<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT967314.8	1	GCTCTCAAGGATGGTATTTATAGTATGTTATTGACTTGATTTCTCGTGGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107394	GCTCTCAAGGATGGTATTTATAGTATGTTATTGACTTGATTTCTCGTGGC	107443

CT967314.8	51	TTAGACCCCAAGAAATGAGGGCCTTTTACTTTTTCTTCCGAGCTCTAGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107444	TTAGACCCCAAGAAATGAGGGCCTTTTACTTTTTCTTCCGAGCTCTAGAG	107493

CT967314.8	101	GCTTGTAGAAGCTGGCTGAGGCGGCTCCACTAGAAGGACGCGCCTAGGCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107494	GCTTGTAGAAGCTGGCTGAGGCGGCTCCACTAGAAGGACGCGCCTAGGCC	107543

CT967314.8	151	TTGAAGCCTTTTGGAAGGGCGTTCAAGCCTTTGGGAGGGCTCTCAGGCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107544	TTGAAGCCTTTTGGAAGGGCGTTCAAGCCTTTGGGAGGGCTCTCAGGCCC	107593

CT967314.8	201	TTCTAAAGAGTCTCTAAACCTTTAGAAATTATATTGACGGTTCAAATAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107594	TTCTAAAGAGTCTCTAAACCTTTAGAAATTATATTGACGGTTCAAATAAA	107643

CT967314.8	251	ATTAAATAATTTACTACTTGACAGAAATAAGTTATAAGAAAATAGATTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107644	ATTAAATAATTTACTACTTGACAGAAATAAGTTATAAGAAAATAGATTAA	107693

CT967314.8	301	TAAAATTATTAAACGTTGAAATAAACTAGGGTTAATAGTGTTTTACCCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107694	TAAAATTATTAAACGTTGAAATAAACTAGGGTTAATAGTGTTTTACCCCT	107743

CT967314.8	351	GTAATATAGGTCATTTTCGGTGTTACCCCCTGTAAAATATTTTTTTTGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107744	GTAATATAGGTCATTTTCGGTGTTACCCCCTGTAAAATATTTTTTTTGGA	107793

CT967314.8	401	TTTCGTCTCTGTAATTTGAAGATTTTTGGTTTTGGACCTTCATGAATTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107794	TTTCGTCTCTGTAATTTGAAGATTTTTGGTTTTGGACCTTCATGAATTTT	107843

CT967314.8	451	GAATGTACAAAATTGAAGATATGGCGGGGGGTAAAGCAAAATTTGCTCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107844	GAATGTACAAAATTGAAGATATGGCGGGGGGTAAAGCAAAATTTGCTCAA	107893

CT967314.8	501	ATTACAACGGGGTAAACTTAAATTTGCTCAAATTACAGAGGGTGAAATTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107894	ATTACAACGGGGTAAACTTAAATTTGCTCAAATTACAGAGGGTGAAATTT	107943

CT967314.8	551	TTCATGACGCTCCAAAACCAAAAAATCTTCAAATTACAAGGATGAATTTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107944	TTCATGACGCTCCAAAACCAAAAAATCTTCAAATTACAAGGATGAATTTA	107993

CT967314.8	601	AAAAAAGAAATATTATAGGGGGAAAAATCGAAAATGACCTATATTACATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	107994	AAAAAAGAAATATTATAGGGGGAAAAATCGAAAATGACCTATATTACATG	108043

CT967314.8	651	GGGTAAAACACTATTAACCCAATAAACTACTAGCTCAAAATATACTAAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108044	GGGTAAAACACTATTAACCCAATAAACTACTAGCTCAAAATATACTAAAT	108093

CT967314.8	701	GTATATACAAAGATGAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAATTACAGGGGGGAA	750
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
CT963133.4	108094	GTATATACAAAGATGAATTTAAAAAAAAAAAAAAAA-TTACAGGGGGGAA	108142

CT967314.8	751	AATCGAAAATGACCTATATTACAGGGGGGTAAAACACTATTAACCTAATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108143	AATCGAAAATGACCTATATTACAGGGGGGTAAAACACTATTAACCTAATA	108192

CT967314.8	801	AACTACTAGCTCAAAATATACTAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAATAGTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108193	AACTACTAGCTCAAAATATACTAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAATAGTTT	108242

CT967314.8	851	TGGTTATTCTCATGCCCAAAACGTTTCCATATATGTTCTATCAATTCTTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108243	TGGTTATTCTCATGCCCAAAACGTTTCCATATATGTTCTATCAATTCTTG	108292

CT967314.8	901	TTGCAGGTGTCGATGAATTTTCTTATCTTGAACATGGTGTCTTCTACGTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108293	TTGCAGGTGTCGATGAATTTTCTTATCTTGAACATGGTGTCTTCTACGTA	108342

CT967314.8	951	GGAACTCGCGAAAATCATTATTAGAATCGTCTAGTGGTGCAATCGAGTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108343	GGAACTCGCGAAAATCATTATTAGAATCGTCTAGTGGTGCAATCGAGTCA	108392

CT967314.8	1001	TTGCCAAGATGATCATAAGAATAATCAAAATTGCCACCATATGTGGCACG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108393	TTGCCAAGATGATCATAAGAATAATCAAAATTGCCACCATATGTGGCACG	108442

