<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT990559.2	123451	ACAAATTTATTTCTTTTCCCAATGAACTGCAACAGAATCTATTTAAACCA	123500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1	ACAAATTTATTTCTTTTCCCAATGAACTGCAACAGAATCTATTTAAACCA	50

CT990559.2	123501	AATCCAGATTCCAAACATTGTCTGGAAACAAAGACATCCAGACAGGGTGG	123550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	51	AATCCAGATTCCAAACATTGTCTGGAAACAAAGACATCCAGACAGGGTGG	100

CT990559.2	123551	TAGAATTTGGTGAAGTGAAAAAATGGTCGCCAAAAACAGAAAATATTCCC	123600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	101	TAGAATTTGGTGAAGTGAAAAAATGGTCGCCAAAAACAGAAAATATTCCC	150

CT990559.2	123601	CTATGGTAGTCATCCACGTCTAACATCCATTCATTTGGCAACATCTAACA	123650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	151	CTATGGTAGTCATCCACGTCTAACATCCATTCATTTGGCAACATCTAACA	200

CT990559.2	123651	AAAATAAATTCAAATTACAACAAATAAAATTACCCAAATGCTATGGACCC	123700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	201	AAAATAAATTCAAATTACAACAAATAAAATTACCCAAATGCTATGGACCC	250

CT990559.2	123701	ATTCATGGATGTGGTTTGAAGATCCCCAGAGACTTGATCAAAATGAATGA	123750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	251	ATTCATGGATGTGGTTTGAAGATCCCCAGAGACTTGATCAAAATGAATGA	300

CT990559.2	123751	AATCCCTTACAAAGTATCCTGAAGTTGAGCTGCCATCTCCGTAAGTAACC	123800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	301	AATCCCTTACAAAGTATCCTGAAGTTGAGCTGCCATCTCCGTAAGTAACC	350

CT990559.2	123801	TGATATTCACAGGGTGTTCCCACCCTGCAATCTGAGTAGGGAGCATTAAA	123850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	351	TGATATTCACAGGGTGTTCCCACCCTGCAATCTGAGTAGGGAGCATTAAA	400

CT990559.2	123851	CATATCAGTGCAGAAGTCTTGGTCGCAAGATACACTTTTCCCAGTGGATG	123900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	401	CATATCAGTGCAGAAGTCTTGGTCGCAAGATACACTTTTCCCAGTGGATG	450

CT990559.2	123901	AGGCTTTTAAGTCATACAGCTTCAATTCTATCTGTAGTATAACAACATAG	123950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	451	AGGCTTTTAAGTCATACAGCTTCAATTCTATCTGTAGTATAACAACATAG	500

CT990559.2	123951	ATGAGAAACTACAAGGACAGATCAAGAACAGAAAGTCAACAATCTGATAA	124000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	501	ATGAGAAACTACAAGGACAGATCAAGAACAGAAAGTCAACAATCTGATAA	550

CT990559.2	124001	TTATATTATACATACTGGAATCCATTTTCTTTACATGGATGGCAAAAAGA	124050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	551	TTATATTATACATACTGGAATCCATTTTCTTTACATGGATGGCAAAAAGA	600

CT990559.2	124051	TGTGTAAATTAGAAGATTAATCATACCCCAAGACTGCTTTTTGAAGGACA	124100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	601	TGTGTAAATTAGAAGATTAATCATACCCCAAGACTGCTTTTTGAAGGACA	650

CT990559.2	124101	TCTCATACAGCCAGCACAATTCACCCATAAGATGTCACTTCCAGTATCTA	124150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	651	TCTCATACAGCCAGCACAATTCACCCATAAGATGTCACTTCCAGTATCTA	700

CT990559.2	124151	CCTGGACATGATAGTCCTTAGAAGGAGTCCCGATTGTAAGTTTAGTGTAA	124200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	701	CCTGGACATGATAGTCCTTAGAAGGAGTCCCGATTGTAAGTTTAGTGTAA	750

CT990559.2	124201	TAGAGCCTGCATGATTTAATTATGAAGAAAACATGACTACGATTTCACTG	124250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	751	TAGAGCCTGCATGATTTAATTATGAAGAAAACATGACTACGATTTCACTG	800

CT990559.2	124251	GAAAGAATGTGCATACATGAATAACGCACCACTGCCTCCTGCATAAGCAC	124300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	801	GAAAGAATGTGCATACATGAATAACGCACCACTGCCTCCTGCATAAGCAC	850

CT990559.2	124301	ACTTTTCTTTCCTTTTTTGTGGATTGGATGAGGGTCACAATTTTATGGAG	124350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	851	ACTTTTCTTTCCTTTTTTGTGGATTGGATGAGGGTCACAATTTTATGGAG	900

CT990559.2	124351	TGCACCTCTCTCAAATAGAATCAAGAAAATATAATCTGATATGTTTCTCA	124400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	901	TGCACCTCTCTCAAATAGAATCAAGAAAATATAATCTGATATGTTTCTCA	950

CT990559.2	124401	ATAAGACCATAACATTCCTCTATCTCACTTAAGTATACACCTATAACTAG	124450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	951	ATAAGACCATAACATTCCTCTATCTCACTTAAGTATACACCTATAACTAG	1000

