<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 10171 bps / non-identical: 3050 bps

Full alignment

C  CT009558.5	51139	ATAATATATATAAAGAAGATTAAGATACAAGGACACAGCTACGAAGAACA	51090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1	ATAATATATATAAAGAAGATTAAGATACAAGGACACAGCTACGAAGAACA	50

C  CT009558.5	51089	AAAGT-AAAAAACAAGCTAGAGTTGGGTGTGCAACTAAGGTTGGGCTTGC	51041
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	51	AAAGTAAAAAAACAAGCTAGAGTTGGGTGTGCAACTAAGGTTGGGCTTGC	100

C  CT009558.5	51040	TTATACAACTGTTCTAAGAGATACTTGATCTGATCATCCTTCTTCTGAAG	50991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	101	TTATACAACTGTTCTAAGAGATACTTGATCTGATCATCCTTCTTCTGAAG	150

C  CT009558.5	50990	TAGCTCATCCTTTTCCCTCATTCTTCGTTTAAATCCAGCCTGAATTCTAG	50941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	151	TAGCTCATCCTTTTCCCTCATTCTTCGTTTAAATCCAGCCTGAATTCTAG	200

C  CT009558.5	50940	CAGCCCTAGTGATGTACTCTTCTTCTGGATAGAAAGGAGTGATGTCCAGC	50891
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	201	CAGCCCTAGTGATGTACTCTTCTTCTGAATAGAAAGGAGTGATGTCCAGC	250

C  CT009558.5	50890	AGAGGCACAAAAATTCAGCTCTTTCTCCTTAGCTGCTTCATGCATATCAT	50841
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	251	AGAGGCAC-AAAATTCAGCTCTTTCTCCTTAGCTGCTTCATGCATATCAT	299

C  CT009558.5	50840	CCAAAAGCTTTTTCAGCATAGCAGAGTGAGATGACACACATTTAGTTCTA	50791
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	300	CCAAAAGCTTCTTCAGCATAGCAGAGTGAGATGACACACATTTAGTTCTA	349

C  CT009558.5	50790	AGCTGATCCAGCAGCTCATCAAAGCTCTTCTGTAGATCCATCCACTGATC	50741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	350	AGCTGATCCAGCAGCTCATCAAAGCTCTTCTGTAGATCCATCCACTGATC	399

C  CT009558.5	50740	ATAATAGTGAATAGGAGGTGCAGGAACTGTTCTGCGAAGAATCAGTGCCT	50691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	400	ATAATAGTGAATAGGAGGTGCAGGAACTGTTCTGCGAAGAATCAGTGCCT	449

C  CT009558.5	50690	GAATCTCATCACTAAGTCTGATCAGTTGTTCCTCTATATACTCAGACTCC	50641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	450	GAATCTCATCACTAAGTCTGATCAGTTGTTCCTCTATATACTCAGACTCC	499

C  CT009558.5	50640	AGGATATGGTCAGGGATGGGTGAAGGTTCAGTTTGAGTTGTATGTGATTT	50591
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
  CU013523.3	500	AGGATATGGTCAGGGATGGGTGAAGGTTCAGTTTGAGTTGTATGTGATGT	549

C  CT009558.5	50590	GGAAGGTTGGTCAGAGGTTAAGTCTATTATAGTGGGTGAGTCTGGTTGTT	50541
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	550	GGAAGGTTTGTCAGAGGTTAAGTCTATTATAGTGGGTGAGTCTGGTTGTT	599

C  CT009558.5	50540	GTTGTTGTTCTGTTGTTTGGTCAGAAGTTGTTTGGTCAGGAGCAACTTGT	50491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	600	GTTGTTGTTCTGTTGTTTGGTCAGAAGTTGTTTGGTCAGGAGCAACTTGT	649

C  CT009558.5	50490	TCAGAAGCAGTTTGCTCCTGAACAGTTTGCTCAGGGATGGTTTGGGTTTC	50441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	650	TCAGAAGCAGTTTGCTCCTGAACAGTTTGCTCAGGGATGGTTTGGGTTTC	699

C  CT009558.5	50440	TGTTTGGGTTTCCAAGACAGTCTTTTCAGAAACTGTCTTCGAGGCCTTAG	50391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	700	TGTTTGGGTTTCCAAGACAGTCTTTTCAGAAACTGTCTTCGAGGCCTTAG	749

C  CT009558.5	50390	TGGGTGTTGGTTGCATTTCACCACCTAGATGTTTTTCTAAGTTGTGAAGG	50341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	750	TGGGTGTTGGTTGCATTTCACCACCTAGATGTTTTTCTAAGTTGTGAAGG	799

C  CT009558.5	50340	GTTGAGGATTCTTGGTGTTGGGGGGTTTCTGAAGTAGTTGCATCTGAAGC	50291
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
  CU013523.3	800	GTTGAGGATTCTTGGTGTTGGGGGGTTTCTGAAGTAGTTGCATCTGAAAC	849

C  CT009558.5	50290	TACTTCAGAGGCTTTTTGTGGAGATTGGTTATTTGGTGAGTTTGTTTGGG	50241
			|||||||||||||||||||||||        |||||| || ||  |||| 
  CU013523.3	850	TACTTCAGAGGCTTTTTGTGGAG--------TTTGGTTAGGTT-CTTGGT	890

C  CT009558.5	50240	TAGGTTCAGGTTGTTGTATACTAACAGGTTCTGGAGTATCTGGATATAGT	50191
			| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
  CU013523.3	891	TGGGTTCAGGTTGTTGTATACTAACAGGCTCTGGAATATCTGGATATAGT	940

C  CT009558.5	50190	GGATGAGTAGTAGGCAAATTGAATTTCTCACAAAGTTTTATCCTA-TTTT	50142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  CU013523.3	941	GGATGAGTAGTAGGCAAATTGAATTTCTCACAAAGTTTTATCCTATTTTT	990

C  CT009558.5	50141	TTGAAAATTCTATTTGAGTACTCTCATAGTCAAGTGTTCCAAATTCTGTT	50092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	991	TTGAAAATTCTATTTGAGTACTCTCATAGTCAAGTGTTCCAAATTCTGTT	1040

C  CT009558.5	50091	AGTTTGGTAGGTTTGGTTTTTAGAAGCTTGTCTATATGTTGGCTAAGGGG	50042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1041	AGTTTGGTAGGTTTGGTTTTTAGAAGCTTGTCTATATGTTGGCTAAGGGG	1090

C  CT009558.5	50041	TTGGTCATCTGATTCTGTGGATGATGAAGAGGGTGAAGAGGGTAGAGATA	49992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1091	TTGGTCATCTGATTCTGTGGATGATGAAGAGGGTGAAGAGGGTAGAGATA	1140

C  CT009558.5	49991	GAGACTGAGTATTAGTTGGAGCTTTAGATGGATTTCCTGAGGACTGAGCT	49942
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  CU013523.3	1141	GAGACTGAGTATTAGTTGGAGCTTTAGATGGATTACCTGAGGACTGAGCT	1190

C  CT009558.5	49941	TCTGGATGAATTGCTTCTGGAGCTGTTGAAACTGGATCTGATGAAGTTGC	49892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1191	TCTGGATGAATTGCTTCTGGAGCTGTTGAAACTGGATCTGATGAAGTTGC	1240

C  CT009558.5	49891	TCCTGAAGCTTGCTTATTCTTCAAGGCTTGAGAAAGCAGAGTTGCTCCAT	49842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1241	TCCTGAAGCTTGCTTATTCTTCAAGGCTTGAGAAAGCAGAGTTGCTCCAT	1290

C  CT009558.5	49841	ACTGAACTGTT------TCTAACTCAGACGCTAAAGCAGCAATGTCAGGA	49798
			|||||||||||      ||||||||||| |||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1291	ACTGAACTGTTTCTTGCTCTAACTCAGAAGCTAAAGCAGCAATGTCAGGA	1340

C  CT009558.5	49797	GTAGGCACATACCCTGCAGCCTTGAGACGCTCATCTCTTTCTTTCTCAAA	49748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
  CU013523.3	1341	GTAGGCACATACCCTGCAGCCTTGAGACGCTCATCCCTTTCTTTTTCAAA	1390

C  CT009558.5	49747	CACTTCCTTCAACCTTTTCTTTTCTGCTATCTTGGATGCAGAAACCTCTC	49698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1391	CACTTCCTTCAACCTTTTCTTTTCTGCTATCTTGGATGCAGAAACCTCTC	1440

C  CT009558.5	49697	TAGCGTACTGCCTCATTTCTTCAGTCATTTCGAAACTGGGCATGACTATG	49648
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  CU013523.3	1441	TAGCGTACTGCCTCATTTCTTCAGTCATTTCAAAACTGGGCATGACTATG	1490

C  CT009558.5	49647	GGCTCAGAAGTTGCAGTCCTTTTTGCCTTCTTGGGGCTAGAGTCTTCATC	49598
			||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
  CU013523.3	1491	GGCTCAGAAGTTGCAGTCCTTTTTGCCTTCTTGAGGCTTGAGTCTTCATC	1540

C  CT009558.5	49597	CCAGTTCTCTTCCAGTTCTTTCAACATTTCTTCCCTTCTTCCTTCAGCTG	49548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1541	CCAGTTCTCTTCCAGTTCTTTCAACATTTCTTCCCTTCTTCCTTCAGCTG	1590

