<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU024878.10	1	AAGCTTGTACTATTCAATAAGATAGGAATATGAATTATGGGTCAACAATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8279	AAGCTTGTACTATTCAATAAGATAGGAATATGAATTATGGGTCAACAATA	8328

CU024878.10	51	AGGGGTTGGTGGCACCTGTTAAAAATGATACTCATCAAAGGACCAACTTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8329	AGGGGTTGGTGGCACCTGTTAAAAATGATACTCATCAAAGGACCAACTTG	8378

CU024878.10	101	AAAATCTTTGATTTCGTTGACACTGACCCAAGCAAATGCAATTAGTATTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8379	AAAATCTTTGATTTCGTTGACACTGACCCAAGCAAATGCAATTAGTATTA	8428

CU024878.10	151	CGACTATTACAAACAAATTTGGCCATCACAAATAAAAGTGGTTTCAGCGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8429	CGACTATTACAAACAAATTTGGCCATCACAAATAAAAGTGGTTTCAGCGT	8478

CU024878.10	201	TTTCAAAAACTTATTGAGATACATTCAAAGGTGAAAATTTGTCACTTATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8479	TTTCAAAAACTTATTGAGATACATTCAAAGGTGAAAATTTGTCACTTATA	8528

CU024878.10	251	TGGTGAAGCAAATACTTGTGTTCATGCTTTAGCTAATAGGGAATGTGATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8529	TGGTGAAGCAAATACTTGTGTTCATGCTTTAGCTAATAGGGAATGTGATT	8578

CU024878.10	301	CTCATAATGTTTGTGCAGTTTATGATGATACATGTTTGTTACAGCTTAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8579	CTCATAATGTTTGTGCAGTTTATGATGATACATGTTTGTTACAGCTTAAG	8628

CU024878.10	351	CAAATGCTCGCTGGTGTTATTAGGGAGCTTTATTAACTCCTACGTAATTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8629	CAAATGCTCGCTGGTGTTATTAGGGAGCTTTATTAACTCCTACGTAATTG	8678

CU024878.10	401	TTTCTAGTTTAGGCTTAGGATCTTTTTTATTGCGAATCGAATAAACATAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8679	TTTCTAGTTTAGGCTTAGGATCTTTTTTATTGCGAATCGAATAAACATAG	8728

CU024878.10	451	GAGGTTACTAAGGACGTTCAGAAAAGCTACGACCAAGTGGTCATCGAATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8729	GAGGTTACTAAGGACGTTCAGAAAAGCTACGACCAAGTGGTCATCGAATT	8778

CU024878.10	501	TGGAGGCTCTACATACAATCATGTTATATCCCATATTAGCAACAATGGCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8779	TGGAGGCTCTACATACAATCATGTTATATCCCATATTAGCAACAATGGCT	8828

CU024878.10	551	TTAATTTGCTAAACCTTTTTTTGTCTACATGGGGGATTTATGAGGATTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8829	TTAATTTGCTAAACCTTTTTTTGTCTACATGGGGGATTTATGAGGATTCT	8878

CU024878.10	601	GATAGGATTTGAGACTTAACAGCTCAATCCAATGATTAAGCAAATTATGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8879	GATAGGATTTGAGACTTAACAGCTCAATCCAATGATTAAGCAAATTATGC	8928

CU024878.10	651	TGTTCATTGGGGGGTAATGGCCAATTTCCCAGTCTATTTGGCATTTTTCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8929	TGTTCATTGGGGGGTAATGGCCAATTTCCCAGTCTATTTGGCATTTTTCA	8978

CU024878.10	701	CCCATAATGATAAAGGTTGCATACCATCCTCTATAATGATCATTGTTGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	8979	CCCATAATGATAAAGGTTGCATACCATCCTCTATAATGATCATTGTTGAG	9028

CU024878.10	751	TTTGTATAAAAGAAAAGACGATCATTGTTGGGTAGTCATTAATAATATCG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9029	TTTGTATAAAAGAAAAGACGATCATTGTTGGGTAGTCATTAATAATATCG	9078

CU024878.10	801	AATAGTAATAAAATGCCAAATAGACAAAAAAAAGGGAGCAAACTTTGCTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9079	AATAGTAATAAAATGCCAAATAGACAAAAAAAAGGGAGCAAACTTTGCTC	9128

CU024878.10	851	ATAACAATAAACATTCATATATAGATACATGCAAAAAATAGTCTGTAATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9129	ATAACAATAAACATTCATATATAGATACATGCAAAAAATAGTCTGTAATC	9178

CU024878.10	901	TTTACTGTCCCCCACTGCTACTCACTTTTACATAACAAAAACTGAATCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9179	TTTACTGTCCCCCACTGCTACTCACTTTTACATAACAAAAACTGAATCCA	9228

CU024878.10	951	AGTATAACTCAGTATGCTCAACAGTGTATATCCTTGAGAAAACATTGGCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9229	AGTATAACTCAGTATGCTCAACAGTGTATATCCTTGAGAAAACATTGGCA	9278

CU024878.10	1001	GCAAAAATCTTAATTAAACCAAGAACGTAGTTAGTAACTGAAACTTTGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9279	GCAAAAATCTTAATTAAACCAAGAACGTAGTTAGTAACTGAAACTTTGCT	9328

