<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT990637.2	1	AAGCTTCTCTGGTTCTCCGACTTCATTAATTATCCAAATTATTTTCTTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	111642	AAGCTTCTCTGGTTCTCCGACTTCATTAATTATCCAAATTATTTTCTTCA	111691

CT990637.2	51	TACTTTTCATTTTTAGGAGTTTCAGGAACGTGCGTTGCACGTTTATCTCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	111692	TACTTTTCATTTTTAGGAGTTTCAGGAACGTGCGTTGCACGTTTATCTCT	111741

CT990637.2	101	TAACTATTTTATAAAATTTGTACTTGATAGACTTCCTATTGGTAGTTATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	111742	TAACTATTTTATAAAATTTGTACTTGATAGACTTCCTATTGGTAGTTATT	111791

CT990637.2	151	CATGTCAAATTATTTTGAAAAATAAAAGAAATTGCTACTATAAAGTGTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	111792	CATGTCAAATTATTTTGAAAAATAAAAGAAATTGCTACTATAAAGTGTCT	111841

CT990637.2	201	TTGGAAAATGAAAACCCTTTCCAATCTTTATATAGTTCTTTTTCGATGAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	111842	TTGGAAAATGAAAACCCTTTCCAATCTTTATATAGTTCTTTTTCGATGAT	111891

CT990637.2	251	TTTTGAATTTCTTTTTAATGTAATTATATAAGTGAGGTCTTAAAAAAATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	111892	TTTTGAATTTCTTTTTAATGTAATTATATAAGTGAGGTCTTAAAAAAATT	111941

CT990637.2	301	ATACATATGCATCCTTACTTCTAGGATGTAACTTGTAAATGTAAATATAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	111942	ATACATATGCATCCTTACTTCTAGGATGTAACTTGTAAATGTAAATATAT	111991

CT990637.2	351	ATATAGATATAGAAAAGGCATGTAACTTGTAAATGAAAATATAAATATAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	111992	ATATAGATATAGAAAAGGCATGTAACTTGTAAATGAAAATATAAATATAG	112041

CT990637.2	401	ATATAGAGAAGAAGAAACTTGATATTAACATATGACAATATAATGGAAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112042	ATATAGAGAAGAAGAAACTTGATATTAACATATGACAATATAATGGAAGT	112091

CT990637.2	451	ATCAACGTAACTCCAACAATCCTTTGTCACAACCTACATATAATTAATAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112092	ATCAACGTAACTCCAACAATCCTTTGTCACAACCTACATATAATTAATAT	112141

CT990637.2	501	TGTTATTGTAATAATATATGATCTCTTTGTCATGCTTTCCCTATTAAAGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112142	TGTTATTGTAATAATATATGATCTCTTTGTCATGCTTTCCCTATTAAAGC	112191

CT990637.2	551	AATGAAATGTTATTAGAATGACTCGCTGTTATATATCTTGCAAATTAATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112192	AATGAAATGTTATTAGAATGACTCGCTGTTATATATCTTGCAAATTAATA	112241

CT990637.2	601	AATTACATTGATAGTTAACGAAGAAGTTGAGGGTCACATTAATTAGTACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112242	AATTACATTGATAGTTAACGAAGAAGTTGAGGGTCACATTAATTAGTACA	112291

CT990637.2	651	TGACAGGACATTAAGAGAATCAATACTTATTGGAGAGAAGTTTGATGGTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112292	TGACAGGACATTAAGAGAATCAATACTTATTGGAGAGAAGTTTGATGGTC	112341

CT990637.2	701	ACACACATCAATTGGTGAAACTGATATAATTAATCAAATAAATTGAATAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112342	ACACACATCAATTGGTGAAACTGATATAATTAATCAAATAAATTGAATAA	112391

CT990637.2	751	CATCTGGAAGAGAATTAAATGGGCGTAAAAGGAATGACAAATAGAAGTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112392	CATCTGGAAGAGAATTAAATGGGCGTAAAAGGAATGACAAATAGAAGTTA	112441

CT990637.2	801	ATCTTTTTTTTATCTTTTTTTAAAACGATTAATTAACTTTTAAAGGATGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112442	ATCTTTTTTTTATCTTTTTTTAAAACGATTAATTAACTTTTAAAGGATGA	112491

CT990637.2	851	TATGTATTATTTATTGTTTTATATTATGTTGATTTATTGTAGGAATAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112492	TATGTATTATTTATTGTTTTATATTATGTTGATTTATTGTAGGAATAAAA	112541

CT990637.2	901	TGGTAATTCAGCTTTTGTACTTTGAATTTTTCCACTTATAATATAATAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112542	TGGTAATTCAGCTTTTGTACTTTGAATTTTTCCACTTATAATATAATAAG	112591

CT990637.2	951	ATTCTTGCGGCTTGTTGACCAATAATTGACAAAATATATTGAAATTTATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112592	ATTCTTGCGGCTTGTTGACCAATAATTGACAAAATATATTGAAATTTATT	112641