C  CT009558.5	49547	TCTTCAGATTTCTTGTTAAATTAGACCTCTTCCTTTTGATGGTCTGAAGA	49498
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1591	TCTTCAGATTTCTTGTTGAATTAGACCTCTTCCTTTTGATGGTCTGAAGA	1640

C  CT009558.5	49497	GCAGCTTCTCTTTTATTTTTGGGACTTGAAGGCTTTTCAGAAGCAGCTTG	49448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
  CU013523.3	1641	GCAGCTTCTCTTTTATTTTTGGGACTTGAAGGCTTTTCAGACGCAGCTTG	1690

C  CT009558.5	49447	ATCAGAAGCAGCTTGTTCAGAACCAGCTTGTTCAGAAGCAGGCTGTTCTG	49398
			||||||||               ||||||||||| |||||||||||||||
  CU013523.3	1691	ATCAGAAG---------------CAGCTTGTTCAAAAGCAGGCTGTTCTG	1725

C  CT009558.5	49397	CTGTTTCTTGAGTACTCCTTGTCCTTTTTCTGATAAGAGGGACATCATCC	49348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1726	CTGTTTCTTGAGTACTCCTTGTCCTTTTTCTGATAAGAGGGACATCATCC	1775

C  CT009558.5	49347	AAATCCTCCACTTCCTCAAGAATGGTGGACATAGCAGATTTTTCCTTCTT	49298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1776	AAATCCTCCACTTCCTCAAGAATGGTGGACATAGCAGATTTTTCCTTCTT	1825

C  CT009558.5	49297	AGCTTTCTTATGCTTCTGAGCACCCACCTCAGTAGCATCTTCAGCAAGGT	49248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1826	AGCTTTCTTATGCTTCTGAGCACCCACCTCAGTAGCATCTTCAGCAAGGT	1875

C  CT009558.5	49247	ATTCTTCCTTGGTGATCTGCTTCTTTTTAGATTTTCTGCCTTTGGCCACA	49198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1876	ATTCTTCCTTGGTGATCTGCTTCTTTTTAGATTTTCTGCCTTTGGCCACA	1925

C  CT009558.5	49197	GGCAGATCACCACCATACATTTCTTCTGGGATATCTTTCAGGCTGATTTT	49148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1926	GGCAGATCACCACCATACATTTCTTCTGGGATATCTTTCAGGCTGATTTT	1975

C  CT009558.5	49147	CTTGTTGTAGCTCTTGTAGTAGTCCAAGATGTAGGCCCTCTGCACATCCA	49098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1976	CTTGTTGTAGCTCTTGTAGTAGTCCAAGATGTAGGCCCTCTGCACATCCA	2025

C  CT009558.5	49097	GGGGATCTTTCTTGCAGATAGGGATGTGATGAGTGACTAGATCAGATATG	49048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2026	GGGGATCTTTCTTGCAGATAGGGATGTGATGAGTGACTAGATCAGATATG	2075

C  CT009558.5	49047	ACATCAGATTCATGCATATCTGTATCTAGTTTCTTGCAAGTTGAAATCAG	48998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2076	ACATCAGATTCATGCATATCTGTATCTAGTTTCTTGCAAGTTGAAATCAG	2125

C  CT009558.5	48997	CCTCATCTTGACTAGAGTTGCCCCATTGATTATTTTTCCTGTGACTGCTC	48948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2126	CCTCATCTTGACTAGAGTTGCCCCATTGATTATTTTTCCTGTGACTGCTC	2175

C  CT009558.5	48947	CCAGCTTCTGATTATCATAAATACCCACGTCTTTCAGGGCACTTAGGAGT	48898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2176	CCAGCTTCTGATTATCATAAATACCCACGTCTTTCAGGGCACTTAGGAGT	2225

C  CT009558.5	48897	CCTCCTTCTTGAAAGATTATGGAGAGCAGCCTTCCATAGGGAACAAACTT	48848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2226	CCTCCTTCTTGAAAGATTATGGAGAGCAGCCTTCCATAGGGAACAAACTT	2275

C  CT009558.5	48847	CCTGTTCTCCATCTGGCTCTTCTTGAGTTCCTTGATCATGTATTTAAACA	48798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2276	CCTGTTCTCCATCTGGCTCTTCTTGAGTTCCTTGATCATGTATTTAAACA	2325

C  CT009558.5	48797	TATACTTGGGAACATTCATTGTTGTTTCCTGAGAGATGGTGTGATGCAGA	48748
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2326	TATACTTGGGAACGTTCATTGTTGTTTCCTGAGAGATGGTGTGATGCAGA	2375

C  CT009558.5	48747	AAGACTTTGTGACCAAGTGAAGGTTGATCATTTCCTCCACCTTTGGGAAA	48698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2376	AAGACTTTGTGACCAAGTGAAGGTTGATCATTTCCTCCACCTTTGGGAAA	2425

C  CT009558.5	48697	AATGTTTTCATTTTGGATCTTCAGCAGCATTTTCTTTTCCATGCTTAAGG	48648
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2426	AATGTTTTCATTTTGGATCTTTAGCAGCATTTTCTTTTCCATGCTTAAGG	2475

C  CT009558.5	48647	TGCTGTAAGGCTTAGCATCCTTTGATCCGTAGATAGTGTTGTTTACTATC	48598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2476	TGCTGTAAGGCTTAGCATCCTTTGATCCGTAGATAGTGTTGTTTACTATC	2525

C  CT009558.5	48597	TCCTTCCATGGGCTTGTTCTGGGGTTAGGAATCTCTTCTCCATCGTATGT	48548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2526	TCCTTCCATGGGCTTGTTCTGGGGTTAGGAATCTCTTCTCCATCGTATGT	2575

C  CT009558.5	48547	CCCAGAAGCATCCCTTCTCATGGCTTGAGCAATCACATGCTCATTGATTG	48498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2576	CCCAGAAGCATCCCTTCTCATGGCTTGAGCAATCACATGCTCATTGATTG	2625

C  CT009558.5	48497	TTACAGGAATCCCCATGACGTTTGATCTAATCTCAGTCCCAGTGAAGGCG	48448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2626	TTACAGGAATCCCCATGACGTTTGATCTAATCTCAGTCCCAGTGAAGGCG	2675

C  CT009558.5	48447	AGTAGACCCATTTCTTCTCTGGTTTTTCCCTCCAAAGTAGGATCAACCAG	48398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2676	AGTAGACCCATTTCTTCTCTGGTTTTTCCCTCCAAAGTAGGATCAACCAG	2725

C  CT009558.5	48397	AATCATCTGAGCTTCTTCCTGTTTAGCAGCAACTTTGTCAAACACTGAAG	48348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2726	AATCATCTGAGCTTCTTCCTGTTTAGCAGCAACTTTGTCAAACACTGAAG	2775

C  CT009558.5	48347	CTCTTACCCAGAATTGTCTGACAAGCACTTCATAAGTAGGACCGTTGAGA	48298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2776	CTCTTACCCAGAATTGTCTGACAAGCACTTCATAAGTAGGACCGTTGAGA	2825

C  CT009558.5	48297	AGACTGAAGTAACTCATCAGCTTCTGCTTTTTGTAGAATCTTACCAAGTC	48248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2826	AGACTGAAGTAACTCATCAGCTTCTGCTTTTTGTAGAATCTTACCAAGTC	2875

C  CT009558.5	48247	GCATCCATGATGAGTTAGAGAAGTGAAATCCACTGGATTTTCCGCTTGAA	48198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2876	GCATCCATGATGAGTTAGAGAAGTGAAATCCACTGGATTTTCCGCTTGAA	2925

C  CT009558.5	48197	TGATTAGATCCCATTCCTCAATCGACATAGTTCTTCCTTTGATTTCATAA	48148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2926	TGATTAGATCCCATTCCTCAATCGACATAGTTCTTCCTTTGATTTCATAA	2975

C  CT009558.5	48147	GCAGGAGTATCTATATCCATATTCGATGAAGAACCACCGGCAGAACTTGA	48098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2976	GCAGGAGTATCTATATCCATATTCGATGAAGAACCACCGGCAGAACTTGA	3025

C  CT009558.5	48097	AGATGCCATTGATTTTAAGTAGAATTAGGGTTCTAAGGTG-TTTTGAGAG	48049
			||||||||||||| | |||| |  |||||||||||| | | |||||||||
  CU013523.3	3026	AGATGCCATTGATATGAAGTGGTTTTAGGGTTCTAAAGAGTTTTTGAGAG	3075

C  CT009558.5	48048	GTTGAGAGAATGTGCTTACTTACACAGAGGGTTGAGAAG-AAATTAGAAA	48000
			| |||||||||| | |||||| | ||||||||| ||| | ||| ||||||
  CU013523.3	3076	GATGAGAGAATGCGTTTACTTTCGCAGAGGGTTAAGACGAAAAATAGAAA	3125

C  CT009558.5	47999	GTGTTTGTTGTGAAGTGAGAAGTGTGTGAAATGACTTAGTGTTTTTTATT	47950
			||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||
  CU013523.3	3126	GTGTTTGTTGTGAAGTGAGTAGTGTGTGAATTGACTTAGTG-TTTTTATT	3174

C  CT009558.5	47949	AAAACGTTTGTAATTCAGAAGGGACAAACAAACACAGCATTAATGACAAA	47900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3175	AAAACGTTTGTAATTCAGAAGGGACAAACAAACACAGCATTAATGACAAA	3224

