<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2322 bps / non-identical: 1578 bps

Full alignment

CT990605.5	56312	AAGCTTTGATTGGTGGTTACCACTCTCCGTCACTCCACACATCATTATTC	56361
			|||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CU062623.4	1	AAGCTTGGTTTGGTGGTTACCACTCTCCGTCGCTCCACACATCATTATTC	50

CT990605.5	56362	TCTGTATTGGTGTGGTTCGATCCGGGTCTTGGAGGTCCGGGGATTCACAA	56411
			| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||
CU062623.4	51	TTTGTATTGGTGTGGTTCGATCCGGACCTTGGAGGTTCGGGGATTCACAA	100

CT990605.5	56412	CAATTGGCGCCCACCGTGGGGCAAGGGTAGTGATTTGGTTTAGTGTGTAC	56461
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	101	CAATTGGCGCCCACCGTGGGGCAATGGTAGTGATTTGGTTTAGTGTGTAC	150

CT990605.5	56462	CATGGGTTCAAAGTGGGATATTGAGATGTTCACCGGGATCAACGATTTTG	56511
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
CU062623.4	151	CATGGGTTCAAAGTGGGATATTGAGAAGTTCACCGGGCTCAACGATTTTG	200

CT990605.5	56512	GGTTGTGGAAGGTGAAGATGCAAGCGGTGTTGATTCAACAAAAGTGTGAG	56561
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	201	GGTTGTGGAAGGTGAAGATGCAAGCGGTGTTGATTCAACAAAAGTGTGAG	250

CT990605.5	56562	AAAGCTTTGAAGGGTGAAGGTGGTTTGCCGGACACCATGTCACAAGAGGA	56611
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	251	AAAGCTTTGAAGGGTGAAGGCGGTTTGCCGGACACCATGTCACAAGAGGA	300

CT990605.5	56612	GAAGACCGAGATGGTGGACAAGGCGAGGAGCGCCATTGTCTTGTGCCTCG	56661
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
CU062623.4	301	GAAGACCGAGATGGTGGACAAGGCGAGGAGCGCCATTGTCCTGTGCCTCG	350

CT990605.5	56662	GGGATAAAGTTTTGAGGGATGTCGCGAAGGAACCAACCGCGGCATCGATA	56711
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
CU062623.4	351	GGGACAAAGTTTTGAGGGATGTCGCGAAGGAACCAACTGCGGCATCAATA	400

CT990605.5	56712	TGGTCTAAGTTGGAATCATTGTATATGACCAAGTCGTTGGCTCATAGGCA	56761
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	401	TGGTCTAAGTTGGAATCGTTGTATATGACCAAGTCGTTGGCTCATAGGCA	450

CT990605.5	56762	ATTCCTTAAGCAACAACTCTACTCATTCAAGATGGTGGAGTCAAAGACCG	56811
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	451	ATTCCTTAAGCAACAACTCTACTCATTCAAGATGGTGGAGTCAAAGACCG	500

CT990605.5	56812	TGATGGAGCAATTGGCGGAGTTCAACAAGATCCTTGACGATTTGGAGAAC	56861
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
CU062623.4	501	TGATGGAGCAATTGGCGGAGTTCAACAAGATCCTCGACGATTTGGAGAAC	550

CT990605.5	56862	ATTGAGGTGCAACTTGAGGACGAAGACAAGGCTATACTCTTGTTGTGCGC	56911
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	551	ATTGAGGTGCAACTTGAGGACGAAGACAAGGCTATACTCTTGTTGTGCGC	600

CT990605.5	56912	ACTACCGAGGTCATTTGAATCCTTTAAGGATACCATGCTCTATGGCAAAG	56961
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	601	ACTACCGAGGTCATTTGAATCCTTTAAGGATACCATGCTCTATGGCAAAG	650

CT990605.5	56962	AAGGCACTGTCACCTTGGAAGAAGTTCAAGCGGCTTTAAGAACCAAGGAG	57011
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	651	AAGGCACTGTCACCTTGGAAGAAGTTCAAGCGGCTTTAAGAACCAAGGAG	700

CT990605.5	57012	TTGACCAAGTCCAAAGACTTGAGAGCGGATGAAAACAGTGAAGGCCTTAG	57061
			||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	701	TTGACCAAGTCTAAGGACTTGAGAGCGGATGAAAACAGTGAAGGCCTTAG	750

