<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2635 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU104674.1	236843	GAATTCATGAATGCAGGCTCCAACGGCAGGTGAGGCTGGACAAGGGATGG	236794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181371	GAATTCATGAATGCAGGCTCCAACGGCAGGTGAGGCTGGACAAGGGATGG	181420

C  CU104674.1	236793	GTGTCCCGTGGCCCCAGCCCACGCTACCTGTGGTGGTGATGAAGGCGTAG	236744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181421	GTGTCCCGTGGCCCCAGCCCACGCTACCTGTGGTGGTGATGAAGGCGTAG	181470

C  CU104674.1	236743	GACTTGGAGGTCTGCCCCGCCCGCACCCCGTGGACCTCCACGTGGTAGGT	236694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181471	GACTTGGAGGTCTGCCCCGCCCGCACCCCGTGGACCTCCACGTGGTAGGT	181520

C  CU104674.1	236693	GGTGCCGGGCCTGAGGTCGGGCAGGCTGACGGTGCGCGTGGTGCCCGGCA	236644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181521	GGTGCCGGGCCTGAGGTCGGGCAGGCTGACGGTGCGCGTGGTGCCCGGCA	181570

C  CU104674.1	236643	CAGTCAGCTCACCGCCGGGGCCCTCTGCAGGCGGTTGAGGCCGCCAGCGC	236594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181571	CAGTCAGCTCACCGCCGGGGCCCTCTGCAGGCGGTTGAGGCCGCCAGCGC	181620

C  CU104674.1	236593	AGCACCACGCGCTCGAACTGGCCGCGGAGCCCGTCGAGAGACACGAGAAG	236544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181621	AGCACCACGCGCTCGAACTGGCCGCGGAGCCCGTCGAGAGACACGAGAAG	181670

C  CU104674.1	236543	CGCGCCATCGGCGGAACTGCCCAGCACCTCTGGCTTGGGGTGGCGGGACG	236494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181671	CGCGCCATCGGCGGAACTGCCCAGCACCTCTGGCTTGGGGTGGCGGGACG	181720

C  CU104674.1	236493	CAGCCACCCGGTCGACGCCTTCAGGCGAGAGGCCGTAGATTCCCTGGTTG	236444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181721	CAGCCACCCGGTCGACGCCTTCAGGCGAGAGGCCGTAGATTCCCTGGTTG	181770

C  CU104674.1	236443	GAGTCCCGTTTCCTGGTGCCGGGATCAGGGCTGGCGGTGGGGCGGGGGTG	236394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181771	GAGTCCCGTTTCCTGGTGCCGGGATCAGGGCTGGCGGTGGGGCGGGGGTG	181820

C  CU104674.1	236393	GCGGGGCGGGGGTGCGGGGGAGCCGGCGGGGGCGGCGGCCAACAGACGCC	236344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181821	GCGGGGCGGGGGTGCGGGGGAGCCGGCGGGGGCGGCGGCCAACAGACGCC	181870

C  CU104674.1	236343	GCTGCAAGTATTCATGGATGTGGCGCGCCACCGACGTGTAAGTCTGGTTG	236294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181871	GCTGCAAGTATTCATGGATGTGGCGCGCCACCGACGTGTAAGTCTGGTTG	181920

C  CU104674.1	236293	GCCCGCAGTGGGTAGCCGTGAGCCCGCAGGTGGCGCTCCAGGTCCTGCAC	236244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181921	GCCCGCAGTGGGTAGCCGTGAGCCCGCAGGTGGCGCTCCAGGTCCTGCAC	181970

C  CU104674.1	236243	CGTGCCGCGGAAACGGCTCAGCTCGGCAGTCAGGTTGCCCCAAGGCCGCC	236194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	181971	CGTGCCGCGGAAACGGCTCAGCTCGGCAGTCAGGTTGCCCCAAGGCCGCC	182020

C  CU104674.1	236193	GTGGGGGCTGGGACAGGCTTGGCCTGGGCGGGGACTCCTCCTCCCTTTCC	236144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182021	GTGGGGGCTGGGACAGGCTTGGCCTGGGCGGGGACTCCTCCTCCCTTTCC	182070

