<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT967303.6	1	AAGCTTGCAATACTGCTCCAAAAATATTCTAGTAGAATAATAGCAAAGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84481	AAGCTTGCAATACTGCTCCAAAAATATTCTAGTAGAATAATAGCAAAGAA	84530

CT967303.6	51	ATGTTTAAAAAAACATGGAAAGTGTACATGGGATGATGAAAGGAAAGAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84531	ATGTTTAAAAAAACATGGAAAGTGTACATGGGATGATGAAAGGAAAGAAG	84580

CT967303.6	101	TCTGTTTATTTGCCTTAAAAAAGACGGGATCACCAAAAAAATGAGATTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84581	TCTGTTTATTTGCCTTAAAAAAGACGGGATCACCAAAAAAATGAGATTGG	84630

CT967303.6	151	GTCACTTGCAGCAAGCTTGCAATACTACTACAAAAATAATCTTGTATAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84631	GTCACTTGCAGCAAGCTTGCAATACTACTACAAAAATAATCTTGTATAAT	84680

CT967303.6	201	AATAGCATATTAAGATCTAGTTCTATAGCACTGCATGACTGCGTGATGAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84681	AATAGCATATTAAGATCTAGTTCTATAGCACTGCATGACTGCGTGATGAC	84730

CT967303.6	251	AACATAGTTTTCAAATTCGCAACAACAGATATAGCCAAGAATATAATCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84731	AACATAGTTTTCAAATTCGCAACAACAGATATAGCCAAGAATATAATCCA	84780

CT967303.6	301	AATTTAAACAATGGTGTTAATAAACAGAAACAAGTGGCTTATTTAACTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84781	AATTTAAACAATGGTGTTAATAAACAGAAACAAGTGGCTTATTTAACTTA	84830

CT967303.6	351	AACATCACTCACCTGTACCAAAGAGTAACTACCAATGATGTATACGGTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84831	AACATCACTCACCTGTACCAAAGAGTAACTACCAATGATGTATACGGTTT	84880

CT967303.6	401	CAATGGACTCCCATACTGACGAGCTAATCCGAAATCGCAGATTTTTAACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84881	CAATGGACTCCCATACTGACGAGCTAATCCGAAATCGCAGATTTTTAACT	84930

CT967303.6	451	CACCCCTATTATTCAGAAGCAGGTTTGAAGTCTTCAAATCCCTATGAATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84931	CACCCCTATTATTCAGAAGCAGGTTTGAAGTCTTCAAATCCCTATGAATC	84980

CT967303.6	501	ACCCAGTTGTCATGCAGATACTTCACACCTTCTAACAGCTGGAGCATTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	84981	ACCCAGTTGTCATGCAGATACTTCACACCTTCTAACAGCTGGAGCATTAA	85030

CT967303.6	551	GCATTTTACTTCACTCTGGCTAAATGGCTGTTTTATTGCCTCCATTAGTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85031	GCATTTTACTTCACTCTGGCTAAATGGCTGTTTTATTGCCTCCATTAGTC	85080

CT967303.6	601	CTTTAAGATCGTGTTCCATGTATTCCATAACCATAAAAATACTATCAAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85081	CTTTAAGATCGTGTTCCATGTATTCCATAACCATAAAAATACTATCAAGG	85130

CT967303.6	651	CTACTACCTACCACTACTTCCTTAACGTCAACTATGAATGGATGGTGAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85131	CTACTACCTACCACTACTTCCTTAACGTCAACTATGAATGGATGGTGAAA	85180

CT967303.6	701	GGAAAGAAGTATGTTGATTTCCCTCAGAGAAGTCAGTGGAAACCCTTCTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85181	GGAAAGAAGTATGTTGATTTCCCTCAGAGAAGTCAGTGGAAACCCTTCTT	85230

CT967303.6	751	TTTCCTTCTCCATCTTCACCTTTTTCAGTGCCACTATTTCGCCAGTCTTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85231	TTTCCTTCTCCATCTTCACCTTTTTCAGTGCCACTATTTCGCCAGTCTTC	85280

CT967303.6	801	TTGTCTTTGGCCCTGTATACAACACCATATGTTCCTTCATTAATCTTGTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85281	TTGTCTTTGGCCCTGTATACAACACCATATGTTCCTTCATTAATCTTGTT	85330

CT967303.6	851	CAGTCTCTCAAACTCATCAACACTTCTACAACCATGAAGCATGTTAACAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85331	CAGTCTCTCAAACTCATCAACACTTCTACAACCATGAAGCATGTTAACAA	85380

CT967303.6	901	CTCTGTGTGGTGGAGTCGGAGGTTCCATACTTTCCCTGCAATCATCTTCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85381	CTCTGTGTGGTGGAGTCGGAGGTTCCATACTTTCCCTGCAATCATCTTCA	85430

CT967303.6	951	CTTTCAGAATCAGTATTTGAGTGACTGCCACTTGTGTCACTTTTGCAAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85431	CTTTCAGAATCAGTATTTGAGTGACTGCCACTTGTGTCACTTTTGCAAAT	85480

