<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU062661.3	1	GAAAATTAATTGAAAAATTTGAAGGCTGGAGTTCTGGAGAACAGCTAGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	120725	GAAAATTAATTGAAAAATTTGAAGGCTGGAGTTCTGGAGAACAGCTAGGT	120774

CU062661.3	51	AAATTAGGTGAATGGAATGGAACTCCTCCTTCACTTTCTCTTCTGGTTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	120775	AAATTAGGTGAATGGAATGGAACTCCTCCTTCACTTTCTCTTCTGGTTGA	120824

CU062661.3	101	TGAATCTCCTATACAACTCGTCTCACTCTCAGCTTCTGTGAAGGTGTTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	120825	TGAATCTCCTATACAACTCGTCTCACTCTCAGCTTCTGTGAAGGTGTTGT	120874

CU062661.3	151	TAAACAAGATTGTTTCTAGTCAGTTCGTCGACAACTTCCACAGCACTAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	120875	TAAACAAGATTGTTTCTAGTCAGTTCGTCGACAACTTCCACAGCACTAAA	120924

CU062661.3	201	CTTGATGTTTCACTCTTGGAAAAGCTTAAGACAATACTGCTCAGGGTTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	120925	CTTGATGTTTCACTCTTGGAAAAGCTTAAGACAATACTGCTCAGGGTTCA	120974

CU062661.3	251	AGCTTTATATCATAGCGATGATTTTCTGTGGGTTCAAGCTAAACTTTTTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	120975	AGCTTTATATCATAGCGATGATTTTCTGTGGGTTCAAGCTAAACTTTTTA	121024

CU062661.3	301	ACGATGATTTTAAGACAACACGGTTGGATTTTCAAGATGATGACGTGATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121025	ACGATGATTTTAAGACAACACGGTTGGATTTTCAAGATGATGACGTGATA	121074

CU062661.3	351	CTTACTGTATTGCTTTGGCTGGATATGTTGAGAAGTGCTGTCTTTGAAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121075	CTTACTGTATTGCTTTGGCTGGATATGTTGAGAAGTGCTGTCTTTGAAGT	121124

CU062661.3	401	TGGCTATTTGTTGGAGGAAATCAACCCTCAGACATTGCCTTGCAAAGTGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121125	TGGCTATTTGTTGGAGGAAATCAACCCTCAGACATTGCCTTGCAAAGTGG	121174

CU062661.3	451	AAGCAGAGTATCAAACCCTAACTACTCCTTCTCAGTTTTCTTCTTCTTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121175	AAGCAGAGTATCAAACCCTAACTACTCCTTCTCAGTTTTCTTCTTCTTTC	121224

CU062661.3	501	AAATGCTTTAATGGAGTGACGAATTCTAAATTGCAAAAATTAATTGAAAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121225	AAATGCTTTAATGGAGTGACGAATTCTAAATTGCAAAAATTAATTGAAAG	121274

CU062661.3	551	ATTACAATTCTTTAGTTCACGAGCACAAGATCAATTTAGTGGTTCCAGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121275	ATTACAATTCTTTAGTTCACGAGCACAAGATCAATTTAGTGGTTCCAGTT	121324

CU062661.3	601	CCAAAAGTGTTTGGCATCAAACTCCTACAAGTTCTATTATGGATGATGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121325	CCAAAAGTGTTTGGCATCAAACTCCTACAAGTTCTATTATGGATGATGAA	121374

CU062661.3	651	TCTTGTATTTATGGAAGAGACAATGATATAAAGAAACTTAAACATCTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121375	TCTTGTATTTATGGAAGAGACAATGATATAAAGAAACTTAAACATCTTTT	121424

CU062661.3	701	GTTGTCTAGTGACGGTGATGATGGTAAAATAGGAATTATTTCCATTGTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121425	GTTGTCTAGTGACGGTGATGATGGTAAAATAGGAATTATTTCCATTGTGG	121474

CU062661.3	751	GTATTGAAGGGATTGGTAAAACAACCCTTGCTAAGGTTCTTTACAATGAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121475	GTATTGAAGGGATTGGTAAAACAACCCTTGCTAAGGTTCTTTACAATGAT	121524

CU062661.3	801	CCCGATGTTAAGGATAAATTTGAGTTAAAAGTGTGGTCACATGTTTCAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121525	CCCGATGTTAAGGATAAATTTGAGTTAAAAGTGTGGTCACATGTTTCAAA	121574

CU062661.3	851	AGACTTTGATGATGATTTGCATGTTTTGGAAACCATTCTTGATAACTTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121575	AGACTTTGATGATGATTTGCATGTTTTGGAAACCATTCTTGATAACTTGA	121624

CU062661.3	901	ATATAAACAGAAATGAAACAAGTGGCGTAAATATCATTTACCCAAAATAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121625	ATATAAACAGAAATGAAACAAGTGGCGTAAATATCATTTACCCAAAATAT	121674

CU062661.3	951	TTGCTAGTATTGGATGGGGTATGTGATGCAAGATCTATCAATTGGACATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121675	TTGCTAGTATTGGATGGGGTATGTGATGCAAGATCTATCAATTGGACATT	121724

CU062661.3	1001	AATGATGAATATCACTAATGTTGGTGAAACAGGAAGTAGGATCATCATCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121725	AATGATGAATATCACTAATGTTGGTGAAACAGGAAGTAGGATCATCATCA	121774

