<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT967313.3	1	CAAGACCTATCATAAGATGAAAGTGTTAAAATTGTTAGACCGAATATCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	137570	CAAGACCTATCATAAGATGAAAGTGTTAAAATTGTTAGACCGAATATCAT	137619

CT967313.3	51	TATAAAGATTTGAATTCTAACTCCTTCACTTTTGTATGAATGAAAAAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	137620	TATAAAGATTTGAATTCTAACTCCTTCACTTTTGTATGAATGAAAAAATA	137669

CT967313.3	101	AAAAAGAATAAACAAAAGTGAAAACGAAAGAATATTAGCTAAAAGAATCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	137670	AAAAAGAATAAACAAAAGTGAAAACGAAAGAATATTAGCTAAAAGAATCA	137719

CT967313.3	151	GACAAAGAGCATAGTGATCCATTGGGTCTCTCTTTTCATTCTCTTCTCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	137720	GACAAAGAGCATAGTGATCCATTGGGTCTCTCTTTTCATTCTCTTCTCAT	137769

CT967313.3	201	ATATCCAAAAGGTAAGTATGCACTTTCCCATATTCATTTTTTTTTTAAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	137770	ATATCCAAAAGGTAAGTATGCACTTTCCCATATTCATTTTTTTTTTAAAG	137819

CT967313.3	251	AAAAAAATATTATTATTATTATTATTATTGTCAAAAAATATTATTATTAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	137820	AAAAAAATATTATTATTATTATTATTATTGTCAAAAAATATTATTATTAT	137869

CT967313.3	301	CATTTTATGGGAATTATTATGATGATTATTTCTATTTTTTTGAGGGGATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	137870	CATTTTATGGGAATTATTATGATGATTATTTCTATTTTTTTGAGGGGATT	137919

CT967313.3	351	ATTATTATTATTATTAATAATAATTTGGTGTGTGGTAAAAATAATCAATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	137920	ATTATTATTATTATTAATAATAATTTGGTGTGTGGTAAAAATAATCAATG	137969

CT967313.3	401	CAAACCATATGTAATGAGATCCAAGAAAAATCAAGGGTTGTTGATAAGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	137970	CAAACCATATGTAATGAGATCCAAGAAAAATCAAGGGTTGTTGATAAGTA	138019

CT967313.3	451	TATTTTTTTAGCAAATGCGAAATTACTGCATTTAATTTATAATAAAAGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138020	TATTTTTTTAGCAAATGCGAAATTACTGCATTTAATTTATAATAAAAGAG	138069

CT967313.3	501	TACATAGTAGTGGGAACAACATGGAAAACAAAGAGGAGAAGATGAGATAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138070	TACATAGTAGTGGGAACAACATGGAAAACAAAGAGGAGAAGATGAGATAA	138119

CT967313.3	551	GGTAGCACTAACAATACTATGTGCAACCTTATTTACTTGCCTCCTAACAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138120	GGTAGCACTAACAATACTATGTGCAACCTTATTTACTTGCCTCCTAACAA	138169

CT967313.3	601	ACAACATCATAAAGTCGTGATTACTTAACAAGATGTTTTTACATTGAATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138170	ACAACATCATAAAGTCGTGATTACTTAACAAGATGTTTTTACATTGAATC	138219

CT967313.3	651	ACAAAAGGTCTCCAAATTCATTGAGGGGAGTGGTAGTAGAGTAGAGTGCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138220	ACAAAAGGTCTCCAAATTCATTGAGGGGAGTGGTAGTAGAGTAGAGTGCA	138269

CT967313.3	701	TTCTCCATGGATCTACTGTCAGTTTCAAATATAACATTATGCATGCCATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138270	TTCTCCATGGATCTACTGTCAGTTTCAAATATAACATTATGCATGCCATT	138319

CT967313.3	751	GGAGATTGCCATCTCCATAGCTTCTAGCAGCCCAATGGTTTCCACCTTAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138320	GGAGATTGCCATCTCCATAGCTTCTAGCAGCCCAATGGTTTCCACCTTAA	138369

CT967313.3	801	GAATAGTAGCAGAATTTTGCATGTAATCTGATTTTTCAAGTAAAAGCTGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138370	GAATAGTAGCAGAATTTTGCATGTAATCTGATTTTTCAAGTAAAAGCTGC	138419

CT967313.3	851	CCCAATGAATCTCGAAAGCACATACCATACCCTACCATGGAATTGTTGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138420	CCCAATGAATCTCGAAAGCACATACCATACCCTACCATGGAATTGTTGTT	138469

CT967313.3	901	GAAAACAGCGGCATCCACATTGCACTTGATCGTACCATTTAGAGGTTTCG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138470	GAAAACAGCGGCATCCACATTGCACTTGATCGTACCATTTAGAGGTTTCG	138519

CT967313.3	951	TCCATGAGAAGTTGATGTCCGAGTTAGGCTGAGTGAATTTCACCTTTTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138520	TCCATGAGAAGTTGATGTCCGAGTTAGGCTGAGTGAATTTCACCTTTTGC	138569

CT967313.3	1001	ATGCAGCTCCACTCGCGGTGAACATCACATGCACGAGATACGATGGCAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138570	ATGCAGCTCCACTCGCGGTGAACATCACATGCACGAGATACGATGGCAAC	138619