CT967314.8	1051	TTCATCTTCAACAATCACGTTGTGTAACATGATGCACATATCCATCATGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108443	TTCATCTTCAACAATCACGTTGTGTAACATGATGCACATATCCATCATGC	108492

CT967314.8	1101	GTTTCAGTGAATCCAGATGCCAAGATCGAGCCAGGATACATATGATTGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108493	GTTTCAGTGAATCCAGATGCCAAGATCGAGCCAGGATACATATGATTGCA	108542

CT967314.8	1151	AATCGGGATTGGAGAACTCCAAATGCTTGTTCAATATCCTTCCTTGCGTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108543	AATCGGGATTGGAGAACTCCAAATGCTTGTTCAATATCCTTCCTTGCGTC	108592

CT967314.8	1201	TTCTTGATGGTGGACAAACAATTTTCTGTTTTCTCCTTGTGGCATTGGGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108593	TTCTTGATGGTGGACAAACAATTTTCTGTTTTCTCCTTGTGGCATTGGGA	108642

CT967314.8	1251	TGCTTTTCACAAATGTGTCCCATTCAGAATAAATGCCATGAGATAAATAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108643	TGCTTTTCACAAATGTGTCCCATTCAGAATAAATGCCATGAGATAAATAA	108692

CT967314.8	1301	TGACCCATATTGTATTCAGTACGATTGACTGAATAACGAATACATAGTCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108693	TGACCCATATTGTATTCAGTACGATTGACTGAATAACGAATACATAGTCT	108742

CT967314.8	1351	CATCATATAACAGTTTTTTTTTTGCTTTCGCACCGGTTTCCAACCTACCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108743	CATCATATAACAGTTTTTTTTTTGCTTTCGCACCGGTTTCCAACCTACCA	108792

CT967314.8	1401	AAGGTGGACGATTAATCTGGGTCGTGCGTAGAGGCATGTGCACTGACCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108793	AAGGTGGACGATTAATCTGGGTCGTGCGTAGAGGCATGTGCACTGACCAA	108842

CT967314.8	1451	GCGTTGTTCCCCCTGGAAATCGAACCTGGTATTCTCCGGGTACGTCCTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108843	GCGTTGTTCCCCCTGGAAATCGAACCTGGTATTCTCCGGGTACGTCCTTG	108892

CT967314.8	1501	AAAGGAGCTCCTTGCCATTGGAGCCCAAACAACTTGATTTCATCATATAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108893	AAAGGAGCTCCTTGCCATTGGAGCCCAAACAACTTGATTTCATCATATAA	108942

CT967314.8	1551	CAGTTAGTTACATAATAATTAGCTTTTCGTAAGTAGCTTAATTAGCTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108943	CAGTTAGTTACATAATAATTAGCTTTTCGTAAGTAGCTTAATTAGCTTTT	108992

CT967314.8	1601	ACAAATAATTAACATTTATTAAGTCCAACATAAATAAATCTAACATACAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	108993	ACAAATAATTAACATTTATTAAGTCCAACATAAATAAATCTAACATACAT	109042

CT967314.8	1651	AATAATTAAGTCCAACATAAATAAAAATGGCTAGTCATAAAACATACATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	109043	AATAATTAAGTCCAACATAAATAAAAATGGCTAGTCATAAAACATACATA	109092

CT967314.8	1701	ATAATATCAATTAAGTTCATATTTATCTCTAATCATGCCACACAAATATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	109093	ATAATATCAATTAAGTTCATATTTATCTCTAATCATGCCACACAAATATT	109142

CT967314.8	1751	CATAATCTTGTAGTTGTCTTGGATTCATATTCGATGTATCCTTCGTGATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	109143	CATAATCTTGTAGTTGTCTTGGATTCATATTCGATGTATCCTTCGTGATA	109192

CT967314.8	1801	ATTTGTAAATAATTGATCTTTGACCTTTCCATATCATTCTCGGTTCTTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	109193	ATTTGTAAATAATTGATCTTTGACCTTTCCATATCATTCTCGGTTCTTTG	109242

CT967314.8	1851	CAGCTCCGCATCGACCCTTTTTTCTCTCTATATCGACTTTTTCACTCTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	109243	CAGCTCCGCATCGACCCTTTTTTCTCTCTATATCGACTTTTTCACTCTCA	109292

CT967314.8	1901	ATACGTGCATAATCACGTGCAAACCCGGACATTAGTTCAAACTTTTTGTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	109293	ATACGTGCATAATCACGTGCAAACCCGGACATTAGTTCAAACTTTTTGTT	109342

CT967314.8	1951	GAAGTCATTTTTCAAAGTATCAAATTTGGTATAGACATTTCCTTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963133.4	109343	GAAGTCATTTTTCAAAGTATCAAATTTGGTATAGACATTTCCTTAAGCTT	109392

Compact alignment

skip 700 bps 100% identity alignment

CT967314.8	701	GTATATACAAAGATGAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAATTACAGGGGGGAA	750
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
CT963133.4	108094	GTATATACAAAGATGAATTTAAAAAAAAAAAAAAAA-TTACAGGGGGGAA	108142

skip 1250 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT967314.8 - 31119 bps
Hit
CT963133.4 - 109392 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95192420001200011073941093921
298.3136592492724985128860289181
310033562493824993-128863289181
486.5112824852225469195919961701
595.8320524062036442196299965381
692.2343758988009388199145997361
788.17283464102801074311062921067561
893.1301422107731119411067561071751
Short-link