CU062661.3	1051	CAACACAGGATGAAAAAGTTGCACTATCAATACAAACCTTTGCACTACCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121775	CAACACAGGATGAAAAAGTTGCACTATCAATACAAACCTTTGCACTACCC	121824

CU062661.3	1101	ATGCGAACCTTTCTTTCTGTCCACTACTTGACACCTTTGGAAAGTGAAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121825	ATGCGAACCTTTCTTTCTGTCCACTACTTGACACCTTTGGAAAGTGAAGA	121874

CU062661.3	1151	TTGCTGGTCTTTACTTGCCGGGCATGCATTTGGAGAACATAACGACCAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121875	TTGCTGGTCTTTACTTGCCGGGCATGCATTTGGAGAACATAACGACCAAC	121924

CU062661.3	1201	GCCAATCCAATCTAGAAGAAATTGGCAGAGAAGTTGCAAATAAATGTTAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121925	GCCAATCCAATCTAGAAGAAATTGGCAGAGAAGTTGCAAATAAATGTTAT	121974

CU062661.3	1251	GGATCACCATTTGCTGCAGTAGCACTTGGGGATATTCTTCGCACCAAATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	121975	GGATCACCATTTGCTGCAGTAGCACTTGGGGATATTCTTCGCACCAAATT	122024

CU062661.3	1301	GTCCCCAGATTACTGGAATTATGTGCTACAAAGTGACATTCGGTTATTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122025	GTCCCCAGATTACTGGAATTATGTGCTACAAAGTGACATTCGGTTATTGA	122074

CU062661.3	1351	TAGATCATGATGTTCGACCTTTTATACAACTGAACTATCACTATCTTTCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122075	TAGATCATGATGTTCGACCTTTTATACAACTGAACTATCACTATCTTTCG	122124

CU062661.3	1401	ACTCTTTTAAAAAACTGCTTTGCATATTGTTCAATTTTTCCGAAGAAGTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122125	ACTCTTTTAAAAAACTGCTTTGCATATTGTTCAATTTTTCCGAAGAAGTC	122174

CU062661.3	1451	CATCATAGAAAAAAATTTGGTAGTTCAGTTGTGGATTGCAGAAGGCTTAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122175	CATCATAGAAAAAAATTTGGTAGTTCAGTTGTGGATTGCAGAAGGCTTAG	122224

CU062661.3	1501	TAGAATCGTCCATAAACCAGGAAAAAGTTGGTGAAGAATACTTTGATGTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122225	TAGAATCGTCCATAAACCAGGAAAAAGTTGGTGAAGAATACTTTGATGTA	122274

CU062661.3	1551	CTAGTGTCAAGGTCATTGCTGCATCAACAATCTATTGGTAATGAGGAACA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122275	CTAGTGTCAAGGTCATTGCTGCATCAACAATCTATTGGTAATGAGGAACA	122324

CU062661.3	1601	AAACTTTGAAATGCATACACTTGTCCATGATTTAGCTACAGAGGTTTCAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122325	AAACTTTGAAATGCATACACTTGTCCATGATTTAGCTACAGAGGTTTCAT	122374

CU062661.3	1651	CTCCACACTGCATCAATATGGGCGAACATAACTTACATGATATGATACAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122375	CTCCACACTGCATCAATATGGGCGAACATAACTTACATGATATGATACAT	122424

CU062661.3	1701	AAGCTATCATACAATACAGGTACATATGACTCATATGATAAATTTGGTCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122425	AAGCTATCATACAATACAGGTACATATGACTCATATGATAAATTTGGTCA	122474

CU062661.3	1751	ATTGTATGGATTAAAAGATCTACGTACCTTTCTAGCATTACCATTAGAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122475	ATTGTATGGATTAAAAGATCTACGTACCTTTCTAGCATTACCATTAGAAG	122524

CU062661.3	1801	AACGATTGCCTCGTTGTTTGCTATCAAACAAGGTAGTACATGAGTTGCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122525	AACGATTGCCTCGTTGTTTGCTATCAAACAAGGTAGTACATGAGTTGCTG	122574

CU062661.3	1851	CCAACAATGAAACAATTGCGTGTGTTGTCTTTGACAAACTACAAAAGCAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122575	CCAACAATGAAACAATTGCGTGTGTTGTCTTTGACAAACTACAAAAGCAT	122624

CU062661.3	1901	CACTGAGGTTCCCAAATCTATTGGAAATTTGTTATACCTGCGGTACTTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122625	CACTGAGGTTCCCAAATCTATTGGAAATTTGTTATACCTGCGGTACTTAA	122674

CU062661.3	1951	ATCTTTCTCACACTAAGATTGAAAAGTTGCCTAGTGAAACATGCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963132.9	122675	ATCTTTCTCACACTAAGATTGAAAAGTTGCCTAGTGAAACATGCAAGCTT	122724

Overview

Query
CU062661.3 - 10715 bps
Hit
CT963132.9 - 122724 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194420001200011207251227241
283.785314875907737183506836471
394.74475778087864169842698981
490.539114878658012176341764861
589.7543773179328662183788844931
690.32396279828043170018700791
787.04305486638716184521845741
883.826613686678802184569847041
992.88511189759085184974850871
1079.833831076962110696157823589071
1180.013851076962110696170579716601
1290.42623751031410688185637860111
1391.72193011038810688177931782301
Short-link