<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU468928.4	1	CAAAGGGAACCCTATGCTATATGATGTTGTAGCTTGCCCTAGGGTTGATG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126235	CAAAGGGAACCCTATGCTATATGATGTTGTAGCTTGCCCTAGGGTTGATG	126284

CU468928.4	51	ATCATCAATAAAAAGAGAAGAAAGAGCGACGAAGATGAGAGAAAGGGGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126285	ATCATCAATAAAAAGAGAAGAAAGAGCGACGAAGATGAGAGAAAGGGGAA	126334

CU468928.4	101	GACACGGTACATTACTCGAGTTCAAAATGGAAGTTGGGATTCAAAGTTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126335	GACACGGTACATTACTCGAGTTCAAAATGGAAGTTGGGATTCAAAGTTTG	126384

CU468928.4	151	ATGCCTATGTTTTTTCTCTCTCTTTTGTTCTTAATAAACTTATTCTCATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126385	ATGCCTATGTTTTTTCTCTCTCTTTTGTTCTTAATAAACTTATTCTCATC	126434

CU468928.4	201	CATGTAGTAAATTCTTAGAGGGTATTTGACAAACATGTTGTATTGATGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126435	CATGTAGTAAATTCTTAGAGGGTATTTGACAAACATGTTGTATTGATGAA	126484

CU468928.4	251	TTTGTTGTAATTTTGATTTTCATTCTTATGCTTGAACTTGTTATGAGAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126485	TTTGTTGTAATTTTGATTTTCATTCTTATGCTTGAACTTGTTATGAGAAT	126534

CU468928.4	301	TTAAATTAAATTTCAACCTTGTTCATTATTTTATTGATTCAAAAGAGGAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126535	TTAAATTAAATTTCAACCTTGTTCATTATTTTATTGATTCAAAAGAGGAA	126584

CU468928.4	351	TATCTTGGTGAATATTGTTGCATAGTTTTGTTGGATTGAATCAATATATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126585	TATCTTGGTGAATATTGTTGCATAGTTTTGTTGGATTGAATCAATATATT	126634

CU468928.4	401	TTCTCTAAAGTAATCGAAGGAGCTTGTTGTAACTATTGATTAAATCTCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126635	TTCTCTAAAGTAATCGAAGGAGCTTGTTGTAACTATTGATTAAATCTCAA	126684

CU468928.4	451	TGAAAAATAATCGAAGGATGTTACTTCCTTATGAACAATCTGTTGGGTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126685	TGAAAAATAATCGAAGGATGTTACTTCCTTATGAACAATCTGTTGGGTTT	126734

CU468928.4	501	TAGCAAGTGTGAATGGGAAAAGAAAAGAGAGAATATCAAAAGTGAGGGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126735	TAGCAAGTGTGAATGGGAAAAGAAAAGAGAGAATATCAAAAGTGAGGGAA	126784

CU468928.4	551	CTACTTTGGAGAGAAAATGAAAAGTCATTTGCAAAGTGCAAATGAAAAGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126785	CTACTTTGGAGAGAAAATGAAAAGTCATTTGCAAAGTGCAAATGAAAAGT	126834

CU468928.4	601	CATTTCTTTGGATTTGAATTTGGATTTGGCAAATGATGTGATTGATTGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126835	CATTTCTTTGGATTTGAATTTGGATTTGGCAAATGATGTGATTGATTGAT	126884

CU468928.4	651	AAATTTTTTGGACAAAATTTATTTAATCAATTTTTGTTAAATCAAATAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126885	AAATTTTTTGGACAAAATTTATTTAATCAATTTTTGTTAAATCAAATAAA	126934

CU468928.4	701	TCCTGTTAATATTATCTCTTATAAATTTGCGGGTAACAGTAACATTCCGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126935	TCCTGTTAATATTATCTCTTATAAATTTGCGGGTAACAGTAACATTCCGA	126984

CU468928.4	751	AAAGTCGTTACTTTTCCGAAAAGTCGTTACTTTCCAAAAAGTAGTTATTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	126985	AAAGTCGTTACTTTTCCGAAAAGTCGTTACTTTCCAAAAAGTAGTTATTT	127034

CU468928.4	801	TCCTAACAGACACAATTTTTTAAAAAAGTTGTTATTTTTTCCAAAAGACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127035	TCCTAACAGACACAATTTTTTAAAAAAGTTGTTATTTTTTCCAAAAGACA	127084

CU468928.4	851	CAACTTTCTGGATAAAATGGGTCTAAACAGATTTCACTGAACAGACATGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127085	CAACTTTCTGGATAAAATGGGTCTAAACAGATTTCACTGAACAGACATGT	127134

CU468928.4	901	TCCTTGCTGAAAATGGCTATAAAAGGAAGTCAATTTTTGATTTTTTAATC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127135	TCCTTGCTGAAAATGGCTATAAAAGGAAGTCAATTTTTGATTTTTTAATC	127184

CU468928.4	951	ACTGAAAATTTTTTCATTCTCTGCATTTATTTTTCTCTCAAATAAAATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127185	ACTGAAAATTTTTTCATTCTCTGCATTTATTTTTCTCTCAAATAAAATCA	127234

CU468928.4	1001	AAGTGTCGATCGACTGAGTCTGTGTGACTTGTTGCTGTTCTTAAGTTCGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127235	AAGTGTCGATCGACTGAGTCTGTGTGACTTGTTGCTGTTCTTAAGTTCGT	127284

CU468928.4	1051	TGAAGTTAAAGAAGTTTGAGGTACCGCTATTTCTTTAACAGGTTTATTCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127285	TGAAGTTAAAGAAGTTTGAGGTACCGCTATTTCTTTAACAGGTTTATTCC	127334

