<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104664.1	1	ACTTCCTACTCTCTGTGTTCCTCTGTTACCATGTGATCTCTGCATATACC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	198989	ACTTCCTACTCTCTGTGTTCCTCTGTTACCATGTGATCTCTGCATATACC	199038

CU104664.1	51	AGCTCCCCTTTGTCTTCTGCCATGAGTGGAAGCAGCCTGAGGCCCTCACT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199039	AGCTCCCCTTTGTCTTCTGCCATGAGTGGAAGCAGCCTGAGGCCCTCACT	199088

CU104664.1	101	AAATGTGCAAACATTTCTAGACATCAGAATCTTGAGCCACATGAACCTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199089	AAATGTGCAAACATTTCTAGACATCAGAATCTTGAGCCACATGAACCTTG	199138

CU104664.1	151	TTTATATAAATTAGTCAGTCTCAGACATTTCTTTATAGCAACACAAAATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199139	TTTATATAAATTAGTCAGTCTCAGACATTTCTTTATAGCAACACAAAATG	199188

CU104664.1	201	GAAAAAGATAACCCTCGCATCACAGGTATGTGTCTCTGGCAGCTAGCCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199189	GAAAAAGATAACCCTCGCATCACAGGTATGTGTCTCTGGCAGCTAGCCAC	199238

CU104664.1	251	CGTTCTTAAGATATCCAGGATCCACTCAGCCAAGAGTCTTCTCATCAGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199239	CGTTCTTAAGATATCCAGGATCCACTCAGCCAAGAGTCTTCTCATCAGTA	199288

CU104664.1	301	CTCTAAAGATGCTCTTATCACTCAAGAGAGTCTAAGGTTTTTAGGAGAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199289	CTCTAAAGATGCTCTTATCACTCAAGAGAGTCTAAGGTTTTTAGGAGAAA	199338

CU104664.1	351	CCAGGGACAAAGACTAAATGTTTTTGTGATAACTCAGATTGCCCACTTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199339	CCAGGGACAAAGACTAAATGTTTTTGTGATAACTCAGATTGCCCACTTTT	199388

CU104664.1	401	CTTTGACCACATATCTTTTACAGGAAAAAGGATTGTAACAGTAAAGAGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199389	CTTTGACCACATATCTTTTACAGGAAAAAGGATTGTAACAGTAAAGAGGT	199438

CU104664.1	451	ATTGGCATATTATCAGAGTCTCATCCATTCATTCAAAATTAGGCCAGTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199439	ATTGGCATATTATCAGAGTCTCATCCATTCATTCAAAATTAGGCCAGTTT	199488

CU104664.1	501	ATCATCCTCTTGTATGAATATGTCTCCCAGAATGAAATCACTCAGCTTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199489	ATCATCCTCTTGTATGAATATGTCTCCCAGAATGAAATCACTCAGCTTTG	199538

CU104664.1	551	CTGACAACACTCAATCTTACCAGGTTCCAAAAACAAGAATGGTCTCAGGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199539	CTGACAACACTCAATCTTACCAGGTTCCAAAAACAAGAATGGTCTCAGGG	199588

CU104664.1	601	ACATACAGCTTCACTCTTTTAGGCATCCAGTATAATTGACCTAAGTGACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199589	ACATACAGCTTCACTCTTTTAGGCATCCAGTATAATTGACCTAAGTGACA	199638

CU104664.1	651	ATATCTTCTCTTGCTCACACCACCTTTGAGGAGTTAAGCTAATATTGAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199639	ATATCTTCTCTTGCTCACACCACCTTTGAGGAGTTAAGCTAATATTGAAT	199688

CU104664.1	701	TTTTCTCATTATATAACCCTTTGATTTATTCACTTACCCTCAGCCACTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199689	TTTTCTCATTATATAACCCTTTGATTTATTCACTTACCCTCAGCCACTAT	199738

CU104664.1	751	TCCTCCCTCTGTCCCTTTATATCAGTTGTTTCCAGGTTTGGGAGTGACAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199739	TCCTCCCTCTGTCCCTTTATATCAGTTGTTTCCAGGTTTGGGAGTGACAT	199788

CU104664.1	801	TAGGTTTGTCTGCTGGGCTGGCCTAGACTGCAGGCAGCAATAGTATTCTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199789	TAGGTTTGTCTGCTGGGCTGGCCTAGACTGCAGGCAGCAATAGTATTCTA	199838

CU104664.1	851	GCATGTCTTCCCTCAGTCTAGTCTTGATCATAGAGGGTAGGTTATATAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199839	GCATGTCTTCCCTCAGTCTAGTCTTGATCATAGAGGGTAGGTTATATAGG	199888

CU104664.1	901	TAAGGAACTAGTGGGGGCTATCAGACCACCAGGCTATATAACTCTACTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199889	TAAGGAACTAGTGGGGGCTATCAGACCACCAGGCTATATAACTCTACTTA	199938

CU104664.1	951	CTGTTAATCCTAACTTTTCCAGATGAAATGAATACTTGAGAATTCTTACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199939	CTGTTAATCCTAACTTTTCCAGATGAAATGAATACTTGAGAATTCTTACA	199988

CU104664.1	1001	TAAAGGTGTAAAAATATAGTTATGGTTTTTCCCTTAGGGATAATTCCTGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	199989	TAAAGGTGTAAAAATATAGTTATGGTTTTTCCCTTAGGGATAATTCCTGT	200038

CU104664.1	1051	TTCTGGCACTTTTATTTACATCCCTATTCCTGGTACTATGGCATAACATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200039	TTCTGGCACTTTTATTTACATCCCTATTCCTGGTACTATGGCATAACATA	200088