CT990605.5	57062	TGTGTCAAAAGGAAATGGTGGAGGTAGAGGCAGCCGGGGAAGCTCAAAGA	57111
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	751	TGTGTCAAAAGGAAATGGTGGAGGTAGAGGCAGCCGGGGAAGCTCAAAGA	800

CT990605.5	57112	GCGGAAACAAGGACAAGTATAAGTGCTTTAAGTGTCACAAGTTGGGACAC	57161
			||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
CU062623.4	801	GCGGAAACAAGGATAAGTATAAGTGCTTTAAGTGTCACAAGTTGGGGCAC	850

CT990605.5	57162	TTCAAGAGGGATTGTCCGGAGGAAGATGATAGCTCCGCGCAAGTTGTGTC	57211
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	851	TTCAAGAGGGATTGTCCGGAGGAAGATGATAGCTCCGCGCAAGTTGTGTC	900

CT990605.5	57212	CGAGGAGTATGGAGATGCGGGTGCTTTGATGGTGAGTTG---GGAGGAAG	57258
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||
CU062623.4	901	CGAGGAGTATGGAGATGCGGGTGCTTTGATGGTGAGTTGTTGGGAGGAAG	950

CT990605.5	57259	GTGAAGGTGAGGGTTCTCACCTTGGTATTGATTCCTTGTAGACGGAGTGG	57308
			|||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  |||
CU062623.4	951	GTGAAGGTGAGGGTTCTCACCTTGGAGTTGATTCCTTGTAGATGGTATGG	1000

CT990605.5	57309	TTCGTCTGGAGAGACGTTAAACACTCAACGTCAGCCTGGAGAGGCGGTGG	57358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1001	TTCGTCTGGAGAGACGTTAAACACTCAACGTCAGCCTGGAGAGGCGGTGG	1050

CT990605.5	57359	TGAGAATACTCATGGTTAGTCTGGAGAGGCGGTGGTAACAATACTCGTGA	57408
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1051	TGAGAATACTCGTGGTTAGTCTGGAGAGGCGGTGGTAACAATACTCGTGA	1100

CT990605.5	57409	TCAACCTTTGAGGTGGAGTGGCAAGGCGGAAGCATAGTGGAAGTACCCAT	57458
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
CU062623.4	1101	TCAACCTTTGAGGTGGAGTGGCAAGGCGGAAGCATAGTGGAAGTACTCAT	1150

CT990605.5	57459	TTGGAAGTTGAGGTAGAGAAAGCTCAACTTGAGGTGGAGTTGGTGACTCC	57508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1151	TTGGAAGTTGAGGTAGAGAAAGCTCAACTTGAGGTGGAGTTGGTGACTCC	1200

CT990605.5	57509	AAGAATGGTACGGCTATGGAGGCTTTGGGAGTTTATGCTCTAGTGGTGAG	57558
			   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1201	GGAAATGGTACGGCTATGGAGGCTTTGGGAGTTTATGCTCTAGTGGTGAG	1250

CT990605.5	57559	CATGTGGATTCTTCATGAGGACAGATGGTATTCCGGGGTTTGAAGAATGT	57608
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1251	CATGTGGATTCTTCATGAGGACGGATGGTATTCCGGGGTTTGAAGAATGT	1300

CT990605.5	57609	ATGGAGTGGCTTGTGTGATTGCCTAAAAGGCCAAGGGTGATCGGATGCAA	57658
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1301	ATGGGGTGGCTTGTGTGATTGCCTAAAAGGCCAAGGGTGATCGGATGCAA	1350

CT990605.5	57659	GGTGATCTTCAAGGAGGCGGGAGACGTTCCGTGGTTGAAGATGGTTTGGT	57708
			|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1351	GGTGATCTTCGAGGAGGCTGGAGACGTTCCGTGGTTGAAGATGGTTTGGT	1400

CT990605.5	57709	GAAAAATGAAGACTTGTGGAGCAACTTGGTGTAGAGTTGGATGCAAGGGA	57758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1401	GAAAAATGAAGACTTGTGGAGCAACTTGGTGTAGAGTTGGATGCAAGGGA	1450

CT990605.5	57759	AAAG-AAG-GGGGTGGTTGATGGTTAAAGTGGCATCATCACCAAATTAGA	57806
			|||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1451	AAAGGAAGATTGGTGGTTGATGGTTAAAGTGGCATCATCACCAAATTAGA	1500

