<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CU311200.1	1	ATTTAGATGTTGTACCATTTGGTACATACATGTTTAGTATTGATATTAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179160	ATTTAGATGTTGTACCATTTGGTACATACATGTTTAGTATTGATATTAAT	179209

CU311200.1	51	TTGGTGTCTCTGGTACTTTTCAGCAAAACATAGTTTCCCTGTTTATCTCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179210	TTGGTGTCTCTGGTACTTTTCAGCAAAACATAGTTTCCCTGTTTATCTCA	179259

CU311200.1	101	TTTAGCTAGGTCAATTTTTACTGTTGCATTGTCTGAGATCATGATTGCTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179260	TTTAGCTAGGTCAATTTTTACTGTTGCATTGTCTGAGATCATGATTGCTA	179309

CU311200.1	151	CTTCTGCCTTTTTTTAACTGAAATGTGGTAGATTCTAGACTAGCCTCTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179310	CTTCTGCCTTTTTTTAACTGAAATGTGGTAGATTCTAGACTAGCCTCTTA	179359

CU311200.1	201	TTTTTGATCTTTGTATATCTTTCTGTTCTGAGTGCATTTCTAATCCATTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179360	TTTTTGATCTTTGTATATCTTTCTGTTCTGAGTGCATTTCTAATCCATTC	179409

CU311200.1	251	TGTTACCTTCTTCCATTTTATGGGTGAGATCAACCCATTCACAGTCATGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179410	TGTTACCTTCTTCCATTTTATGGGTGAGATCAACCCATTCACAGTCATGA	179459

CU311200.1	301	TTGTTAATTGTTTATTTCCATTTACTGTAGTCTCTTATGTTTTTCCTTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179460	TTGTTAATTGTTTATTTCCATTTACTGTAGTCTCTTATGTTTTTCCTTCT	179509

CU311200.1	351	CTTTGTTTCTTGCCATAGATAGATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179510	CTTTGTTTCTTGCCATAGATAGATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAG	179559

CU311200.1	401	GTAGGTAGGTAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179560	GTAGGTAGGTAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT	179609

CU311200.1	451	AGATAGATAGATGATAGATAGATAGACAGGTAGGTAGATAGATAGGTAGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179610	AGATAGATAGATGATAGATAGATAGACAGGTAGGTAGATAGATAGGTAGG	179659

CU311200.1	501	TAGGCAGGCAGGCAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179660	TAGGCAGGCAGGCAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA	179709

CU311200.1	551	GATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179710	GATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGAC	179759

CU311200.1	601	AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179760	AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	179809

CU311200.1	651	ATAGATAGACAGACAGGTAGGTAGATAGATAGGTAGGTAGGCAGGCAGGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179810	ATAGATAGACAGACAGGTAGGTAGATAGATAGGTAGGTAGGCAGGCAGGC	179859

CU311200.1	701	AGGCAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179860	AGGCAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	179909

CU311200.1	751	ATAGATAGATAGATGATAGATAGATAGATAGACAGACAGATAGATAGATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179910	ATAGATAGATAGATGATAGATAGATAGATAGACAGACAGATAGATAGATA	179959

CU311200.1	801	GATAGACAGACAGGTAGGTAGATAGATAAGTAGGTAGGCAGGCAGGCAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	179960	GATAGACAGACAGGTAGGTAGATAGATAAGTAGGTAGGCAGGCAGGCAGG	180009

CU311200.1	851	CAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180010	CAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA	180059

CU311200.1	901	GATAGATAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180060	GATAGATAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGA	180109

CU311200.1	951	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGTAGGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180110	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGTAGGTA	180159

CU311200.1	1001	GGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180160	GGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGA	180209

CU311200.1	1051	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGTAGGTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180210	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGTAGGTA	180259

CU311200.1	1101	GGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180260	GGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGA	180309

CU311200.1	1151	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATAGATGATAGATGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180310	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATAGATGATAGATGAT	180359

CU311200.1	1201	AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGATAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180360	AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGATAG	180409

CU311200.1	1251	ATAGATAGATAGGTAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGGTAGGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180410	ATAGATAGATAGGTAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGGTAGGT	180459

CU311200.1	1301	AGATAGATAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180460	AGATAGATAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	180509

CU311200.1	1351	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGATAGATAGATAGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
CU024865.1	180510	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGATAGATAGATAGATAGGT	180559

CU311200.1	1401	AGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAG	1450
			|||||||||||||| |||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||
CU024865.1	180560	AGGTAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAG	180609

CU311200.1	1451	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180610	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT	180659

CU311200.1	1501	AGATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180660	AGATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	180709

CU311200.1	1551	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGGTAGGTAGGTAGATAGGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180710	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGGTAGGTAGGTAGATAGGT	180759

CU311200.1	1601	AGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180760	AGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAG	180809

CU311200.1	1651	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180810	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGAC	180859

CU311200.1	1701	AGATCTAGACATTATCTGCACAGAGATTCCAGTTAAACCCATGGGTGCTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180860	AGATCTAGACATTATCTGCACAGAGATTCCAGTTAAACCCATGGGTGCTA	180909

CU311200.1	1751	TCATCTTTGCAACTAGAGGTTGTTTCTCTTTGTCATTTTCACATCTCCTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180910	TCATCTTTGCAACTAGAGGTTGTTTCTCTTTGTCATTTTCACATCTCCTA	180959

CU311200.1	1801	TAACCAATGTGGTACCTTGCGGTACCTCTGGCATTTAATATTAATAAATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	180960	TAACCAATGTGGTACCTTGCGGTACCTCTGGCATTTAATATTAATAAATA	181009

CU311200.1	1851	ATAATATCTAGCACTTATACATTGTCTCCAAGTTTGCAAAGTGCTTTCTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	181010	ATAATATCTAGCACTTATACATTGTCTCCAAGTTTGCAAAGTGCTTTCTA	181059

CU311200.1	1901	TGCTGTCATTTCATGATGATTATTTTTATAATAAGTATTTACTTAAATGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	181060	TGCTGTCATTTCATGATGATTATTTTTATAATAAGTATTTACTTAAATGA	181109

CU311200.1	1951	ATTGAGTCCAAGTAAATTAACCAACCAAAGTCATATAAATTGAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024865.1	181110	ATTGAGTCCAAGTAAATTAACCAACCAAAGTCATATAAATTGAGAAGCTT	181159

Compact alignment

skip 1350 bps 100% identity alignment

CU311200.1	1351	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGATAGATAGATAGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
CU024865.1	180510	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGATAGATAGATAGATAGGT	180559

CU311200.1	1401	AGGTAGGTAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAG	1450
			|||||||||||||| |||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||
CU024865.1	180560	AGGTAGGTAGGTAGATAGAGAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGATAG	180609

skip 550 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU311200.1 - 122638 bps
Hit
CU024865.1 - 181159 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.6179720001200011791601811591
289.29385696798968531424342981
393.52381393513135269-110349104871
495346141447411748791749381
598334951756511748791749281
6100375060465311748791749281
7100375070875711748791749281
8100375085590411748791749281
9100375093598411748791749281
1010037501027107611748791749281
1198.0435511135118511748791749291
129834501200124911748791749281
1310037501320136911748791749281
1410037501436148511748791749281
1510037501524157311748791749281
1610037501636168511748791749281
1789.932294301275170411795241799501
1888.681563201375169411795241798411
1992.341412371467170311795241797581
2092.97741291567169511795241796511
2190.3120742036778611804401808621
2288.7614031836568211805341808531
2392.4113323536559911806261808621
2493.027412836549211807261808541
Short-link