<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT967316.8	1	AAGCTTGACTATGGAGAAAGTAGCAGCTGCTAAGAAATTCATTGAGAATC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15463	AAGCTTGACTATGGAGAAAGTAGCAGCTGCTAAGAAATTCATTGAGAATC	15512

CT967316.8	51	ATTACAGGGCACAGATGAAAAATATTCAAGATCGGAAAGAGAGGTAAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15513	ATTACAGGGCACAGATGAAAAATATTCAAGATCGGAAAGAGAGGTAAAAA	15562

CT967316.8	101	AAAAAAATCAATTTTAATATCTTGATTTAATTAGCAAATTTTAAACCCTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15563	AAAAAAATCAATTTTAATATCTTGATTTAATTAGCAAATTTTAAACCCTT	15612

CT967316.8	151	GTTTTTTATTGAATCGAGTACAATGTAAACTTTGACATAGATCTCACAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15613	GTTTTTTATTGAATCGAGTACAATGTAAACTTTGACATAGATCTCACAGT	15662

CT967316.8	201	TTAATCACTGTATTTAGGGTTTGATAGTTGGATAACTGACAATTTCTGGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15663	TTAATCACTGTATTTAGGGTTTGATAGTTGGATAACTGACAATTTCTGGA	15712

CT967316.8	251	TTTAGCCAAACCTAGTAAGGATTTTTTAGGTTTAATTAATGATTTACATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15713	TTTAGCCAAACCTAGTAAGGATTTTTTAGGTTTAATTAATGATTTACATT	15762

CT967316.8	301	TTCTGTATTTGGAAGTTATGATTCCTGTGTTGAAGTAAATGCTTGATGTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15763	TTCTGTATTTGGAAGTTATGATTCCTGTGTTGAAGTAAATGCTTGATGTA	15812

CT967316.8	351	CTGTAGTTGCAGTAGTAGTACTTGAAAAATTGACTTGGTCATCACAGTAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15813	CTGTAGTTGCAGTAGTAGTACTTGAAAAATTGACTTGGTCATCACAGTAC	15862

CT967316.8	401	GGAAGCTGGTAATTTGTAGTTTAGTAAATGCTATTTTGAAAGTAGTTACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15863	GGAAGCTGGTAATTTGTAGTTTAGTAAATGCTATTTTGAAAGTAGTTACT	15912

CT967316.8	451	TGATTCTTGTCTTAAAAAGTTGCACAGTGTAACTTGCTACATTTGTACAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15913	TGATTCTTGTCTTAAAAAGTTGCACAGTGTAACTTGCTACATTTGTACAA	15962

CT967316.8	501	CTGATAAATTTTTGTGGAACCGTAAATTTGTAAATAAATTCATTACCTAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	15963	CTGATAAATTTTTGTGGAACCGTAAATTTGTAAATAAATTCATTACCTAC	16012

CT967316.8	551	TCTTGTTGTAGTTAGGTTCTTTGAATGGAGCATTTGGGGGGGTGGGGTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16013	TCTTGTTGTAGTTAGGTTCTTTGAATGGAGCATTTGGGGGGGTGGGGTAA	16062

CT967316.8	601	CCATCTTTGTCATCACAATTTGGTTACTTGACTATAGTGGCAAAGTAAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16063	CCATCTTTGTCATCACAATTTGGTTACTTGACTATAGTGGCAAAGTAAGT	16112

CT967316.8	651	TTATGAAAAATATTGGACCAGGTTATATTGCATTACTTAATATCTTATTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16113	TTATGAAAAATATTGGACCAGGTTATATTGCATTACTTAATATCTTATTC	16162

CT967316.8	701	CTGGAAATCTTATTCTTAGGAATATACTAGGAATGTAGTTTCATACTATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16163	CTGGAAATCTTATTCTTAGGAATATACTAGGAATGTAGTTTCATACTATG	16212

CT967316.8	751	TTGAAACAAACACACCCTAAAAGTTATAACTTATAAAACACATCAGAACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16213	TTGAAACAAACACACCCTAAAAGTTATAACTTATAAAACACATCAGAACT	16262

CT967316.8	801	TCTATGTCATTATTAACTGCAGTTTCTATCATTCTTTTAGAATTTCTATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16263	TCTATGTCATTATTAACTGCAGTTTCTATCATTCTTTTAGAATTTCTATG	16312

CT967316.8	851	TAGTATACCTTATTATGTGATGTGTCAAAATTTCAAAATAGCGGACATCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16313	TAGTATACCTTATTATGTGATGTGTCAAAATTTCAAAATAGCGGACATCT	16362

CT967316.8	901	CACTGTCAGCTAGTGCACTACAGCGTATTTGGGATTGGCCACTCGTTCCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16363	CACTGTCAGCTAGTGCACTACAGCGTATTTGGGATTGGCCACTCGTTCCT	16412

CT967316.8	951	ATATCCGGGATCGGCAACACTATTCATTTCTATCATGGTTGTCTTTCCAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16413	ATATCCGGGATCGGCAACACTATTCATTTCTATCATGGTTGTCTTTCCAC	16462

