<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 4018 bps / non-identical: 1650 bps

Full alignment

CT990571.1	1	AAGCTTCCCTTGGGGCAGGGGCGGGGCGGCGCTGTCCGCGGTCCTGGCCG	50
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
CU062506.1	132922	AAGCTTCCCTTGGGGCAGGGGCGGGGCGGCGCTGTCCGAGGTCCTGGCCG	132971

CT990571.1	51	GCCCTTCGCCTGCACAAGTTCTGGGGGCAAACAGCAAGGAGAGCTCTGAA	100
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CU062506.1	132972	GCCCTTCGCCTGCACAAGTTCTGGGG-CAAACAGCAAGGAGAGCTCTGAA	133020

CT990571.1	101	GGGAGTGTCCATCCACATGGACGGAGCGCCCACTGTGTACCAGGGGCTGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133021	GGGAGTGTCCATCCACATGGACGGAGCGCCCACTGTGTACCAGGGGCTGC	133070

CT990571.1	151	GCTGGGCGCTGCAGGGACAGAGGCCGAAGACGGCCGCCCTCAGAGCCCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CU062506.1	133071	GCTGGGCGCTGCAGGGACAGAGGCCGAAGACGGCCGCCCTCCGAGCCCCC	133120

CT990571.1	201	GTACAGGAGAGGACACTGAGGCCAGCAGGGTACAATGGCCTGCCCAGGGC	250
			||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
CU062506.1	133121	GTACAGGAGAGGAAACTGAGGCCAGCAGGGTACAGTGGCCCGCCCAGGGC	133170

CT990571.1	251	CGCCAGGTTGCACCCGCAGGAGGCCAGGATTCCCAGATCCCTGCTCCCAG	300
			| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133171	CCCCAGCTTGCACCCGCAGCAGGCCAGGATTCCCAGATCCCTGCTCCCAG	133220

CT990571.1	301	GCCCCCAAGAAAGCTGCAGACACGATAGAGAGGAGACAATTAATGGGGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133221	GCCCCCAAGAAAGCTGCAGACACGATAGAGAGGAGACAATTAATGGGGGG	133270

CT990571.1	351	AAGGCGTCCTGTGGGGGTGCCCGGAGGTCCTGCCCGAATGACCTGGACCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133271	AAGGCGTCCTGTGGGGGTGCCCGGAGGTCCTGCCCGAATGACCTGGACCC	133320

CT990571.1	401	AAGCCTTCTTCCCGTGGAAGTAAAACAAAGTTCATTAAAGATCCACCACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133321	AAGCCTTCTTCCCGTGGAAGTAAAACAAAGTTCATTAAAGATCCACCACA	133370

CT990571.1	451	TTGGATGAGAATTGGTGTGGACTCTATTGACCAGTGGCCGGTATGAATCG	500
			|||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133371	TTGGGTGAGAATTTGTGTGGACTGTATTGACCAGTGGCCGGTATGAATCG	133420

CT990571.1	501	GATCCCCTTCACGGAGGCAGGATGGACCTTATATGCAGAAATACTGTGGG	550
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133421	GATCCCCTTCACGGAGACAGGATGGACCTTATATGCAGAAATACTGTGGG	133470

CT990571.1	551	AGGGATCTAGCCTGGGGTGACTGGAGATGAGACTCCAGGAACCAAGAGAG	600
			|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133471	AGGGATCTAGTCTGGGATGACTGGAGATGAGACTCCAGGAACCAAGAGAG	133520

CT990571.1	601	GATCCATGGTGAGAGGGAGCCAGAGGCAACCAGGGGTGCCGACAGTGGAG	650
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133521	GATCCAGGGTGAGAGGGAGCCAGAGGCAACCAGGGGTGCCGACAGTGGAG	133570

CT990571.1	651	GGCTGGGCTAGTTTTAGGGAACAACATCATGCAGGAAGATTCAAGGAGAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133571	GGCTGGGCTAGTTTTAGGGAACAACATCATGCAGGAAGATTCAAGGAGAG	133620

CT990571.1	701	TTCAAGGTGGGGTTTTCCAGGGCCTATGGACAAATGGGACTCATTCTTTT	750
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133621	TTCAAGGTGGGGTTTTCCGGGGCCTATGGACAAATGGGACTCATTCTTTT	133670