CT990605.5	57807	AGTCAAGGTGGAGAAATGTTGAGATTGTCTTTAAATTTGTGGTTTGGAAG	57856
			||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
CU062623.4	1501	AGTCAAGGTGGAGAAATGTTGAGTTTGTCTTCAAATTTGTGGTTTGGAAG	1550

CT990605.5	57857	AACAGGGAAATCGTGACACGATTTTGGTATCGTGACGCGATTTAGGATGC	57906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
CU062623.4	1551	AACAGGGAAATCGTGACACGATTTTGGTATCGTGACGCGATTTCGGATGC	1600

CT990605.5	57907	CGTGAGTTAGGGTTGCAGGGGTGCAAATCGTGGCACGATTTTGGGAAAAT	57956
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
CU062623.4	1601	CGTGAGTTAGGGTTGCAGGGGTGCAAATCGTGACACGATTTTGGGAAAAT	1650

CT990605.5	57957	CATGACACGATCAAGAAACTTGCTCGTTAAGTATCCTTGATAAGGACTGG	58006
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1651	CGTGACACGATCAAGAAACTTGCTCGTTAAGTATCCTTGATAAGGACTGG	1700

CT990605.5	58007	TCGTTCCTTGGGACGGACGCAAATCGTGACACGATTGGGAAAATCGTGAC	58056
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
CU062623.4	1701	TCGTTCCTTGGGACGTACGCAAATCGTGACACGATTGGGCAAATCGTGAC	1750

CT990605.5	58057	ACGATTGGAACAGAGGAAGACTAGTACTTAAGTGTTCTTGTGCAGATTTG	58106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1751	ACGATTGGAACAGAGGAAGACTAGTACTTAAGTGTTCTTGTGCAGATTTG	1800

CT990605.5	58107	AAGTAAAAGAGGTTGGAAGAGAGAGACTTGGGAAATCAAAGGGAAAGCTC	58156
			|||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
CU062623.4	1801	AAG--AGAG-GGTTGAAAGAGAGAGACTTGGGAAATCAAAGGGGAAGCTC	1847

CT990605.5	58157	TAGGGTTTAGGGTTCTTTGATTAGAGTACCTCTTGGGTTGAAAACATGGG	58206
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1848	TAGAGTTTAGGGTTCTTTGATTAGAGTACCTCTTGGGTTGAAAACATGGG	1897

CT990605.5	58207	AAACACCTTGTAGAGAGAATCATTGAGTGTCTTGGTGAGATTGGGAAAGG	58256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1898	AAACACCTTGTAGAGAGAATCATTGAGTGTCTTGGTGAGATTGGGAAAGG	1947

CT990605.5	58257	GGTAGAAATTAGGGTTTGTTCATAGTGAACATTGTCAAGCTAATTTCTTG	58306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1948	GGTAGAAATTAGGGTTTGTTCATAGTGAACATTGTCAAGCTAATTTCTTG	1997

CT990605.5	58307	TAACCTCTTGTATTCCTTTTGTAAAGAACTCATTTGATAGTGGATTGGAG	58356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1998	TAACCTCTTGTATTCCTTTTGTAAAGAACTCATTTGATAGTGGATTGGAG	2047

CT990605.5	58357	AGTACAAACTCTCCTCCAGAGTAGGTCAAGTTTGGACCGAACTGGGTGAC	58406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	2048	AGTACAAACTCTCCTCCAGAGTAGGTCAAGTTTGGACCGAACTGGGTGAC	2097

CT990605.5	58407	CAATCTCTTTGTGTTTATTGTTTTCATCTTCCCTCTCCTTGTTTATCTTG	58456
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	2098	CAATCTCTTTGTGTTTATTGTTTTCTTCTTCCCTCTCCTTGTTTATCTTG	2147

CT990605.5	58457	TGATT-GTTGCTTTGTTTCACACTTGTTTCCTAGATTGGATCTAGGTGGT	58505
			|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	2148	TGTTTAGTTGCTTTGTTTCACACTTGTTTCCTAGATTGGATCTAGGTGGT	2197

CT990605.5	58506	GTTTTGTTGTTTCTTGCTTGCTCAATAAGCTTTGATTGGTGGTTACCACT	58555
			|||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
CU062623.4	2198	GTTT-GTTGTTTCTTGCTTGCTCAATAAGCTTGGTTTGGTGGTTACCACT	2246

