<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT990573.1	1	AGCAGTTTTCAAAGAAAAGTCCAAAGAAACTTCTGAGAAGCCTTCTCAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194131	AGCAGTTTTCAAAGAAAAGTCCAAAGAAACTTCTGAGAAGCCTTCTCAGA	194180

CT990573.1	51	CCCTCCCAGGAAAGGTGATGGTCTGATGAATAAATACGCCCATAACTCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194181	CCCTCCCAGGAAAGGTGATGGTCTGATGAATAAATACGCCCATAACTCAT	194230

CT990573.1	101	CTGCAGTCTCTATTTTGATTCTCACAAAGTCAGAGTTTTCCAGAGATATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194231	CTGCAGTCTCTATTTTGATTCTCACAAAGTCAGAGTTTTCCAGAGATATG	194280

CT990573.1	151	ACCTCACTGGAATATGCCATTATACAGCTCTATGTTTAAGCACATAATTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194281	ACCTCACTGGAATATGCCATTATACAGCTCTATGTTTAAGCACATAATTT	194330

CT990573.1	201	TAATGTCTAAGATTGTAACTACCAATAAATATAGTCCATCTTAAATAAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194331	TAATGTCTAAGATTGTAACTACCAATAAATATAGTCCATCTTAAATAAAT	194380

CT990573.1	251	GTGGGGAGGGGGAAGTTAATAATTTTTTAAGTACACAAAGATTGTAACAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194381	GTGGGGAGGGGGAAGTTAATAATTTTTTAAGTACACAAAGATTGTAACAT	194430

CT990573.1	301	CAAAATGTTTGCAAACCCCAATACAAATACAACTATTCTAAGTCATTAGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194431	CAAAATGTTTGCAAACCCCAATACAAATACAACTATTCTAAGTCATTAGT	194480

CT990573.1	351	TTCACTCTTCCTGCCACGGAAGTCTTACATCTCCATTTCTTTTCCTTATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194481	TTCACTCTTCCTGCCACGGAAGTCTTACATCTCCATTTCTTTTCCTTATA	194530

CT990573.1	401	TTAGGAGGTGGCTAGGAAAATGCCCTTGGCCTGCTCCTTATCTTACCAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194531	TTAGGAGGTGGCTAGGAAAATGCCCTTGGCCTGCTCCTTATCTTACCAGG	194580

CT990573.1	451	AATAATAGTTTCTCCCGAAAGTTTACTTAAAAGTTAAATTTGGATATACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194581	AATAATAGTTTCTCCCGAAAGTTTACTTAAAAGTTAAATTTGGATATACA	194630

CT990573.1	501	CTGTATCAAGTTAGGGAAATTCTCTTCTAGTTTTTGGCTTCCTAAGTAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194631	CTGTATCAAGTTAGGGAAATTCTCTTCTAGTTTTTGGCTTCCTAAGTAAT	194680

CT990573.1	551	GTCCTTCCAGCCCCCTCAAATGCATACATAGGCGTCAAACTTCATCATGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194681	GTCCTTCCAGCCCCCTCAAATGCATACATAGGCGTCAAACTTCATCATGT	194730

CT990573.1	601	AAATTTTCTGTCTCTATTGAGAAAACCATATGTTTTTTTTCTCCTGCAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194731	AAATTTTCTGTCTCTATTGAGAAAACCATATGTTTTTTTTCTCCTGCAGT	194780

CT990573.1	651	CTCCTAATACTGTGACTTACACGGATAGAGTTTCTGATATTGGATCATCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194781	CTCCTAATACTGTGACTTACACGGATAGAGTTTCTGATATTGGATCATCT	194830

CT990573.1	701	TTATATTCCAAGGAGAAATCCTACTTGTCTAAGAACTGTTGTTCAAAATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194831	TTATATTCCAAGGAGAAATCCTACTTGTCTAAGAACTGTTGTTCAAAATT	194880

CT990573.1	751	CTCTTGGATTCAGTTAGTTAATACTGTAAGTGGACCTTCATCTATGTCCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194881	CTCTTGGATTCAGTTAGTTAATACTGTAAGTGGACCTTCATCTATGTCCA	194930

CT990573.1	801	CCAGGGAAGTGCCTCATAATTTTCTTTATTTGTGCTCTCCTTATTTGAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194931	CCAGGGAAGTGCCTCATAATTTTCTTTATTTGTGCTCTCCTTATTTGAAT	194980

CT990573.1	851	TTGGACATGCTCTGATTCGAAATTTTAAAAGATCCTTCTAGCTGGAGCAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	194981	TTGGACATGCTCTGATTCGAAATTTTAAAAGATCCTTCTAGCTGGAGCAC	195030

CT990573.1	901	AAATCCCAAAACAGATCCACTTTTTTTCTTCAGTGTGTTTGGTAACACAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195031	AAATCCCAAAACAGATCCACTTTTTTTCTTCAGTGTGTTTGGTAACACAT	195080

CT990573.1	951	TAAAATAGAACTATAATCAAGCAATCCAATCCTTTAAATTTTTATCCTAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195081	TAAAATAGAACTATAATCAAGCAATCCAATCCTTTAAATTTTTATCCTAG	195130