CT990571.1	751	GGGGTAAGAGGCAAAGGTCTCTCCTTGGGCCTGGACCCCATCAATGGGAT	800
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133671	GGGGTAAGAGGCAAAGGTCTCTGCTTGGGCCTGGACCCCATCAATGGGAT	133720

CT990571.1	801	TTTAGGGAAGCCAGGAGACAGAGATGGAGAGCAGCCCAGGAAAGGGGTGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133721	TTTAGGGAAGCCAGGAGACAGAGATGGAGAGCAGCCCAGGAAAGGGGTGG	133770

CT990571.1	851	CCAGAGAAAGTGCCCGCAGATGGAGGGTCCTGTTTATAGAACAGCCAGGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133771	CCAGAGAAAGTGCCCGCAGATGGAGGGTCCTGTTTATAGAACAGCCAGGC	133820

CT990571.1	901	CAGTGTATCGAAACTGAAGACTCCATGCTGGGGAGTAAAGTGTGAGAAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133821	CAGTGTATCGAAACTGAAGACTCCATGCTGGGGAGTAAAGTGTGAGAAAC	133870

CT990571.1	951	CTGGAAAGGGTGGCGGGGGCAGGTGATGAAGGACGTTGAAGGCCAAAGGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133871	CTGGAAAGGGTGGCGGGGGCAGGTGATGAAGGACGTTGAAGGCCAAAGGG	133920

CT990571.1	1001	AAGACTTTTAAACTTGGTCAAATCTATAGTTGATTCAGTGATGGAGTTGG	1050
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133921	AAGACTTTTAAACTTGATCAAATCTATAGTTGATTCAGTGATGGAGTTGG	133970

CT990571.1	1051	TTGATTGTTGTCCTTCATTCTCAAAGAGGACCAAAGTGACATCACCATGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133971	TTGATTGTTGTCCTTCATTCTCAAAGAGGACCAAAGTGACATCACCATGA	134020

CT990571.1	1101	TAAAGTCAAGTTTCAGTATGTCCAATTATGGCTGACCAGACCAATACAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134021	TAAAGTCAAGTTTCAGTATGTCCAACTATGGCTGACCAGACCAATACAAA	134070

CT990571.1	1151	CTCGGAATGCTCTACCATAGGTTGGACACAGATAGTACATGTGAATATTT	1200
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
CU062506.1	134071	CTCGGAATGCTCTACCATAGGTTGGACACAGATAGTCCATGTGAATATTT	134120

CT990571.1	1201	GGGGTGGATATCCCAAATTTGTGCATCCTTCATTTCCTTTGTGCTGTCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134121	GGGGTGGATATCCCAAATTTGTGCATCCTTCATTTCCTTTGTGCTGTCTC	134170

CT990571.1	1251	AATTCTACTTTGCTCAAAGAGCACAGCACCCTTTCTGATGTAACTGTCGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134171	AATTCTACTTTGCTCAAAGAGCACAGCACCCTTTCTGATGTAACTGTCGT	134220

CT990571.1	1301	GCTGAGTGGTCCTGTGCCAGTGTCTCCCATATTGCACAGTCAAATCCAA-	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CU062506.1	134221	GCTGAGTGGTCCTGTGCCAGTGTCTCCCATATTGCACAGTCAAATCCAAA	134270

CT990571.1	1350	GTTCTTGAGACAGACCTTGAGAGTGTCCTTGTATCATTTCTTCGGGTCAC	1399
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CU062506.1	134271	GTTCTTGAGAGAGACCTTGAGAGTGTCCTTGTATCATTTCTTCGGGTCAT	134320

CT990571.1	1400	CATGTGATCACCTGCCCCATGCAAGTTCTCCATAAAATAGTCTTTTAGGC	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134321	CATGTGATCACCTGCCCCATGCAAGTTCTCCATAAAATAGTCTTTTAGGC	134370

CT990571.1	1450	AAATGTACATTTTCCACTCAAAAAACATGGCCAGCCCATTGGAGTTGCAC	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134371	AAATGTACATTTTCCACTCAAAAAACATGGCCAGCCCATTGGAGTTGCAC	134420