CT990605.5	58556	CTCCGTCGCTCCACACATCATTATTCTCTGTATTGGTGTGGTTCGATCCG	58605
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CU062623.4	2247	CTCCGTCGCTCCACACATCATTATTCTTTGTATTGGTGTGGTTCGATCCG	2296

CT990605.5	58606	GGTCTTGGAGGTCCGGGGATTCACAACA	58633
			|  ||||||||| |||||||||||||||
CU062623.4	2297	GACCTTGGAGGTTCGGGGATTCACAACA	2324

Compact alignment

CT990605.5	56312	AAGCTTTGATTGGTGGTTACCACTCTCCGTCACTCCACACATCATTATTC	56361
			|||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CU062623.4	1	AAGCTTGGTTTGGTGGTTACCACTCTCCGTCGCTCCACACATCATTATTC	50

CT990605.5	56362	TCTGTATTGGTGTGGTTCGATCCGGGTCTTGGAGGTCCGGGGATTCACAA	56411
			| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||
CU062623.4	51	TTTGTATTGGTGTGGTTCGATCCGGACCTTGGAGGTTCGGGGATTCACAA	100

CT990605.5	56412	CAATTGGCGCCCACCGTGGGGCAAGGGTAGTGATTTGGTTTAGTGTGTAC	56461
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	101	CAATTGGCGCCCACCGTGGGGCAATGGTAGTGATTTGGTTTAGTGTGTAC	150

CT990605.5	56462	CATGGGTTCAAAGTGGGATATTGAGATGTTCACCGGGATCAACGATTTTG	56511
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
CU062623.4	151	CATGGGTTCAAAGTGGGATATTGAGAAGTTCACCGGGCTCAACGATTTTG	200

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990605.5	56562	AAAGCTTTGAAGGGTGAAGGTGGTTTGCCGGACACCATGTCACAAGAGGA	56611
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	251	AAAGCTTTGAAGGGTGAAGGCGGTTTGCCGGACACCATGTCACAAGAGGA	300

CT990605.5	56612	GAAGACCGAGATGGTGGACAAGGCGAGGAGCGCCATTGTCTTGTGCCTCG	56661
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
CU062623.4	301	GAAGACCGAGATGGTGGACAAGGCGAGGAGCGCCATTGTCCTGTGCCTCG	350

CT990605.5	56662	GGGATAAAGTTTTGAGGGATGTCGCGAAGGAACCAACCGCGGCATCGATA	56711
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
CU062623.4	351	GGGACAAAGTTTTGAGGGATGTCGCGAAGGAACCAACTGCGGCATCAATA	400

CT990605.5	56712	TGGTCTAAGTTGGAATCATTGTATATGACCAAGTCGTTGGCTCATAGGCA	56761
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	401	TGGTCTAAGTTGGAATCGTTGTATATGACCAAGTCGTTGGCTCATAGGCA	450

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990605.5	56812	TGATGGAGCAATTGGCGGAGTTCAACAAGATCCTTGACGATTTGGAGAAC	56861
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
CU062623.4	501	TGATGGAGCAATTGGCGGAGTTCAACAAGATCCTCGACGATTTGGAGAAC	550

skip 150 bps 100% identity alignment

CT990605.5	57012	TTGACCAAGTCCAAAGACTTGAGAGCGGATGAAAACAGTGAAGGCCTTAG	57061
			||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	701	TTGACCAAGTCTAAGGACTTGAGAGCGGATGAAAACAGTGAAGGCCTTAG	750

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990605.5	57112	GCGGAAACAAGGACAAGTATAAGTGCTTTAAGTGTCACAAGTTGGGACAC	57161
			||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
CU062623.4	801	GCGGAAACAAGGATAAGTATAAGTGCTTTAAGTGTCACAAGTTGGGGCAC	850

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990605.5	57212	CGAGGAGTATGGAGATGCGGGTGCTTTGATGGTGAGTTG---GGAGGAAG	57258
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||
CU062623.4	901	CGAGGAGTATGGAGATGCGGGTGCTTTGATGGTGAGTTGTTGGGAGGAAG	950

CT990605.5	57259	GTGAAGGTGAGGGTTCTCACCTTGGTATTGATTCCTTGTAGACGGAGTGG	57308
			|||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  |||
CU062623.4	951	GTGAAGGTGAGGGTTCTCACCTTGGAGTTGATTCCTTGTAGATGGTATGG	1000

