<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CT573386.5	63863	GAATTCAGTATTGCATTATTTACAAACCATTTGTATTTAAGTGTAGCTGG	63912
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115898	GAATTCAGTATTGCATTATTTACAAACCATTTGTATTTAAGTGTAGCTGG	115849

  CT573386.5	63913	TGGTTTTTAAGATCATTCAGCATGAGTTAGTAAATTATTAATGGAACTAT	63962
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115848	TGGTTTTTAAGATCATTCAGCATGAGTTAGTAAATTATTAATGGAACTAT	115799

  CT573386.5	63963	TCAAATTAACATTTATATATCTTATTATTCAGTCATATAGTAATGGTTAC	64012
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115798	TCAAATTAACATTTATATATCTTATTATTCAGTCATATAGTAATGGTTAC	115749

  CT573386.5	64013	TATGTATGTTAATAAATGCTTTATTAACTCAACTTCATCCATTTTTGTGA	64062
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115748	TATGTATGTTAATAAATGCTTTATTAACTCAACTTCATCCATTTTTGTGA	115699

  CT573386.5	64063	CCTAATCTAAAGTGAGACTATTTTTGCTTTATAAATCTCTTATAAATGAC	64112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115698	CCTAATCTAAAGTGAGACTATTTTTGCTTTATAAATCTCTTATAAATGAC	115649

  CT573386.5	64113	AATTAAAAAGCTGAGTATCAAATGAACAATAAATGTTTGCAATCTAATCT	64162
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115648	AATTAAAAAGCTGAGTATCAAATGAACAATAAATGTTTGCAATCTAATCT	115599

  CT573386.5	64163	AAAAAAATAAAATTACTGTAAACTTTAAACATCGCCGAATAACAGAAATG	64212
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115598	AAAAAAATAAAATTACTGTAAACTTTAAACATCGCCGAATAACAGAAATG	115549

  CT573386.5	64213	TCAAAATACAATTAGCAATAAATACAATTGAATAAAATTGGATAAAACAA	64262
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115548	TCAAAATACAATTAGCAATAAATACAATTGAATAAAATTGGATAAAACAA	115499

  CT573386.5	64263	TATATTAAGATATAACATTTCAGTGTTATTTAGCAAAGTGTAAACTGTAC	64312
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115498	TATATTAAGATATAACATTTCAGTGTTATTTAGCAAAGTGTAAACTGTAC	115449

  CT573386.5	64313	AGTAACTTCATTTTAGATAAGGTTGCAAAGATTTTTCTTTCATTTGATAG	64362
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115448	AGTAACTTCATTTTAGATAAGGTTGCAAAGATTTTTCTTTCATTTGATAG	115399

  CT573386.5	64363	TTTCATTTGTGTATCATTAAATAAACAGAAATGAATGAAATAGTTCATGC	64412
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115398	TTTCATTTGTGTATCATTAAATAAACAGAAATGAATGAAATAGTTCATGC	115349

  CT573386.5	64413	TCTTTTTCCCTGTTCGGAATATAACTGAGCCTTTAATAGTCATTTATAAG	64462
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115348	TCTTTTTCCCTGTTCGGAATATAACTGAGCCTTTAATAGTCATTTATAAG	115299

  CT573386.5	64463	TGATTTATAAAGCATAAATAGTCCTCACTTTAGGTCACAAAACTGGATGA	64512
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115298	TGATTTATAAAGCATAAATAGTCCTCACTTTAGGTCACAAAACTGGATGA	115249

  CT573386.5	64513	AGTCGAGTTAATAAAGCGTGTATTAATATATAAATAAACTAATAGTATAT	64562
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115248	AGTCGAGTTAATAAAGCGTGTATTAATATATAAATAAACTAATAGTATAT	115199

  CT573386.5	64563	GCCTGAATAATAAGATATATGAACGTTATTTGAATAGTTTATTAATAATG	64612
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115198	GCCTGAATAATAAGATATATGAACGTTATTTGAATAGTTTATTAATAATG	115149