CU104664.1	1101	TGAAAAAATAAATTTGAGGTGAAGTGTAGTCTTTATTCCAGCATCCTCTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200089	TGAAAAAATAAATTTGAGGTGAAGTGTAGTCTTTATTCCAGCATCCTCTC	200138

CU104664.1	1151	CCCTTCAGAAGAATTGTATGTATCGTCGTAACAGCATCGTCCTGATCCAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200139	CCCTTCAGAAGAATTGTATGTATCGTCGTAACAGCATCGTCCTGATCCAT	200188

CU104664.1	1201	CAGGTAAAAGAGAGGATGCTACCTAGTGGAGTTATTCTTGCAGCCCCACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200189	CAGGTAAAAGAGAGGATGCTACCTAGTGGAGTTATTCTTGCAGCCCCACT	200238

CU104664.1	1251	CATGTTGACAGCGAGCACATTCATGAAGATATAAAAGCCAGTCCTTCATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200239	CATGTTGACAGCGAGCACATTCATGAAGATATAAAAGCCAGTCCTTCATG	200288

CU104664.1	1301	TTTATATTGCCCAACAATTAGATTGGCAGTTTTTAGACAAACAATGTTTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200289	TTTATATTGCCCAACAATTAGATTGGCAGTTTTTAGACAAACAATGTTTC	200338

CU104664.1	1351	AATTGACCATTTCAATTTTCTATCAAATTTTCCCCTGAGGAGGACATGTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200339	AATTGACCATTTCAATTTTCTATCAAATTTTCCCCTGAGGAGGACATGTC	200388

CU104664.1	1401	CCTCTGCATTGTTGGCCGTTTGAGGCTGTAAAGTGTGTTTTCTTGTGTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200389	CCTCTGCATTGTTGGCCGTTTGAGGCTGTAAAGTGTGTTTTCTTGTGTAA	200438

CU104664.1	1451	AGAAGTGTGACTCGGCAGTCCAAATTGGTGCAGCCTCTTCTTTTCTGGTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200439	AGAAGTGTGACTCGGCAGTCCAAATTGGTGCAGCCTCTTCTTTTCTGGTT	200488

CU104664.1	1501	CTTGTATAGCCCTTGAAGCATTGACATCTACCCCTGGTTGAGCATAGCCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200489	CTTGTATAGCCCTTGAAGCATTGACATCTACCCCTGGTTGAGCATAGCCC	200538

CU104664.1	1551	AATCCAGAGTCAGTGATTTTCCTGTCAAGATCCATTGGCAGCTCCTTTGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200539	AATCCAGAGTCAGTGATTTTCCTGTCAAGATCCATTGGCAGCTCCTTTGG	200588

CU104664.1	1601	GGTTGCTGGCATCATTCTGGCTTGCCAGGTATTATGATCAAAGCCTTCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200589	GGTTGCTGGCATCATTCTGGCTTGCCAGGTATTATGATCAAAGCCTTCCC	200638

CU104664.1	1651	ACTAGAGAATCTGTCACATCTCCATCTGCTGCCTCTGTCTGTTTTCTTGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200639	ACTAGAGAATCTGTCACATCTCCATCTGCTGCCTCTGTCTGTTTTCTTGA	200688

CU104664.1	1701	CCAACAGTGAAAAAAGAGATTATGAGAAATAAGATAAATTACCAAAATTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200689	CCAACAGTGAAAAAAGAGATTATGAGAAATAAGATAAATTACCAAAATTG	200738

CU104664.1	1751	TGAACAAAAGAGAGATTATCACTAATGACCCTTAGGAAGTTAAAAAACAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200739	TGAACAAAAGAGAGATTATCACTAATGACCCTTAGGAAGTTAAAAAACAT	200788

CU104664.1	1801	TATAAGTGAATACTCTGAAAAACCTGAAGCCAATAAGTTAGACCACTTAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200789	TATAAGTGAATACTCTGAAAAACCTGAAGCCAATAAGTTAGACCACTTAG	200838

CU104664.1	1851	ATAAAAAGGACCAATTCGTGCACAGATAGAAATTGCCAAAACTGACCCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200839	ATAAAAAGGACCAATTCGTGCACAGATAGAAATTGCCAAAACTGACCCAA	200888

CU104664.1	1901	TTTAACTGGAAAACCTGAAGAGAACTGTGAACTAAGTCAGAAATTGAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200889	TTTAACTGGAAAACCTGAAGAGAACTGTGAACTAAGTCAGAAATTGAAAA	200938

CU104664.1	1951	ACCATCTCAAAAAGAAATGCCAAAGCCCAGATATCTTCACTGGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104658.1	200939	ACCATCTCAAAAAGAAATGCCAAAGCCCAGATATCTTCACTGGTGAATTC	200988

Overview

Query
CU104664.1 - 227143 bps
Hit
CU104658.1 - 200988 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196620001200011989892009881
284.9824864713157238161950160262649531
376.883151125461316125706161805742231
489.22318752009047395672175103802731
592.4331174342111880116221175103794281
687.4275447332047425206180263850081
788.1422633638121773125410193715973561
886.18202036324372947360193719973521
995.950686045111101117145-11009481069921
1098.71212823133629638608-11009561032671
1195.86456954578970695162-11015321069921
1288.664803763512895513658911078581154491
1382.67300767879912610591211244401311441
1488.722018321216775717096811279541311441
1590.723469499917161217661011320251370561
1688.92379368594671315111641621678191
1781.242907733315725816459011664791737781
1889.95297843919969610408611845041888311
1985.913264598016626217224111859871919181
2086.1225434645261823082611865141910841
2192.783596463310408410871611887881934301
Short-link