<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT954252.6	1	AAGCTTCTTGGATGGATTTGTGTAGTTTTTGCTACTAGTGTTTTTGCTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48163	AAGCTTCTTGGATGGATTTGTGTAGTTTTTGCTACTAGTGTTTTTGCTGC	48212

CT954252.6	51	CCCTTTAAGCATTATCGTGAGTGCATCTTAATTAACATTCTTACCGACAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48213	CCCTTTAAGCATTATCGTGAGTGCATCTTAATTAACATTCTTACCGACAT	48262

CT954252.6	101	GCTTGAATTAGCTTTTTAAATTATTATTTTTAAGCTTAATTAATTTCTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48263	GCTTGAATTAGCTTTTTAAATTATTATTTTTAAGCTTAATTAATTTCTCA	48312

CT954252.6	151	TCCATGCATGGTTTTAATCATCTTGTAGAGAGTTGTTATTCGCACCAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48313	TCCATGCATGGTTTTAATCATCTTGTAGAGAGTTGTTATTCGCACCAAAA	48362

CT954252.6	201	GTGTAGAGTTCCTTCCTTTTCCACTTTCAGTTCTCCTCCTCATAAGCGCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48363	GTGTAGAGTTCCTTCCTTTTCCACTTTCAGTTCTCCTCCTCATAAGCGCG	48412

CT954252.6	251	GTTATGTGGCTGTTGTATGGTCTTTCTCTCCGAGATATCTATGTTACTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48413	GTTATGTGGCTGTTGTATGGTCTTTCTCTCCGAGATATCTATGTTACTGT	48462

CT954252.6	301	AAGTTCTCATCATTCATCTACTATGTTGTTTAAACTTTTTTAGTATAGTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48463	AAGTTCTCATCATTCATCTACTATGTTGTTTAAACTTTTTTAGTATAGTG	48512

CT954252.6	351	AGTGTATCTACTATGAAAATGTCTTTCTCTAATGACGCGTGACGTAACAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48513	AGTGTATCTACTATGAAAATGTCTTTCTCTAATGACGCGTGACGTAACAG	48562

CT954252.6	401	AATTTCAAACATTTGTTTTATGTTTGCATTTGTATTAATTAATTGCTATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48563	AATTTCAAACATTTGTTTTATGTTTGCATTTGTATTAATTAATTGCTATT	48612

CT954252.6	451	TTGTCTTTATGGAATAATACATAACAAAACTTATGTTTTTTTTTTTTTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48613	TTGTCTTTATGGAATAATACATAACAAAACTTATGTTTTTTTTTTTTTAT	48662

CT954252.6	501	GGACAGCTCCCGAACGTTGTGGGGTTAACATTTGGAATAGTTCAGATCAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48663	GGACAGCTCCCGAACGTTGTGGGGTTAACATTTGGAATAGTTCAGATCAC	48712

CT954252.6	551	ACTCTATGCAATGTACAGAAACAGCAAACCCGTAATTGATGAGAAGCTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48713	ACTCTATGCAATGTACAGAAACAGCAAACCCGTAATTGATGAGAAGCTAC	48762

CT954252.6	601	CAGAACATAAAGGAGACATTGTCGACAAAGAAATTGAAAACGTAGTAGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48763	CAGAACATAAAGGAGACATTGTCGACAAAGAAATTGAAAACGTAGTAGTT	48812

CT954252.6	651	CCAAGTAAAACAACAAATGATGAGAAGAAACTAGAAGTGAGTGTTGTTGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48813	CCAAGTAAAACAACAAATGATGAGAAGAAACTAGAAGTGAGTGTTGTTGA	48862

CT954252.6	701	TATGGTGATTGTGGAGAAAAAGGAAGAGAAACAAGATGAAGAACATGATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48863	TATGGTGATTGTGGAGAAAAAGGAAGAGAAACAAGATGAAGAACATGATG	48912

CT954252.6	751	AGAAAGAGAAGAAACAAGACCAAGTAACTCAGGACAAAACAAAGGTTAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48913	AGAAAGAGAAGAAACAAGACCAAGTAACTCAGGACAAAACAAAGGTTAAG	48962

CT954252.6	801	AATGAAAATGACAACATTAATATCAACAAAACAGAGGAGAAAGATAGTGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	48963	AATGAAAATGACAACATTAATATCAACAAAACAGAGGAGAAAGATAGTGG	49012

CT954252.6	851	TTGTGAAGTTTAATGGAAGAGAAATAGTTGGCGGGCACAATCTCCATCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49013	TTGTGAAGTTTAATGGAAGAGAAATAGTTGGCGGGCACAATCTCCATCTC	49062

CT954252.6	901	TCTTTAATTTGTTTGTGTGAAATTCGAATTACGTGTAATATTTTAAGACG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49063	TCTTTAATTTGTTTGTGTGAAATTCGAATTACGTGTAATATTTTAAGACG	49112

CT954252.6	951	CATATAAAGGAGAAGAGACGGTGTAGATATTGACGTCTGTATCTTCCTCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49113	CATATAAAGGAGAAGAGACGGTGTAGATATTGACGTCTGTATCTTCCTCT	49162

