<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104668.1	1	GAATTCCATCCTATCATGTGCCTGGAAGGCAGAAAACGGGAAAATTCATG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	172798	GAATTCCATCCTATCATGTGCCTGGAAGGCAGAAAACGGGAAAATTCATG	172847

CU104668.1	51	AAGAGCCTCAATGGCTGCCTCAACTCGGTGTAGTGCTGACTGGCTCACAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	172848	AAGAGCCTCAATGGCTGCCTCAACTCGGTGTAGTGCTGACTGGCTCACAT	172897

CU104668.1	101	ATCTCTCTCCCACTGGACAGTGGGGGAACCAAACGTGTCACAGCGTTCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	172898	ATCTCTCTCCCACTGGACAGTGGGGGAACCAAACGTGTCACAGCGTTCCT	172947

CU104668.1	151	ACCCTTTAGCAGTTTGTGCTCCAGGAATGTGGAGAGACCAGTATATGGAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	172948	ACCCTTTAGCAGTTTGTGCTCCAGGAATGTGGAGAGACCAGTATATGGAT	172997

CU104668.1	201	GGATTATAACTCTGTGTTAATGTTACAGTCTGGGTTTGCTGGCGTGGAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	172998	GGATTATAACTCTGTGTTAATGTTACAGTCTGGGTTTGCTGGCGTGGAAG	173047

CU104668.1	251	GAGTTTGTGGAAGAAGGGCAGTAGTTTATAGGGAGAGGAGGATGGAAAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173048	GAGTTTGTGGAAGAAGGGCAGTAGTTTATAGGGAGAGGAGGATGGAAAGG	173097

CU104668.1	301	GATGATCTTAATTTTGGTGACCCTGAAAGCAGAGCTTGAGACAGGACTTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173098	GATGATCTTAATTTTGGTGACCCTGAAAGCAGAGCTTGAGACAGGACTTG	173147

CU104668.1	351	GCCATAGGTAGTTAATTTAGGTGATCCCAGAAAGCAGAAGCGAGGCTATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173148	GCCATAGGTAGTTAATTTAGGTGATCCCAGAAAGCAGAAGCGAGGCTATA	173197

CU104668.1	401	GGGAGTGTGAGATCCTGAAGGAGGAAAGGCCAGTTTAAGAGAATGATGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173198	GGGAGTGTGAGATCCTGAAGGAGGAAAGGCCAGTTTAAGAGAATGATGTT	173247

CU104668.1	451	GGCCGGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173248	GGCCGGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTAA	173297

CU104668.1	501	GGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173298	GGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACAT	173347

CU104668.1	551	GACGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATGCAAAAATTAGCCTGGCGTGGTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173348	GACGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATGCAAAAATTAGCCTGGCGTGGTGG	173397

CU104668.1	601	CATGTGCCTGTAATCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173398	CATGTGCCTGTAATCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCT	173447

CU104668.1	651	TGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCAGAGATTGCACCATTGCACT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173448	TGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCAGAGATTGCACCATTGCACT	173497

CU104668.1	701	CCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173498	CCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA	173547

CU104668.1	751	AAAAGAGTGATGTCACTGTTGTGTGCGGTGGAGTTCGATTCCCCCAGGCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173548	AAAAGAGTGATGTCACTGTTGTGTGCGGTGGAGTTCGATTCCCCCAGGCC	173597

CU104668.1	801	CTCCTGAGGAGAGAGCTGAATGTCTCCAGACGCTTTCCACCTGAAGGACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173598	CTCCTGAGGAGAGAGCTGAATGTCTCCAGACGCTTTCCACCTGAAGGACA	173647

CU104668.1	851	GGAGGCAGGAGCATCTGTCTACTGCTTCCCACTCTGCAATAATTGCAGGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173648	GGAGGCAGGAGCATCTGTCTACTGCTTCCCACTCTGCAATAATTGCAGGT	173697

CU104668.1	901	TGACTCTGGGGCATTAGTTCTCTGCCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173698	TGACTCTGGGGCATTAGTTCTCTGCCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGT	173747

CU104668.1	951	TTTGCTCCTTTTGCCCAGGCTGGAGTTGTAGTGAGCTGAGATGGTGCCAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173748	TTTGCTCCTTTTGCCCAGGCTGGAGTTGTAGTGAGCTGAGATGGTGCCAC	173797

CU104668.1	1001	TGTACTCCAGCCTGGGTGACAGGGCGAGACTCCATCTCAACAACAACAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173798	TGTACTCCAGCCTGGGTGACAGGGCGAGACTCCATCTCAACAACAACAAC	173847

CU104668.1	1051	AACAAAAAAGGCTGGCTGTGGTGGCTCATGTCTGTAATCCGAGCACTTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173848	AACAAAAAAGGCTGGCTGTGGTGGCTCATGTCTGTAATCCGAGCACTTTG	173897