CU024878.10	1051	ATTCACCAGACTTGTTAGCATCAAATTAAGGAAGGCTAAATTTGGGAACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9329	ATTCACCAGACTTGTTAGCATCAAATTAAGGAAGGCTAAATTTGGGAACA	9378

CU024878.10	1101	CTTTGTCATCACTTCTTTTGTAGTGGATCGTAAGGAGGTGGACAAAGTAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9379	CTTTGTCATCACTTCTTTTGTAGTGGATCGTAAGGAGGTGGACAAAGTAT	9428

CU024878.10	1151	CTTGGCAAGGAAGAAGCCATTAAATTGATGATATGGAACAACAGTGAACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9429	CTTGGCAAGGAAGAAGCCATTAAATTGATGATATGGAACAACAGTGAACC	9478

CU024878.10	1201	GAGTTATAGCTTAAGGCTAGTAAATGCTTCTTCCATTTTCTTGTGCCTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9479	GAGTTATAGCTTAAGGCTAGTAAATGCTTCTTCCATTTTCTTGTGCCTTC	9528

CU024878.10	1251	CCCCAAAGTAGCATTTTAACACAAACAACAAAGAACTTAAGCTATGTTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9529	CCCCAAAGTAGCATTTTAACACAAACAACAAAGAACTTAAGCTATGTTTT	9578

CU024878.10	1301	TTTCGTCTAATTTCAGAGCAAATCGGGCAAAGGGTTTTTCAAGAGATGAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9579	TTTCGTCTAATTTCAGAGCAAATCGGGCAAAGGGTTTTTCAAGAGATGAC	9628

CU024878.10	1351	CTTGTGACAGAGCTTAATGCATTGAAGGTGCTACCACTTCCATGACTACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9629	CTTGTGACAGAGCTTAATGCATTGAAGGTGCTACCACTTCCATGACTACA	9678

CU024878.10	1401	TGTTGCATTATCTTCTGCTTATAATAGTTTGTTTTTTCCCCCAATATATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9679	TGTTGCATTATCTTCTGCTTATAATAGTTTGTTTTTTCCCCCAATATATT	9728

CU024878.10	1451	AATTAAATAAAAATATTTGAAGCTGTGCCTTTATTTCCCTTAAAACGTAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9729	AATTAAATAAAAATATTTGAAGCTGTGCCTTTATTTCCCTTAAAACGTAA	9778

CU024878.10	1501	GAGATTCTTATGTGAATAGGATTTTCTCTTGTAAAATGCATCCCACATTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9779	GAGATTCTTATGTGAATAGGATTTTCTCTTGTAAAATGCATCCCACATTC	9828

CU024878.10	1551	TCCATTCCAGGTCTGATAGTTTCTATTGTGGATCCTCAACCTGGTGAAAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9829	TCCATTCCAGGTCTGATAGTTTCTATTGTGGATCCTCAACCTGGTGAAAC	9878

CU024878.10	1601	TATTGTTGATTGTTGTGTCCTAAGAGTTTTTTGACGAAGAAATCATGGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9879	TATTGTTGATTGTTGTGTCCTAAGAGTTTTTTGACGAAGAAATCATGGCA	9928

CU024878.10	1651	GAAGCAACTCGCTACATGGAAAGACCCTCTACATGGCCGCTCATTTAAGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9929	GAAGCAACTCGCTACATGGAAAGACCCTCTACATGGCCGCTCATTTAAGT	9978

CU024878.10	1701	GGACAAGGTATTAATTGGTCGGAATATATTTATTAAAATCATGTTGGTCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	9979	GGACAAGGTATTAATTGGTCGGAATATATTTATTAAAATCATGTTGGTCC	10028

CU024878.10	1751	TTCTTTTGAATTGTCTTGTCAGACAGTATTTTTGCTCTGCAACGGTCTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	10029	TTCTTTTGAATTGTCTTGTCAGACAGTATTTTTGCTCTGCAACGGTCTAA	10078

CU024878.10	1801	CTCGCTGAAAGAGGCTGCGAGCGAGTTGCTTCTGCCATGATTTCTGTCTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	10079	CTCGCTGAAAGAGGCTGCGAGCGAGTTGCTTCTGCCATGATTTCTGTCTC	10128

CU024878.10	1851	TACAAATCCTAATTAAGCATTTGCCTTCGGTGTGATACCTCACTTCCAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	10129	TACAAATCCTAATTAAGCATTTGCCTTCGGTGTGATACCTCACTTCCAAG	10178

CU024878.10	1901	AGAAGGTTTATAGATATGATGAGATTGCAAACAAGTCCTCTTTCAACAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	10179	AGAAGGTTTATAGATATGATGAGATTGCAAACAAGTCCTCTTTCAACAGG	10228

CU024878.10	1951	GGCTTCCAGAGGATGATGAGTTAGTGATCCTCAAAGTAAATTCATATACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024888.5	10229	GGCTTCCAGAGGATGATGAGTTAGTGATCCTCAAAGTAAATTCATATACA	10278

Overview

Query
CU024878.10 - 124931 bps
Hit
CU024888.5 - 10278 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193820001200018279102781
290.24851292162821756-1604461661
Short-link