<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR786569.13	137000	TTATTTATTTATTTATTTAGTTGTTTTTATAAAAAATTTTTTTTTCCTAC	137049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1	TTATTTATTTATTTATTTAGTTGTTTTTATAAAAAATTTTTTTTTCCTAC	50

CR786569.13	137050	TTGATGAGGGAGTGACTCTTAATAACCACATTATCAATTCCTAATAACCA	137099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	51	TTGATGAGGGAGTGACTCTTAATAACCACATTATCAATTCCTAATAACCA	100

CR786569.13	137100	AAACTGCAAGCAAATTGCTTTTATTTTTATTTTTCATCTGCAACTAAAGA	137149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	101	AAACTGCAAGCAAATTGCTTTTATTTTTATTTTTCATCTGCAACTAAAGA	150

CR786569.13	137150	TTTTTACTGTTCTTACCTGGTCACCTAATATAACATATCTTGGCTGCTCC	137199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	151	TTTTTACTGTTCTTACCTGGTCACCTAATATAACATATCTTGGCTGCTCC	200

CR786569.13	137200	ATTGAAGCTCAATGACTTTGTGTGACTCTCTCTAACACCCACTTTATCAT	137249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	201	ATTGAAGCTCAATGACTTTGTGTGACTCTCTCTAACACCCACTTTATCAT	250

CR786569.13	137250	AAACTAATTCAATAAATCTCTTATTTACTGTGTCATGTTAATTACAATGC	137299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	251	AAACTAATTCAATAAATCTCTTATTTACTGTGTCATGTTAATTACAATGC	300

CR786569.13	137300	CACTTCTGGTTTTGTCGCATTGCTCACTTCATTGTGCAATAGATACAACA	137349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	301	CACTTCTGGTTTTGTCGCATTGCTCACTTCATTGTGCAATAGATACAACA	350

CR786569.13	137350	ACATCAGCACCACAAGACATCTAGCAAATCAGAAATGTATATGTAATTCT	137399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	351	ACATCAGCACCACAAGACATCTAGCAAATCAGAAATGTATATGTAATTCT	400

CR786569.13	137400	AAAATACGATGCATAGTATGTATGCTTTTTCATTCATGAACATAATAGTA	137449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	401	AAAATACGATGCATAGTATGTATGCTTTTTCATTCATGAACATAATAGTA	450

CR786569.13	137450	ATGTCTGTAATTACTCACATATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT	137499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	451	ATGTCTGTAATTACTCACATATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT	500

CR786569.13	137500	ATTATTATTATTATTATAAATAATAATAATAATACATATTAATTGTTATT	137549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	501	ATTATTATTATTATTATAAATAATAATAATAATACATATTAATTGTTATT	550

CR786569.13	137550	ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAT	137599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	551	ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAT	600

CR786569.13	137600	TATTATTATTATTATTAATAATAATATTATTATTAAAACCTGGCACTTTT	137649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	601	TATTATTATTATTATTAATAATAATATTATTATTAAAACCTGGCACTTTT	650

CR786569.13	137650	TATATGATAATCTCAGTATCACAATCTCAATTTTACTTTGAACATAAAAT	137699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	651	TATATGATAATCTCAGTATCACAATCTCAATTTTACTTTGAACATAAAAT	700

CR786569.13	137700	TTTATTATAATTAGTTTAATTTAAATAAGGACATAATATTTCTCATCTGC	137749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	701	TTTATTATAATTAGTTTAATTTAAATAAGGACATAATATTTCTCATCTGC	750

CR786569.13	137750	CTTCAGTGTAGGTGGGTAGAAATAAAATAAAAAAGGAGAAGGTAACGTGA	137799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	751	CTTCAGTGTAGGTGGGTAGAAATAAAATAAAAAAGGAGAAGGTAACGTGA	800