CT967313.3	1051	AGCGGTAGTATCAGTAGATTCCCATAACTTTAGATTGCGGCTCTTCCACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138620	AGCGGTAGTATCAGTAGATTCCCATAACTTTAGATTGCGGCTCTTCCACA	138669

CT967313.3	1101	AACTCCAGAGAGTCATGACAGTTGTTAGCCTTTGTTGTTCCGGTAACCTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138670	AACTCCAGAGAGTCATGACAGTTGTTAGCCTTTGTTGTTCCGGTAACCTG	138719

CT967313.3	1151	TCAAGTAAATCAAATAACATAGCCGTAAAATTATCTGTCATTTGTACCAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138720	TCAAGTAAATCAAATAACATAGCCGTAAAATTATCTGTCATTTGTACCAT	138769

CT967313.3	1201	ATTCTGGATCAAGCTGTCAATGCCAATTATTTCCTAACAAGTTGCGGCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138770	ATTCTGGATCAAGCTGTCAATGCCAATTATTTCCTAACAAGTTGCGGCCT	138819

CT967313.3	1251	GAGTGCAAATAAAAAAGGTGGGCATATGTGACTCCGTAAAAAGATTACAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138820	GAGTGCAAATAAAAAAGGTGGGCATATGTGACTCCGTAAAAAGATTACAA	138869

CT967313.3	1301	GATACACATGAGTCGTCACAAGGAATACCACGAACGAAAAGGTTAGACTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138870	GATACACATGAGTCGTCACAAGGAATACCACGAACGAAAAGGTTAGACTA	138919

CT967313.3	1351	GGTAGCCAAACTTTGATGAGCCAGTCGCCAAAGAAAGAAACAAACTCTCG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138920	GGTAGCCAAACTTTGATGAGCCAGTCGCCAAAGAAAGAAACAAACTCTCG	138969

CT967313.3	1401	ATGGGACCTTTAAATTCCAAAGGAGCTTCCAAGAAGGGGTGAGATGTGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	138970	ATGGGACCTTTAAATTCCAAAGGAGCTTCCAAGAAGGGGTGAGATGTGTT	139019

CT967313.3	1451	GTAGATGATTCGTGCAAGAGATCGATGCAGATTCTGCACGTAAATTTTAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139020	GTAGATGATTCGTGCAAGAGATCGATGCAGATTCTGCACGTAAATTTTAC	139069

CT967313.3	1501	CGTATAAGAGCCATTAATTGTTGAATTCCATATACGGCAGTCTTCACTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139070	CGTATAAGAGCCATTAATTGTTGAATTCCATATACGGCAGTCTTCACTTG	139119

CT967313.3	1551	GATGGTTATAAAGAGGAGCGGAGAGAATGGTCGCGGCGTCCGAATGATTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139120	GATGGTTATAAAGAGGAGCGGAGAGAATGGTCGCGGCGTCCGAATGATTA	139169

CT967313.3	1601	AAAATAGAGAGCACTGAGTTACGGTCCTAAGAAGCCATATCTGGAAGCAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139170	AAAATAGAGAGCACTGAGTTACGGTCCTAAGAAGCCATATCTGGAAGCAT	139219

CT967313.3	1651	CAAGTGGCTGACTGTGAGTTCCTCATAATGGGGTGGTGGAGGAGTGGAGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139220	CAAGTGGCTGACTGTGAGTTCCTCATAATGGGGTGGTGGAGGAGTGGAGG	139269

CT967313.3	1701	GCTTGAGAGAAGTCAGATTACGAAGCCAAGGCATTTTCCACACATTAATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139270	GCTTGAGAGAAGTCAGATTACGAAGCCAAGGCATTTTCCACACATTAATT	139319

CT967313.3	1751	TTAGAGCCATCACCAATTTTCCATCTATAATACAAGGTAAGTAAATGTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139320	TTAGAGCCATCACCAATTTTCCATCTATAATACAAGGTAAGTAAATGTTA	139369

CT967313.3	1801	GTACTCCAAAGACTCCTCCAAGTATAGCTTGGATTATGACCGAGATGGAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139370	GTACTCCAAAGACTCCTCCAAGTATAGCTTGGATTATGACCGAGATGGAC	139419

CT967313.3	1851	ATCCAAAAATCCCTACACATGAAGTATTTGGCTTTGAGAACACGAGTAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139420	ATCCAAAAATCCCTACACATGAAGTATTTGGCTTTGAGAACACGAGTAAG	139469

CT967313.3	1901	TAGTGAAGAGTCGGACAAGAATTTTCAACTTTGCTTATCAAACATAGATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139470	TAGTGAAGAGTCGGACAAGAATTTTCAACTTTGCTTATCAAACATAGATA	139519

CT967313.3	1951	AATATGACTTTTAGTGGATGATCTATAGTAAAACCCGAATCTAAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963080.2	139520	AATATGACTTTTAGTGGATGATCTATAGTAAAACCCGAATCTAAAAGCTT	139569

Overview

Query
CT967313.3 - 14750 bps
Hit
CT963080.2 - 139569 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193920001200011375701395691
Short-link