C  CT009558.5	47899	TTGGGGGCGCGTGTAAGTATGTTAAAAAGCGAATAAAACATCATTGCCCT	47850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3225	TTGGGGGCGCGTGTAAGTATGTTAAAAAGCGAATAAAACATCATTGCCCT	3274

C  CT009558.5	47849	TTTTGTTATACTCCAATACAAATAGACCACGTCAGAGACTCTTCAGAAAA	47800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3275	TTTTGTTATACTCCAATACAAATAGACCACGTCAGAGACTCTTCAGAAAA	3324

C  CT009558.5	47799	CTACTTTTTGGGTAATGGGACAGCTGTTTACATAAAGTAACTACCAACGT	47750
			|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
  CU013523.3	3325	CTACTTTTTGGGTAATGGGACAGCTG-TTACATAAAGTAACTGCCAACGT	3373

C  CT009558.5	47749	TCCCACTAACCAAGCTATTCAGAAGCAAAGAATAACACTTCTGAAGTTTT	47700
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3374	TCCCACTAACCAAACTATTCAGAAGCAAAGAATAACACTTCTGAAGTTTT	3423

C  CT009558.5	47699	AGTGCTGACGTCATCTTCAGAAGCACATTTTCCTCAGAACCTCAGTTAAG	47650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3424	AGTGCTGACGTCATCTTCAGAAGCACATTTTCCTCAGAACCTCAGTTAAG	3473

C  CT009558.5	47649	AGCTTCTGATGAACCAAAATGCTCCTGAATAAACTTCAGAACCAAACTTC	47600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3474	AGCTTCTGATGAACCAAAATGCTCCTGAATAAACTTCAGAACCAAACTTC	3523

C  CT009558.5	47599	TTATTCAGAGGCAAGCAATTTTTCAATCAGACACAAAATGCATGTTCAAA	47550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3524	TTATTCAGAGGCAAGCAATTTTTCAATCAGACACAAAATGCATGTTCAAA	3573

C  CT009558.5	47549	TTTTTCTTAATAAAATCAAATCTTTCAACAGACAAAGGTTTTGTAAATAT	47500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3574	TTTTTCTTAATAAAATCAAATCTTTCAACAGACAAAGGTTTTGTAAATAT	3623

C  CT009558.5	47499	ATCAGCCCATTGATGTTCAGTATCAATGAATTGTATATCTAAAATTCCTT	47450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3624	ATCAGCCCATTGATGTTCAGTATCAATGAATTGTATATCTAAAATTCCTT	3673

C  CT009558.5	47449	TTTGAACATAGTCTCTGATAAAATGGTGTTTGATTTCAATATGCTTGGCT	47400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3674	TTTGAACATAGTCTCTGATAAAATGGTGTTTGATTTCAATATGCTTGGCT	3723

C  CT009558.5	47399	CTTGAATGTAGAATTGGATTCTTTGACAAACAAATAGCAGCAGTATTATC	47350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3724	CTTGAATGTAGAATTGGATTCTTTGACAAACAAATAGCAGCAGTATTATC	3773

C  CT009558.5	47349	ACAATAAATGGGAATACTGTTAGCATTGATCTGATAGTCTTCCAACTGAT	47300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3774	ACAATAAATGGGAATACTGTTAGCATTGATCTGATAGTCTTCCAACTGAT	3823

C  CT009558.5	47299	GTTTCATCCAAAGTAGTTGTGTGCAACAACTTGCAGCTGAAATGTACTCT	47250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3824	GTTTCATCCAAAGTAGTTGTGTGCAACAACTTGCAGCTGAAATGTACTCT	3873

C  CT009558.5	47249	GCTTCTGCTGTAGACATAGCAATAGTTGCTTGTCTTTTGCTTGCCCAGGA	47200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3874	GCTTCTGCTGTAGACATAGCAATAGTTGCTTGTCTTTTGCTTGCCCAGGA	3923

C  CT009558.5	47199	TATCAGATTCTCTCCCAGGAATTGACAATTTCCACTGGTTGATTTTCTTT	47150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3924	TATCAGATTCTCTCCCAGGAATTGACAATTTCCACTGGTTGATTTTCTTT	3973

C  CT009558.5	47149	CAATCCTATCACCAGCATAATCAGCATCACAGAATCCAATCAACTTATAA	47100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3974	CAATCCTATCACCAGCATAATCAGCATCACAGAATCCAATCAACTTATAA	4023

C  CT009558.5	47099	TCTAGGGATTTCCTATACAGGAGTCCAAGATTAGTTGTTCCTTTCAGATA	47050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4024	TCTAGGGATTTCCTATACAGGAGTCCAAGATTAGTTGTTCCTTTCAGATA	4073

C  CT009558.5	47049	CCTGAAGATTCTCTTAACTGCAGTTAAATGAGATTCTCTAGAATCTGATT	47000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
  CU013523.3	4074	CCTGAAGATTCTCTTAACTGCAGTTAAATGAGATTCTCTAGGATCTGATT	4123

C  CT009558.5	46999	GAAATCTTGCACACAAGCATACACTGAATAAAATATCAGGTCTAGATGCA	46950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4124	GAAATCTTGCACACAAGCATACACTGAATAAAATATCAGGTCTAGATGCA	4173

C  CT009558.5	46949	GTGAGGTATAACAGAGAACCAATCATACCTCTGTATAGCTTCTGGTCTAC	46900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4174	GTGAGGTATAACAGAGAACCAATCATACCTCTGTATAGCTTCTGGTCTAC	4223

C  CT009558.5	46899	TACTGTTCCAGTATCTTCTTTGCTTAAGGTGCAGGTTGGATGCATTGGAG	46850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4224	TACTGTTCCAGTATCTTCTTTGCTTAAGGTGCAGGTTGGATGCATTGGAG	4273

C  CT009558.5	46849	TGTTCATCACTTTACAATCTTCTAGCTTGAACTTCTTCAGAAGCTCCTTT	46800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4274	TGTTCATCACTTTACAATCTTCTAGCTTGAACTTCTTCAGAAGCTCCTTT	4323

C  CT009558.5	46799	GTATATTTTGTTTGATGAACATATACTCCTTCTTTACTTTGGTTGATTTG	46750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4324	GTATATTTTGTTTGATGAACATATACTCCTTCTTTACTTTGGTTGATTTG	4373

C  CT009558.5	46749	AATTCCCAGAAAGAATTTCAATTCTCCCATCATACTCATTTCAAATTCAT	46700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4374	AATTCCCAGAAAGAATTTCAATTCTCCCATCATACTCATTTCAAATTCAT	4423

C  CT009558.5	46699	CCTGCATTAACTTAGAAAATTCTTTGCAAAGAGATGCATTAGTAGAACCA	46650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4424	CCTGCATTAACTTAGAAAATTCTTTGCAAAGAGATGCATTAGTAGAACCA	4473

C  CT009558.5	46649	AATATTATATCATCAACATATATTTGCACAATCAAAATATCTTTCTTAAG	46600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4474	AATATTATATCATCAACATATATTTGCACAATCAAAATATCTTTCTTAAG	4523

C  CT009558.5	46599	AGTCCTTCTGAAGAGTGTTGTGTCAACTTGTCCTCTTTCAAAATCATTTT	46550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4524	AGTCCTTCTGAAGAGTGTTGTGTCAACTTGTCCTCTTTCAAAATCATTTT	4573

C  CT009558.5	46549	TAATTAAGAAATTACTTAGTCTATCATACCAAGCTCTGGGAGCTTGTTTC	46500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4574	TAATTAAGAAATTACTTAGTCTATCATACCAAGCTCTGGGAGCTTGTTTC	4623

C  CT009558.5	46499	AAGCCATATAGTGATTTCTTAAGTTTATAAACATGGTCAGGATGCTTAAG	46450
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4624	AAGTCATATAGTGATTTCTTAAGTTTATAAACATGGTCAGGATGCTTAAG	4673

C  CT009558.5	46449	ATCCTCAAACCCAGGAGGTTGTTTAACATACACTTCTTCTTCAATGACAC	46400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4674	ATCCTCAAACCCAGGAGGTTGTTTAACATACACTTCTTCTTCAATGACAC	4723

C  CT009558.5	46399	CATTAAGAAAAGCACTTTTGACATCCATTTGATATAATATTATGCAATGA	46350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  CU013523.3	4724	CATTAAGAAAAGCACTTTTGACATCCATTTGATATAATATTATGCCATGA	4773

C  CT009558.5	46349	TTAATTGCGTAGGATAGAAGTAACCTGATTGCTTCCAATCTTGCAACTGG	46300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4774	TTAATTGCGTAGGATAGAAGTAACCTGATTGCTTCCAATCTTGCAACTGG	4823

C  CT009558.5	46299	AGCAAATGTTTCAGTGTAATCAATGCCTTCTTGTTGACTGTAGCCTTGAG	46250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4824	AGCAAATGTTTCAGTGTAATCAATGCCTTCTTGTTGACTGTAGCCTTGAG	4873

C  CT009558.5	46249	CAACAAGTCTGGCTTTGTTTCTGGTTACTTCTCCTTGTTCATTCAGCTTG	46200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4874	CAACAAGTCTGGCTTTGTTTCTGGTTACTTCTCCTTGTTCATTCAGCTTG	4923

