<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT025156.14	1	AAGCTTGTACCTCGTTGACTCACCCACGTCTCTCTCACTCTCGCATCTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17396	AAGCTTGTACCTCGTTGACTCACCCACGTCTCTCTCACTCTCGCATCTCT	17445

CT025156.14	51	CTAACACCCGAGATTTGGTGACCGCAACAACAACAACGATGTTGAAGGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17446	CTAACACCCGAGATTTGGTGACCGCAACAACAACAACGATGTTGAAGGAG	17495

CT025156.14	101	CAACAAGGTGCAATGAAACCAGATCTCCGATTTCGTTTTATTTGTTTGAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17496	CAACAAGGTGCAATGAAACCAGATCTCCGATTTCGTTTTATTTGTTTGAA	17545

CT025156.14	151	GGTGCGGTGGCCAACATAAGAGAGCAGCAGCATGGCGGCAACATCAGATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17546	GGTGCGGTGGCCAACATAAGAGAGCAGCAGCATGGCGGCAACATCAGATC	17595

CT025156.14	201	TTGTTTCATGTTCTTCCTTCGCTTTGTTGTTTTTCAATTGTTTTAGTTTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17596	TTGTTTCATGTTCTTCCTTCGCTTTGTTGTTTTTCAATTGTTTTAGTTTA	17645

CT025156.14	251	GTTTTATTATATTTCTGTTTTTTCTGAACAAAATTGCCTTAAAATATAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17646	GTTTTATTATATTTCTGTTTTTTCTGAACAAAATTGCCTTAAAATATAAT	17695

CT025156.14	301	AACAAAATAACCAGAGAGTGATGATCTTTCAAATTGGCAGATGAAAATAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17696	AACAAAATAACCAGAGAGTGATGATCTTTCAAATTGGCAGATGAAAATAA	17745

CT025156.14	351	ATGGGTTATAGAAATTGGCAGAGGTAGATGAAAACAATACAACCAGTAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17746	ATGGGTTATAGAAATTGGCAGAGGTAGATGAAAACAATACAACCAGTAAA	17795

CT025156.14	401	GCTAGATGAAAATGGCAGATGACAGCTACGAAGAGGGAAGTTAGAAAGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17796	GCTAGATGAAAATGGCAGATGACAGCTACGAAGAGGGAAGTTAGAAAGAT	17845

CT025156.14	451	GGGTTAGAGAAAAATAATAGAATAAGGGGATGCTTATATATTATTTTTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17846	GGGTTAGAGAAAAATAATAGAATAAGGGGATGCTTATATATTATTTTTTA	17895

CT025156.14	501	ATCACAGCCATCTAAAATTAATCTAAGGGTTAATAACTATTCTCACTATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17896	ATCACAGCCATCTAAAATTAATCTAAGGGTTAATAACTATTCTCACTATT	17945

CT025156.14	551	CTCATATAAATAATGCATTCTCATATGATATGTCCTATATATATATATAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17946	CTCATATAAATAATGCATTCTCATATGATATGTCCTATATATATATATAT	17995

CT025156.14	601	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	17996	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	18045

CT025156.14	651	AACATAAGCATAATCTTTTTAGGCATCTATACCTTTTGTGAAGAAAAGAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18046	AACATAAGCATAATCTTTTTAGGCATCTATACCTTTTGTGAAGAAAAGAC	18095

CT025156.14	701	ATCTACAATTTTACTTTTAATTAAAATACAAATTTTATAAATTATACGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18096	ATCTACAATTTTACTTTTAATTAAAATACAAATTTTATAAATTATACGCA	18145

CT025156.14	751	TTAGCGTAACAAAAAAACAGACACACATAAAGTGTTACTCTAAACGCTAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18146	TTAGCGTAACAAAAAAACAGACACACATAAAGTGTTACTCTAAACGCTAA	18195

CT025156.14	801	CATGTATGTCTGTATATTTGCGAGGTTGAAGAAAGAAAATAAAAATATTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18196	CATGTATGTCTGTATATTTGCGAGGTTGAAGAAAGAAAATAAAAATATTC	18245

CT025156.14	851	TGTATCATTAAATGATAGCGTAAATAAAAATATTTGTGAGGTTGTTATAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18246	TGTATCATTAAATGATAGCGTAAATAAAAATATTTGTGAGGTTGTTATAA	18295

CT025156.14	901	TTAAACGATATTTAAATTAAATATATAAGTGATAAAAAGATAATAAAATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18296	TTAAACGATATTTAAATTAAATATATAAGTGATAAAAAGATAATAAAATT	18345

CT025156.14	951	TCTTTGAAAAAAAAGGTAATAAAATTAAATGGAACCTCCTTTAAAAAATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18346	TCTTTGAAAAAAAAGGTAATAAAATTAAATGGAACCTCCTTTAAAAAATT	18395

CT025156.14	1001	AAATGGAACGGCTAAAAAAAATTAAATGGAAGAAAAAAAACATATTGAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18396	AAATGGAACGGCTAAAAAAAATTAAATGGAAGAAAAAAAACATATTGAAA	18445

CT025156.14	1051	TATAATATTTGAAAATAAAAGAAAAGGTTACCAACGTGAATTGAAGAGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18446	TATAATATTTGAAAATAAAAGAAAAGGTTACCAACGTGAATTGAAGAGAG	18495