CT990571.1	1500	TCTCTGAAGCATAGTTTGAATAGTTGGCAGTTCAGCTCAAGCAAGGACTT	1549
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134421	TCTCTGAAGCATAGTTTGAATGGTTGGCAGTTCAGCTCAAGCAAGGACTT	134470

CT990571.1	1550	CAGTATCTGGTACCTTATGCCAGGTGATCCTCAGAATCTTCCTAAGACAG	1599
			|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
CU062506.1	134471	CATTGTCTGGTACCTTATGCCAGGTGATCCTCAGAATCTTCCTAAGAAAG	134520

CT990571.1	1600	TTCAAATGGAAGTGATTCAGTTTCCTGGCATGTCCCTGGTAGACTGTCCA	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134521	TTCAAATGGAAGTGATTCAGTTTCCTGGCATGTCCCTGGTAGACTGTCCA	134570

CT990571.1	1650	TGTTTCACAGGCATACAACAATGAGGTCAGCACAACAGCTCTGTCGACCT	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134571	TGTTTCACAGGCATACAACAATGAGGTCAGCACAACAGCTCTGTCGACCT	134620

CT990571.1	1700	TAACTTTGGTAGTCAGTATACTTCCTCTTCTCTCTCAAACATTTCTTTGG	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134621	TAACTTTGGTAGTCAGTATACTTCCTCTTCTCTCTCAAACATTTCTTTGG	134670

CT990571.1	1750	AGCCTCCCAAACACTGAGCTAGCTCTGGCAATGCGTGCATCAACCTCATT	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134671	AGCCTCCCAAACACTGAGCTAGCTCTGGCAATGCGTGCATCAACCTCATT	134720

CT990571.1	1800	GTCAATGTGTACATCCCTGGAAAGTACACTACCAAGGTAAGTGAACTAAT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CU062506.1	134721	GTCAATGTGTACATCCCTGGAAAGTACACTACCAAGGTAAGGGAACTAAT	134770

CT990571.1	1850	GCACAGCATTCAGAACTTCTCCATTTGTTGTAATTGATGGTTCCACATAT	1899
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134771	GCACAGCATTCAAAACTTCTCCATTTGTTGTAATTGATGGTTCCACATAT	134820

CT990571.1	1900	GAATGGTATGGTGATGGCTGATGGAGCACCTGTGTTTTATTGGTGTTAAT	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
CU062506.1	134821	GAATGGTATGGTGATGGCTGATGGAGCACCTGTGTTTTAGTGGTGTTAAT	134870

CT990571.1	1950	TGTTAGGTCAAAATTAGCACAGGGAGGAGAGAACTGATCCATACTTTGTT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134871	TGTTAGGTCAAAATTAGCACAGGGAGGAGAGAACTGATCCATACTTTGTT	134920

CT990571.1	2000	GCATCGCAGCTTCAGAGGCTGCATTGAGTGCATTATCATCTGTAAACAGA	2049
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
CU062506.1	134921	GCATCGCAGCTTCAGAGGCTGCATTGAGTGCATTATCATCTGCAAACAGA	134970

CT990571.1	2050	AAATCATGCACCAACACTCCCTCCACTT-GGTCTTGGCTTGTAGCCTTTT	2098
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CU062506.1	134971	AAATCATGCACCAACACTCCCTCCACTTTGGTCTTGGCTTGTAGCCTTTT	135020

CT990571.1	2099	CAGTTTGAAGAACTTACTGTAAGTACTGCAGTTGACCTTGATGCCATGTT	2148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135021	CAGTTTGAAGAACTTACTGTAAGTACTGCAGTTGACCTTGATGCCATGTT	135070

CT990571.1	2149	CATCCTCATTGAAAGCATTTCTCCACATGACTGAAAACATCATGCTAAAA	2198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135071	CATCCTCATTGAAAGCATTTCTCCACATGACTGAAAACATCATGCTAAAA	135120

CT990571.1	2199	AGCACAGGAGCAAACACACAGCCCTGTTTCACTCCATTGGTGACTGGGAA	2248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135121	AGCACAGGAGCAAACACACAGCCCTGTTTCACTCCATTGGTGACTGGGAA	135170