C  CT009558.5	46199	TTTTTGAATACCCATTTTGTTCCAATAATGTTCTTCTGAGAAGGTTTGGG	46150
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4924	TTTCTGAATACCCATTTTGTTCCAATAATGTTCTTCTGAGAAGGTTTGGG	4973

C  CT009558.5	46149	TACCAGATCCCACACATCATTCCTTTGGAATTGATTTAGCTCTTCTTGCA	46100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4974	TACCAGATCCCACACATCATTCCTTTGGAATTGATTTAGCTCTTCTTGCA	5023

C  CT009558.5	46099	TAGCTAATATCCATCCATCATCTGAGAGAGCTTCTTCAACAGTTTTAGGC	46050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5024	TAGCTAATATCCATCCATCATCTGAGAGAGCTTCTTCAACAGTTTTAGGC	5073

C  CT009558.5	46049	TCAATTATTGAAAGCAGTCCTATTAAAGACTCTTCTTGTCTAAAATGTGA	46000
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5074	TCAATTATTGAAAGTAGTCCTATTAAAGACTCTTCTTGTCTAAAATGTGA	5123

C  CT009558.5	45999	TCTTGTTCTTCTAGGACTATCTTTGCTTCCAATGATTAACTCCTCAGGAT	45950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5124	TCTTGTTCTTCTAGGACTATCTTTGCTTCCAATGATTAACTCCTCAGGAT	5173

C  CT009558.5	45949	GTGAAGATTTGTGCTTGAATTTAGGTTGAATAACCTGCTGAGTGTTATCT	45900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5174	GTGAAGATTTGTGCTTGAATTTAGGTTGAATAACCTGCTGAGTGTTATCT	5223

C  CT009558.5	45899	TGAAAGTCCTCAGAAGCACTTTCATTCTGTACTTTTGGGCTAGGTTCTGC	45850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  CU013523.3	5224	TGAAAGTCCTCAGAAGCACTTTCATTCTGTACTTTTGAGCTAGGTTCTGC	5273

C  CT009558.5	45849	TTCTGAATTAGACTCAGCTTCTGGAGTGATTTCAGCTTCTGGACAAGATT	45800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
  CU013523.3	5274	TTCTGAATTAGACTCAGCTTCTGGAGTGATTTCAGTTTCTGGACTAGATT	5323

C  CT009558.5	45799	CAACTTCTGTATACTTTTTAGAATCAGAAGGTTGATCAGATTCTGATGCA	45750
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5324	CAACTTCTGTATACTTTTCAGAATCAGAAGGTTGATCAGATTCTGATGCA	5373

C  CT009558.5	45749	TCTTCAGAATCAGTTGTACCTGCATTACTTTCACTTTGCTCTGAAGTTTT	45700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5374	TCTTCAGAATCAGTTGTACCTGCATTACTTTCACTTTGCTCTGAAGTTTT	5423

C  CT009558.5	45699	ACTTCCAGGCTCTCTATCATCAAATTTTACATGCATAGATTCTTCAACAC	45650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5424	ACTTCCAGGCTCTCTATCATCAAATTTTACATGCATAGATTCTTCAACAC	5473

C  CT009558.5	45649	ATTGTGTTTCTGAATTATACACTCTGTATGCCTTTGACCTTTCAGAGTAA	45600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5474	ATTGTGTTTCTGAATTATACACTCTGTATGCCTTTGACCTTTCAGAGTAA	5523

C  CT009558.5	45599	CCTAAAAAGATTCCTCTTTGAGCCTTGGCATCAAATTTCTTCAGATAGTC	45550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5524	CCTAAAAAGATTCCTCTTTGAGCCTTGGCATCAAATTTCTTCAGATAGTC	5573

C  CT009558.5	45549	TTTAGTGTTTAAGATGTAACAAGTACATCCAAACTGATGAAAGTAAGAGA	45500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5574	TTTAGTGTTTAAGATGTAACAAGTACATCCAAACTGATGAAAGTAAGAGA	5623

C  CT009558.5	45499	TATTGGGTCTTCTTCCTTTAAAGAGTTCATATGCTGTTTTCTCCAACATA	45450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5624	TATTGGGTCTTCTTCCTTTAAAGAGTTCATATGCTGTTTTCTCCAACATA	5673

C  CT009558.5	45449	GGTCTGATATAGATCCTATTTTGAATATAACATGAAGTATTGACTGCTTC	45400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5674	GGTCTGATATAGATCCTATTTTGAATATAACATGAAGTATTGACTGCTTC	5723

C  CT009558.5	45399	TGCCCAAAAATGTTTAGCTAAGTTGTTTTCATGGATCATGGTTCTGGCCA	45350
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5724	TGCTCAAAAATGTTTAGCTAAGTTGTTTTCATGGATCATGGTTCTGGCCA	5773

C  CT009558.5	45349	TTTCTTGTAAGGTTCTGTTCTTTCTTTCTACAACCCCATTTTGTTGTGGA	45300
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5774	TTTCTTGTAAGGTTCTGTTCTTTCTCTCTACAACCCCATTTTGTTGTGGA	5823

C  CT009558.5	45299	GTTCTAGGAGAAGAAAACTCATGGAGAATCCCATGTTTTTCACAAAAAAG	45250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5824	GTTCTAGGAGAAGAAAACTCATGGAGAATCCCATGTTTTTCACAAAAAAG	5873

C  CT009558.5	45249	TTCAAATGGCTCATTTTCAAATTCTCCACCATGATCACTTCTGACTTTCA	45200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5874	TTCAAATGGCTCATTTTCAAATTCTCCACCATGATCACTTCTGACTTTCA	5923

C  CT009558.5	45199	AAATTTTCAATTCTTTTTCAGATTGTATTTGAGTGCAGAAGCTGCTAAAC	45150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5924	AAATTTTCAATTCTTTTTCAGATTGTATTTGAGTGCAGAAGCTGCTAAAC	5973

C  CT009558.5	45149	ACTTCACATGCATAGTCTTTACTTTTAATGAATTTTACCCAAGTCCATCT	45100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5974	ACTTCACATGCATAGTCTTTACTTTTAATGAATTTTACCCAAGTCCATCT	6023

C  CT009558.5	45099	GCTGTAATCATCAACAATGACTAATCCGTATTTACTTCCATATAAAGATG	45050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6024	GCTGTAATCATCAACAATGACTAATCCGTATTTACTTCCATATAAAGATG	6073

C  CT009558.5	45049	CAGTGTTAACTGGACCAAAAAGATCGATATGGAGTAATTCTAAGGGTCTG	45000
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6074	CAGTGTTAACTGGACCAAAAAGATCAATATGGAGTAATTCTAAGGGTCTG	6123

C  CT009558.5	44999	GAGGTTGATATAATGTCCTTAGATTTGAAAGAACTTTTCACAATTTTCCC	44950
			|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6124	GAGGTTGATACAATGTCTTTAGATTTGAAAGAACTTTTCACAATTTTCCC	6173

C  CT009558.5	44949	TTTCTGACATGCACCACAAAGTGCATCTGAATGATAATCAATGTTAGGCA	44900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6174	TTTCTGACATGCACCACAAAGTGCATCTGAATGATAATCAATGTTAGGCA	6223

C  CT009558.5	44899	ATCCTTTGACCAGTTGTAACTTGCTAATTTTAGAAATTAATCTCCAATTA	44850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6224	ATCCTTTGACCAGTTGTAACTTGCTAATTTTAGAAATTAATCTCCAATTA	6273

C  CT009558.5	44849	GCATGTCCCAACCTTTTATGCCATACCCATTTTTTATCATTCATTGACAG	44800
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6274	GCATGTCCCAACCTTTTATGTCATACCCATTTTTTATCATTCATTGACAG	6323

C  CT009558.5	44799	AAGGCAAACTACCTTCTGATCAGCCAGATCAGAGAAATTTATTTTATAGA	44750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6324	AAGGCAAACTACCTTCTGATCAGCCAGATCAGAGAAATTTATTTTATAGA	6373

C  CT009558.5	44749	CATTCTCAACTCTCTTTCCCTTGAATGTAATGGATTTGTCATCCTTGTTG	44700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6374	CATTCTCAACTCTCTTTCCCTTGAATGTAATGGATTTGTCATCCTTGTTG	6423

C  CT009558.5	44699	ACTAGTGTGCAGTTGGTCTTACTGAACGTTACATCATACCCATTGTCACA	44650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6424	ACTAGTGTGCAGTTGGTCTTACTGAACGTTACATCATACCCATTGTCACA	6473

C  CT009558.5	44649	AAATTGACTAATGCTCAATAGGTTATGCTTCAGACCATCTACTAGCCACA	44600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6474	AAATTGACTAATGCTCAATAGGTTATGCTTCAGACCATCTACTAGCCACA	6523

C  CT009558.5	44599	CATTATTAATTGAGATGGAGGAATTACCAATAGTACCTGTACCAATGATC	44550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6524	CATTATTAATTGAGATGGAGGAATTACCAATAGTACCTGTACCAATGATC	6573

C  CT009558.5	44549	CTTCCAGTTTGGTTGCCACCAAACTTCACTTCTCCTCCATCTTTCATTGT	44500
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6574	TTTCCAGTTTGGTTGCCACCAAACTTCACTTCTCCTCCATCTTTCATTGT	6623

