<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CT010518.7	133015	TCAACCAGTGTGAAAGCAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTGACAAAA	133064
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	107087	TCAACCAGTGTGAAAGCAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTGACAAAA	107038

  CT010518.7	133065	AAAACCATAGGTTGTTGAATATCCTATTTACTTACATTTAATTATTTTTA	133114
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	107037	AAAACCATAGGTTGTTGAATATCCTATTTACTTACATTTAATTATTTTTA	106988

  CT010518.7	133115	ATTTATTTGTTTAGATGATTTTAAAATTGACATGTTGGTTTGGCTTTCAC	133164
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106987	ATTTATTTGTTTAGATGATTTTAAAATTGACATGTTGGTTTGGCTTTCAC	106938

  CT010518.7	133165	GCAAGGTTTACTGCTTTTCCATTGCAATATATAATGTTCTTTGACTCATC	133214
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106937	GCAAGGTTTACTGCTTTTCCATTGCAATATATAATGTTCTTTGACTCATC	106888

  CT010518.7	133215	GCATTCCATGTAGGAAGAGTATTGAACAATGAACTTGTGAAGAGTACCAA	133264
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106887	GCATTCCATGTAGGAAGAGTATTGAACAATGAACTTGTGAAGAGTACCAA	106838

  CT010518.7	133265	AGAAGGATTAATACTTTATATATCACCATACGGATTAAATTAGTAATCCA	133314
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106837	AGAAGGATTAATACTTTATATATCACCATACGGATTAAATTAGTAATCCA	106788

  CT010518.7	133315	AAACGAATAGAAACAAAACAACAATTGCATAGGAGGAAGACAGATGGAGA	133364
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106787	AAACGAATAGAAACAAAACAACAATTGCATAGGAGGAAGACAGATGGAGA	106738

  CT010518.7	133365	AGAAGACCGACCTGTATTTGCCTCATGAATTGATCATACAAATCATGTTG	133414
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106737	AGAAGACCGACCTGTATTTGCCTCATGAATTGATCATACAAATCATGTTG	106688

  CT010518.7	133415	AGGTTACCGGTGAAGTCTCTCATACGTTTCAAATGCGTTTGTAAGTCATG	133464
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106687	AGGTTACCGGTGAAGTCTCTCATACGTTTCAAATGCGTTTGTAAGTCATG	106638

  CT010518.7	133465	GTTAGCTCTTATCTCTGATCATAACTTTGCAAAATCGCATTTTGAACTTT	133514
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106637	GTTAGCTCTTATCTCTGATCATAACTTTGCAAAATCGCATTTTGAACTTT	106588

  CT010518.7	133515	CCCCTGCAACACACACTAATAGAATTGTGTTCATGTCAACTCTAGCTCTG	133564
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106587	CCCCTGCAACACACACTAATAGAATTGTGTTCATGTCAACTCTAGCTCTG	106538

  CT010518.7	133565	GAAACTCGATCCATAGATTTTGAAGCATCGCTTAACGATGATTCTGCTTC	133614
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106537	GAAACTCGATCCATAGATTTTGAAGCATCGCTTAACGATGATTCTGCTTC	106488

  CT010518.7	133615	TACTTCACTTAACCTTAATTTTATGCTTCCCGAATCTTATTCTAATCTTG	133664
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106487	TACTTCACTTAACCTTAATTTTATGCTTCCCGAATCTTATTCTAATCTTG	106438

  CT010518.7	133665	AAATTAAAAGTTCTTGTAGAGGATTTATAGTTTTGACTTGTTCTTCCAAC	133714
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106437	AAATTAAAAGTTCTTGTAGAGGATTTATAGTTTTGACTTGTTCTTCCAAC	106388

  CT010518.7	133715	ATTTATCTATGGAATCCATCGACCAGACATCACAAGAAAATACCATTTCC	133764
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106387	ATTTATCTATGGAATCCATCGACCAGACATCACAAGAAAATACCATTTCC	106338

  CT010518.7	133765	TCCTTCCAATTTAGATGCCAAATATTCATGTTGTCTATATGGTTTTGGGT	133814
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106337	TCCTTCCAATTTAGATGCCAAATATTCATGTTGTCTATATGGTTTTGGGT	106288

  CT010518.7	133815	ATGACCATTCAAGAGATGATTACTTGGTGGTATCAGTGTCCTATGATAAG	133864
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106287	ATGACCATTCAAGAGATGATTACTTGGTGGTATCAGTGTCCTATGATAAG	106238

  CT010518.7	133865	AGTATAGACCTAATTGAAGAAAATATTTCATCACATTTGAAGTTTTTCTC	133914
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106237	AGTATAGACCTAATTGAAGAAAATATTTCATCACATTTGAAGTTTTTCTC	106188

  CT010518.7	133915	TTTGAGAGCTAATACATGGAACGAAATTGAGTGTCTTGGATTGGTGAAGT	133964
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106187	TTTGAGAGCTAATACATGGAACGAAATTGAGTGTCTTGGATTGGTGAAGT	106138

  CT010518.7	133965	ATAAGCACTTCCCTTATTATATGAATGTAAATGATGATCCCACAGTAGGG	134014
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106137	ATAAGCACTTCCCTTATTATATGAATGTAAATGATGATCCCACAGTAGGG	106088

  CT010518.7	134015	ACACTCTTTAATGGGAATATTCATTGGTTCTCTTTTCGCAATGATTTATC	134064
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106087	ACACTCTTTAATGGGAATATTCATTGGTTCTCTTTTCGCAATGATTTATC	106038

  CT010518.7	134065	AATGGATGTTATTATTGCCTTTGATTTAGTGGAAAGGGAACTTTTGGAGA	134114
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	106037	AATGGATGTTATTATTGCCTTTGATTTAGTGGAAAGGGAACTTTTGGAGA	105988

