<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU041253.11	1	TGAGAGAATATCTTTGAACAGAATCGGATAAAGGGATGAACCAGCGGCTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52019	TGAGAGAATATCTTTGAACAGAATCGGATAAAGGGATGAACCAGCGGCTT	52068

CU041253.11	51	AATATATGACTTGTAGTTATCGTCCATTAAACCATGCATGACCCATATGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52069	AATATATGACTTGTAGTTATCGTCCATTAAACCATGCATGACCCATATGG	52118

CU041253.11	101	TGATGGAAATTGTATTGTGTTCCTCTGATGGAATTTGTATACGAAAATTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52119	TGATGGAAATTGTATTGTGTTCCTCTGATGGAATTTGTATACGAAAATTA	52168

CU041253.11	151	TTGTTTAATATTTTACAGTTTATATCGAAGCTGACAATTGAGCATGATAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52169	TTGTTTAATATTTTACAGTTTATATCGAAGCTGACAATTGAGCATGATAC	52218

CU041253.11	201	AATGTATTTATTACAATATTTGTATCCTTTTCTTTTAGTCTCGCTTCTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52219	AATGTATTTATTACAATATTTGTATCCTTTTCTTTTAGTCTCGCTTCTCT	52268

CU041253.11	251	TTTCCATTCTTCATGCATCCTTGGAGTCTGGCACCGGCACCGGCACCGAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52269	TTTCCATTCTTCATGCATCCTTGGAGTCTGGCACCGGCACCGGCACCGAT	52318

CU041253.11	301	GAAATAGGAATTACATGTTTAGAAGGGGGCAAAAAGCATTGTTTTTGGTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52319	GAAATAGGAATTACATGTTTAGAAGGGGGCAAAAAGCATTGTTTTTGGTC	52368

CU041253.11	351	ACTCCTATAGCTCATATTTTTCTATTCACGTGGGAATAGCACCAAGTTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52369	ACTCCTATAGCTCATATTTTTCTATTCACGTGGGAATAGCACCAAGTTCT	52418

CU041253.11	401	AAGAACTATGAATGGAGGACATAGAGGGACGGTTTGGAGCCAACAGTGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52419	AAGAACTATGAATGGAGGACATAGAGGGACGGTTTGGAGCCAACAGTGGT	52468

CU041253.11	451	TGATCTTGTTGGTAAGGTTTGACCCGGTTAAACCTCCGAGGTTAAACTCG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52469	TGATCTTGTTGGTAAGGTTTGACCCGGTTAAACCTCCGAGGTTAAACTCG	52518

CU041253.11	501	CCTAAATTTTATTTCTAAAACAAAAAAAGAGTTTGTTTTGGATACAATAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52519	CCTAAATTTTATTTCTAAAACAAAAAAAGAGTTTGTTTTGGATACAATAC	52568

CU041253.11	551	GTTGTGTTAAATTCACCTATTCACCGTTTAATGAGGCATATCTTTGATGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52569	GTTGTGTTAAATTCACCTATTCACCGTTTAATGAGGCATATCTTTGATGG	52618

CU041253.11	601	ATAATCTAAGATATGTTATGAGTATCTTAAGTGGATGTTTAGAATCCTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52619	ATAATCTAAGATATGTTATGAGTATCTTAAGTGGATGTTTAGAATCCTTT	52668

CU041253.11	651	GTACTTATCTATTAAGTGACATCATTTTACTTATCTCATAGGTCACATCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52669	GTACTTATCTATTAAGTGACATCATTTTACTTATCTCATAGGTCACATCT	52718

CU041253.11	701	TTATGTACTTGACTTTAAATCATATCATTGTACTTCTCTATAAATAAAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52719	TTATGTACTTGACTTTAAATCATATCATTGTACTTCTCTATAAATAAAGA	52768

CU041253.11	751	TCACATGCAACCTATTTTGCACATAACAAAAGAATAATATAACTAGACCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52769	TCACATGCAACCTATTTTGCACATAACAAAAGAATAATATAACTAGACCA	52818

CU041253.11	801	TTGACCCATGCTAACGCACGGGTCATTTTAAGAAGTAAATATTCATGTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52819	TTGACCCATGCTAACGCACGGGTCATTTTAAGAAGTAAATATTCATGTAA	52868

CU041253.11	851	AAATAAAACAATGTAGTTCGCTTGAATGTAAAAATTGTCGTGAATCAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52869	AAATAAAACAATGTAGTTCGCTTGAATGTAAAAATTGTCGTGAATCAAAA	52918

CU041253.11	901	CATAATGTCAATTACGATAGACTTTGTTATTGTTCCATAATTCTAAGTGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52919	CATAATGTCAATTACGATAGACTTTGTTATTGTTCCATAATTCTAAGTGG	52968

CU041253.11	951	AAAGGTGTTGCACAATTTATCTAAACATGGACTAATTGTAAATAACATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	52969	AAAGGTGTTGCACAATTTATCTAAACATGGACTAATTGTAAATAACATCA	53018

CU041253.11	1001	AGGTAGATGGTATCATGCGACCCAACCATCGGAGCACCCCCTCTGATCTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53019	AGGTAGATGGTATCATGCGACCCAACCATCGGAGCACCCCCTCTGATCTT	53068