C  CT009558.5	44499	AAGGGTAAGGAACAAAGCTTTCTCTCCAGTCATGTGCCTTGAACATCCGC	44450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6624	AAGGGTAAGGAACAAAGCTTTCTCTCCAGTCATGTGCCTTGAACATCCGC	6673

C  CT009558.5	44449	TGTCTAGGTACCATGACATTTGTTTCTCTCTTGCCCTTAAGCACACCTGC	44400
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6674	TGTCTAGGTACCATGACCTTTGTTTCTCTCTTGCCCTTAAGCACACCTGC	6723

C  CT009558.5	44399	ATTTTTGGCCAATTCAGATTTAGGTACCCATATCTTCATGGGTCCTTTTG	44350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6724	ATTTTTGGCCAATTCAGATTTAGGTACCCATATCTTCATGGGTCCTTTTG	6773

C  CT009558.5	44349	GGTTAGTTTTGAAGGTTTTACTTTTCCTCCCTTGTACCTTAGAGTGAATG	44300
			||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  CU013523.3	6774	GGTTAGTTTTGGAGGTTTTACTTTTCCTCCCTTGTACCTTAGGGTGAATG	6823

C  CT009558.5	44299	CTGAGTGGCTTCTGATCATTCAATACTTTAGGTTTGACACCTTTTGGTAT	44250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6824	CTGAGTGGCTTCTGATCATTCAATACTTTAGGTTTGACACCTTTTGGTAT	6873

C  CT009558.5	44249	TGTTTTCTCAGAAGCAGTAGCTGCTTTGTTCTTCTGATCCTTTTGTTTTG	44200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
  CU013523.3	6874	TGTTTTCTCAGAAGCAGTAGCTGCTTTGTTCTTCTGATCCTTTTGTTTTA	6923

C  CT009558.5	44199	GAATTTTAGATTCTGGTTTAATCAGATTCTGATGAACAGGTTCTGATCTT	44150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  CU013523.3	6924	GAATTTTAGATTCTGGTTTAATCAGATTCTGATGAACAGATTCTGATCTT	6973

C  CT009558.5	44149	TTCAGAATTTTAATCTTTTGACTCTTAGGATCAGATTTTGTCATTACCTT	44100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6974	TTCAGAATTTTAATCTTTTGACTCTTAGGATCAGATTTTGTCATTACCTT	7023

C  CT009558.5	44099	GATCTTAAGATTCTCTGGCTTTGATGTGATCTTAGCCTGTGAACCTGAAG	44050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7024	GATCTTAAGATTCTCTGGCTTTGATGTGATCTTAGCCTGTGAACCTGAAG	7073

C  CT009558.5	44049	CTTCAGGTTTTGACTGAACAGTAGTTATAGCATTTGTACCTTCAGGCACA	44000
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7074	CTTCAGGTTTTGACTGAACAGCAGTTATAGCATTTGTACCTTCAGGCACA	7123

C  CT009558.5	43999	AAGGTGGATTTCAATCCATCCTTGATACAATCACAGTAGCTCTTGAGACT	43950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7124	AAGGTGGATTTCAATCCATCCTTGATACAATCACAGTAGCTCTTGAGACT	7173

C  CT009558.5	43949	GTATTCTTTGGATTTCTCCTCAGAATATCCAATCCCTTTGCCTTTGTTCT	43900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7174	GTATTCTTTGGATTTCTCCTCAGAATATCCAATCCCTTTGCCTTTGTTCT	7223

C  CT009558.5	43899	TGTATGTGCTGTAGATCATAGAAGCAACTTTGCTTCTGTCTATTCCAGCC	43850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7224	TGTATGTGCTGTAGATCATAGAAGCAACTTTGCTTCTGTCTATTCCAGCC	7273

C  CT009558.5	43849	ATAATAAAATCATCCAAGGCAATCTCATGTTTATTGCCTGAACCTTTATC	43800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7274	ATAATAAAATCATCCAAGGCAATCTCATGTTTATTGCCTGAACCTTTATC	7323

C  CT009558.5	43799	ACATTTTTCTTGTAGCTTCTGACAAAGACTCTTGAGTCTATCTTCATATG	43750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7324	ACATTTTTCTTGTAGCTTCTGACAAAGACTCTTGAGTCTATCTTCATATG	7373

C  CT009558.5	43749	TTGTTGATATGAGGTTAAACCCTTTGAGTTCTTCTTCAGAAGCTTTCAGT	43700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7374	TTGTTGATATGAGGTTAAACCCTTTGAGTTCTTCTTCAGAAGCTTTCAGT	7423

C  CT009558.5	43699	TCCAATAGAGTTGATTTTTGTTGTTTCATCAAATCAACATATTTTTCTTT	43650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7424	TCCAATAGAGTTGATTTTTGTTGTTTCATCAAATCAACATATTTTTCTTT	7473

C  CT009558.5	43649	TAAATCTGTCAACTCATTGGTTCTGTGTTCAAACAGTGATAAAAGTTCTT	43600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7474	TAAATCTGTCAACTCATTGGTTCTGTGTTCAAACAGTGATAAAAGTTCTT	7523

C  CT009558.5	43599	TTAGAGAATCAACAAGTTCTTGTCTAGGGATTTTGGAATATACCTCATTT	43550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7524	TTAGAGAATCAACAAGTTCTTGTCTAGGGATTTTGGAATATACCTCATTT	7573

C  CT009558.5	43549	TCATCTTCTGAATCTGATTCAGCTTCTGATACTGCTTCTGATGATACTGT	43500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7574	TCATCTTCTGAATCTGATTCAGCTTCTGATACTGCTTCTGATGATACTGT	7623

C  CT009558.5	43499	TGCCACTAACCCAACGGCTGCCTTAGCATCATCATCAGCTTCTTCTTTAT	43450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7624	TGCCACTAACCCAACGGCTGCCTTAGCATCATCATCAGCTTCTTCTTTAT	7673

C  CT009558.5	43449	CAGAACCAGATTCACTATCCAAATCTTCCCAGGTCGCCATCAAGCTCTTT	43400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7674	CAGAACCAGATTCACTATCCAAATCTTCCCAGGTCGCCATCAAGCTCTTT	7723

C  CT009558.5	43399	TTGATTTGCTTTCTGAATTTACTGGAGTTGAAGCTTGATTTCTTGGATTT	43350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7724	TTGATTTGCTTTCTGAATTTACTGGAGTTGAAGCTTGATTTCTTGGATTT	7773

C  CT009558.5	43349	GCCTTTAAACTTCTCCTTCTGAAGATCAGGGCAATCAGCAATGAAATGAC	43300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7774	GCCTTTAAACTTCTCCTTCTGAAGATCAGGGCAATCAGCAATGAAATGAC	7823

C  CT009558.5	43299	CAGGCTTCTTACAATTGAAGCATCCCTTCTGATCTTCTTTCTTGAAGTTC	43250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7824	CAGGCTTCTTACAATTGAAGCATCCCTTCTGATCTTCTTTCTTGAAGTTC	7873

C  CT009558.5	43249	TTGTAGCTACCTCTCTTGCTCAAAAATTTCTTCTGCTTCCTTGCCAGATA	43200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7874	TTGTAGCTACCTCTCTTGCTCAAAAATTTCTTCTGCTTCCTTGCCAGATA	7923

C  CT009558.5	43199	CTCAAGCTTGTTGGACAGCATAGCCATCTTTACAGATTGATCTTCATCAG	43150
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7924	CTCAAGTTTGTTGGACAGCATAGCCATCTTTACAGATTGATCTTCATCAG	7973

C  CT009558.5	43149	AATCTCCATCAGGTGATTCTTCTTCAGATTCACTGGCTTTGTAGGCTTTG	43100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7974	AATCTCCATCAGGTGATTCTTCTTCAGATTCACTGGCTTTGTAGGCTTTG	8023

C  CT009558.5	43099	GAAGACTTTGAGGTCTTTCCTTTAGATGGTAAAGCAATGGATTTACTCTT	43050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8024	GAAGACTTTGAGGTCTTTCCTTTAGATGGTAAAGCAATGGATTTACTCTT	8073

C  CT009558.5	43049	CTTAGAGGTTTCATGCTCATTTAAACTCATTTCATGCACTTTGAGTGAGC	43000
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8074	CTTAGAGGTTTCAAGCTCATTTAAACTCATTTCATGCACTTTGAGTGAGC	8123

C  CT009558.5	42999	TAACAAGATCTTCAACACTTAAAGTATTTAGATCCTTAGCTTCCTCAATA	42950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8124	TAACAAGATCTTCAACACTTAAAGTATTTAGATCCTTAGCTTCCTCAATA	8173

C  CT009558.5	42949	GCAGTTACTTTGGGTCTCCATCTTGAAGGTAAGCTTCTCAAAATCTTACT	42900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8174	GCAGTTACTTTGGGTCTCCATCTTGAAGGTAAGCTTCTCAAAATCTTACT	8223

C  CT009558.5	42899	AACATGATCAGAGGCAACATAGCTTTTCTTCAGTATTTGCAATCCAGAAA	42850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8224	AACATGATCAGAGGCAACATAGCTTTTCTTCAGTATTTGCAATCCAGAAA	8273

C  CT009558.5	42849	CTAAAGTTTGAAATCTTGAGTACATTTCTTCTATACTCTCATCATCCTTC	42800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8274	CTAAAGTTTGAAATCTTGAGTACATTTCTTCTATACTCTCATCATCCTTC	8323