CT990571.1	2249	GGCACGAGAGTCTTGTCCACTATTCAGAACCTGGGCAAACATGCTATCAT	2298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135171	GGCACGAGAGTCTTGTCCACTATTCAGAACCTGGGCAAACATGCTATCAT	135220

CT990571.1	2299	GAAATTGATGTACAATACTGATGAACTTCCCTGTGCAACCAAATTTTGAC	2348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CU062506.1	135221	GAAATTGATGTACAATACTGATGAACTTCCCTGTGCAACCACATTTTGAC	135270

CT990571.1	2349	ATGATTTTCCATAAGGCCTCACGACTAACAGTGTTAAAGGCCTTGGTCAC	2398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CU062506.1	135271	ATGATTTTCCATAAGGCCTCACGACTAACAGTGTTAAAGGCCTTGGTCAG	135320

CT990571.1	2399	ATCTACAAACATTGTGTACAGACCTCTGTTCTGCTCCTGGCATTTCTCCT	2448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135321	ATCTACAAACATTGTGTACAGACCTCTGTTCTGCTCCTGGCATTTCTCCT	135370

CT990571.1	2449	GGAGTTGTCAGGCAGCAAACACCTTATCAACTGTTCCTCAGTCCTTTCTG	2498
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135371	GGAGTTGTCAGGCAACAAACACCTTATCAACTGTTCCTCAGTCCTTTCTG	135420

CT990571.1	2499	AAGCCATACTGACTCCCAGTTATATAACCATCTTCCAGGTGAAGGATCAG	2548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135421	AAGCCATACTGACTCCCAGTTATATAACCATCTTCCAGGTGAAGGATCAG	135470

CT990571.1	2549	CCTATTAAGGAGGACTCTAGCAAGAATTTTGCCAGCAATGACTAAGAGAG	2598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135471	CCTATTAAGGAGGACTCTAGCAAGAATTTTGCCAGCAATGACTAAGAGAG	135520

CT990571.1	2599	AGATTCCCCTGTGATTGTCACAGGACAATCTTTTCCCTTTATCTTTATAG	2648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135521	AGATTCCCCTGTGATTGTCACAGGACAATCTTTTCCCTTTATCTTTATAG	135570

CT990571.1	2649	AGATGGACAATGGAGGCATCCTTGAACTCTTGGGGGATAACCTCCTCTTT	2698
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135571	AGATGGGCAATGGAGGCATCCTTGAACTCTTGGGGGATAACCTCCTCTTT	135620

CT990571.1	2699	CCATATAACCTGGAAAATTTCAGTCATCTTTTGTATGAGCAATGGTCCCT	2748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135621	CCATATAACCTGGAAAATTTCAGTCATCTTTTGTATGAGCAATGGTCCCT	135670

CT990571.1	2749	CTACCTTGGAAATCTCAGCTGGAATAGAATCAGCAGCAGGTGCTTTGCCA	2798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
CU062506.1	135671	CTACCTTGGAAATCTCAGCTGGAATAGAATCAGCACCAGGTGCTTTGCCA	135720

CT990571.1	2799	CATGAAGGGAGCCTAATGGCCCTCAAAACCTGGTCTTCAGTTGGAAGTTT	2848
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135721	CATGAAGGGAGCCTAATGGCCCTCGAAACCTGGTCTTCAGTTGGAAGTTT	135770

CT990571.1	2849	AGCTAAGGAGGGATTGACTTCCACCTGAGGGAAACTGTCAATGGCCTCAG	2898
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
CU062506.1	135771	AGCTAAGGAGGGATTGACTTCCACCTGAGGCAAACTGTCAATGGCCTCAG	135820

CT990571.1	2899	CATTGATTGATGATGATCTGCTGAGAACACTATGGAAGTGTTCAGACCAT	2948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135821	CATTGATTGATGATGATCTGCTGAGAACACTATGGAAGTGTTCAGACCAT	135870

CT990571.1	2949	CTCTCTAGGATCATGTCCTTATCACTAATCAATGTGGCTCCATCTGTACT	2998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135871	CTCTCTAGGATCATGTCCTTATCACTAATCAATGTGGCTCCATCTGTACT	135920

