<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT868735.12	1	AAGCTTGTACCAAGTAAAAGGGTGATTGCAGATTAACATCAAGAGGAAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79271	AAGCTTGTACCAAGTAAAAGGGTGATTGCAGATTAACATCAAGAGGAAAT	79320

CT868735.12	51	TTTTTGAAATCAACAATTTTTTTCTTAAACAAACTCAAATCGTTATATAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79321	TTTTTGAAATCAACAATTTTTTTCTTAAACAAACTCAAATCGTTATATAA	79370

CT868735.12	101	GCTAGCCAAAACAGCAGGTGCCAAAGCAATAGTATTACCTCTAGCAAGAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79371	GCTAGCCAAAACAGCAGGTGCCAAAGCAATAGTATTACCTCTAGCAAGAC	79420

CT868735.12	151	GAATAGCAATAGGAAACAAAGATCTTTTCACAATAAAGTATCTATGAGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79421	GAATAGCAATAGGAAACAAAGATCTTTTCACAATAAAGTATCTATGAGGA	79470

CT868735.12	201	AAAACAAAAATAGACAACCAAGTAGCAAGAAATGCTTCATGTTCAATTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79471	AAAACAAAAATAGACAACCAAGTAGCAAGAAATGCTTCATGTTCAATTTC	79520

CT868735.12	251	ACTACCTTTACCAAAGAAAAAAGTCATCCACACAGATGTGGAAGGTGGCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79521	ACTACCTTTACCAAAGAAAAAAGTCATCCACACAGATGTGGAAGGTGGCA	79570

CT868735.12	301	TAGTTTTGATAACCCTCTCCTTTTCTTCAATGTTGATGAGCTTCTGCTCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79571	TAGTTTTGATAACCCTCTCCTTTTCTTCAATGTTGATGAGCTTCTGCTCC	79620

CT868735.12	351	AACTCTTTCATTCTCTGATCTTCAAGTGATTTGAAAATAGGATCACCAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79621	AACTCTTTCATTCTCTGATCTTCAAGTGATTTGAAAATAGGATCACCAAT	79670

CT868735.12	401	GATAGGGTAACCCCCCAAAACCATAACATCCTCCAAAGTTATTGTTGCTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79671	GATAGGGTAACCCCCCAAAACCATAACATCCTCCAAAGTTATTGTTGCTT	79720

CT868735.12	451	CACCAAATGGGAACACAAATGTATTGGTCTCAGAACACCATTTGTCAACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79721	CACCAAATGGGAACACAAATGTATTGGTCTCAGAACACCATTTGTCAACA	79770

CT868735.12	501	ACCCCACATAACAAGTTTTGATCTTTCTTTATGCAGCTCTTAGTACTCAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79771	ACCCCACATAACAAGTTTTGATCTTTCTTTATGCAGCTCTTAGTACTCAT	79820

CT868735.12	551	AATAGCATCAAAGATTCCAACTTTCTTCCATAGTGATTCATATTTGAGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79821	AATAGCATCAAAGATTCCAACTTTCTTCCATAGTGATTCATATTTGAGTT	79870

CT868735.12	601	GAAGTTGATCAACCCACTTAACCCAGTTGCGTGGGTAGCGCCAGCCATTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79871	GAAGTTGATCAACCCACTTAACCCAGTTGCGTGGGTAGCGCCAGCCATTA	79920

CT868735.12	651	AAACGGATTTGAAAAGAACGTTTCTTTGAATCAAAAACAGAAGTAGTAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79921	AAACGGATTTGAAAAGAACGTTTCTTTGAATCAAAAACAGAAGTAGTAGA	79970

CT868735.12	701	AGAAGATAGTGGTGGTGGTGGGTTAAGAATGAAGTTTGCAATGGGTTTGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	79971	AGAAGATAGTGGTGGTGGTGGGTTAAGAATGAAGTTTGCAATGGGTTTGA	80020

CT868735.12	751	GAAAATAAGCAGTTCTGAGAGTTGATTGAGTTTGAGAAGAAGGTGAAACC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80021	GAAAATAAGCAGTTCTGAGAGTTGATTGAGTTTGAGAAGAAGGTGAAACC	80070

CT868735.12	801	ATGAAATCTTGTTTCACCTCTATAATGGTATCTTCTTCTTCCAATATTGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80071	ATGAAATCTTGTTTCACCTCTATAATGGTATCTTCTTCTTCCAATATTGG	80120

CT868735.12	851	TTTCTTCATTATCTTCTTCATCAGATTCTATGGAAAATGAGAATGAGAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80121	TTTCTTCATTATCTTCTTCATCAGATTCTATGGAAAATGAGAATGAGAAA	80170

CT868735.12	901	GCAAAATGGGTTTGAAAGTTGAAAACAAAATGACACTGTAGTAGCTAGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80171	GCAAAATGGGTTTGAAAGTTGAAAACAAAATGACACTGTAGTAGCTAGTT	80220

CT868735.12	951	AGTAAAATTTTGATCGTAGCATGTTGTCGGTAAACTTTATTTTACAAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80221	AGTAAAATTTTGATCGTAGCATGTTGTCGGTAAACTTTATTTTACAAAAA	80270

CT868735.12	1001	CCATTCTTTCACATTAAGGGTATGTTTCTGTTTAAAACCCAAATTACCCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80271	CCATTCTTTCACATTAAGGGTATGTTTCTGTTTAAAACCCAAATTACCCT	80320

