<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT967305.12	1	GATCAACTATGGCTTAACGGAGGTTGTTAGAAATGACCTATCTAAAACAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	125759	GATCAACTATGGCTTAACGGAGGTTGTTAGAAATGACCTATCTAAAACAA	125808

CT967305.12	51	ACTCGAAACTTAAAAACTTATCTGAAATTTTAGAAACTCAAAGGACCTAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	125809	ACTCGAAACTTAAAAACTTATCTGAAATTTTAGAAACTCAAAGGACCTAT	125858

CT967305.12	101	CCGAAACTAACTCGAAAGTTAAAGGACTTATCTAAAACCTTAGAAACTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	125859	CCGAAACTAACTCGAAAGTTAAAGGACTTATCTAAAACCTTAGAAACTTA	125908

CT967305.12	151	AATGATCTATCTGAAACAAATATGAAACTTAAAAGACCCGAGCCGGTATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	125909	AATGATCTATCTGAAACAAATATGAAACTTAAAAGACCCGAGCCGGTATT	125958

CT967305.12	201	TGACCTATATTTTATTGAAACAAGCTTTTAATAATCAATAGGTCAAATTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	125959	TGACCTATATTTTATTGAAACAAGCTTTTAATAATCAATAGGTCAAATTA	126008

CT967305.12	251	GTATACGTAAATCTTACTAATTTTTTTGTCTGTTTCTTTCGGGACAACTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126009	GTATACGTAAATCTTACTAATTTTTTTGTCTGTTTCTTTCGGGACAACTT	126058

CT967305.12	301	TTTTGTCTAATTTTTAATGAAAGACAAAAAAGTTCTCTTTGATCAAAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126059	TTTTGTCTAATTTTTAATGAAAGACAAAAAAGTTCTCTTTGATCAAAAAA	126108

CT967305.12	351	GAGTTTCTAAAAATTGAAATGTGTTAAAGTTGTGTTTTTCTTCTCTAAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126109	GAGTTTCTAAAAATTGAAATGTGTTAAAGTTGTGTTTTTCTTCTCTAAGT	126158

CT967305.12	401	TTTGGCTAAGAAATAGGCTGTCTTCTCCGCAAACATCGCTGTTTTTGTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126159	TTTGGCTAAGAAATAGGCTGTCTTCTCCGCAAACATCGCTGTTTTTGTTG	126208

CT967305.12	451	ACCAACCCACTTTACATGTAAGTACAGCTACCCTTTTCAAAAGGGTCACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126209	ACCAACCCACTTTACATGTAAGTACAGCTACCCTTTTCAAAAGGGTCACT	126258

CT967305.12	501	CACTAGATTCACACATAACTAGTTACACCTCCACTTCATCTTTTCTTTCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126259	CACTAGATTCACACATAACTAGTTACACCTCCACTTCATCTTTTCTTTCA	126308

CT967305.12	551	TGCTCTATAATATTCCTCTTGTATTTATTTGTTTATTTTTTCATAAAATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126309	TGCTCTATAATATTCCTCTTGTATTTATTTGTTTATTTTTTCATAAAATA	126358

CT967305.12	601	GTAACTAGTAATACTATATCTGAAACCAGCTCCACTGTGTTTTATTTATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126359	GTAACTAGTAATACTATATCTGAAACCAGCTCCACTGTGTTTTATTTATT	126408

CT967305.12	651	TCATTTCTAGTAATAATTGTTCAACGTTACTTACTCAAAGGTTTGATTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126409	TCATTTCTAGTAATAATTGTTCAACGTTACTTACTCAAAGGTTTGATTTT	126458

CT967305.12	701	GTTGACCAAAGTAAGTTTGTTTATTAATTTCCACAAGTTTCTATTTTTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126459	GTTGACCAAAGTAAGTTTGTTTATTAATTTCCACAAGTTTCTATTTTTAT	126508

CT967305.12	751	GATATGCTTAGGATTGTGATTTGTGAATGGATAGTAATAAGCATCATGGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126509	GATATGCTTAGGATTGTGATTTGTGAATGGATAGTAATAAGCATCATGGT	126558

CT967305.12	801	GGTGGTGAAGTAAGCATGATGGAGAATAGAAGAGAAGTGGTAGTTCCTAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126559	GGTGGTGAAGTAAGCATGATGGAGAATAGAAGAGAAGTGGTAGTTCCTAT	126608

CT967305.12	851	TTCAAATGTGAGTCGAGACCATGGCCAAGATCATGATCATGATCATGAGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126609	TTCAAATGTGAGTCGAGACCATGGCCAAGATCATGATCATGATCATGAGT	126658

CT967305.12	901	TGAAAGTTTTTGAATCTTCACCTCGCTACTCTACAAAGTCACCACCTTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126659	TGAAAGTTTTTGAATCTTCACCTCGCTACTCTACAAAGTCACCACCTTTA	126708

CT967305.12	951	AACTGTGCTTCCCCTGAAATAAGGTTCATCCCTAGCCCAAATAAACCCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126709	AACTGTGCTTCCCCTGAAATAAGGTTCATCCCTAGCCCAAATAAACCCCC	126758

CT967305.12	1001	AAAATCTCCTGCTGCAACTGCAAAACTTACCACAAGAAAATCTTTTAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126759	AAAATCTCCTGCTGCAACTGCAAAACTTACCACAAGAAAATCTTTTAAAA	126808