C  CU104674.1	236143	TCTGCGGGCCTCGAGGGCCGAGGGGGCCGTGGGGGCCGCGGGGCTGGGGC	236094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182071	TCTGCGGGCCTCGAGGGCCGAGGGGGCCGTGGGGGCCGCGGGGCTGGGGC	182120

C  CU104674.1	236093	TGGCCGGGGCCGGGACTTGGGGGGCGGGGATGGGGGGCGCACCTCCGGGT	236044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182121	TGGCCGGGGCCGGGACTTGGGGGGCGGGGATGGGGGGCGCACCTCCGGGT	182170

C  CU104674.1	236043	AACTGTAGTGGCCTGGTGCTGCCAGGGGCGAAAAAGGTGAGAACAGGTCA	235994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182171	AACTGTAGTGGCCTGGTGCTGCCAGGGGCGAAAAAGGTGAGAACAGGTCA	182220

C  CU104674.1	235993	GTGGCAGCTCCCTCCCGGCACTCCTTCCCGCGGCAGCCCCTCCCTCGATC	235944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182221	GTGGCAGCTCCCTCCCGGCACTCCTTCCCGCGGCAGCCCCTCCCTCGATC	182270

C  CU104674.1	235943	CCTCCCACCAGAGCCAGAGGCCTCTTCCCTGTGCCCCAGCCCCACCTGGA	235894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182271	CCTCCCACCAGAGCCAGAGGCCTCTTCCCTGTGCCCCAGCCCCACCTGGA	182320

C  CU104674.1	235893	AAGAGAACGGAGGGAAATCGGTCAGTGTCCCGCAGCCCCCCCATTCCCCT	235844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182321	AAGAGAACGGAGGGAAATCGGTCAGTGTCCCGCAGCCCCCCCATTCCCCT	182370

C  CU104674.1	235843	CCAAGCCCACCACTGTTGGTGCCCTAGAAAGAAGAGAGAAGCCCGTGGGT	235794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182371	CCAAGCCCACCACTGTTGGTGCCCTAGAAAGAAGAGAGAAGCCCGTGGGT	182420

C  CU104674.1	235793	GGGGCCCTGTAGCTGAAGGAGAGAAAGGGGAGTCGGGGAAGAGAACGTGA	235744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182421	GGGGCCCTGTAGCTGAAGGAGAGAAAGGGGAGTCGGGGAAGAGAACGTGA	182470

C  CU104674.1	235743	GCTACAGCGAGGTGGGTGTCCCCCTGTCACAGGAAAAGAAAAATATCCAG	235694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182471	GCTACAGCGAGGTGGGTGTCCCCCTGTCACAGGAAAAGAAAAATATCCAG	182520

C  CU104674.1	235693	GTATCTGTTAAGAAACCTCGAGGTTTAGTGGAAAATCACTGCTGTGAGAC	235644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182521	GTATCTGTTAAGAAACCTCGAGGTTTAGTGGAAAATCACTGCTGTGAGAC	182570

C  CU104674.1	235643	CCACCTCCCAGCAATCCCAATCCAAAAGTCAGCAGCACTGATGATCTCTA	235594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182571	CCACCTCCCAGCAATCCCAATCCAAAAGTCAGCAGCACTGATGATCTCTA	182620

C  CU104674.1	235593	ATCTGCCTAATTCCAGTCCCACAAGATCTATCAGCACAAGGCCTGTCCCA	235544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182621	ATCTGCCTAATTCCAGTCCCACAAGATCTATCAGCACAAGGCCTGTCCCA	182670

C  CU104674.1	235543	GTACCTAAATTTAAAAAAGAACCTCCCTTAACTGACTGGATCAGGCAGCA	235494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182671	GTACCTAAATTTAAAAAAGAACCTCCCTTAACTGACTGGATCAGGCAGCA	182720

C  CU104674.1	235493	TCTCCTATTCACTTCTCTCTCTGGGGCCATTCCTTTCATAGGCTAACCTG	235444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182721	TCTCCTATTCACTTCTCTCTCTGGGGCCATTCCTTTCATAGGCTAACCTG	182770