CT990571.1	2999	GAGTAGTTGTGATGCCCCATAGGTTTTGGTCCATAAATCGCTTTTAGGGA	3048
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135921	GAGTAGTTGTGATGCCTCATAGGTTTTGGTCCATAAATCGCTTTTAGGGA	135970

CT990571.1	3049	ATCATAAAAGCGCTTTGGATTGTCACTATCAGCATAAAACTGAGTTTCCT	3098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135971	ATCATAAAAGCGCTTTGGATTGTCACTATCAGCATAAAACTGAGTTTCCT	136020

CT990571.1	3099	CTGCCTTCTTACTGAGCCAGGAATCCTGCATCTCTCTAAGCTTTGCTTGT	3148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136021	CTGCCTTCTTACTGAGCCAGGAATCCTGCATCTCTCTAAGCTTTGCTTGT	136070

CT990571.1	3149	ACTTTGCTTTTGATGGAATTAAATGCTGTCTTCTTAGAGGTGGATGAACT	3198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136071	ACTTTGCTTTTGATGGAATTAAATGCTGTCTTCTTAGAGGTGGATGAACT	136120

CT990571.1	3199	ATCCTGCTGGTAAATCCTGGAGTTCTCATTTTTTCATTCAGCAGCTTCTG	3248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136121	ATCCTGCTGGTAAATCCTGGAGTTCTCATTTTTTCATTCAGCAGCTTCTG	136170

CT990571.1	3249	AATATCCCCATCATTTTCATCAAACCACTCTTGGTGTTTGCGAGTGTTCT	3298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136171	AATATCCCCATCATTTTCATCAAACCACTCTTGGTGTTTGCGAGTGTTCT	136220

CT990571.1	3299	GACCCAGATGAGCAAATGCAGTGCTGTACACCAAATCTCTGAAAGCTGCT	3348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136221	GACCCAGATGAGCAAATGCAGTGCTGTACACCAAATCTCTGAAAGCTGCT	136270

CT990571.1	3349	CACTCCTTTTCTGCTTCACTGCTGCCAACTGTGTTTTGGCTCAACTTTCC	3398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136271	CACTCCTTTTCTGCTTCACTGCTGCCAACTGTGTTTTGGCTCAACTTTCC	136320

CT990571.1	3399	CTCCAAGTCAGCAACAAACTGTTCACACTCAGAGAAGAGATCTAATTTGT	3448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136321	CTCCAAGTCAGCAACAAACTGTTCACACTCAGAGAAGAGATCTAATTTGT	136370

CT990571.1	3449	TGACATCAATTCTACTGGTAGTCATTTTGCCTTGGGGGTGATGTTTTTGA	3498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136371	TGACATCAATTCTACTGGTAGTCATTTTGCCTTGGGGGTGATGTTTTTGA	136420

CT990571.1	3499	TGAATGAAAATAATTAGCTTAGAAAAGATAAGTCTATGATCAGTCCAGCA	3548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136421	TGAATGAAAATAATTAGCTTAGAAAAGATAAGTCTATGATCAGTCCAGCA	136470

CT990571.1	3549	CTCTGCACCGTACATTGTCTTTGTCACTCTCACCTCTTGTTTCTCTCTTT	3598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136471	CTCTGCACCGTACATTGTCTTTGTCACTCTCACCTCTTGTTTCTCTCTTT	136520

CT990571.1	3599	ACCTTACGATGACATAGTCTATGGAAGAGAGCTGAACAGCACTGGGAGAG	3648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136521	ACCTTACGATGACATAGTCTATGGAAGAGAGCTGAACAGCACTGGGAGAG	136570

CT990571.1	3649	AGGGCCTTTGCCGCGTGTGGCAGCCATCACACTGATGACTTTTGGGATGA	3698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136571	AGGGCCTTTGCCGCGTGTGGCAGCCATCACACTGATGACTTTTGGGATGA	136620

CT990571.1	3699	TTCAGCCACAGGAGATGAGGGGTATGTCTCTTGAGTGCCCAGAGTTGCTG	3748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136621	TTCAGCCACAGGAGATGAGGGGTATGTCTCTTGAGTGCCCAGAGTTGCTG	136670