CT967305.12	1051	GATCAGTGTATTCTAAGCCCAAATCAAGATTTGGTGAACAACCTTATCCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126809	GATCAGTGTATTCTAAGCCCAAATCAAGATTTGGTGAACAACCTTATCCT	126858

CT967305.12	1101	ATTGATGAAACCCTTTTAGAAGAGAATGTTACTTATTCAAATTTGCAAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126859	ATTGATGAAACCCTTTTAGAAGAGAATGTTACTTATTCAAATTTGCAAGA	126908

CT967305.12	1151	ACATTTAGCTGTTAGTTCACCTTATAGGAACACATTTAATAAAGCATCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126909	ACATTTAGCTGTTAGTTCACCTTATAGGAACACATTTAATAAAGCATCAC	126958

CT967305.12	1201	ATTCACCGAATAACAAGTCTGGAACGGTGAATCGGTCTGTTTCTATAACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	126959	ATTCACCGAATAACAAGTCTGGAACGGTGAATCGGTCTGTTTCTATAACT	127008

CT967305.12	1251	TCTGTAGTCACTCCTAGAACACCTTTGATGGCATCTCCAGGTCCTGCTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127009	TCTGTAGTCACTCCTAGAACACCTTTGATGGCATCTCCAGGTCCTGCTGG	127058

CT967305.12	1301	CGAGGATCTTGATGAAATCATTTTCAGGAAAGTTGAATCCAGTAGAGGCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127059	CGAGGATCTTGATGAAATCATTTTCAGGAAAGTTGAATCCAGTAGAGGCA	127108

CT967305.12	1351	AGCGAAAGAGACTAACAACAAAGGTCTTGATTGAATTGTTCGTTTTTGTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127109	AGCGAAAGAGACTAACAACAAAGGTCTTGATTGAATTGTTCGTTTTTGTA	127158

CT967305.12	1401	TGCATCGCGGGTAGCTTGTTGGCTAGTTTAACGGTTGAGAAACTGAGAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127159	TGCATCGCGGGTAGCTTGTTGGCTAGTTTAACGGTTGAGAAACTGAGAAG	127208

CT967305.12	1451	GACAGAGCTTTGGAGTTTAAGGCTTTGGAGGTATTGTATGCTTGTGATGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127209	GACAGAGCTTTGGAGTTTAAGGCTTTGGAGGTATTGTATGCTTGTGATGG	127258

CT967305.12	1501	TGACATTTTGTGGCATGTTAGTTACCAAATGGTTCATGCACATTCTTGTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127259	TGACATTTTGTGGCATGTTAGTTACCAAATGGTTCATGCACATTCTTGTT	127308

CT967305.12	1551	TTCTTGATTGAAATGAACTTTTTGTTGAAGAAAAAAGTACTTTATTTTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127309	TTCTTGATTGAAATGAACTTTTTGTTGAAGAAAAAAGTACTTTATTTTGT	127358

CT967305.12	1601	TCATGGATTGAAGAAATGTGTCCAGGTTTTCATTTGGATCAGTTTGGTTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127359	TCATGGATTGAAGAAATGTGTCCAGGTTTTCATTTGGATCAGTTTGGTTC	127408

CT967305.12	1651	TCCTCACATGGGTGCTTTTAATCAATCGTGGGGCCCATCGATCTAAATTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127409	TCCTCACATGGGTGCTTTTAATCAATCGTGGGGCCCATCGATCTAAATTG	127458

CT967305.12	1701	GCCGCAAAGATTTTGAATGATATAACATGGACTCTTGTTTCCCTTCTCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127459	GCCGCAAAGATTTTGAATGATATAACATGGACTCTTGTTTCCCTTCTCAT	127508

CT967305.12	1751	TGGAGCATTTTTGTGGGTTATAAAGACATTGTTGCTAAAGGTTTTGGCAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127509	TGGAGCATTTTTGTGGGTTATAAAGACATTGTTGCTAAAGGTTTTGGCAT	127558

CT967305.12	1801	CGAGTTTCCATGTTAAATCTTTCTTTGATCGAATTCAAGAATCAATCTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127559	CGAGTTTCCATGTTAAATCTTTCTTTGATCGAATTCAAGAATCAATCTTC	127608

CT967305.12	1851	CATCAATATGTTCTGCAGACTCTCTCTGGGCCTCCACTTATGGAAGAGGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127609	CATCAATATGTTCTGCAGACTCTCTCTGGGCCTCCACTTATGGAAGAGGC	127658

CT967305.12	1901	TGAGAAGATCGGCGGAACTCAAAGTATTGGCCATTTTAGTTTCAGGAGTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127659	TGAGAAGATCGGCGGAACTCAAAGTATTGGCCATTTTAGTTTCAGGAGTA	127708

CT967305.12	1951	CTACCGTTAATGGCGGCACAAAGAAAGACATCATTGATATGGCAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967316.8	127709	CTACCGTTAATGGCGGCACAAAGAAAGACATCATTGATATGGCAAAGCTT	127758

Overview

Query
CT967305.12 - 101077 bps
Hit
CT967316.8 - 127758 bps
Total alignments
7
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193520001200011257591277581
282176461721118111069421073951
388.386079641263222611074051083711
486.7574313352338367211085521099001
579.21521788118829511052431054191
681.141045293314125170571106999109900-1
786.9744128315857171391126467127758-1
Short-link