C  CT009558.5	42799	ATTCTGAAAAGTTCATACTGATGAACTAGCATCAAAGCTTTAGCCTCTTT	42750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  CU013523.3	8324	ATTCTGAAAAGTTCATACTGATGAACTAGCATCAAAGATTTAGCCTCTTT	8373

C  CT009558.5	42749	TACTTTCTTGTTGCCTTCAAAGTTTGCACATAGAGAAGCAAACATGGCCT	42700
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  CU013523.3	8374	TACTTTCTTGCTGCCTTCAAAGTTTGCACATAGAGAAGCAAACATAGCCT	8423

C  CT009558.5	42699	TCGCAGTAGATTTGTCACTCATTTTCATGTATTCGGTGCGAGGTATAGAA	42650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8424	TCGCAGTAGATTTGTCACTCATTTTCATGTATTCGGTGCGAGGTATAGAA	8473

C  CT009558.5	42649	GCCACAATGATTCCTCTTATCTTGTGATGTTTCTTATAAAGCTTCTTCTG	42600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8474	GCCACAATGATTCCTCTTATCTTGTGATGTTTCTTATAAAGCTTCTTCTG	8523

C  CT009558.5	42599	AGCAGGAGTATGTATTCTTCTGTCTATAGCAGCTCCTTCTTCATCCAAAT	42550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8524	AGCAGGAGTATGTATTCTTCTGTCTATAGCAGCTCCTTCTTCATCCAAAT	8573

C  CT009558.5	42549	CCAGATCATCAACTCCATCTTCCAGTATATCCCATAGCTCTTCATCCAAT	42500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8574	CCAGATCATCAACTCCATCTTCCAGTATATCCCATAGCTCTTCATCCAAT	8623

C  CT009558.5	42499	CCCATGATAAAGCTGTACATATTAGTTTTCCACCATGAAAACTCTTCTGG	42450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8624	CCCATGATAAAGCTGTACATATTAGTTTTCCACCATGAAAACTCTTCTGG	8673

C  CT009558.5	42449	ATCTCCATTAAACTTTGGAGCTTTTCCAGAGTCTGTTTTCTTGTCAGCAG	42400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8674	ATCTCCATTAAACTTTGGAGCTTTTCCAGAGTCTGTTTTCTTGTCAGCAG	8723

C  CT009558.5	42399	TATCATAGTCATGCTTGACACTTGTGTATTTTGGAGTAACTGATTCCTCA	42350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8724	TATCATAGTCATGCTTGACACTTGTGTATTTTGGAGTAACTGATTCCTCA	8773

C  CT009558.5	42349	TCTCCAGACATGTTTTTCTAATAGATCTTGAACTGTAACACGGTTAAGTG	42300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8774	TCTCCAGACATGTTTTTCTAATAGATCTTGAACTGTAACACGGTTAAGTG	8823

C  CT009558.5	42299	CTGTGATAACAGAGCAAGCTCTGATACCAATTGAAGGTGAAAAACACAAG	42250
			|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
  CU013523.3	8824	CTGTGATAACAGAGCAGGCTCTGATACCAATTGAAGGTGAAAAATACAAG	8873

C  CT009558.5	42249	AAGGGGGGGGGGGGGTTGAATTGTGTTTTCTTTTTCTCTTAAAAAAAGGA	42200
			||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    |
  CU013523.3	8874	AA------GGGGGCGTTGAATTGTGTTTTCTTTTTCTCTTAAAAA----A	8913

C  CT009558.5	42199	TTCTTCTTCTGATAAAACTTCAGAAGCAGTTTGATTGCTTCTGATGAAAT	42150
			| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  CU013523.3	8914	TACTTCTTCTGATAAAACTTCAGAAGCAGTTTGTTTGCTTCTGATGAAAT	8963

C  CT009558.5	42149	GATCAGAGTCAGATTGCAGCGGAAAAGAACAGAGCAGAGAAAAGAAAGAC	42100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8964	GATCAGAGTCAGATTGCAGCGGAAAAGAACAGAGCAGAGAAAAGAAAGAC	9013

C  CT009558.5	42099	AAAGACACAGGCAGTTATCCTGGTTCCTTCCACAACACGGAAGTAGTCCA	42050
			||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9014	AAAGACACAAGCAGTTATCTTGGTTCCTTCCACAACACGGAAGTAGTCCA	9063

C  CT009558.5	42049	GTCCCCCTTGCACTTCCAAGGAGATTTCACTATAATCAC-AAGATTACAA	42001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  CU013523.3	9064	GTCCCCCTTGCACTTCCAAGGAGATTTCACTATAATCACAAAGATTACAA	9113

C  CT009558.5	42000	CTGCTCAATACTTTCAAAGTATGAGACTTCACAAAACAATGCTCAAGCAC	41951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9114	CTGCTCAATACTTTCAAAGTATGAGACTTCACAAAACAATGCTCAAGCAC	9163

C  CT009558.5	41950	ACACGCAAGAGTCTTCCAATGCTCAAGCACTAAGCAAGAGACTTCTAATG	41901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9164	ACACGCAAGAGTCTTCCAATGCTCAAGCACTAAGCAAGAGACTTCTAATG	9213

C  CT009558.5	41900	CTCAAGCACGCAGGCAAGAGACTTCTAATCAAACAGAAATACAGAGAATT	41851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
  CU013523.3	9214	CTCAAGCACGCAGGCAAGAGACTTCTAATCAAACAAAAATACAGAGAATT	9263

C  CT009558.5	41850	GAGTTTGAATTGAACACTTGATATATAATCAGTGGTGTTCACAATACAAT	41801
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9264	GAGTTTGAATTGAACACTTGATATACAATCAGTGGTGTTCACAATACAAT	9313

C  CT009558.5	41800	ACAGAAAAGACTCTAGACTTTGAATTTCTAAGATGTATCAAATCAGTGCA	41751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9314	ACAGAAAAGACTCTAGACTTTGAATTTCTAAGATGTATCAAATCAGTGCA	9363

C  CT009558.5	41750	GAAATTCAGTGTGCTTTTTAGAATCAAATTGACAGAGTTTTGGTGCTTTT	41701
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
  CU013523.3	9364	GAAATTCAGTGTGCTTTGTAGAATCAAATTGACAGAGTTTTGGCGCTTTT	9413

C  CT009558.5	41700	AAACTTATGTATCTCTATCTAAAATCTTCAAGTCTTCATTCCTTTATATA	41651
			|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9414	AAACTTATGTATCTCTCTCTTAAATCTTCAAGTCTTCATTCCTTTATATA	9463

C  CT009558.5	41650	GAGGTGTGAAAGAGACGTTGAGATAATCAGCACGTCTAAAGAGTCGTTTG	41601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9464	GAGGTGTGAAAGAGACGTTGAGATAATCAGCACGTCTAAAGAGTCGTTTG	9513

C  CT009558.5	41600	AAATCCTTTGATTATCCACCAGTGATCCTTTGCCTGATTTGGGTGTAGTC	41551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9514	AAATCCTTTGATTATCCACCAGTGATCCTTTGCCTGATTTGGGTGTAGTC	9563

C  CT009558.5	41550	CTTTGAAGAATAAGCTTCAAATTCATTCCCATCTTGAGTGTACAAATTCT	41501
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9564	CTTTGAAGAATAAACTTCAAATTCATTCCCATCTTGAGTGTACAAATTCT	9613

C  CT009558.5	41500	GCAGGCATGACTGTTGTTTTGTCTTGTAGCGTAGACAGAAAACAGAGTAG	41451
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9614	GCAGGCATGGCTGTTGTTTTGTCTTGTAGCGTAGACAGAAAACAGAGTAG	9663

C  CT009558.5	41450	TGGAGGTAGTGGTTGTACACTTGTACTTTGTCAACTCTATTAACGAGAGA	41401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9664	TGGAGGTAGTGGTTGTACACTTGTACTTTGTCAACTCTATTAACGAGAGA	9713

C  CT009558.5	41400	CAAGAGCTCAGAGCTATCCATATATCCGTTGATACCTCCCTTTCAATTCT	41351
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9714	CAAGAGCTCAGTGCTATCCATATATCCGTTGATACCTCCCTTTCAATTCT	9763

C  CT009558.5	41350	TTGTTCTTCTTTGATAAGACTGAATTGAGAATCAGCAACTTTGAATCTTC	41301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9764	TTGTTCTTCTTTGATAAGACTGAATTGAGAATCAGCAACTTTGAATCTTC	9813

C  CT009558.5	41300	AGTTTGATTAAAGGATCAAAAGTAGCTTCTGGTGAAGATATTGCTTCTGA	41251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9814	AGTTTGATTAAAGGATCAAAAGTAGCTTCTGGTGAAGATATTGCTTCTGA	9863

C  CT009558.5	41250	TGAAAACTTTTGCTTCTGATGACTTTCTGCTTCTGATGACTTTCTGCTTC	41201
			||||||||||                 |||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9864	TGAAAACTTT-----------------TGCTTCTGATGACTTTCTGCTTC	9896

C  CT009558.5	41200	TGATGACGTCATCTCTTCAGGAGCAGTTTAGCTTCAGGAGCAGTTTTCTT	41151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9897	TGATGACGTCATCTCTTCAGGAGCAGTTTAGCTTCAGGAGCAGTTTTCTT	9946