CU468928.4	1101	GTTTTATCTTGGGAGAAATTAATCCATAACCTTGGGTACAGTGAGGGGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127335	GTTTTATCTTGGGAGAAATTAATCCATAACCTTGGGTACAGTGAGGGGAT	127384

CU468928.4	1151	TAAATTTATTAAGGACACACAGTAGTTTCTGTGGACTCGGATTAATTCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127385	TAAATTTATTAAGGACACACAGTAGTTTCTGTGGACTCGGATTAATTCTT	127434

CU468928.4	1201	GTATTCTATATTATTTTCTGCTTCATCTTATTTCTGTTTCTGTTTCTGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127435	GTATTCTATATTATTTTCTGCTTCATCTTATTTCTGTTTCTGTTTCTGTT	127484

CU468928.4	1251	TATTAACTTTATAAATACAAGTTATTGTAAGAATAACAATCTTAAGAAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127485	TATTAACTTTATAAATACAAGTTATTGTAAGAATAACAATCTTAAGAAAT	127534

CU468928.4	1301	TTAGACAGTTTCTGTATTTGAGGTTTCTGGAGATTAAAACCTTTATGATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127535	TTAGACAGTTTCTGTATTTGAGGTTTCTGGAGATTAAAACCTTTATGATT	127584

CU468928.4	1351	TTCTACTCTGCTTGAATTTTTAAAATTCATTCGATTAACGATTAAAAGAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127585	TTCTACTCTGCTTGAATTTTTAAAATTCATTCGATTAACGATTAAAAGAA	127634

CU468928.4	1401	CATAAAAACTTTATCGTTAAATCAGAAACAGTTTGTGTAAAGATTTGTTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127635	CATAAAAACTTTATCGTTAAATCAGAAACAGTTTGTGTAAAGATTTGTTC	127684

CU468928.4	1451	TTTACTGTTAGTATTTTAAATACTTAATTTATCTGCCATTTGTGACAGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127685	TTTACTGTTAGTATTTTAAATACTTAATTTATCTGCCATTTGTGACAGAG	127734

CU468928.4	1501	AAAAAAAAAGACTAATTCAAGTCAAACAAATGCTGGAACAGTAAGTGCTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127735	AAAAAAAAAGACTAATTCAAGTCAAACAAATGCTGGAACAGTAAGTGCTG	127784

CU468928.4	1551	CAACAACAACGGTTGCACATAATCGTTCAAATGCTGCCTTAGCACCGGCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127785	CAACAACAACGGTTGCACATAATCGTTCAAATGCTGCCTTAGCACCGGCT	127834

CU468928.4	1601	GAGAAACCTTCAAAGTTTTCTGGAGTCGACTTTAAGAGATGCAGCAAAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127835	GAGAAACCTTCAAAGTTTTCTGGAGTCGACTTTAAGAGATGCAGCAAAAG	127884

CU468928.4	1651	ATGTTCTTCTATCTCACTACGTTGAGTCTGCAGAAGTTCACCAAAGAGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127885	ATGTTCTTCTATCTCACTACGTTGAGTCTGCAGAAGTTCACCAAAGAGAA	127934

CU468928.4	1701	TGTTCCTGTTATGTCAGATGAAACTCCGGCTGATGAACGATTCTTGGTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127935	TGTTCCTGTTATGTCAGATGAAACTCCGGCTGATGAACGATTCTTGGTAA	127984

CU468928.4	1751	CAGAAGCATGGACACACTCAGATTTTTTGTGTAAAAATTATATTTTGAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	127985	CAGAAGCATGGACACACTCAGATTTTTTGTGTAAAAATTATATTTTGAGT	128034

CU468928.4	1801	GGTCTGCAAGATGATCTGTACAATGTGTATAGCAATGCAAAAACCTCAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	128035	GGTCTGCAAGATGATCTGTACAATGTGTATAGCAATGCAAAAACCTCAAA	128084

CU468928.4	1851	AGAACTCTGGGATGCTTTAGAAAAGAAGTACAAAACAGAAGATGCCGGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	128085	AGAACTCTGGGATGCTTTAGAAAAGAAGTACAAAACAGAAGATGCCGGAA	128134

CU468928.4	1901	TGAAGAAATTCATTGTGGCAAAAATTTCTGGACTTTAAGATGATAGACAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	128135	TGAAGAAATTCATTGTGGCAAAAATTTCTGGACTTTAAGATGATAGACAG	128184

CU468928.4	1951	TAAGACTGTCGTCACCCAAGTTCAAGAATTGCAGGTCATAATCCATGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074337.8	128185	TAAGACTGTCGTCACCCAAGTTCAAGAATTGCAGGTCATAATCCATGATC	128234

Overview

Query
CU468928.4 - 28707 bps
Hit
CU074337.8 - 128234 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189520001200011262351282341
285.414178412750828348-1552263501
383.7731771310360110721552262361
485.244158392751028348-112496133221
584.32635521052111072115148157011
682.122546621143012091115985166331
77845817891051312301122088238831
883.993277171035611072141398421151
990.5899314561084612301145686471401
1093.692423011112611426145891461911
1193.362373001105011349145968462681
1285.3661211971110312299-175399765931
1386.374718751051311387-176275771471
1486.883706841111811801-182669833461
1586.374728751051311387-183046839181
1685.7860911951104512239-11119931131731
1791.812133001105011349-11128021130941
1884.0149810671036011426-11128411139031
1992.312213081111911426-11128781131761
2085.8661211951104512239-11191971203771
2191.812133001105011349-11200061202981
2284.0149810671036011426-11200451211071
2392.312213081111911426-11200821203801
2498.57097986093689011267251275221
Short-link