CT967303.6	1001	TCCACCATCAATCTCCATGTTGTTATTCCTCTCTCCCTCCATACCAGAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85481	TCCACCATCAATCTCCATGTTGTTATTCCTCTCTCCCTCCATACCAGAAT	85530

CT967303.6	1051	GATCATCTTCACCGGAGTATCTCCCAGTGCTATCTCTTTCTTCCGATTCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85531	GATCATCTTCACCGGAGTATCTCCCAGTGCTATCTCTTTCTTCCGATTCA	85580

CT967303.6	1101	GATGATTTGGCTCTAGCCCTATCAAAACCTTTGATTTTATCATCGGGTCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85581	GATGATTTGGCTCTAGCCCTATCAAAACCTTTGATTTTATCATCGGGTCT	85630

CT967303.6	1151	CAACATCTTGTTTCTTACTCTCGTACCTGATTCAGGAGATAACCTCCTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85631	CAACATCTTGTTTCTTACTCTCGTACCTGATTCAGGAGATAACCTCCTCC	85680

CT967303.6	1201	TTTTAAGGAATTCCTTCTCATCAATGATTTCACCTTCATCATTAGGAGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85681	TTTTAAGGAATTCCTTCTCATCAATGATTTCACCTTCATCATTAGGAGAG	85730

CT967303.6	1251	TCGTCTCCGGATGCCCATCTTGAAGATGATATATTACGAGTAGGCACATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85731	TCGTCTCCGGATGCCCATCTTGAAGATGATATATTACGAGTAGGCACATA	85780

CT967303.6	1301	ATCTTCAACTTTTGGTTGCTCAGCTACCTGCCCATTAACCAACCCCTGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85781	ATCTTCAACTTTTGGTTGCTCAGCTACCTGCCCATTAACCAACCCCTGCT	85830

CT967303.6	1351	CTGACAACATTGAATGCAAACCTATAGGAGACTCGGCATCTAGAACTGAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85831	CTGACAACATTGAATGCAAACCTATAGGAGACTCGGCATCTAGAACTGAC	85880

CT967303.6	1401	TCAGACACCATAGAAGGATCCATTGCTGTCGGCAACTCGGGATTCTCAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85881	TCAGACACCATAGAAGGATCCATTGCTGTCGGCAACTCGGGATTCTCAAG	85930

CT967303.6	1451	ATAATGAACTTCAACTCCATTGTAATTAACATTAGGCGACTCACGAAATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85931	ATAATGAACTTCAACTCCATTGTAATTAACATTAGGCGACTCACGAAATG	85980

CT967303.6	1501	CTATTGGTAATGGAGGTGGTGGAGGAAGAGCGGCCACTGTTGTGACAACC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	85981	CTATTGGTAATGGAGGTGGTGGAGGAAGAGCGGCCACTGTTGTGACAACC	86030

CT967303.6	1551	TTCAGATTGGATAAATTATTCACTTTGCTCTCCTCTTGATCCCATACTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	86031	TTCAGATTGGATAAATTATTCACTTTGCTCTCCTCTTGATCCCATACTAT	86080

CT967303.6	1601	AGGCGAAAATTTTCTTTTCCTCTCTAATGGTGCCTGACTCTCGTTTTCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	86081	AGGCGAAAATTTTCTTTTCCTCTCTAATGGTGCCTGACTCTCGTTTTCTT	86130

CT967303.6	1651	TGCCCGTGGCAACCCCATGGCGTTTCAACACTGATTCCGATTCAACACCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	86131	TGCCCGTGGCAACCCCATGGCGTTTCAACACTGATTCCGATTCAACACCA	86180

CT967303.6	1701	TAATCAAACTCTTTCCCCATCACAACCTCATGGCGTTTCACCAATGACTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	86181	TAATCAAACTCTTTCCCCATCACAACCTCATGGCGTTTCACCAATGACTC	86230

CT967303.6	1751	TAATTCAACACCATCATCCGACCCACTCTCACTAGAAAGCTCGCCCGGCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	86231	TAATTCAACACCATCATCCGACCCACTCTCACTAGAAAGCTCGCCCGGCT	86280

CT967303.6	1801	CTCTATCCATAATCTTAACAGAAAACTCACATCTTCTTGAACCAGGCACG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	86281	CTCTATCCATAATCTTAACAGAAAACTCACATCTTCTTGAACCAGGCACG	86330

CT967303.6	1851	CCACTACGACCACCACTGCTACCAGAGTCACTCCTACTCGAAGATGACCG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	86331	CCACTACGACCACCACTGCTACCAGAGTCACTCCTACTCGAAGATGACCG	86380

CT967303.6	1901	GTAACTTCCATTCAAAACTTCTTTCTGACTCTCCCTAATATCTTTCTGTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	86381	GTAACTTCCATTCAAAACTTCTTTCTGACTCTCCCTAATATCTTTCTGTC	86430

CT967303.6	1951	TCTGAATAATCCTATCCCTTGTATCCCTACTTCGACCCTTACCATTTCTA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963131.5	86431	TCTGAATAATCCTATCCCTTGTATCCCTACTTCGACCCTTACCATTTCTA	86480

Overview

Query
CT967303.6 - 55323 bps
Hit
CT963131.5 - 86480 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001954200012000184481864801
Short-link