C  CT009558.5	41150	CAGATGCTCAGAATTTCTTTTTTCTTTCCATTGTTCTTCCAAGACCTATT	41101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9947	CAGATGCTCAGAATTTCTTTTTTCTTTCCATTGTTCTTCCAAGACCTATT	9996

C  CT009558.5	41100	GAAATAACTTGAGTAGCCTTTGGTCCTGTACACTTGAACAATTATTAGTA	41051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9997	GAAATAACTTGAGTAGCCTTTGGTCCTGTACACTTGAACAATTATTAGTA	10046

C  CT009558.5	41050	ATAACCAATTGACAATTTTTAATACCTTGTTATCATCAAAACTTAATAAG	41001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	10047	ATAACCAATTGACAATTTTTAATACCTTGTTATCATCAAAACTTAATAAG	10096

C  CT009558.5	41000	GTTCATTGTGAAACACATTTTGTTCCAACAAA	40969
			||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	10097	GTTCATTGTGAAACACATTTTGTTCCAACAAA	10128

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	51089	AAAGT-AAAAAACAAGCTAGAGTTGGGTGTGCAACTAAGGTTGGGCTTGC	51041
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	51	AAAGTAAAAAAACAAGCTAGAGTTGGGTGTGCAACTAAGGTTGGGCTTGC	100

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	50940	CAGCCCTAGTGATGTACTCTTCTTCTGGATAGAAAGGAGTGATGTCCAGC	50891
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	201	CAGCCCTAGTGATGTACTCTTCTTCTGAATAGAAAGGAGTGATGTCCAGC	250

C  CT009558.5	50890	AGAGGCACAAAAATTCAGCTCTTTCTCCTTAGCTGCTTCATGCATATCAT	50841
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	251	AGAGGCAC-AAAATTCAGCTCTTTCTCCTTAGCTGCTTCATGCATATCAT	299

C  CT009558.5	50840	CCAAAAGCTTTTTCAGCATAGCAGAGTGAGATGACACACATTTAGTTCTA	50791
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	300	CCAAAAGCTTCTTCAGCATAGCAGAGTGAGATGACACACATTTAGTTCTA	349

skip 150 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	50640	AGGATATGGTCAGGGATGGGTGAAGGTTCAGTTTGAGTTGTATGTGATTT	50591
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
  CU013523.3	500	AGGATATGGTCAGGGATGGGTGAAGGTTCAGTTTGAGTTGTATGTGATGT	549

C  CT009558.5	50590	GGAAGGTTGGTCAGAGGTTAAGTCTATTATAGTGGGTGAGTCTGGTTGTT	50541
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	550	GGAAGGTTTGTCAGAGGTTAAGTCTATTATAGTGGGTGAGTCTGGTTGTT	599

skip 200 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	50340	GTTGAGGATTCTTGGTGTTGGGGGGTTTCTGAAGTAGTTGCATCTGAAGC	50291
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
  CU013523.3	800	GTTGAGGATTCTTGGTGTTGGGGGGTTTCTGAAGTAGTTGCATCTGAAAC	849

C  CT009558.5	50290	TACTTCAGAGGCTTTTTGTGGAGATTGGTTATTTGGTGAGTTTGTTTGGG	50241
			|||||||||||||||||||||||        |||||| || ||  |||| 
  CU013523.3	850	TACTTCAGAGGCTTTTTGTGGAG--------TTTGGTTAGGTT-CTTGGT	890

C  CT009558.5	50240	TAGGTTCAGGTTGTTGTATACTAACAGGTTCTGGAGTATCTGGATATAGT	50191
			| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
  CU013523.3	891	TGGGTTCAGGTTGTTGTATACTAACAGGCTCTGGAATATCTGGATATAGT	940

C  CT009558.5	50190	GGATGAGTAGTAGGCAAATTGAATTTCTCACAAAGTTTTATCCTA-TTTT	50142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  CU013523.3	941	GGATGAGTAGTAGGCAAATTGAATTTCTCACAAAGTTTTATCCTATTTTT	990

skip 150 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	49991	GAGACTGAGTATTAGTTGGAGCTTTAGATGGATTTCCTGAGGACTGAGCT	49942
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  CU013523.3	1141	GAGACTGAGTATTAGTTGGAGCTTTAGATGGATTACCTGAGGACTGAGCT	1190

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	49841	ACTGAACTGTT------TCTAACTCAGACGCTAAAGCAGCAATGTCAGGA	49798
			|||||||||||      ||||||||||| |||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1291	ACTGAACTGTTTCTTGCTCTAACTCAGAAGCTAAAGCAGCAATGTCAGGA	1340

C  CT009558.5	49797	GTAGGCACATACCCTGCAGCCTTGAGACGCTCATCTCTTTCTTTCTCAAA	49748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
  CU013523.3	1341	GTAGGCACATACCCTGCAGCCTTGAGACGCTCATCCCTTTCTTTTTCAAA	1390

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	49697	TAGCGTACTGCCTCATTTCTTCAGTCATTTCGAAACTGGGCATGACTATG	49648
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  CU013523.3	1441	TAGCGTACTGCCTCATTTCTTCAGTCATTTCAAAACTGGGCATGACTATG	1490

C  CT009558.5	49647	GGCTCAGAAGTTGCAGTCCTTTTTGCCTTCTTGGGGCTAGAGTCTTCATC	49598
			||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
  CU013523.3	1491	GGCTCAGAAGTTGCAGTCCTTTTTGCCTTCTTGAGGCTTGAGTCTTCATC	1540

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	49547	TCTTCAGATTTCTTGTTAAATTAGACCTCTTCCTTTTGATGGTCTGAAGA	49498
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	1591	TCTTCAGATTTCTTGTTGAATTAGACCTCTTCCTTTTGATGGTCTGAAGA	1640

C  CT009558.5	49497	GCAGCTTCTCTTTTATTTTTGGGACTTGAAGGCTTTTCAGAAGCAGCTTG	49448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
  CU013523.3	1641	GCAGCTTCTCTTTTATTTTTGGGACTTGAAGGCTTTTCAGACGCAGCTTG	1690

C  CT009558.5	49447	ATCAGAAGCAGCTTGTTCAGAACCAGCTTGTTCAGAAGCAGGCTGTTCTG	49398
			||||||||               ||||||||||| |||||||||||||||
  CU013523.3	1691	ATCAGAAG---------------CAGCTTGTTCAAAAGCAGGCTGTTCTG	1725

skip 600 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	48797	TATACTTGGGAACATTCATTGTTGTTTCCTGAGAGATGGTGTGATGCAGA	48748
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2326	TATACTTGGGAACGTTCATTGTTGTTTCCTGAGAGATGGTGTGATGCAGA	2375

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	48697	AATGTTTTCATTTTGGATCTTCAGCAGCATTTTCTTTTCCATGCTTAAGG	48648
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	2426	AATGTTTTCATTTTGGATCTTTAGCAGCATTTTCTTTTCCATGCTTAAGG	2475

skip 550 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	48097	AGATGCCATTGATTTTAAGTAGAATTAGGGTTCTAAGGTG-TTTTGAGAG	48049
			||||||||||||| | |||| |  |||||||||||| | | |||||||||
  CU013523.3	3026	AGATGCCATTGATATGAAGTGGTTTTAGGGTTCTAAAGAGTTTTTGAGAG	3075

C  CT009558.5	48048	GTTGAGAGAATGTGCTTACTTACACAGAGGGTTGAGAAG-AAATTAGAAA	48000
			| |||||||||| | |||||| | ||||||||| ||| | ||| ||||||
  CU013523.3	3076	GATGAGAGAATGCGTTTACTTTCGCAGAGGGTTAAGACGAAAAATAGAAA	3125

C  CT009558.5	47999	GTGTTTGTTGTGAAGTGAGAAGTGTGTGAAATGACTTAGTGTTTTTTATT	47950
			||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||
  CU013523.3	3126	GTGTTTGTTGTGAAGTGAGTAGTGTGTGAATTGACTTAGTG-TTTTTATT	3174

skip 150 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	47799	CTACTTTTTGGGTAATGGGACAGCTGTTTACATAAAGTAACTACCAACGT	47750
			|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
  CU013523.3	3325	CTACTTTTTGGGTAATGGGACAGCTG-TTACATAAAGTAACTGCCAACGT	3373

C  CT009558.5	47749	TCCCACTAACCAAGCTATTCAGAAGCAAAGAATAACACTTCTGAAGTTTT	47700
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	3374	TCCCACTAACCAAACTATTCAGAAGCAAAGAATAACACTTCTGAAGTTTT	3423

skip 650 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	47049	CCTGAAGATTCTCTTAACTGCAGTTAAATGAGATTCTCTAGAATCTGATT	47000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
  CU013523.3	4074	CCTGAAGATTCTCTTAACTGCAGTTAAATGAGATTCTCTAGGATCTGATT	4123

skip 500 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	46499	AAGCCATATAGTGATTTCTTAAGTTTATAAACATGGTCAGGATGCTTAAG	46450
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4624	AAGTCATATAGTGATTTCTTAAGTTTATAAACATGGTCAGGATGCTTAAG	4673

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	46399	CATTAAGAAAAGCACTTTTGACATCCATTTGATATAATATTATGCAATGA	46350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  CU013523.3	4724	CATTAAGAAAAGCACTTTTGACATCCATTTGATATAATATTATGCCATGA	4773

skip 150 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	46199	TTTTTGAATACCCATTTTGTTCCAATAATGTTCTTCTGAGAAGGTTTGGG	46150
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	4924	TTTCTGAATACCCATTTTGTTCCAATAATGTTCTTCTGAGAAGGTTTGGG	4973