CT990637.2	1001	GTAAATAATTTTTTTGACTAAAGTGCAAAACAACTTCATAAATATGTGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112642	GTAAATAATTTTTTTGACTAAAGTGCAAAACAACTTCATAAATATGTGTT	112691

CT990637.2	1051	TTTGAAATTAAAAAAAAAAATCTATATTATTCTCTAACAATTACTTTTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112692	TTTGAAATTAAAAAAAAAAATCTATATTATTCTCTAACAATTACTTTTAT	112741

CT990637.2	1101	TATTATAATGTATCTGTATAGTCCATGTAGTTTCATTTTATTTTATCAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112742	TATTATAATGTATCTGTATAGTCCATGTAGTTTCATTTTATTTTATCAAA	112791

CT990637.2	1151	GTTAAAATATTAATTTATAATTTAAATATCTTAACATTTATCAAAGACTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112792	GTTAAAATATTAATTTATAATTTAAATATCTTAACATTTATCAAAGACTG	112841

CT990637.2	1201	ACATTTTTTTTCTTATATTCAGATGTTTAATAATAAATAGTCTTGATCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112842	ACATTTTTTTTCTTATATTCAGATGTTTAATAATAAATAGTCTTGATCAT	112891

CT990637.2	1251	TTACTGTTCAAATCTAGAGACAAAATCGTAATCACTCAATTGTGTATTAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112892	TTACTGTTCAAATCTAGAGACAAAATCGTAATCACTCAATTGTGTATTAA	112941

CT990637.2	1301	AATTTAGACATGTTAATCTTAATGAAAACAAATGAAACCTAAGCTATATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112942	AATTTAGACATGTTAATCTTAATGAAAACAAATGAAACCTAAGCTATATA	112991

CT990637.2	1351	TGACAATACATGTTGCTAACATGTATCATCTGACACATTATTTAATTTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	112992	TGACAATACATGTTGCTAACATGTATCATCTGACACATTATTTAATTTTT	113041

CT990637.2	1401	ATCATTGTATCTTACTATGTGTATATGCATCAAATAAAATATACGCATGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113042	ATCATTGTATCTTACTATGTGTATATGCATCAAATAAAATATACGCATGT	113091

CT990637.2	1451	ATAAATATACATATGTATCTGATAAAAGTGTACAAGTTTGTATGTTAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113092	ATAAATATACATATGTATCTGATAAAAGTGTACAAGTTTGTATGTTAAAA	113141

CT990637.2	1501	ATCTAAATATCGGTGAATCGTAAAAAAAAAAAGAGAATGTTGATTGTTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113142	ATCTAAATATCGGTGAATCGTAAAAAAAAAAAGAGAATGTTGATTGTTTT	113191

CT990637.2	1551	GTTTATTTTCTTAGAAGAAGTTGTGATATGTCAGATCCATTATAATTGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113192	GTTTATTTTCTTAGAAGAAGTTGTGATATGTCAGATCCATTATAATTGTT	113241

CT990637.2	1601	ATAAGCATGATTTTCTCGTTAATTATTAACTTTCAATTATACTATTTAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113242	ATAAGCATGATTTTCTCGTTAATTATTAACTTTCAATTATACTATTTAAT	113291

CT990637.2	1651	TATACACGCTCCTTAGTTAATGCAAATACATATAAATTATATTTATTTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113292	TATACACGCTCCTTAGTTAATGCAAATACATATAAATTATATTTATTTTG	113341

CT990637.2	1701	AGAAATTAATGAGACTTCTTTGCCATGATCGAAACTTGTAGTAAAATTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113342	AGAAATTAATGAGACTTCTTTGCCATGATCGAAACTTGTAGTAAAATTTA	113391

CT990637.2	1751	AACGATCCATCGAAATATGCTTTTTGCAAGTTAAGATGGAATTCAGCAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113392	AACGATCCATCGAAATATGCTTTTTGCAAGTTAAGATGGAATTCAGCAAT	113441

CT990637.2	1801	AGTGTAAACTATGATTTGTTTGCCTGTTGGGTGTACGGAAATTTTAAGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113442	AGTGTAAACTATGATTTGTTTGCCTGTTGGGTGTACGGAAATTTTAAGTG	113491

CT990637.2	1851	AGTATGATTGACATACATTATAATGTCTTTTAGATGTTAAATTTAGATTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113492	AGTATGATTGACATACATTATAATGTCTTTTAGATGTTAAATTTAGATTT	113541

CT990637.2	1901	CTTTTCAATTAAAGATGAAAAGTCACATACCAAAAGTATTAAACTAGAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113542	CTTTTCAATTAAAGATGAAAAGTCACATACCAAAAGTATTAAACTAGAAA	113591

CT990637.2	1951	TATTACAATAGCTCAAGAAATAAAAATGTTATTTTTCGTTATTTATTTAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019620.9	113592	TATTACAATAGCTCAAGAAATAAAAATGTTATTTTTCGTTATTTATTTAT	113641

Overview

Query
CT990637.2 - 114152 bps
Hit
CU019620.9 - 113641 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100178920001200011116421136411
288.893777368706787802-134435351811
391.114126928711187802-180844815401
Short-link