CT990573.1	1001	TATCTGGAAAACAGGTGCAGAAATGGATCATTTAAGACACCATAGAAATC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195131	TATCTGGAAAACAGGTGCAGAAATGGATCATTTAAGACACCATAGAAATC	195180

CT990573.1	1051	TGGTTAATCCTGCCTGCCTGCTTTCCTTCAGCAAGTACTGCCTGAGGATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195181	TGGTTAATCCTGCCTGCCTGCTTTCCTTCAGCAAGTACTGCCTGAGGATG	195230

CT990573.1	1101	GCTGTGTATTAGGCCCATGGCTGGGTGGGGCAAGCTCTAGGGAACAGAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195231	GCTGTGTATTAGGCCCATGGCTGGGTGGGGCAAGCTCTAGGGAACAGAAC	195280

CT990573.1	1151	AGAAAAGGTTCCTTTTTGGTAGTGCCTAACAAAGGGCACACCGTATGAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195281	AGAAAAGGTTCCTTTTTGGTAGTGCCTAACAAAGGGCACACCGTATGAGA	195330

CT990573.1	1201	AAAGATTGTTAAATGCATATTATTTGTCCTTATTACTATTGAGAAATATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195331	AAAGATTGTTAAATGCATATTATTTGTCCTTATTACTATTGAGAAATATT	195380

CT990573.1	1251	TTACACTTTTTAATCATTTAAGATAAGACTATTTTTACCTCTATGAATTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195381	TTACACTTTTTAATCATTTAAGATAAGACTATTTTTACCTCTATGAATTA	195430

CT990573.1	1301	CTTACTGCCTTTTATGCCCAGAAAGGTTACAGCGGAAAGCACTCCTCCCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195431	CTTACTGCCTTTTATGCCCAGAAAGGTTACAGCGGAAAGCACTCCTCCCC	195480

CT990573.1	1351	ATTTTACAGAAAAGGGAATGTGACCAACAAGAACAACAAAATGGAGGACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195481	ATTTTACAGAAAAGGGAATGTGACCAACAAGAACAACAAAATGGAGGACT	195530

CT990573.1	1401	AAGGTTTGGGCCCTGGCCTTAGTCCTTTAAATCAACTCTGACCCACATGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195531	AAGGTTTGGGCCCTGGCCTTAGTCCTTTAAATCAACTCTGACCCACATGG	195580

CT990573.1	1451	GATCCCATGTCTCAAAATGTGATTCCCACTTGTTAAAAGCCAGACTCTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195581	GATCCCATGTCTCAAAATGTGATTCCCACTTGTTAAAAGCCAGACTCTTT	195630

CT990573.1	1501	ATACTTCAGTCCTGATCCCTACCTCAGACCATTGTGCTCACACTCAAAAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195631	ATACTTCAGTCCTGATCCCTACCTCAGACCATTGTGCTCACACTCAAAAC	195680

CT990573.1	1551	CAACTTTAATTCTTACTGTACTGCCCAGTCAGGTCCTGAATATAACTAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195681	CAACTTTAATTCTTACTGTACTGCCCAGTCAGGTCCTGAATATAACTAGA	195730

CT990573.1	1601	AACCCTCAGTCGGGTCCCCAACAGAGACCTGAGCCTCTGGGATCTCAATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195731	AACCCTCAGTCGGGTCCCCAACAGAGACCTGAGCCTCTGGGATCTCAATT	195780

CT990573.1	1651	TAAAACCACAGAAAAGAATCAAATCCCAACTGAAAATCTGGAGGTAACTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195781	TAAAACCACAGAAAAGAATCAAATCCCAACTGAAAATCTGGAGGTAACTC	195830

CT990573.1	1701	CCCCAATTCAGACCTGATTCTGACTCTGCAGGTCTCAACGTGTGGGTTGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195831	CCCCAATTCAGACCTGATTCTGACTCTGCAGGTCTCAACGTGTGGGTTGT	195880

CT990573.1	1751	GACCCCTTTAGGCTTGAACAACCCTTTCATAGGGATCGCCTAAGACCATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195881	GACCCCTTTAGGCTTGAACAACCCTTTCATAGGGATCGCCTAAGACCATC	195930

CT990573.1	1801	GGAAAACACAGGTATTTACATAATGACTCATAACAGTAGCAACATTGCAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195931	GGAAAACACAGGTATTTACATAATGACTCATAACAGTAGCAACATTGCAG	195980

CT990573.1	1851	TTATGAGGTAGCAATGAAATTAATTTTATGTTTGGAGGTCACTTCAACAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	195981	TTATGAGGTAGCAATGAAATTAATTTTATGTTTGGAGGTCACTTCAACAT	196030

CT990573.1	1901	GAGTAACTGTATTAAAGGGTCAAAGCACAAGGAAGGTTAAGAACCCACTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	196031	GAGTAACTGTATTAAAGGGTCAAAGCACAAGGAAGGTTAAGAACCCACTG	196080

CT990573.1	1951	CAACCTCTGCGGCCTCCACCCCAAGTTCCCAATCCTCCACACCTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967323.1	196081	CAACCTCTGCGGCCTCCACCCCAAGTTCCCAATCCTCCACACCTGAATTC	196130

Overview

Query
CT990573.1 - 132096 bps
Hit
CT967323.1 - 196130 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link