CT990559.2	124451	AGGGCAGAGCCAGGATTTTCACTAAGAGGATTCGAAATATAAAAAGTAAA	124500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1001	AGGGCAGAGCCAGGATTTTCACTAAGAGGATTCGAAATATAAAAAGTAAA	1050

CT990559.2	124501	CCCACGAAAAGGCCAAAAGGGGTTCACAATCTACCATATATACATAAAAA	124550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1051	CCCACGAAAAGGCCAAAAGGGGTTCACAATCTACCATATATACATAAAAA	1100

CT990559.2	124551	AAAAATACTAACCATGTACAAATGGGGTAATTTTTCCTGAAGGACTAGAG	124600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1101	AAAAATACTAACCATGTACAAATGGGGTAATTTTTCCTGAAGGACTAGAG	1150

CT990559.2	124601	CAGAAACATTAACAAGTGAAAAGTTAACAACTCTATTTGTGTTCCCTCTT	124650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1151	CAGAAACATTAACAAGTGAAAAGTTAACAACTCTATTTGTGTTCCCTCTT	1200

CT990559.2	124651	CAACAATGAAATGGGAATTTTCATCACTAAAACACAATCTCATTCCAAAG	124700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1201	CAACAATGAAATGGGAATTTTCATCACTAAAACACAATCTCATTCCAAAG	1250

CT990559.2	124701	AGGAAAATTAACCATTCTGAGCATATAAAGCAGAGCACTTACGTCAACCA	124750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1251	AGGAAAATTAACCATTCTGAGCATATAAAGCAGAGCACTTACGTCAACCA	1300

CT990559.2	124751	AGTTGATTCATTTCTACAATCACTTTCACCAATTATGAAAACCAAAAGCC	124800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1301	AGTTGATTCATTTCTACAATCACTTTCACCAATTATGAAAACCAAAAGCC	1350

CT990559.2	124801	CCCTAAATACAATATCCCAAGAAAACACAAGAATCATACAAACAAGTAGA	124850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1351	CCCTAAATACAATATCCCAAGAAAACACAAGAATCATACAAACAAGTAGA	1400

CT990559.2	124851	ATTAAACAAAGGGAACTAACGCTGCATCAGTAGGTTGGCCATTGCCACCC	124900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1401	ATTAAACAAAGGGAACTAACGCTGCATCAGTAGGTTGGCCATTGCCACCC	1450

CT990559.2	124901	AATTCAAAGTCAACGGCAGCAAGCATTCTTCCATGGCGGCGACTATCATG	124950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1451	AATTCAAAGTCAACGGCAGCAAGCATTCTTCCATGGCGGCGACTATCATG	1500

CT990559.2	124951	AGCTCTGAGTTCCTTCAAGATTGAACCTCCACGCCCACCATACTTATGTT	125000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1501	AGCTCTGAGTTCCTTCAAGATTGAACCTCCACGCCCACCATACTTATGTT	1550

CT990559.2	125001	TCACATTAAAAACAACATTTTCTCCCTTTACTGCCACAGCCAAAACCAAA	125050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1551	TCACATTAAAAACAACATTTTCTCCCTTTACTGCCACAGCCAAAACCAAA	1600

CT990559.2	125051	ATTAACAAAAATATCAAATACCCTTTTCTCCTCAGATCCATTATCACAAC	125100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1601	ATTAACAAAAATATCAAATACCCTTTTCTCCTCAGATCCATTATCACAAC	1650

CT990559.2	125101	ATACAAATACAAAACACCCACTTCCCAAAATCCAATCTTTATAAACACCC	125150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1651	ATACAAATACAAAACACCCACTTCCCAAAATCCAATCTTTATAAACACCC	1700

CT990559.2	125151	ACAAGAGAAAAATGGGATGTATGAATGAATGAAGCAAGAAAAGAACTTTT	125200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1701	ACAAGAGAAAAATGGGATGTATGAATGAATGAAGCAAGAAAAGAACTTTT	1750

CT990559.2	125201	TTTCCCTTTATACACAACAATGATGAAATATTATATTTTTCTTGATTTGG	125250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1751	TTTCCCTTTATACACAACAATGATGAAATATTATATTTTTCTTGATTTGG	1800

CT990559.2	125251	ATTGAGAAAAAGAGTCGGTTTTGAAAAAACCCAAAAGGAAGAAAACAAGA	125300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1801	ATTGAGAAAAAGAGTCGGTTTTGAAAAAACCCAAAAGGAAGAAAACAAGA	1850

CT990559.2	125301	TACAGAACAAATATAGTAAATGGAGATTGGCGTCAAGACTCAGGACCTCT	125350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1851	TACAGAACAAATATAGTAAATGGAGATTGGCGTCAAGACTCAGGACCTCT	1900

CT990559.2	125351	TCAAAGTGTAATAATTCTTTACAATTTTCGAAAGAATGAATAAAATAGTA	125400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1901	TCAAAGTGTAATAATTCTTTACAATTTTCGAAAGAATGAATAAAATAGTA	1950

CT990559.2	125401	TATAGTTATCTTTGAGGAAAGGGGTAGTGTTCTGAAAAAGGAGAAAGCTT	125450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019621.10	1951	TATAGTTATCTTTGAGGAAAGGGGTAGTGTTCTGAAAAAGGAGAAAGCTT	2000

Overview

Query
CT990559.2 - 125450 bps
Hit
CU019621.10 - 88559 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192020001234511254501120001
Short-link