CR786569.13	137800	CGCACACACACTTGGACGTGATCCTGGCTGACAGCTGCATGTTCCTTTTA	137849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	801	CGCACACACACTTGGACGTGATCCTGGCTGACAGCTGCATGTTCCTTTTA	850

CR786569.13	137850	TCCCTTTTTCATGTCTTGCAGGTGCTGTGCGGAGATGGGGATAGAGAAGA	137899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	851	TCCCTTTTTCATGTCTTGCAGGTGCTGTGCGGAGATGGGGATAGAGAAGA	900

CR786569.13	137900	TTGAACGATCATGGGTCACAGATATTTCAAATGCCTTTTGCATGGTGGCC	137949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	901	TTGAACGATCATGGGTCACAGATATTTCAAATGCCTTTTGCATGGTGGCC	950

CR786569.13	137950	TTGGAGATAAGAACACAAAATGGAAGATCCGAAAGAGCCGAAATGTTAAG	137999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	951	TTGGAGATAAGAACACAAAATGGAAGATCCGAAAGAGCCGAAATGTTAAG	1000

CR786569.13	138000	CAGGAGTAAGCGCAACATTAAACAGGAGAGCTAGCAGACGTGATGAATGT	138049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1001	CAGGAGTAAGCGCAACATTAAACAGGAGAGCTAGCAGACGTGATGAATGT	1050

CR786569.13	138050	GTTTCTCACAAACACAATGGTCACTGCAAGATGCATGCAGGAAAAAAGAC	138099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1051	GTTTCTCACAAACACAATGGTCACTGCAAGATGCATGCAGGAAAAAAGAC	1100

CR786569.13	138100	TGACAATATGAAGTGGTATAAGTACAATTCTGTGGAGTAGGTATGTGGAT	138149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1101	TGACAATATGAAGTGGTATAAGTACAATTCTGTGGAGTAGGTATGTGGAT	1150

CR786569.13	138150	ATTTAGCAGACAGCCAAAGTGACTTAAATTAGCCTTTTCACGTACATTCC	138199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1151	ATTTAGCAGACAGCCAAAGTGACTTAAATTAGCCTTTTCACGTACATTCC	1200

CR786569.13	138200	TCCCTTGGGTAAAGTGGGGTTAAATAGTTTGCTCCAGGTCATGATGATGA	138249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1201	TCCCTTGGGTAAAGTGGGGTTAAATAGTTTGCTCCAGGTCATGATGATGA	1250

CR786569.13	138250	AGCTCTAGAATTATTCAGTAGGGAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAA	138299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1251	AGCTCTAGAATTATTCAGTAGGGAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAA	1300

CR786569.13	138300	TAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAATGTAAAGAAAAGAAAA	138349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1301	TAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAATGTAAAGAAAAGAAAA	1350

CR786569.13	138350	GAAAACAAAAATAAAAATAAAAATTAAGAAAAATAAAGAAGAAATAATTA	138399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1351	GAAAACAAAAATAAAAATAAAAATTAAGAAAAATAAAGAAGAAATAATTA	1400

CR786569.13	138400	AAACAAAAATAAATAATAAATAACAAATATTAAAATAATAAATTAACAAA	138449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1401	AAACAAAAATAAATAATAAATAACAAATATTAAAATAATAAATTAACAAA	1450

CR786569.13	138450	AAACATTAAATAAAAATAATTAAAAAGCAAATTAAATAAATTATGGTTTG	138499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1451	AAACATTAAATAAAAATAATTAAAAAGCAAATTAAATAAATTATGGTTTG	1500

CR786569.13	138500	TATTTTTTTACTTTATTTATTTTTTTATTTATTTAAATAAAGTCAAAAAA	138549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1501	TATTTTTTTACTTTATTTATTTTTTTATTTATTTAAATAAAGTCAAAAAA	1550

