<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU062499.6	1	TTCCATCGGCACTAATAGTGAAATAGTGTGCTGATTTTGGAACAACCTTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118038	TTCCATCGGCACTAATAGTGAAATAGTGTGCTGATTTTGGAACAACCTTC	118087

CU062499.6	51	TCATGTATCTCGAATGTTTTGGCGAGTATAGGATTATCCATTAACAACAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118088	TCATGTATCTCGAATGTTTTGGCGAGTATAGGATTATCCATTAACAACAT	118137

CU062499.6	101	CATCTCCACCCACCTATTCCCTTTCCATGAATTTATCCATTTCATGAGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118138	CATCTCCACCCACCTATTCCCTTTCCATGAATTTATCCATTTCATGAGCT	118187

CU062499.6	151	CGGCTACCTCATCCTCCATCTTCTCACAAGAGTCCCATTTCAAGTAATAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118188	CGGCTACCTCATCCTCCATCTTCTCACAAGAGTCCCATTTCAAGTAATAT	118237

CU062499.6	201	AATTTTTTCAGAACCTCCAAAAAGGTCGATAATGACATTGCCCTTCTTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118238	AATTTTTTCAGAACCTCCAAAAAGGTCGATAATGACATTGCCCTTCTTTT	118287

CU062499.6	251	TTATTTTGGTGTTCGGTAGTTTTCCTTTTTTTAGGAAGCTACTATAAATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118288	TTATTTTGGTGTTCGGTAGTTTTCCTTTTTTTAGGAAGCTACTATAAATT	118337

CU062499.6	301	GCTATTTTGAATGTTATAAGTGTGAGAAATACATTAAGCGAGATTCTCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118338	GCTATTTTGAATGTTATAAGTGTGAGAAATACATTAAGCGAGATTCTCTT	118387

CU062499.6	351	TTTATAGTAAAAAAAATTGGATCAAAATATAAGGGGTTTAGATAAAAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118388	TTTATAGTAAAAAAAATTGGATCAAAATATAAGGGGTTTAGATAAAAAAA	118437

CU062499.6	401	ATGCGGAATCATATTGTAAGATTTTCCAAGTAATTATTTCAGTATTCTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118438	ATGCGGAATCATATTGTAAGATTTTCCAAGTAATTATTTCAGTATTCTCT	118487

CU062499.6	451	AATTATATGTCAAAATAATGATAAATCAATTTAATCACTAATATTGTAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118488	AATTATATGTCAAAATAATGATAAATCAATTTAATCACTAATATTGTAAA	118537

CU062499.6	501	TTAAAAAATAAAAGGGAAAGGAACCTAAATTAGTGATTGGATTTTTTCTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118538	TTAAAAAATAAAAGGGAAAGGAACCTAAATTAGTGATTGGATTTTTTCTG	118587

CU062499.6	551	TCTCTAATTAAATCTATTTGGGGTTACCGACCACTTCATTTTAAAGATAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118588	TCTCTAATTAAATCTATTTGGGGTTACCGACCACTTCATTTTAAAGATAA	118637

CU062499.6	601	ATCAATTTTAATATAAGAAACATAAAAAATAATGTGTATTCAAGATACAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118638	ATCAATTTTAATATAAGAAACATAAAAAATAATGTGTATTCAAGATACAT	118687

CU062499.6	651	TTTTATTGGAATATAAATTAAAAGTTCATGTTTATAAAGTTTTTAAAAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118688	TTTTATTGGAATATAAATTAAAAGTTCATGTTTATAAAGTTTTTAAAAAT	118737

CU062499.6	701	AAAGAGAATGATCAAACCTACACTCGAAGTTGTTACCTAGTTTTTAATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118738	AAAGAGAATGATCAAACCTACACTCGAAGTTGTTACCTAGTTTTTAATTT	118787

CU062499.6	751	TTAAATTTATTACCATTCCCGCTGCAATAGCATTTATTTACAATAAATAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118788	TTAAATTTATTACCATTCCCGCTGCAATAGCATTTATTTACAATAAATAA	118837

CU062499.6	801	AAATAATTTCTTTATTTTTAATCTATGTTTTACAAAAAAATAATAATTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118838	AAATAATTTCTTTATTTTTAATCTATGTTTTACAAAAAAATAATAATTTA	118887

CU062499.6	851	ATATTAGTTTTAAATTTGAGACAACATAATTTGTCTTTAAAAATTTGTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118888	ATATTAGTTTTAAATTTGAGACAACATAATTTGTCTTTAAAAATTTGTTA	118937

CU062499.6	901	GTCGAGAATATTGTAGATGTTAAGTCTAATTAAAAGTACTTGATTGTACC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118938	GTCGAGAATATTGTAGATGTTAAGTCTAATTAAAAGTACTTGATTGTACC	118987

CU062499.6	951	TACTAGTTGTTGAAAAGACTTGATTTGATGAATGAAATTTTCTCCCAGTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	118988	TACTAGTTGTTGAAAAGACTTGATTTGATGAATGAAATTTTCTCCCAGTT	119037

CU062499.6	1001	TTTCTTTTGTAATCCAAATCCATTAATTAACTATATTTTTAAGAAAATAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119038	TTTCTTTTGTAATCCAAATCCATTAATTAACTATATTTTTAAGAAAATAA	119087