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990605.5	57359	TGAGAATACTCATGGTTAGTCTGGAGAGGCGGTGGTAACAATACTCGTGA	57408
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1051	TGAGAATACTCGTGGTTAGTCTGGAGAGGCGGTGGTAACAATACTCGTGA	1100

CT990605.5	57409	TCAACCTTTGAGGTGGAGTGGCAAGGCGGAAGCATAGTGGAAGTACCCAT	57458
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
CU062623.4	1101	TCAACCTTTGAGGTGGAGTGGCAAGGCGGAAGCATAGTGGAAGTACTCAT	1150

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990605.5	57509	AAGAATGGTACGGCTATGGAGGCTTTGGGAGTTTATGCTCTAGTGGTGAG	57558
			   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1201	GGAAATGGTACGGCTATGGAGGCTTTGGGAGTTTATGCTCTAGTGGTGAG	1250

CT990605.5	57559	CATGTGGATTCTTCATGAGGACAGATGGTATTCCGGGGTTTGAAGAATGT	57608
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1251	CATGTGGATTCTTCATGAGGACGGATGGTATTCCGGGGTTTGAAGAATGT	1300

CT990605.5	57609	ATGGAGTGGCTTGTGTGATTGCCTAAAAGGCCAAGGGTGATCGGATGCAA	57658
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1301	ATGGGGTGGCTTGTGTGATTGCCTAAAAGGCCAAGGGTGATCGGATGCAA	1350

CT990605.5	57659	GGTGATCTTCAAGGAGGCGGGAGACGTTCCGTGGTTGAAGATGGTTTGGT	57708
			|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1351	GGTGATCTTCGAGGAGGCTGGAGACGTTCCGTGGTTGAAGATGGTTTGGT	1400

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990605.5	57759	AAAG-AAG-GGGGTGGTTGATGGTTAAAGTGGCATCATCACCAAATTAGA	57806
			|||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1451	AAAGGAAGATTGGTGGTTGATGGTTAAAGTGGCATCATCACCAAATTAGA	1500

CT990605.5	57807	AGTCAAGGTGGAGAAATGTTGAGATTGTCTTTAAATTTGTGGTTTGGAAG	57856
			||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
CU062623.4	1501	AGTCAAGGTGGAGAAATGTTGAGTTTGTCTTCAAATTTGTGGTTTGGAAG	1550

CT990605.5	57857	AACAGGGAAATCGTGACACGATTTTGGTATCGTGACGCGATTTAGGATGC	57906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
CU062623.4	1551	AACAGGGAAATCGTGACACGATTTTGGTATCGTGACGCGATTTCGGATGC	1600

CT990605.5	57907	CGTGAGTTAGGGTTGCAGGGGTGCAAATCGTGGCACGATTTTGGGAAAAT	57956
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
CU062623.4	1601	CGTGAGTTAGGGTTGCAGGGGTGCAAATCGTGACACGATTTTGGGAAAAT	1650

CT990605.5	57957	CATGACACGATCAAGAAACTTGCTCGTTAAGTATCCTTGATAAGGACTGG	58006
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1651	CGTGACACGATCAAGAAACTTGCTCGTTAAGTATCCTTGATAAGGACTGG	1700

CT990605.5	58007	TCGTTCCTTGGGACGGACGCAAATCGTGACACGATTGGGAAAATCGTGAC	58056
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
CU062623.4	1701	TCGTTCCTTGGGACGTACGCAAATCGTGACACGATTGGGCAAATCGTGAC	1750

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990605.5	58107	AAGTAAAAGAGGTTGGAAGAGAGAGACTTGGGAAATCAAAGGGAAAGCTC	58156
			|||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
CU062623.4	1801	AAG--AGAG-GGTTGAAAGAGAGAGACTTGGGAAATCAAAGGGGAAGCTC	1847

CT990605.5	58157	TAGGGTTTAGGGTTCTTTGATTAGAGTACCTCTTGGGTTGAAAACATGGG	58206
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	1848	TAGAGTTTAGGGTTCTTTGATTAGAGTACCTCTTGGGTTGAAAACATGGG	1897

skip 200 bps 100% identity alignment

CT990605.5	58407	CAATCTCTTTGTGTTTATTGTTTTCATCTTCCCTCTCCTTGTTTATCTTG	58456
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	2098	CAATCTCTTTGTGTTTATTGTTTTCTTCTTCCCTCTCCTTGTTTATCTTG	2147