CR786569.13	138550	GATTATTCAATTTAGTAAAAAAATGTATTGTTCACTGACTGTTTATGTTA	138599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1551	GATTATTCAATTTAGTAAAAAAATGTATTGTTCACTGACTGTTTATGTTA	1600

CR786569.13	138600	CAAAATATTTAGCTAAAATGAACTAATGCCATCATATTGCAATGTTTTAG	138649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1601	CAAAATATTTAGCTAAAATGAACTAATGCCATCATATTGCAATGTTTTAG	1650

CR786569.13	138650	TAGTAATAATGATAATAACAATAATAATAATAATAATAATAATTATTATT	138699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1651	TAGTAATAATGATAATAACAATAATAATAATAATAATAATAATTATTATT	1700

CR786569.13	138700	ATTATTATTATTATTATTATTATCATTATTACTACTAAATAAATGCTAAA	138749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1701	ATTATTATTATTATTATTATTATCATTATTACTACTAAATAAATGCTAAA	1750

CR786569.13	138750	ACACAAATATTATAAAAAAAAATACAATCAGATTGTTTTAATAATGTTGT	138799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1751	ACACAAATATTATAAAAAAAAATACAATCAGATTGTTTTAATAATGTTGT	1800

CR786569.13	138800	ATCACAAATATGTGGCTACAATAATAAAATACCAAATAATATAAGAAAAA	138849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1801	ATCACAAATATGTGGCTACAATAATAAAATACCAAATAATATAAGAAAAA	1850

CR786569.13	138850	CTGCCACAACATTTTATATAGTACATTTCTGGCATCCACAGCTGACATAT	138899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1851	CTGCCACAACATTTTATATAGTACATTTCTGGCATCCACAGCTGACATAT	1900

CR786569.13	138900	TTTTAAACATGGTGCACTTTTGTACTCTATATGCCAGAGCAAAGCCATAC	138949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1901	TTTTAAACATGGTGCACTTTTGTACTCTATATGCCAGAGCAAAGCCATAC	1950

CR786569.13	138950	ATCCATATTCACTAACCATCTGTAACACAGTTTAACCAGTATTTGAATTC	138999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT997808.7	1951	ATCCATATTCACTAACCATCTGTAACACAGTTTAACCAGTATTTGAATTC	2000

Overview

Query
CR786569.13 - 138999 bps
Hit
CT997808.7 - 104898 bps
Total alignments
46
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100181420001370001389991120001
288.4915025223742625136570368131
395.283710635363641150766508741
496.044110135393639148816489161
598.837833540362215109751179-1
6100408335433625118904189861
798.8238853545362911890318987-1
810040833545362714882748909-1
910038783545362215756757644-1
1096.7735933546363815288552978-1
1196.77359335463638152885529781
1298.72357835513628151097511741
13100398035513630157567576461
1497.536806434651314881648895-1
1593.16611176606672217159571713-1
1698.75428081938272130616306951
1798.81418481958278130692307751
1889.4170283277722805415602656298-1
1990.6598139406674080512422524363-1
2090.7793130606466077512423624365-1
211003769682526832011892118989-1
221003768682556832215110251169-1
231003667682566832212653326599-1
2487.851827680776888130903309841
2582.6388213773207753211391414123-1
2689.71891367734777482166659667941
2791441009782697925152882529811
281003765978289789212653126595-1
2990.5336959782897922150777508711
3090.136101978299792914881648915-1
3190351009782997928148817489151
3290.823898978309792715288452981-1
3390.533695978339792715077750871-1
3493.1287160105385105544171556717151
3597.75368911120011128815079750885-1
36100387811121111128815290652983-1
371003777111212111288150776508521
38100377611121311128811890818983-1
39100377611121311128814881848893-1
40100417811121311129015756557642-1
4198.783982111213111294118910189901
421003776111213111288148818488931
431003776111213111288152884529591
441003776111213111288157567576421
451003666111224111289126535266001
4689.4810817112838712855713665336818-1
Short-link