  CT010518.7	134115	TGCCTTTTCCAGATGGTTTTGATCATGAACCTATGGATTGTGATTTGTGG	134164
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105987	TGCCTTTTCCAGATGGTTTTGATCATGAACCTATGGATTGTGATTTGTGG	105938

  CT010518.7	134165	ATATTTGGAGAATTTCTCAGTCTATGGGCTATGGGGGGTGTAACAATTGA	134214
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105937	ATATTTGGAGAATTTCTCAGTCTATGGGCTATGGGGGGTGTAACAATTGA	105888

  CT010518.7	134215	AATATGGGTTATGAAAGAATACAAAGTGCATTCGTCTTGGACTAAGACTC	134264
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105887	AATATGGGTTATGAAAGAATACAAAGTGCATTCGTCTTGGACTAAGACTC	105838

  CT010518.7	134265	TTGTCCTATCTATTGATTACATTTACATTCAGTATGATCCCCCAATATGC	134314
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105837	TTGTCCTATCTATTGATTACATTTACATTCAGTATGATCCCCCAATATGC	105788

  CT010518.7	134315	TCTACAAAATGTGGTCATATTATTGGAACAAATGGTACTGGATTGGTGAA	134364
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105787	TCTACAAAATGTGGTCATATTATTGGAACAAATGGTACTGGATTGGTGAA	105738

  CT010518.7	134365	GTATGATGGCAATGGTCAGCTGCTAGAAAATCGCTCATACTATAACGATC	134414
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105737	GTATGATGGCAATGGTCAGCTGCTAGAAAATCGCTCATACTATAACGATC	105688

  CT010518.7	134415	CATGTGGACGCCTAGTAGCTATGTATACAGAGTCCCTGCTTTCACTCCCC	134464
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105687	CATGTGGACGCCTAGTAGCTATGTATACAGAGTCCCTGCTTTCACTCCCC	105638

  CT010518.7	134465	GGTGACAGTGAACAAATCTAAGAAGATGACACACAGAAGAAGAATGAAGT	134514
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105637	GGTGACAGTGAACAAATCTAAGAAGATGACACACAGAAGAAGAATGAAGT	105588

  CT010518.7	134515	TGTGAAACATTTTTCTTCAACTTTTTCTTAATATTTATAATTATAGTGTA	134564
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105587	TGTGAAACATTTTTCTTCAACTTTTTCTTAATATTTATAATTATAGTGTA	105538

  CT010518.7	134565	TTATAAACTCTTGGGTAGCTGCACTTGCCGGGTAATATGTGTTTGATTGT	134614
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105537	TTATAAACTCTTGGGTAGCTGCACTTGCCGGGTAATATGTGTTTGATTGT	105488

  CT010518.7	134615	GTTTGTAATATGATCCAGTATGCCACATGAGCTAATGTACTATGTTTATT	134664
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105487	GTTTGTAATATGATCCAGTATGCCACATGAGCTAATGTACTATGTTTATT	105438

  CT010518.7	134665	GGTCAAATATCTGTAATGTTCAATGAAAATGTTGACAATTTCATTTGTGT	134714
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105437	GGTCAAATATCTGTAATGTTCAATGAAAATGTTGACAATTTCATTTGTGT	105388

  CT010518.7	134715	GATTCACAGTTAATTATGCATGTTAACTTATTGAGTTTTAATATATATGC	134764
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105387	GATTCACAGTTAATTATGCATGTTAACTTATTGAGTTTTAATATATATGC	105338

  CT010518.7	134765	TGTGTTACTTGTTTGCAATATTCTTATGAAGTGTCATGTTGAAAAATATT	134814
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105337	TGTGTTACTTGTTTGCAATATTCTTATGAAGTGTCATGTTGAAAAATATT	105288

  CT010518.7	134815	GAAAAATTATTTATGTCTTCACTTAATAGCTTAAACTTTTGGCATAGTTT	134864
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105287	GAAAAATTATTTATGTCTTCACTTAATAGCTTAAACTTTTGGCATAGTTT	105238

  CT010518.7	134865	GTTGATGAAATGGTATCACAGCTTTTGGCATAGTTCGTTGATGAAATGGT	134914
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105237	GTTGATGAAATGGTATCACAGCTTTTGGCATAGTTCGTTGATGAAATGGT	105188

  CT010518.7	134915	ATCACAGTCGATTCTTCAAGAGCTGTAGTTTCAGGGGGTTATGTTAAAGA	134964
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105187	ATCACAGTCGATTCTTCAAGAGCTGTAGTTTCAGGGGGTTATGTTAAAGA	105138

  CT010518.7	134965	TATGATATAAAAACTATTCATGTACTTTCCACCTAAAATAGCTAAAGCTT	135014
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013542.5	105137	TATGATATAAAAACTATTCATGTACTTTCCACCTAAAATAGCTAAAGCTT	105088

Overview

Query
CT010518.7 - 135014 bps
Hit
CU013542.5 - 107087 bps
Total alignments
15
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191320001330151350141105088107087-1
293.554262339013396218105481116-1
31003438339013393818112981166-1
489.44101161729127307218937189532-1
591.584826777856979245130803314981
682.73922208435284571145884806-1
793.241041481214931216401102448102592-1
890.431392091308471310551102211102417-1
983.3713542113246313288319799798386-1
1091.061089159813318413478119631697910-1
1190.65953142113333513475518677788192-1
1296.469311313480913492119591196023-1
1397.22313613485013488519591195946-1
1489.9410215913485613501418628186443-1
1595.79799513492013501419577595869-1
Short-link