  CT573386.5	64613	TACTTTCACATTCTGAATGATCTGGAAAAAACCACCACCTATTCTTAAAT	64662
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115148	TACTTTCACATTCTGAATGATCTGGAAAAAACCACCACCTATTCTTAAAT	115099

  CT573386.5	64663	AACTGGTTTGTAAATAATGCAATACTTATGTAATGAAAAAAAGAATCATT	64712
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115098	AACTGGTTTGTAAATAATGCAATACTTATGTAATGAAAAAAAGAATCATT	115049

  CT573386.5	64713	AACAAAGTATGAAAATGCAATTAATTACAATTTAAGAATATAGCCAGTTG	64762
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	115048	AACAAAGTATGAAAATGCAATTAATTACAATTTAAGAATATAGCCAGTTG	114999

  CT573386.5	64763	TGGCTGTATTTATAAAGTGCTTATTAATGCCTATTAGAGTTAATACTTAA	64812
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114998	TGGCTGTATTTATAAAGTGCTTATTAATGCCTATTAGAGTTAATACTTAA	114949

  CT573386.5	64813	CAAATAATGAACTAACTATTTGCTAATGCTTAATAAATGATTCATAGTGT	64862
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114948	CAAATAATGAACTAACTATTTGCTAATGCTTAATAAATGATTCATAGTGT	114899

  CT573386.5	64863	GTAGTTATTATGAAATGTTACCCATTTAACTGAACACAGTGCCTAAACAG	64912
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114898	GTAGTTATTATGAAATGTTACCCATTTAACTGAACACAGTGCCTAAACAG	114849

  CT573386.5	64913	TGGCTCTCATGAATCAGATTTAGTACTCAAATTGTACATTAGGTCTTTGT	64962
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114848	TGGCTCTCATGAATCAGATTTAGTACTCAAATTGTACATTAGGTCTTTGT	114799

  CT573386.5	64963	AACATCAGACCATTGACACAACACTGTTTACAGTATTAGTTTAACATCTT	65012
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114798	AACATCAGACCATTGACACAACACTGTTTACAGTATTAGTTTAACATCTT	114749

  CT573386.5	65013	GTTTTTAAGAGTAAGCTAACGTTGCGTACATCCAGTCCCAAGCTCCATGA	65062
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114748	GTTTTTAAGAGTAAGCTAACGTTGCGTACATCCAGTCCCAAGCTCCATGA	114699

  CT573386.5	65063	AAACATTCTGAATTGTGTCAAAAGTGTACCGGAGTTCTTTGGGATAGGAA	65112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114698	AAACATTCTGAATTGTGTCAAAAGTGTACCGGAGTTCTTTGGGATAGGAA	114649

  CT573386.5	65113	AAGTTGAGTGCATGAAGAAGGCCAAAGAGGTATGCTACAGCACTTGAGGT	65162
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114648	AAGTTGAGTGCATGAAGAAGGCCAAAGAGGTATGCTACAGCACTTGAGGT	114599

  CT573386.5	65163	ATCTGGAATGTCTTCCAAAACAACAACCTCTTCCAGTACAACAGCAATGT	65212
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114598	ATCTGGAATGTCTTCCAAAACAACAACCTCTTCCAGTACAACAGCAATGT	114549

  CT573386.5	65213	TCTGGATCACTGGTGATGCTGCCCGGTAGTCATCTTCCGTAACATAGAGA	65262
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114548	TCTGGATCACTGGTGATGCTGCCCGGTAGTCATCTTCCGTAACATAGAGA	114499

  CT573386.5	65263	ATGCCAACTGATACGCCCTTTGTTCTATCTTCAGTTTCCTGTGAAAACAC	65312
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114498	ATGCCAACTGATACGCCCTTTGTTCTATCTTCAGTTTCCTGTGAAAACAC	114449

