCCTCACTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160308	TAATTCTCCTTCCTGCATTTCCTTCAGAACATCCTCAGTCTCCTCACTCA	160357

CU104670.1	1451	TTTCAGATACCTTAATTAGCTCCCATTTTTCATGACACAGGTTAGCCATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160358	TTTCAGATACCTTAATTAGCTCCCATTTTTCATGACACAGGTTAGCCATG	160407

CU104670.1	1501	TTTATATTTCCTTTGTGATCATCACAGTTATGAAAGATTTCTTCTTGGGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160408	TTTATATTTCCTTTGTGATCATCACAGTTATGAAAGATTTCTTCTTGGGT	160457

CU104670.1	1551	TGATAGGTTAAGTAACCATGGTCCAGTATTGGTTATTGCAATCAAACCAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160458	TGATAGGTTAAGTAACCATGGTCCAGTATTGGTTATTGCAATCAAACCAA	160507

CU104670.1	1601	CAGCTACAGGTGGCTTGGATTGTTTTAGATTGAATTGGTCTCAAATTTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160508	CAGCTACAGGTGGCTTGGATTGTTTTAGATTGAATTGGTCTCAAATTTAA	160557

CU104670.1	1651	AAGGTCACTTTGTCATTCTTTGTATCATTGTTATTCATGTCTGTATCTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160558	AAGGTCACTTTGTCATTCTTTGTATCATTGTTATTCATGTCTGTATCTTT	160607

CU104670.1	1701	TACAAATATATTTATTTAATATTTAATAAGACAAATAAAATGTTAAAAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160608	TACAAATATATTTATTTAATATTTAATAAGACAAATAAAATGTTAAAAAT	160657

CU104670.1	1751	TATTTTGTCCTGGGAAAGCCCAAGCCTTCCTGAACAGAAGTTGAAATATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160658	TATTTTGTCCTGGGAAAGCCCAAGCCTTCCTGAACAGAAGTTGAAATATT	160707

CU104670.1	1801	CAAAGGACAAGAAAAGGCCTCTGGTACGGTCCTGTCTTGGACAGTTTCCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160708	CAAAGGACAAGAAAAGGCCTCTGGTACGGTCCTGTCTTGGACAGTTTCCC	160757

CU104670.1	1851	CGGCCACCCAGCAGGCTGCCTATTGTGCTGTTTGAGATGCAAATGATCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160758	CGGCCACCCAGCAGGCTGCCTATTGTGCTGTTTGAGATGCAAATGATCTC	160807

CU104670.1	1901	TTCTTATGCTGGGGAACCTTCTAGGCATGGCAGGGGCAGTGGAGAGGCTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160808	TTCTTATGCTGGGGAACCTTCTAGGCATGGCAGGGGCAGTGGAGAGGCTA	160857

CU104670.1	1951	CTTCCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104669.1	160858	CTTCCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATTC	160907

Overview

Query
CU104670.1 - 169455 bps
Hit
CU104669.1 - 160907 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195720001200011589081609071
287.518130238211385121146817711
387.87187306126018126323-116564168681
479.03185585154328154912-121261218371
588.781853001696717266125042253351
688.971963081696417271129640299471
780.97232574146822147395-133399339761
888.74190294126030126323133691339831
981.86246586154322154907-141345419341
1081.77242596154323154918-152098526951
1189.011943001697017269-181573818721
1287.89179290154625154914-184068843561
1388.74193301154620154920186088863891
1480.871944994259343091194706951911
1588.31802823042330704-196548968291
1682.87264596154323154918-199165997711
1778.69180614107822108435-199168997771
1887.83180295108153108447-11147711150661
1984.846641329161990163318-11290181303231
2091.96354469162653163121-11378461383181
2190.74565834161990162823-11383081391381
2287.682524162379124206-11433531437661
2388.3218429012603412632311433531436431
2484.12074233042730849-11581191585461
2584.918035215456615491711581961585461
Short-link