CU062499.6	1051	CAAAATAAAATCTTATGTGTATTTGAAAATCATTTTTCATACGAATAGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119088	CAAAATAAAATCTTATGTGTATTTGAAAATCATTTTTCATACGAATAGAA	119137

CU062499.6	1101	CATCGAGCTTGTTGGACAATTAAGAAGTTGAACTTGGAACCTGAGCTAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119138	CATCGAGCTTGTTGGACAATTAAGAAGTTGAACTTGGAACCTGAGCTAGC	119187

CU062499.6	1151	CGGTAGAAAAAGAGTGAACCAGTTGCATGAACTTGAAGAGTTTCTACACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119188	CGGTAGAAAAAGAGTGAACCAGTTGCATGAACTTGAAGAGTTTCTACACC	119237

CU062499.6	1201	ACGCATATGAGAATGCCAAGCTATATAAAGAAAAGAAGAAGAGGTGGCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119238	ACGCATATGAGAATGCCAAGCTATATAAAGAAAAGAAGAAGAGGTGGCAT	119287

CU062499.6	1251	GATAAGCACATAGTAGCCCGAACCTTTAATCCGGGAGAGAAGGTACTACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119288	GATAAGCACATAGTAGCCCGAACCTTTAATCCGGGAGAGAAGGTACTACT	119337

CU062499.6	1301	CTTTAACTCTAGACTTAGGTTATTCCCCGGAAAAAACTAAGGTCGAAATG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119338	CTTTAACTCTAGACTTAGGTTATTCCCCGGAAAAAACTAAGGTCGAAATG	119387

CU062499.6	1351	AAATGTTCCCTTTGAAGTTGTAAGAATGATGCAACATGGGGCTGTGGAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119388	AAATGTTCCCTTTGAAGTTGTAAGAATGATGCAACATGGGGCTGTGGAAC	119437

CU062499.6	1401	TAAATGGAAAGACTGGTTCTACGTTCTTGGTGAATGGGCAAAGAGTAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119438	TAAATGGAAAGACTGGTTCTACGTTCTTGGTGAATGGGCAAAGAGTAAAA	119487

CU062499.6	1451	CATTACTTTGGTGTTGATTCGGATCTTGATCGGGATGCTATTGATCTAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119488	CATTACTTTGGTGTTGATTCGGATCTTGATCGGGATGCTATTGATCTAAA	119537

CU062499.6	1501	TGATAAATGATCGAAGCTGCATCGTGCCGCGACATTAAATCAATTACTAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119538	TGATAAATGATCGAAGCTGCATCGTGCCGCGACATTAAATCAATTACTAC	119587

CU062499.6	1551	ATGGGAGGTAACCGTGAATCCTATGTAAAATGTAGTAGTCTCGTTTAATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119588	ATGGGAGGTAACCGTGAATCCTATGTAAAATGTAGTAGTCTCGTTTAATT	119637

CU062499.6	1601	TTGTAAGTTTAGCTTAATTTTAAATTCTTAGGTGTAGTTTTTTTTATGCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119638	TTGTAAGTTTAGCTTAATTTTAAATTCTTAGGTGTAGTTTTTTTTATGCT	119687

CU062499.6	1651	TTTCTAGTGTTAGTTCAATAGTACTTAAGATATTAAAACAAAAAATGCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119688	TTTCTAGTGTTAGTTCAATAGTACTTAAGATATTAAAACAAAAAATGCAA	119737

CU062499.6	1701	AAAGATGATCATGCCATAAACAAATCTAAGGTGCTGGTTGGGAGGCAACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119738	AAAGATGATCATGCCATAAACAAATCTAAGGTGCTGGTTGGGAGGCAACA	119787

CU062499.6	1751	ACCATTATTAGGTCACGTTGTGTGGTTGACGTGCAGGTCAAAGGGGAAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119788	ACCATTATTAGGTCACGTTGTGTGGTTGACGTGCAGGTCAAAGGGGAAGA	119837

CU062499.6	1801	AAGTGCCCAGAAATAGAGGAAATATGTATCCATATGGTGTTTTGATAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119838	AAGTGCCCAGAAATAGAGGAAATATGTATCCATATGGTGTTTTGATAAAA	119887

CU062499.6	1851	TCCAGATGGGCCATGGCAAAGGAAAAGTTCATAGGCTCATTTTTGGCGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119888	TCCAGATGGGCCATGGCAAAGGAAAAGTTCATAGGCTCATTTTTGGCGCA	119937

CU062499.6	1901	CTGGTAGCGTGTCAATCCCCTAACGCGAGATAATAAAAGGAAAACACCGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119938	CTGGTAGCGTGTCAATCCCCTAACGCGAGATAATAAAAGGAAAACACCGA	119987

CU062499.6	1951	CGGCAGAAACACAAGAGGCACGTCACGCCAAACCGATTTGACTGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990638.4	119988	CGGCAGAAACACAAGAGGCACGTCACGCCAAACCGATTTGACTGAAGCTT	120037

Overview

Query
CU062499.6 - 101713 bps
Hit
CT990638.4 - 120037 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190020001200011180381200371
280.837110499107592123118842198981
378.79304106369077969128705297691
482.498302010877410783130687326951
583.645061135926110395154427555571
678.5434210341183812871-161909629381
789.831496683566883-166519665671
881.441211098739588503-11019661030721
Short-link