  CT573386.5	65313	AATAAGAATATTTGAGCATAGAAAGTCATTATAGTACTTTATCTACAAAC	65362
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114448	AATAAGAATATTTGAGCATAGAAAGTCATTATAGTACTTTATCTACAAAC	114399

  CT573386.5	65363	AAGCAAGATATTATATGTTTAGTATAGGGCTATAACAACACACACATTTA	65412
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114398	AAGCAAGATATTATATGTTTAGTATAGGGCTATAACAACACACACATTTA	114349

  CT573386.5	65413	AATAATTGTAATAAAGTTATTTATTCAGTTAAAAATACATACAGTTATCT	65462
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114348	AATAATTGTAATAAAGTTATTTATTCAGTTAAAAATACATACAGTTATCT	114299

  CT573386.5	65463	TTCAGAAATATGAACATTCTGTAAAAATAATAAACCAGCATAATACAATG	65512
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114298	TTCAGAAATATGAACATTCTGTAAAAATAATAAACCAGCATAATACAATG	114249

  CT573386.5	65513	ACCATGCAAACTTAATTGCAGTTAAGCAAAATGACCAGTTACATCAAATA	65562
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114248	ACCATGCAAACTTAATTGCAGTTAAGCAAAATGACCAGTTACATCAAATA	114199

  CT573386.5	65563	GTTATGATCATAAAAATGCTATGTAATGTGTAGTTTGTCTGTAGGAAGAC	65612
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114198	GTTATGATCATAAAAATGCTATGTAATGTGTAGTTTGTCTGTAGGAAGAC	114149

  CT573386.5	65613	ATAGTGTTATAATTCAAATCGTTAAGCAAAAGTGAATGTAACAATTAAAC	65662
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114148	ATAGTGTTATAATTCAAATCGTTAAGCAAAAGTGAATGTAACAATTAAAC	114099

  CT573386.5	65663	TGACAACATGTAAATAACAAGGAGCCCAGATCTACACACGCATAAATCAT	65712
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114098	TGACAACATGTAAATAACAAGGAGCCCAGATCTACACACGCATAAATCAT	114049

  CT573386.5	65713	CAGGATTCATATGCAACATTAATGCAGTAATTGGACTTTAAATATTTTAA	65762
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	114048	CAGGATTCATATGCAACATTAATGCAGTAATTGGACTTTAAATATTTTAA	113999

  CT573386.5	65763	GTGATTTATTTTAAAATACTGTCATAAATGAATAAATAAATAAATGCTGA	65812
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	113998	GTGATTTATTTTAAAATACTGTCATAAATGAATAAATAAATAAATGCTGA	113949

  CT573386.5	65813	TATGTTGTACTCTGAATACAACAGCTGCCATTTTGGTTGACAAGAATAAC	65862
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU013512.6	113948	TATGTTGTACTCTGAATACAACAGCTGCCATTTTGGTTGACAAGAATAAC	113899

Overview

Query
CT573386.5 - 65862 bps
Hit
CU013512.6 - 115898 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001861200063863658621113899115898-1
292.4750931512431938194731
3100618116324313658736667-1
4100608016424316821868297-1
510061811642441911791971
61006080164243112391124701
783.81433581919519552194779823-1
881.72105290196311992019744497725-1
983.9818746219637200981950099591
1010058120274002751919719397312-1
1183.855919239931401221102273102464-1
1292.774683465844666616822068302-1
1388.294711146584466941908491941
1489.84698465854668213656936666-1
1588.18641104931049419199129992391
1697.37411151537516471908391931
1796.49731145153751650112389125021
181006587515445163016821868304-1
199868100515475164613656736666-1
2094.05488451547516301939094731
2192.055488515895167618875188838-1
2298.258411451751518641908491971
2397.27771105175151860112390124991
2410074100517645186313656736666-1
25914710051764518631937494731
261006587517775186316821868304-1
Short-link