CT990571.1	3749	GAGTGGAAAGAGAAGAGTTTAGCTGAGGAGTGACCCAGCCCACCACCTGC	3798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136671	GAGTGGAAAGAGAAGAGTTTAGCTGAGGAGTGACCCAGCCCACCACCTGC	136720

CT990571.1	3799	ACCTCAGGGCCAGGCAAGTGCAGGCTTGCAACACTTGGCCAACCTGGATC	3848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136721	ACCTCAGGGCCAGGCAAGTGCAGGCTTGCAACACTTGGCCAACCTGGATC	136770

CT990571.1	3849	TGGTGGCAAACCTGGAACTGGTGTATAAATGTTAGTGATGCTGATCATTA	3898
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136771	TGGTGGCAAACCTGTAACTGGTGTATAAATGTTAGTGATGCTGATCATTA	136820

CT990571.1	3899	GTACAGCTTGTTGTATTCATCCTTCGTTGCTGAAGAAGACCACACCATCA	3948
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136821	GTACAGCTTGCTGTATTCATCCTTCGTTGCTGAAGAAGACCACACCATCA	136870

CT990571.1	3949	GAGAAATGATGACGTAACTTGCACTTGACTTTGTTTTGAGTGAGGGAAGG	3998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136871	GAGAAATGATGACGTAACTTGCACTTGACTTTGTTTTGAGTGAGGGAAGG	136920

CT990571.1	3999	CTGTGCAAGTCACCAGCCTC	4018
			||||||||||||||||||||
CU062506.1	136921	CTGTGCAAGTCACCAGCCTC	136940

Compact alignment

CT990571.1	1	AAGCTTCCCTTGGGGCAGGGGCGGGGCGGCGCTGTCCGCGGTCCTGGCCG	50
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
CU062506.1	132922	AAGCTTCCCTTGGGGCAGGGGCGGGGCGGCGCTGTCCGAGGTCCTGGCCG	132971

CT990571.1	51	GCCCTTCGCCTGCACAAGTTCTGGGGGCAAACAGCAAGGAGAGCTCTGAA	100
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CU062506.1	132972	GCCCTTCGCCTGCACAAGTTCTGGGG-CAAACAGCAAGGAGAGCTCTGAA	133020

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990571.1	151	GCTGGGCGCTGCAGGGACAGAGGCCGAAGACGGCCGCCCTCAGAGCCCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CU062506.1	133071	GCTGGGCGCTGCAGGGACAGAGGCCGAAGACGGCCGCCCTCCGAGCCCCC	133120

CT990571.1	201	GTACAGGAGAGGACACTGAGGCCAGCAGGGTACAATGGCCTGCCCAGGGC	250
			||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
CU062506.1	133121	GTACAGGAGAGGAAACTGAGGCCAGCAGGGTACAGTGGCCCGCCCAGGGC	133170

CT990571.1	251	CGCCAGGTTGCACCCGCAGGAGGCCAGGATTCCCAGATCCCTGCTCCCAG	300
			| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133171	CCCCAGCTTGCACCCGCAGCAGGCCAGGATTCCCAGATCCCTGCTCCCAG	133220

skip 150 bps 100% identity alignment

CT990571.1	451	TTGGATGAGAATTGGTGTGGACTCTATTGACCAGTGGCCGGTATGAATCG	500
			|||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133371	TTGGGTGAGAATTTGTGTGGACTGTATTGACCAGTGGCCGGTATGAATCG	133420

CT990571.1	501	GATCCCCTTCACGGAGGCAGGATGGACCTTATATGCAGAAATACTGTGGG	550
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133421	GATCCCCTTCACGGAGACAGGATGGACCTTATATGCAGAAATACTGTGGG	133470

CT990571.1	551	AGGGATCTAGCCTGGGGTGACTGGAGATGAGACTCCAGGAACCAAGAGAG	600
			|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133471	AGGGATCTAGTCTGGGATGACTGGAGATGAGACTCCAGGAACCAAGAGAG	133520