C  CU104674.1	235443	CAACCTTCCTACAGGACTCCAGGCATCTGAGGGCTCTGTCTCCCCAGCGG	235394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182771	CAACCTTCCTACAGGACTCCAGGCATCTGAGGGCTCTGTCTCCCCAGCGG	182820

C  CU104674.1	235393	CCTCAGGACAGAGCAAGGCCCCCAGCAGGTGCCTCGAGACTGCCACACAC	235344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182821	CCTCAGGACAGAGCAAGGCCCCCAGCAGGTGCCTCGAGACTGCCACACAC	182870

C  CU104674.1	235343	CTGCCAGAAGCATTCAGAGTCGTCTGTGAGCCCTGAGCCTGGGCTCCTGA	235294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182871	CTGCCAGAAGCATTCAGAGTCGTCTGTGAGCCCTGAGCCTGGGCTCCTGA	182920

C  CU104674.1	235293	GGAGGAGGATCCAAGGCTGGGAAACCAGGGCCCTTCCCTAACCTCTGGCC	235244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182921	GGAGGAGGATCCAAGGCTGGGAAACCAGGGCCCTTCCCTAACCTCTGGCC	182970

C  CU104674.1	235243	AGCCATACCTGTGTTGGCCCTGACAGAAGCTGGGTAGCTGACTGCCCGGC	235194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	182971	AGCCATACCTGTGTTGGCCCTGACAGAAGCTGGGTAGCTGACTGCCCGGC	183020

C  CU104674.1	235193	CCCGCTCCGCTGTGACAGTCACCACATATTCTACGCCTGGCATCAGGTCA	235144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183021	CCCGCTCCGCTGTGACAGTCACCACATATTCTACGCCTGGCATCAGGTCA	183070

C  CU104674.1	235143	GTCAGCAGCGTCCCGTCTGCTTCAGGGGGCACTTCCAGCCGCACCCTCTG	235094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183071	GTCAGCAGCGTCCCGTCTGCTTCAGGGGGCACTTCCAGCCGCACCCTCTG	183120

C  CU104674.1	235093	GTTGCCGGCACTGACGTAGGACACCACAAATCGGTCCACCTCAGCCTGGG	235044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183121	GTTGCCGGCACTGACGTAGGACACCACAAATCGGTCCACCTCAGCCTGGG	183170

C  CU104674.1	235043	GACGCAGCCAGCCAAGCTCCAGTGTTGTCGGTGTCACAGCCACCACTCGG	234994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183171	GACGCAGCCAGCCAAGCTCCAGTGTTGTCGGTGTCACAGCCACCACTCGG	183220

C  CU104674.1	234993	AGGTCCTGGGGCCCATCGATCACTAGCCAGGTTAAAGAGGAGGGCTCAGG	234944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183221	AGGTCCTGGGGCCCATCGATCACTAGCCAGGTTAAAGAGGAGGGCTCAGG	183270

C  CU104674.1	234943	TGGGTGTCTGGTTCTTCAATCATCATCTTTCCTTCCAAGAGCCTAGCCCC	234894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183271	TGGGTGTCTGGTTCTTCAATCATCATCTTTCCTTCCAAGAGCCTAGCCCC	183320

C  CU104674.1	234893	CATCCAGCCCCTTCCTTCTGCCCTCCCGGAGGGCAGATTCCCTCTCTAGT	234844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183321	CATCCAGCCCCTTCCTTCTGCCCTCCCGGAGGGCAGATTCCCTCTCTAGT	183370

C  CU104674.1	234843	CCAGATCTCCACTCAGGACACCCCTCCCCACAGCCCCAGCTCTCACTGGT	234794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183371	CCAGATCTCCACTCAGGACACCCCTCCCCACAGCCCCAGCTCTCACTGGT	183420

C  CU104674.1	234793	GGTGATGGTCTTGGAGGCAGGAAGGCCCCAGCTGGTCCCTCGAAGGGCTC	234744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183421	GGTGATGGTCTTGGAGGCAGGAAGGCCCCAGCTGGTCCCTCGAAGGGCTC	183470