CU104668.1	1101	GGAGGCCGAGGCGGGTGGATTACCTGAGATCATGAATTTGAGACCAGCCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173898	GGAGGCCGAGGCGGGTGGATTACCTGAGATCATGAATTTGAGACCAGCCT	173947

CU104668.1	1151	GGCAAACATGGTGAAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173948	GGCAAACATGGTGAAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGG	173997

CU104668.1	1201	CGTGCTGGTGGGCACCTGTAATCCGAGCTACCTGGGAGGCTGAGGCAGGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	173998	CGTGCTGGTGGGCACCTGTAATCCGAGCTACCTGGGAGGCTGAGGCAGGA	174047

CU104668.1	1251	GAATCGCTTGAACTCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATGGCACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174048	GAATCGCTTGAACTCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATGGCACC	174097

CU104668.1	1301	ACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAGAAAAAAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174098	ACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAGAAAAAAAA	174147

CU104668.1	1351	AAAAAAAAAAGAAAAAAATTATGATACAGAGAACAATGAGATGTTTTATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174148	AAAAAAAAAAGAAAAAAATTATGATACAGAGAACAATGAGATGTTTTATA	174197

CU104668.1	1401	ATTTTATAGTTCAAAAGAAACATTTTATTTTGGTAAAAGCCAAGAAGTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174198	ATTTTATAGTTCAAAAGAAACATTTTATTTTGGTAAAAGCCAAGAAGTGA	174247

CU104668.1	1451	AAGATAAATAGTTTTGCAGCCATAAAAAAAAAATTAAATCATGTCCTTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174248	AAGATAAATAGTTTTGCAGCCATAAAAAAAAAATTAAATCATGTCCTTTG	174297

CU104668.1	1501	CAGCAACATGGATGGAGCTGGAGGACAGAATCCTAAATGAATTAGCATAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174298	CAGCAACATGGATGGAGCTGGAGGACAGAATCCTAAATGAATTAGCATAG	174347

CU104668.1	1551	GAACAGAAAACCAAATGCCTAATGTTCTCACTTATAACGGAGCTAAATAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174348	GAACAGAAAACCAAATGCCTAATGTTCTCACTTATAACGGAGCTAAATAT	174397

CU104668.1	1601	TGAGCACATATGGACATAAATATAGGAACAATAGACACTGGAGACTACTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174398	TGAGCACATATGGACATAAATATAGGAACAATAGACACTGGAGACTACTA	174447

CU104668.1	1651	GAAGGGGAGAGAGGGAGGGAGTGTCGGTTAAAAAATTACCTAATTGGTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174448	GAAGGGGAGAGAGGGAGGGAGTGTCGGTTAAAAAATTACCTAATTGGTTC	174497

CU104668.1	1701	TATGACTTACCTAGTGCAATATACCCATGTAACAAACCTGCACCTGTACC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174498	TATGACTTACCTAGTGCAATATACCCATGTAACAAACCTGCACCTGTACC	174547

CU104668.1	1751	CCCTGTATCTAAAATAAAAGTTGGAATTTTAAAAAAAGAAAAAAAGGCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174548	CCCTGTATCTAAAATAAAAGTTGGAATTTTAAAAAAAGAAAAAAAGGCCA	174597

CU104668.1	1801	GGCACGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174598	GGCACGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTAG	174647

CU104668.1	1851	GCGGATCACCTGAGGCCAGGAGTTGGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174648	GCGGATCACCTGAGGCCAGGAGTTGGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGA	174697

CU104668.1	1901	AACCCCGTCTCTACTAAAAATGCAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGTCAGCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174698	AACCCCGTCTCTACTAAAAATGCAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGTCAGCC	174747

CU104668.1	1951	GTTTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104663.1	174748	GTTTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAAC	174797

Overview

Query
CU104668.1 - 184005 bps
Hit
CU104663.1 - 174797 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198220001200011727981747971
289.1820030617440417470912855891
379.76224647156999157645-12869221
482.292094841337613859128331288271
584.942044021020810609-128460288641
690.29195278174421174698154067543441
782.522275325766158192-155166556801
883.461934065700457409-155198556021
989.531972962378324078-175083753781
1088.85196303154287154589187193874971
1180.652155632350924071-187972885341
1290.03207301174412174712198401987011
1391.612102861744131746981997771000621
1489.1720031317439717470911104761107891
1581.69241600204712107011114541120541
1683.51206446377013814611114611119151
1784.89206396237812417611139921143881
1883.192595791331913897-11139941145821
1981.64235568235102407711140321145921
2090.1620730417440717471011142901145941
2190.03198291174419174709-11267001269901
2279.56215634204432107611509301515651
2388.5519229745575111603401606361
2483.07193441133161375611712861717401
2590.7119228376757957-11715961718751
2690.26202304174406174709-11715961719031
Short-link