CT990605.5	58457	TGATT-GTTGCTTTGTTTCACACTTGTTTCCTAGATTGGATCTAGGTGGT	58505
			|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062623.4	2148	TGTTTAGTTGCTTTGTTTCACACTTGTTTCCTAGATTGGATCTAGGTGGT	2197

CT990605.5	58506	GTTTTGTTGTTTCTTGCTTGCTCAATAAGCTTTGATTGGTGGTTACCACT	58555
			|||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
CU062623.4	2198	GTTT-GTTGTTTCTTGCTTGCTCAATAAGCTTGGTTTGGTGGTTACCACT	2246

CT990605.5	58556	CTCCGTCGCTCCACACATCATTATTCTCTGTATTGGTGTGGTTCGATCCG	58605
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CU062623.4	2247	CTCCGTCGCTCCACACATCATTATTCTTTGTATTGGTGTGGTTCGATCCG	2296

CT990605.5	58606	GGTCTTGGAGGTCCGGGGATTCACAACA	58633
			|  ||||||||| |||||||||||||||
CU062623.4	2297	GACCTTGGAGGTTCGGGGATTCACAACA	2324

Overview

Query
CT990605.5 - 125179 bps
Hit
CU062623.4 - 64901 bps
Total alignments
84
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2322 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
197.162073232256312586331123241
294.12831025853258633111021
382.472232301155623586331151745231
491.2261779255623564141373945241
592.98375763022630781452445801
686.21821447580275945-1832584691
771.86712065949959704111597118661
892.3130395978659824111884119221
977.642785385998860525111950125931
1070.27391677467774843112608127551
1192.6830396496465002112615126551
1286.1141766504565120112684127551
1386.41603266123161556112775131051
1493.1834446479364836112988130311
1598.3349607023870297113046131051
1697.6419985218603035252211113352352941
1781.038522042106811108852113352154021
1885.98112920344179443827113356154021
1993.71031273937439500113591137171
2086.285479654369144655115407163681
2192.7552694194842016120974210421
2280.35146393110333110725122787231781
2378.48762374566545901122942231781
2489.5538646049560558124363244291
2585621376832868464124475246141
2685.9821593802106803110604124878286701
2781.7589920483034632393124880269231
2885.165259803238033359126769277521
2978.06732373988340119128762289981
3082.88118257110501110757128774290301
3197.455065555482255376130875314231
3299.471801875220752393136568367541
3379.48611545640456557-136606367561
3495.856136814765048330136747374451
3598.757558025482255623136891376921
3680.59982703813538404136896371681
3791.74402151665863463799137687426291
3881.981412996802468322138976392691
3981.25741746439164564139712398711
4062.64593997395274350139712400671
4195.932392936832568617139756400501
4278.95371366467664811139935400671
4399.072002167002070235140044402591
4476.311233372637126707140199405021
4510041427483574876140199402401
4689.665627417022870968140529413311
4779.391172622699227253140547407791
4896.17109012917212173411141326426291
4997.874545196680067318142113426291
5010032346376863801142630426631
5110032346728767320142630426631
5297.1430357336373397142658426921
5389.683565037503975541142710431741
5498.924144647883479297142710431741
5597.742282657553675800144437447021
5697.18235727467929282037144437471931
5790.911221636521965381144649448241
5896.18203624497594478392144686471461
5994.661562056537065574145366455711
6080.93286102592102677145380454681
6179.792526137741878030145578461661
6279.962576198101081628145578461661
6378.922205897683977427146157467821
6479.542345868043481019146157467821
6597.737948768416485039147185480631
6698.44127414119176593175148058494681
6795.764934606496579102642149463555671
6897.481351606557465733155409555671
699044676501565081159660597291
7098.5762706573365802159660597291
7175.12592097473574943159660598561
7288.9218072517102642105158159660623311
7394.4441546575965812159730597831
748840712640426474159782598561
7510058656515365217159783598471
7690.7481812112654827758159866610961
7784.231162356150361737160315605741
7884.231162357024470478160315605741
799434486178561832160575606241
809434487052670573160575606241
8195.9284910712775528825161288623681
8291.9319722556106143108698162324649011
8387.01158825152972532239162355649011
8483.2692918924178243673163008649011
Short-link