C  CU104674.1	234743	GGACAGTAACCTGGTACTCCTGTCCAGGGGCCAGTCCTCTCTGGTCATAG	234694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183471	GGACAGTAACCTGGTACTCCTGTCCAGGGGCCAGTCCTCTCTGGTCATAG	183520

C  CU104674.1	234693	GCTGAGGCAGAGCTTGGAACCCGTGCTGTGAATGGGGGGCTCGCCCCCTC	234644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183521	GCTGAGGCAGAGCTTGGAACCCGTGCTGTGAATGGGGGGCTCGCCCCCTC	183570

C  CU104674.1	234643	TGTCTGTGAGAGAGAGCACCAGGTGGCTCAGGGGCTGGCACTCTCGCCTC	234594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183571	TGTCTGTGAGAGAGAGCACCAGGTGGCTCAGGGGCTGGCACTCTCGCCTC	183620

C  CU104674.1	234593	TGCTGCTCAATCCCCCTTATCTCTTCTTTCTCCAATTCTAAACAGTGTCA	234544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183621	TGCTGCTCAATCCCCCTTATCTCTTCTTTCTCCAATTCTAAACAGTGTCA	183670

C  CU104674.1	234543	ACATGGTACTGTGTGGAACTTGACCCTGTACAAGCTGGGGAGCAAACATG	234494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183671	ACATGGTACTGTGTGGAACTTGACCCTGTACAAGCTGGGGAGCAAACATG	183720

C  CU104674.1	234493	CTGAGAGCGCTAACTCCTTGTGAGCCACTGTTCTAGGCGAGGTACACACA	234444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183721	CTGAGAGCGCTAACTCCTTGTGAGCCACTGTTCTAGGCGAGGTACACACA	183770

C  CU104674.1	234443	TGAACTCACTTAATTCTCACAACAACCCTACGAAACAGGTCCTATTAGTC	234394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183771	TGAACTCACTTAATTCTCACAACAACCCTACGAAACAGGTCCTATTAGTC	183820

C  CU104674.1	234393	CCATTTTACAGATAAGGAAACTGAGACACAGAAGGACAAGTATCTTGCCA	234344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183821	CCATTTTACAGATAAGGAAACTGAGACACAGAAGGACAAGTATCTTGCCA	183870

C  CU104674.1	234343	ATGTCACCAACACCAAGAAAATGGCAAGAATTTAGGCCCTGGCAGTGTGA	234294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183871	ATGTCACCAACACCAAGAAAATGGCAAGAATTTAGGCCCTGGCAGTGTGA	183920

C  CU104674.1	234293	TCCCAGAGTCCCCTCTCATGGGCACCCCCTATTTATCTGCCAGAGTCCCC	234244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183921	TCCCAGAGTCCCCTCTCATGGGCACCCCCTATTTATCTGCCAGAGTCCCC	183970

C  CU104674.1	234243	TCTCATGGGCACCCCGTGTTCATCTGCCAGAATTC	234209
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104668.1	183971	TCTCATGGGCACCCCGTGTTCATCTGCCAGAATTC	184005

Overview

Query
CU104674.1 - 236843 bps
Hit
CU104668.1 - 184005 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2635 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110025812635234209236843-11813711840051
288.181892968540785702-14497441
388.31903008780588104-14517491
488.6719230023261123291014517501
590.7121931372523728351764679571
689.29195303125461125763-1765179581
789.91962936162161913-1765779531
890.07199292158393158684-110208104991
990.14199294203267203560-110208105011
1078.65196621111956112576-113319139131
1181.63204493178430178922-123510239991
1290.56195285116353116637-123783240681
1389.12192294151244151537123784240771
1481.7419645817272184-137691381391
1583.58186398161623162020-157008574091
1683.0927064320082650-157740583721
1789.181933037252572827157741580451
1890.03201293275242781611542791545691
1988.971882912508125371-11542801545691
2089.2419129023262123291011542901545771
2180.6721256516369216425611569991575671
2288.8119430512384612415011743961746991
2388.78198317725197283511743981747091
2490.79205292125473125764-11744061746981
2590.17202296203624203919-11744151747091
Short-link