CT990571.1	601	GATCCATGGTGAGAGGGAGCCAGAGGCAACCAGGGGTGCCGACAGTGGAG	650
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133521	GATCCAGGGTGAGAGGGAGCCAGAGGCAACCAGGGGTGCCGACAGTGGAG	133570

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990571.1	701	TTCAAGGTGGGGTTTTCCAGGGCCTATGGACAAATGGGACTCATTCTTTT	750
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133621	TTCAAGGTGGGGTTTTCCGGGGCCTATGGACAAATGGGACTCATTCTTTT	133670

CT990571.1	751	GGGGTAAGAGGCAAAGGTCTCTCCTTGGGCCTGGACCCCATCAATGGGAT	800
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133671	GGGGTAAGAGGCAAAGGTCTCTGCTTGGGCCTGGACCCCATCAATGGGAT	133720

skip 200 bps 100% identity alignment

CT990571.1	1001	AAGACTTTTAAACTTGGTCAAATCTATAGTTGATTCAGTGATGGAGTTGG	1050
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	133921	AAGACTTTTAAACTTGATCAAATCTATAGTTGATTCAGTGATGGAGTTGG	133970

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990571.1	1101	TAAAGTCAAGTTTCAGTATGTCCAATTATGGCTGACCAGACCAATACAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134021	TAAAGTCAAGTTTCAGTATGTCCAACTATGGCTGACCAGACCAATACAAA	134070

CT990571.1	1151	CTCGGAATGCTCTACCATAGGTTGGACACAGATAGTACATGTGAATATTT	1200
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
CU062506.1	134071	CTCGGAATGCTCTACCATAGGTTGGACACAGATAGTCCATGTGAATATTT	134120

skip 100 bps 100% identity alignment

CT990571.1	1301	GCTGAGTGGTCCTGTGCCAGTGTCTCCCATATTGCACAGTCAAATCCAA-	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CU062506.1	134221	GCTGAGTGGTCCTGTGCCAGTGTCTCCCATATTGCACAGTCAAATCCAAA	134270

CT990571.1	1350	GTTCTTGAGACAGACCTTGAGAGTGTCCTTGTATCATTTCTTCGGGTCAC	1399
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CU062506.1	134271	GTTCTTGAGAGAGACCTTGAGAGTGTCCTTGTATCATTTCTTCGGGTCAT	134320

skip 100 bps 100% identity alignment

CT990571.1	1500	TCTCTGAAGCATAGTTTGAATAGTTGGCAGTTCAGCTCAAGCAAGGACTT	1549
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134421	TCTCTGAAGCATAGTTTGAATGGTTGGCAGTTCAGCTCAAGCAAGGACTT	134470

CT990571.1	1550	CAGTATCTGGTACCTTATGCCAGGTGATCCTCAGAATCTTCCTAAGACAG	1599
			|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
CU062506.1	134471	CATTGTCTGGTACCTTATGCCAGGTGATCCTCAGAATCTTCCTAAGAAAG	134520

skip 200 bps 100% identity alignment

CT990571.1	1800	GTCAATGTGTACATCCCTGGAAAGTACACTACCAAGGTAAGTGAACTAAT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CU062506.1	134721	GTCAATGTGTACATCCCTGGAAAGTACACTACCAAGGTAAGGGAACTAAT	134770

CT990571.1	1850	GCACAGCATTCAGAACTTCTCCATTTGTTGTAATTGATGGTTCCACATAT	1899
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	134771	GCACAGCATTCAAAACTTCTCCATTTGTTGTAATTGATGGTTCCACATAT	134820

CT990571.1	1900	GAATGGTATGGTGATGGCTGATGGAGCACCTGTGTTTTATTGGTGTTAAT	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
CU062506.1	134821	GAATGGTATGGTGATGGCTGATGGAGCACCTGTGTTTTAGTGGTGTTAAT	134870

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990571.1	2000	GCATCGCAGCTTCAGAGGCTGCATTGAGTGCATTATCATCTGTAAACAGA	2049
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
CU062506.1	134921	GCATCGCAGCTTCAGAGGCTGCATTGAGTGCATTATCATCTGCAAACAGA	134970