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	46049	TCAATTATTGAAAGCAGTCCTATTAAAGACTCTTCTTGTCTAAAATGTGA	46000
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5074	TCAATTATTGAAAGTAGTCCTATTAAAGACTCTTCTTGTCTAAAATGTGA	5123

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	45899	TGAAAGTCCTCAGAAGCACTTTCATTCTGTACTTTTGGGCTAGGTTCTGC	45850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  CU013523.3	5224	TGAAAGTCCTCAGAAGCACTTTCATTCTGTACTTTTGAGCTAGGTTCTGC	5273

C  CT009558.5	45849	TTCTGAATTAGACTCAGCTTCTGGAGTGATTTCAGCTTCTGGACAAGATT	45800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
  CU013523.3	5274	TTCTGAATTAGACTCAGCTTCTGGAGTGATTTCAGTTTCTGGACTAGATT	5323

C  CT009558.5	45799	CAACTTCTGTATACTTTTTAGAATCAGAAGGTTGATCAGATTCTGATGCA	45750
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5324	CAACTTCTGTATACTTTTCAGAATCAGAAGGTTGATCAGATTCTGATGCA	5373

skip 350 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	45399	TGCCCAAAAATGTTTAGCTAAGTTGTTTTCATGGATCATGGTTCTGGCCA	45350
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5724	TGCTCAAAAATGTTTAGCTAAGTTGTTTTCATGGATCATGGTTCTGGCCA	5773

C  CT009558.5	45349	TTTCTTGTAAGGTTCTGTTCTTTCTTTCTACAACCCCATTTTGTTGTGGA	45300
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	5774	TTTCTTGTAAGGTTCTGTTCTTTCTCTCTACAACCCCATTTTGTTGTGGA	5823

skip 250 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	45049	CAGTGTTAACTGGACCAAAAAGATCGATATGGAGTAATTCTAAGGGTCTG	45000
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6074	CAGTGTTAACTGGACCAAAAAGATCAATATGGAGTAATTCTAAGGGTCTG	6123

C  CT009558.5	44999	GAGGTTGATATAATGTCCTTAGATTTGAAAGAACTTTTCACAATTTTCCC	44950
			|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6124	GAGGTTGATACAATGTCTTTAGATTTGAAAGAACTTTTCACAATTTTCCC	6173

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	44849	GCATGTCCCAACCTTTTATGCCATACCCATTTTTTATCATTCATTGACAG	44800
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6274	GCATGTCCCAACCTTTTATGTCATACCCATTTTTTATCATTCATTGACAG	6323

skip 250 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	44549	CTTCCAGTTTGGTTGCCACCAAACTTCACTTCTCCTCCATCTTTCATTGT	44500
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6574	TTTCCAGTTTGGTTGCCACCAAACTTCACTTCTCCTCCATCTTTCATTGT	6623

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	44449	TGTCTAGGTACCATGACATTTGTTTCTCTCTTGCCCTTAAGCACACCTGC	44400
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	6674	TGTCTAGGTACCATGACCTTTGTTTCTCTCTTGCCCTTAAGCACACCTGC	6723

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	44349	GGTTAGTTTTGAAGGTTTTACTTTTCCTCCCTTGTACCTTAGAGTGAATG	44300
			||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  CU013523.3	6774	GGTTAGTTTTGGAGGTTTTACTTTTCCTCCCTTGTACCTTAGGGTGAATG	6823

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	44249	TGTTTTCTCAGAAGCAGTAGCTGCTTTGTTCTTCTGATCCTTTTGTTTTG	44200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
  CU013523.3	6874	TGTTTTCTCAGAAGCAGTAGCTGCTTTGTTCTTCTGATCCTTTTGTTTTA	6923

C  CT009558.5	44199	GAATTTTAGATTCTGGTTTAATCAGATTCTGATGAACAGGTTCTGATCTT	44150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  CU013523.3	6924	GAATTTTAGATTCTGGTTTAATCAGATTCTGATGAACAGATTCTGATCTT	6973

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	44049	CTTCAGGTTTTGACTGAACAGTAGTTATAGCATTTGTACCTTCAGGCACA	44000
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7074	CTTCAGGTTTTGACTGAACAGCAGTTATAGCATTTGTACCTTCAGGCACA	7123

skip 800 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	43199	CTCAAGCTTGTTGGACAGCATAGCCATCTTTACAGATTGATCTTCATCAG	43150
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	7924	CTCAAGTTTGTTGGACAGCATAGCCATCTTTACAGATTGATCTTCATCAG	7973

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	43049	CTTAGAGGTTTCATGCTCATTTAAACTCATTTCATGCACTTTGAGTGAGC	43000
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	8074	CTTAGAGGTTTCAAGCTCATTTAAACTCATTTCATGCACTTTGAGTGAGC	8123

skip 200 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	42799	ATTCTGAAAAGTTCATACTGATGAACTAGCATCAAAGCTTTAGCCTCTTT	42750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
  CU013523.3	8324	ATTCTGAAAAGTTCATACTGATGAACTAGCATCAAAGATTTAGCCTCTTT	8373

C  CT009558.5	42749	TACTTTCTTGTTGCCTTCAAAGTTTGCACATAGAGAAGCAAACATGGCCT	42700
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  CU013523.3	8374	TACTTTCTTGCTGCCTTCAAAGTTTGCACATAGAGAAGCAAACATAGCCT	8423

skip 400 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	42299	CTGTGATAACAGAGCAAGCTCTGATACCAATTGAAGGTGAAAAACACAAG	42250
			|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
  CU013523.3	8824	CTGTGATAACAGAGCAGGCTCTGATACCAATTGAAGGTGAAAAATACAAG	8873

C  CT009558.5	42249	AAGGGGGGGGGGGGGTTGAATTGTGTTTTCTTTTTCTCTTAAAAAAAGGA	42200
			||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    |
  CU013523.3	8874	AA------GGGGGCGTTGAATTGTGTTTTCTTTTTCTCTTAAAAA----A	8913

C  CT009558.5	42199	TTCTTCTTCTGATAAAACTTCAGAAGCAGTTTGATTGCTTCTGATGAAAT	42150
			| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  CU013523.3	8914	TACTTCTTCTGATAAAACTTCAGAAGCAGTTTGTTTGCTTCTGATGAAAT	8963

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	42099	AAAGACACAGGCAGTTATCCTGGTTCCTTCCACAACACGGAAGTAGTCCA	42050
			||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9014	AAAGACACAAGCAGTTATCTTGGTTCCTTCCACAACACGGAAGTAGTCCA	9063

C  CT009558.5	42049	GTCCCCCTTGCACTTCCAAGGAGATTTCACTATAATCAC-AAGATTACAA	42001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  CU013523.3	9064	GTCCCCCTTGCACTTCCAAGGAGATTTCACTATAATCACAAAGATTACAA	9113

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	41900	CTCAAGCACGCAGGCAAGAGACTTCTAATCAAACAGAAATACAGAGAATT	41851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
  CU013523.3	9214	CTCAAGCACGCAGGCAAGAGACTTCTAATCAAACAAAAATACAGAGAATT	9263

C  CT009558.5	41850	GAGTTTGAATTGAACACTTGATATATAATCAGTGGTGTTCACAATACAAT	41801
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9264	GAGTTTGAATTGAACACTTGATATACAATCAGTGGTGTTCACAATACAAT	9313

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	41750	GAAATTCAGTGTGCTTTTTAGAATCAAATTGACAGAGTTTTGGTGCTTTT	41701
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
  CU013523.3	9364	GAAATTCAGTGTGCTTTGTAGAATCAAATTGACAGAGTTTTGGCGCTTTT	9413

C  CT009558.5	41700	AAACTTATGTATCTCTATCTAAAATCTTCAAGTCTTCATTCCTTTATATA	41651
			|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9414	AAACTTATGTATCTCTCTCTTAAATCTTCAAGTCTTCATTCCTTTATATA	9463

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	41550	CTTTGAAGAATAAGCTTCAAATTCATTCCCATCTTGAGTGTACAAATTCT	41501
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9564	CTTTGAAGAATAAACTTCAAATTCATTCCCATCTTGAGTGTACAAATTCT	9613

C  CT009558.5	41500	GCAGGCATGACTGTTGTTTTGTCTTGTAGCGTAGACAGAAAACAGAGTAG	41451
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9614	GCAGGCATGGCTGTTGTTTTGTCTTGTAGCGTAGACAGAAAACAGAGTAG	9663

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	41400	CAAGAGCTCAGAGCTATCCATATATCCGTTGATACCTCCCTTTCAATTCT	41351
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9714	CAAGAGCTCAGTGCTATCCATATATCCGTTGATACCTCCCTTTCAATTCT	9763

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CT009558.5	41250	TGAAAACTTTTGCTTCTGATGACTTTCTGCTTCTGATGACTTTCTGCTTC	41201
			||||||||||                 |||||||||||||||||||||||
  CU013523.3	9864	TGAAAACTTT-----------------TGCTTCTGATGACTTTCTGCTTC	9896

skip 232 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT009558.5 - 145085 bps
Hit
CU013523.3 - 109542 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 10171 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
198.519492101714096951139-11101281
296.62115713015155052850-18855101271
390.1187412944755604818855101281
Short-link