CT967316.8	1001	TTTCATGCCATTGGCAAGTATAGCAAATAGCAGCACAAGCACCAGATTTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16463	TTTCATGCCATTGGCAAGTATAGCAAATAGCAGCACAAGCACCAGATTTG	16512

CT967316.8	1051	TTAATTTGTCGGAAAGAGCTATATGAACAGACTAAAACGGAATGACAACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16513	TTAATTTGTCGGAAAGAGCTATATGAACAGACTAAAACGGAATGACAACA	16562

CT967316.8	1101	TTGATGCAGTTAATAGACATGTATACTAAATAGGGATGAATATGTCTAAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16563	TTGATGCAGTTAATAGACATGTATACTAAATAGGGATGAATATGTCTAAG	16612

CT967316.8	1151	CTTACTTAAATCATAAACAGAGATAATGATGTGTTCTTTCCACAGATTGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16613	CTTACTTAAATCATAAACAGAGATAATGATGTGTTCTTTCCACAGATTGA	16662

CT967316.8	1201	ACATTCCTTTCTCTGTTAGGAATATTTGAAGTTACTACTTCAGAATTACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16663	ACATTCCTTTCTCTGTTAGGAATATTTGAAGTTACTACTTCAGAATTACC	16712

CT967316.8	1251	CATATGCTATGAATGGAAAATATTATACTTATCCAATTCTTATATGGGAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16713	CATATGCTATGAATGGAAAATATTATACTTATCCAATTCTTATATGGGAC	16762

CT967316.8	1301	GGTATCCTCAGTATAACATAATTCTTTTGTAACAACTAACGGGGTATTCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16763	GGTATCCTCAGTATAACATAATTCTTTTGTAACAACTAACGGGGTATTCA	16812

CT967316.8	1351	TCACCTTGTTTTAATAGACATTATGGTTTGTTCTAATTTGATCAGGGTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16813	TCACCTTGTTTTAATAGACATTATGGTTTGTTCTAATTTGATCAGGGTGA	16862

CT967316.8	1401	AACAAGTTCTTCATTTTGTGAGCTTCACCAGAAAAGAAAATTAAATACGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16863	AACAAGTTCTTCATTTTGTGAGCTTCACCAGAAAAGAAAATTAAATACGC	16912

CT967316.8	1451	GAAGCTTTTTATTGAACCATCTGCTAGAAGCCATGCTTATGCACTTTCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16913	GAAGCTTTTTATTGAACCATCTGCTAGAAGCCATGCTTATGCACTTTCCT	16962

CT967316.8	1501	GAAACAGTATCTAGTCTGATGCAGACATTTTACTTGGGCTTTGGAACTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	16963	GAAACAGTATCTAGTCTGATGCAGACATTTTACTTGGGCTTTGGAACTTC	17012

CT967316.8	1551	TGATTCTCACAGATTTTTATGGTTTTGTTTTGTAGGCGTTGGGTATTGGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	17013	TGATTCTCACAGATTTTTATGGTTTTGTTTTGTAGGCGTTGGGTATTGGA	17062

CT967316.8	1601	AAGAAAATTAGCTACTTCGGATGTGCCAACTGAAGAACGGCTCAACCTCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	17063	AAGAAAATTAGCTACTTCGGATGTGCCAACTGAAGAACGGCTCAACCTCA	17112

CT967316.8	1651	TCAAAGATTTAGAGAGGAAGGAAACTGAATATATGCGATTGAAAAGACAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	17113	TCAAAGATTTAGAGAGGAAGGAAACTGAATATATGCGATTGAAAAGACAC	17162

CT967316.8	1701	AAGATTTGTGTTAATGATTTTGATCTCTTGACCATCATTGGAAGGGGGGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	17163	AAGATTTGTGTTAATGATTTTGATCTCTTGACCATCATTGGAAGGGGGGC	17212

CT967316.8	1751	TTTTGGGGAGGTCAGAACAGACTCTCGCGTGTTTATTTTGTGCATGAAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	17213	TTTTGGGGAGGTCAGAACAGACTCTCGCGTGTTTATTTTGTGCATGAAAT	17262

CT967316.8	1801	AATTCATGTTGGACATGCATTGATGGATCATTATTTTTTGTTGTTTGGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	17263	AATTCATGTTGGACATGCATTGATGGATCATTATTTTTTGTTGTTTGGAA	17312

CT967316.8	1851	ATAGAAAATCTTTGTGCATCCTATACCATATAAATGTTATTTCTGATATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	17313	ATAGAAAATCTTTGTGCATCCTATACCATATAAATGTTATTTCTGATATT	17362

CT967316.8	1901	ATTATCTGCCAACTCATTCAATTACAGGTTAGACTGTGTCGGGAAAAGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	17363	ATTATCTGCCAACTCATTCAATTACAGGTTAGACTGTGTCGGGAAAAGAA	17412

CT967316.8	1951	ATCTGGAAATATCTATGCCATGAAAAAGCTGAAGAAATCTGAAATGCTCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012061.2	17413	ATCTGGAAATATCTATGCCATGAAAAAGCTGAAGAAATCTGAAATGCTCA	17462

Overview

Query
CT967316.8 - 127758 bps
Hit
CU012061.2 - 17462 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001913200012000115463174621
Short-link