CT868735.12	1051	TTCAGACACATATATCATTAATGTTACACAACCATATTTAAATGAATATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80321	TTCAGACACATATATCATTAATGTTACACAACCATATTTAAATGAATATT	80370

CT868735.12	1101	TTATACTTTCAGACATATATTAACTGCAATTTCACTTTTCTTAATGACCG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80371	TTATACTTTCAGACATATATTAACTGCAATTTCACTTTTCTTAATGACCG	80420

CT868735.12	1151	TTGTATTTGTATGTGGCATTGGAATTGGCATAATATCTTTGCTTTTTCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80421	TTGTATTTGTATGTGGCATTGGAATTGGCATAATATCTTTGCTTTTTCAA	80470

CT868735.12	1201	CTTTCACAAGAGTAGTCTTACGTTGTTGCATTGCACAGACAAAAAAGTAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80471	CTTTCACAAGAGTAGTCTTACGTTGTTGCATTGCACAGACAAAAAAGTAA	80520

CT868735.12	1251	ATGTTGAATTTTGCTGAATGTAGTAATTTTCTCATACAAGACAAAACACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80521	ATGTTGAATTTTGCTGAATGTAGTAATTTTCTCATACAAGACAAAACACC	80570

CT868735.12	1301	CTTGTATGTTAAGGCACCACACAATTTTTATACTAAATATAGACTTTATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80571	CTTGTATGTTAAGGCACCACACAATTTTTATACTAAATATAGACTTTATC	80620

CT868735.12	1351	TGAAAATTAAATGTTTAGTCTCATTTCTAAATTACTAGATTTATATATAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80621	TGAAAATTAAATGTTTAGTCTCATTTCTAAATTACTAGATTTATATATAT	80670

CT868735.12	1401	TGATTATCTTTTTATAAAAATAATTCTTGTTGACATATTATTTTATTGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80671	TGATTATCTTTTTATAAAAATAATTCTTGTTGACATATTATTTTATTGTT	80720

CT868735.12	1451	TATCTAAAAACTCTATTTGAGTGACAATAATAAGAAGTTAACACACATTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80721	TATCTAAAAACTCTATTTGAGTGACAATAATAAGAAGTTAACACACATTG	80770

CT868735.12	1501	TTTATAAATATAATATACTACATAATTTTCTTTGCTCAAAAAAAAAAGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80771	TTTATAAATATAATATACTACATAATTTTCTTTGCTCAAAAAAAAAAGTG	80820

CT868735.12	1551	TATTAAAATCTTTGCTCAAAAAAAAAGTGTATTAAAATCTAGGTTGCACC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80821	TATTAAAATCTTTGCTCAAAAAAAAAGTGTATTAAAATCTAGGTTGCACC	80870

CT868735.12	1601	TATCTCGGTTTGGGTGTTTTTGGATGTGACCATTGATTTTTAATTAACTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80871	TATCTCGGTTTGGGTGTTTTTGGATGTGACCATTGATTTTTAATTAACTG	80920

CT868735.12	1651	ATGGATGGATGAGTTTGTATGTATTGTAACGTTGCAGGTAAGGAAACTGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80921	ATGGATGGATGAGTTTGTATGTATTGTAACGTTGCAGGTAAGGAAACTGT	80970

CT868735.12	1701	GTACAATACTCAAATTTTTCATTTTTGCTAAATGTAGTAATTTTCTCAAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	80971	GTACAATACTCAAATTTTTCATTTTTGCTAAATGTAGTAATTTTCTCAAC	81020

CT868735.12	1751	AAGACAAAAGCACCCTTGACCTTGAATGTTAATGGACCGACCACTAAGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	81021	AAGACAAAAGCACCCTTGACCTTGAATGTTAATGGACCGACCACTAAGTT	81070

CT868735.12	1801	TTTCCTAAATATACACTTTATTTGAAACAATTTGATTAATCTCATTTCTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	81071	TTTCCTAAATATACACTTTATTTGAAACAATTTGATTAATCTCATTTCTA	81120

CT868735.12	1851	AATTACTAATTTTATTTTTTTTTTGACAAAAAATTACTAATTATATATTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	81121	AATTACTAATTTTATTTTTTTTTTGACAAAAAATTACTAATTATATATTA	81170

CT868735.12	1901	ATTATCTTATAAAAATAATTTGCATTCATGTATTACTTTTTTAATTATAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	81171	ATTATCTTATAAAAATAATTTGCATTCATGTATTACTTTTTTAATTATAC	81220

CT868735.12	1951	TGTTTATCTAAAACACTAATGAATTAGTTAAATGAATAAAAAAAATTGTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062422.10	81221	TGTTTATCTAAAACACTAATGAATTAGTTAAATGAATAAAAAAAATTGTC	81270

Overview

Query
CT868735.12 - 89664 bps
Hit
CU062422.10 - 81270 bps
Total alignments
11
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001879200012000179271812701
282.521693896622666614-144489448771
390.7885712656409365357-144886461651
490.5384712637473175993-144886461641
510035365075650791-147661476961
681.85622157972079934-147664478781
778.8537212254063341857174114753371
889.1136657749625174759753371
978.852337744127542048179310800801
1080.2218755445885141179336798861
1178.73410852535360179998801051
Short-link