CU041253.11	1051	CACACCTTCACGAAAGTTGCTTGCAAATTCATCTTGTCGAGAAGGAAATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53069	CACACCTTCACGAAAGTTGCTTGCAAATTCATCTTGTCGAGAAGGAAATG	53118

CU041253.11	1101	CATAGGGGGGTCAAAAACCGGGTAGGGGATACTCTTGTGAAACCTATCAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53119	CATAGGGGGGTCAAAAACCGGGTAGGGGATACTCTTGTGAAACCTATCAG	53168

CU041253.11	1151	TCAACTGTATATCAAACTGTCCGTCGCTAACAAAAACCAAGGTAATCCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53169	TCAACTGTATATCAAACTGTCCGTCGCTAACAAAAACCAAGGTAATCCAG	53218

CU041253.11	1201	GCACCAAGATCGATTCCATAAAATTCACGAATCGCTTTCCATCCCTTTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53219	GCACCAAGATCGATTCCATAAAATTCACGAATCGCTTTCCATCCCTTTGT	53268

CU041253.11	1251	GAGAAAAAATGCTTTGTTTACTTTGTCGACCAATACTTCAAACTTGTTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53269	GAGAAAAAATGCTTTGTTTACTTTGTCGACCAATACTTCAAACTTGTTGG	53318

CU041253.11	1301	ACTTAGGATCAGTCAATATTGCATAGCGCCCAATTTGATCTTCAAAATCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53319	ACTTAGGATCAGTCAATATTGCATAGCGCCCAATTTGATCTTCAAAATCA	53368

CU041253.11	1351	CCGCCAAACATGTTTGGCAAGCATACTGCACCCTAAAAAAATAACAAACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53369	CCGCCAAACATGTTTGGCAAGCATACTGCACCCTAAAAAAATAACAAACA	53418

CU041253.11	1401	AAAACATCACAAACGTTGATAAAATAGAATGCAAATAATTAAGAATAGGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53419	AAAACATCACAAACGTTGATAAAATAGAATGCAAATAATTAAGAATAGGT	53468

CU041253.11	1451	ATATTTCGCAAAAAACACATACAACATCAATGTCATATTCAACGATATAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53469	ATATTTCGCAAAAAACACATACAACATCAATGTCATATTCAACGATATAT	53518

CU041253.11	1501	GATCTGTATTTCAGTCTCAGCTTATTGATTGTTCTGTCAAGATCGGAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53519	GATCTGTATTTCAGTCTCAGCTTATTGATTGTTCTGTCAAGATCGGAAAG	53568

CU041253.11	1551	AGGGTTTTTCACTAACGGACCTACAAAAGATTAAGAGGGATTGAAAGAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53569	AGGGTTTTTCACTAACGGACCTACAAAAGATTAAGAGGGATTGAAAGAAT	53618

CU041253.11	1601	GATTTATACTTTACAACAGCGAGGAATAAGAGCAAAAGTCTATATATTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53619	GATTTATACTTTACAACAGCGAGGAATAAGAGCAAAAGTCTATATATTTA	53668

CU041253.11	1651	GTATAAACCAGAGTGGAATGAAGATATGGTTACCAGTGAGGCAGTGGTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53669	GTATAAACCAGAGTGGAATGAAGATATGGTTACCAGTGAGGCAGTGGTAT	53718

CU041253.11	1701	GACAGCAAAGTCTGAATGTTTCTGGAAGCCATGTTGATTAAGAAATTTCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53719	GACAGCAAAGTCTGAATGTTTCTGGAAGCCATGTTGATTAAGAAATTTCG	53768

CU041253.11	1751	GTTTAAGAGAAATATATGGTTTTAGAAAGAGATTTCGGTTTAGGAGAAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53769	GTTTAAGAGAAATATATGGTTTTAGAAAGAGATTTCGGTTTAGGAGAAAG	53818

CU041253.11	1801	GATTAAAATATATTGGTGAGGGTTTGGAGGAGGGGAGTTAGGAGATATGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53819	GATTAAAATATATTGGTGAGGGTTTGGAGGAGGGGAGTTAGGAGATATGG	53868

CU041253.11	1851	TTTATGAAAATCAATTAGATAGGTTTTAGGAGGAGTGAAGTTAGGAAATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53869	TTTATGAAAATCAATTAGATAGGTTTTAGGAGGAGTGAAGTTAGGAAATC	53918

CU041253.11	1901	ATGGTTGGGGTTTGGAGGAGGGAAATTAGGAAATATGGTTAGGTTTTGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53919	ATGGTTGGGGTTTGGAGGAGGGAAATTAGGAAATATGGTTAGGTTTTGAA	53968

CU041253.11	1951	GGAGGGAAAAATTGCTAAAATATTAGGTTAAAATTAGGGCAACAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019605.7	53969	GGAGGGAAAAATTGCTAAAATATTAGGTTAAAATTAGGGCAACAAAGCTT	54018

Overview

Query
CU041253.11 - 121861 bps
Hit
CU019605.7 - 54018 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001930200012000152019540181
284.19792336110361335120447206801
396.351382196137961597120681208991
482.0387224706153464003120685231661
Short-link