CT954252.6	1001	CTCTACTTGTGGATTTTAACTTGTTTTTACTTTATCACTTTTTATGTAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49163	CTCTACTTGTGGATTTTAACTTGTTTTTACTTTATCACTTTTTATGTAAT	49212

CT954252.6	1051	TTCTCTTTTGTTTACTTCAACCTAATTATAATAAGCATCGTGTTAACTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49213	TTCTCTTTTGTTTACTTCAACCTAATTATAATAAGCATCGTGTTAACTTG	49262

CT954252.6	1101	TGCCCTTATGCCACATGTTAAGGTTTTTATAAAAAGAAAAATATTTATTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49263	TGCCCTTATGCCACATGTTAAGGTTTTTATAAAAAGAAAAATATTTATTG	49312

CT954252.6	1151	AAAAACATTAAATATTGGCACAATTTCAATTATATGAGAAATAAATTGGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49313	AAAAACATTAAATATTGGCACAATTTCAATTATATGAGAAATAAATTGGC	49362

CT954252.6	1201	ACAATTTCCCATGTATATAATTTTTATATTTAGAATCTTAACATGTGCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49363	ACAATTTCCCATGTATATAATTTTTATATTTAGAATCTTAACATGTGCCT	49412

CT954252.6	1251	TAAGGGCATAAGGTAACATTTTTCTTATAATAATATATGCCCTCAATTCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49413	TAAGGGCATAAGGTAACATTTTTCTTATAATAATATATGCCCTCAATTCA	49462

CT954252.6	1301	CATCGGTAGTCATTGGATTGAGATAATAAATTTCAAATTTCACACTTGAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49463	CATCGGTAGTCATTGGATTGAGATAATAAATTTCAAATTTCACACTTGAT	49512

CT954252.6	1351	TATTTAACTATTTAAAAAAAAAATCTATTAATTAATCTTAATCTAATGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49513	TATTTAACTATTTAAAAAAAAAATCTATTAATTAATCTTAATCTAATGAT	49562

CT954252.6	1401	TATCAATGTAGCTACCTTCATGAATGATCAAACCATCAATTTTCCTAAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49563	TATCAATGTAGCTACCTTCATGAATGATCAAACCATCAATTTTCCTAAAT	49612

CT954252.6	1451	TTGAGAAAACATTCACGAATGAGAAACTTTTTTGCGTGGTGATTTGTTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49613	TTGAGAAAACATTCACGAATGAGAAACTTTTTTGCGTGGTGATTTGTTTC	49662

CT954252.6	1501	CAAATCTTCTGCCTCTGTTTCGAAGGATCGTTGTTGTTGATATCCATCGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49663	CAAATCTTCTGCCTCTGTTTCGAAGGATCGTTGTTGTTGATATCCATCGA	49712

CT954252.6	1551	GGTTGCTTCTTGTATCGTTGATGGATTGTGATGAACTCTATCGTTTGTTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49713	GGTTGCTTCTTGTATCGTTGATGGATTGTGATGAACTCTATCGTTTGTTC	49762

CT954252.6	1601	ATCCCTCGATATGAACTTTGTTTGATGATAGGTTATCTTTGTGATCGAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49763	ATCCCTCGATATGAACTTTGTTTGATGATAGGTTATCTTTGTGATCGAAG	49812

CT954252.6	1651	ATCTAGGCATCGCCATGCTGTTTCAGTTTTGTTTGGATCAAGTTTTCTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49813	ATCTAGGCATCGCCATGCTGTTTCAGTTTTGTTTGGATCAAGTTTTCTCA	49862

CT954252.6	1701	TATTTGTTTTGTTGCATATTGGGTCTGGTTGGCTCGAAAGAGCGTTTGGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49863	TATTTGTTTTGTTGCATATTGGGTCTGGTTGGCTCGAAAGAGCGTTTGGA	49912

CT954252.6	1751	TCGTTGTTTGTTTTGGCGGACGACTCATTTTCCGTTACCAACTCACCATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49913	TCGTTGTTTGTTTTGGCGGACGACTCATTTTCCGTTACCAACTCACCATC	49962

CT954252.6	1801	ACAAATGTTCACAAAACTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATCTAGTTTGGCGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	49963	ACAAATGTTCACAAAACTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATCTAGTTTGGCGT	50012

CT954252.6	1851	CTGTATGTATAAGCTTACAGGGACAATATATTTACGATGCTGCAAGAATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	50013	CTGTATGTATAAGCTTACAGGGACAATATATTTACGATGCTGCAAGAATA	50062

CT954252.6	1901	CAGATTTGCTCCAGTTGCTTACTTCCTCCAGTTTTCAGTTCTTTGTTCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	50063	CAGATTTGCTCCAGTTGCTTACTTCCTCCAGTTTTCAGTTCTTTGTTCAG	50112

CT954252.6	1951	ATGTAGGACACGTGGTAAGTAAAATACCAACGGTTGAGATTAATAACGTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062659.10	50113	ATGTAGGACACGTGGTAAGTAAAATACCAACGGTTGAGATTAATAACGTT	50162

Overview

Query
CT954252.6 - 133101 bps
Hit
CU062659.10 - 50162 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001905200012000148163501621
290.4365946364263735126606266991
Short-link