CT990571.1	2050	AAATCATGCACCAACACTCCCTCCACTT-GGTCTTGGCTTGTAGCCTTTT	2098
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CU062506.1	134971	AAATCATGCACCAACACTCCCTCCACTTTGGTCTTGGCTTGTAGCCTTTT	135020

skip 200 bps 100% identity alignment

CT990571.1	2299	GAAATTGATGTACAATACTGATGAACTTCCCTGTGCAACCAAATTTTGAC	2348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CU062506.1	135221	GAAATTGATGTACAATACTGATGAACTTCCCTGTGCAACCACATTTTGAC	135270

CT990571.1	2349	ATGATTTTCCATAAGGCCTCACGACTAACAGTGTTAAAGGCCTTGGTCAC	2398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
CU062506.1	135271	ATGATTTTCCATAAGGCCTCACGACTAACAGTGTTAAAGGCCTTGGTCAG	135320

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990571.1	2449	GGAGTTGTCAGGCAGCAAACACCTTATCAACTGTTCCTCAGTCCTTTCTG	2498
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135371	GGAGTTGTCAGGCAACAAACACCTTATCAACTGTTCCTCAGTCCTTTCTG	135420

skip 150 bps 100% identity alignment

CT990571.1	2649	AGATGGACAATGGAGGCATCCTTGAACTCTTGGGGGATAACCTCCTCTTT	2698
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135571	AGATGGGCAATGGAGGCATCCTTGAACTCTTGGGGGATAACCTCCTCTTT	135620

skip 50 bps 100% identity alignment

CT990571.1	2749	CTACCTTGGAAATCTCAGCTGGAATAGAATCAGCAGCAGGTGCTTTGCCA	2798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
CU062506.1	135671	CTACCTTGGAAATCTCAGCTGGAATAGAATCAGCACCAGGTGCTTTGCCA	135720

CT990571.1	2799	CATGAAGGGAGCCTAATGGCCCTCAAAACCTGGTCTTCAGTTGGAAGTTT	2848
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135721	CATGAAGGGAGCCTAATGGCCCTCGAAACCTGGTCTTCAGTTGGAAGTTT	135770

CT990571.1	2849	AGCTAAGGAGGGATTGACTTCCACCTGAGGGAAACTGTCAATGGCCTCAG	2898
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
CU062506.1	135771	AGCTAAGGAGGGATTGACTTCCACCTGAGGCAAACTGTCAATGGCCTCAG	135820

skip 100 bps 100% identity alignment

CT990571.1	2999	GAGTAGTTGTGATGCCCCATAGGTTTTGGTCCATAAATCGCTTTTAGGGA	3048
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	135921	GAGTAGTTGTGATGCCTCATAGGTTTTGGTCCATAAATCGCTTTTAGGGA	135970

skip 800 bps 100% identity alignment

CT990571.1	3849	TGGTGGCAAACCTGGAACTGGTGTATAAATGTTAGTGATGCTGATCATTA	3898
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136771	TGGTGGCAAACCTGTAACTGGTGTATAAATGTTAGTGATGCTGATCATTA	136820

CT990571.1	3899	GTACAGCTTGTTGTATTCATCCTTCGTTGCTGAAGAAGACCACACCATCA	3948
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062506.1	136821	GTACAGCTTGCTGTATTCATCCTTCGTTGCTGAAGAAGACCACACCATCA	136870

skip 70 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT990571.1 - 182375 bps
Hit
CU062506.1 - 170000 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 4018 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
198.93388140181401811329221369401
290.73228317246162493211063091066211
390.35221314727327304511063091066191
493.42212772883029106-11063221065941
575.7320963715826615890211218441224651
692.818352341106727109067-11339671363231
787.061604248215819216067311339801365361
898.797708245104592711369391377641
998.51289363027458583613111398631700001
1093.0392011235294654068-11447741459211
1194.93205424145049252905-11461971486211
1290.06225323727317305311586341589551
1391.612313082880829115-11586391589481
1493.09195246698527009711586991589441
1577.92230654498135046611614771621101
1682.35284559639266448411614771620311
1789.932163102462024929-11628241631311
18912263127273373044-11628241631341
1992.951902436985270094-11628311630711
2090.12417627636046423011642921649191
2184.84401752497395049011645421653061
Short-link