CT025156.14	1101	ATGATTGTGAAATAAATTGTCGAGAAATTGTTTTTTGAAGTAGCATTCAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18496	ATGATTGTGAAATAAATTGTCGAGAAATTGTTTTTTGAAGTAGCATTCAA	18545

CT025156.14	1151	CAACTTTTGGCCAAAGCTCATTCCATTCAATTTTATGCATTAAGAAAATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18546	CAACTTTTGGCCAAAGCTCATTCCATTCAATTTTATGCATTAAGAAAATT	18595

CT025156.14	1201	ACCTTTTTTAGTAAGTACTTAATTGATATTGTATTTGGCCTAACTTCTTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18596	ACCTTTTTTAGTAAGTACTTAATTGATATTGTATTTGGCCTAACTTCTTA	18645

CT025156.14	1251	AAAATGTAGAGAAGTTGAAGGAAAAAAAAAAAGGGTCAAACGGTATTTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18646	AAAATGTAGAGAAGTTGAAGGAAAAAAAAAAAGGGTCAAACGGTATTTTA	18695

CT025156.14	1301	ATCTCTCACAACGGCAGTGTAGAAAATAGTTAAAAATAAAAAAAATTAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18696	ATCTCTCACAACGGCAGTGTAGAAAATAGTTAAAAATAAAAAAAATTAGA	18745

CT025156.14	1351	AAATAGTCAGAAGTTTTTAAAAATATGAAAATTGGAAAATAGTTAATAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18746	AAATAGTCAGAAGTTTTTAAAAATATGAAAATTGGAAAATAGTTAATAAA	18795

CT025156.14	1401	AATCGGTGAGGTCGCACTCAACCAAGCAATACTAAAAAAAATTATATCGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18796	AATCGGTGAGGTCGCACTCAACCAAGCAATACTAAAAAAAATTATATCGA	18845

CT025156.14	1451	TTAGCGTAACAAAAAAAAGACAGACGAACATAAAATATTACTTTAGAAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18846	TTAGCGTAACAAAAAAAAGACAGACGAACATAAAATATTACTTTAGAAGT	18895

CT025156.14	1501	TAATGTGTGTGTGCGTGTATATTCGCGAGGTTAAAGAAAGGAAATAAAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18896	TAATGTGTGTGTGCGTGTATATTCGCGAGGTTAAAGAAAGGAAATAAAAA	18945

CT025156.14	1551	TATTTGGTATCATTAAATGACAGCGTGAATAAAAATATTTGTGAGATTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18946	TATTTGGTATCATTAAATGACAGCGTGAATAAAAATATTTGTGAGATTAT	18995

CT025156.14	1601	GATGATTAAAGAATATTGAAATTAAATATATAAGTGATAAAAAGATAATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	18996	GATGATTAAAGAATATTGAAATTAAATATATAAGTGATAAAAAGATAATA	19045

CT025156.14	1651	AAAATCTTTTGAAAAAATAAAATAAAATTAAATGGAACTGTTCAAAAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	19046	AAAATCTTTTGAAAAAATAAAATAAAATTAAATGGAACTGTTCAAAAAAA	19095

CT025156.14	1701	TAAAATAAAATAAAGTTAAATGAAAAGAAAATATATTGAAATATAATATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	19096	TAAAATAAAATAAAGTTAAATGAAAAGAAAATATATTGAAATATAATATT	19145

CT025156.14	1751	AAAAAATAAAAGAAAAGGTTCCCAGCGTGAGTTGAAAAGAGGTGCTTGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	19146	AAAAAATAAAAGAAAAGGTTCCCAGCGTGAGTTGAAAAGAGGTGCTTGTG	19195

CT025156.14	1801	AAATATATTGTCGAGAAATAGTTTTTTAAAGTAGCATTCAACAACTTTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	19196	AAATATATTGTCGAGAAATAGTTTTTTAAAGTAGCATTCAACAACTTTTG	19245

CT025156.14	1851	GCCAAAGCTCATTCCATTCAATTCTATGCATTAAAAAATGTTCCCTTTCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	19246	GCCAAAGCTCATTCCATTCAATTCTATGCATTAAAAAATGTTCCCTTTCT	19295

CT025156.14	1901	AGTAAGTACTTAATTGATATTGTGTTTGACCTAACTTCTTTTTAAAAATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	19296	AGTAAGTACTTAATTGATATTGTGTTTGACCTAACTTCTTTTTAAAAATG	19345

CT025156.14	1951	TAGAGAAGTAAAAAAAAAAACCCGGGTCAAACGGTATCTTAATCTCCCAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963129.16	19346	TAGAGAAGTAAAAAAAAAAACCCGGGTCAAACGGTATCTTAATCTCCCAC	19395

Overview

Query
CT025156.14 - 113846 bps
Hit
CT963129.16 - 19395 bps
Total alignments
16
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001822200012000117396193951
295.111216346262411715717318-1
3100326658665111798118046-1
484.241925717391309118834193951
584.333187914392317118134190211
6100335734023458117979180351
792.3626939361776569132613657-1
892.0364095365667518126293596-1
992.095868737515838714431317-1
1094.123751840984591331381-1
1193.23129177846386391121298-1
1292.8872110261338514410126293657-1
1390.15600974144071538013281317-1
1494.3613317715381155571121298-1
1587.539647425774320123792442-1
1675.41854887452675013116622163-1
Short-link