<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
C CT967315.8 2000 AAGCTTTAAAGCTTTCCGATACGTAAAGATACTCACCAAAATAATAGTGT 1951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1 AAGCTTTAAAGCTTTCCGATACGTAAAGATACTCACCAAAATAATAGTGT 50 C CT967315.8 1950 CATCATCATCTGCATGCATCCACTGAAAAAATAATGGAAAAATGCGCCTG 1901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 51 CATCATCATCTGCATGCATCCACTGAAAAAATAATGGAAAAATGCGCCTG 100 C CT967315.8 1900 AAGTGAGCTAAAAGCACAAGACCAACTCCATTAAGTAGTGAATCAACAGA 1851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 101 AAGTGAGCTAAAAGCACAAGACCAACTCCATTAAGTAGTGAATCAACAGA 150 C CT967315.8 1850 TTTAAGCCATGCAATGCGGCGCTCTTTGTTTCTTGGCTGACGCTCCAAGT 1801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 151 TTTAAGCCATGCAATGCGGCGCTCTTTGTTTCTTGGCTGACGCTCCAAGT 200 C CT967315.8 1800 GACTTAACATCTCATTCAACATCTTTTCAAACCTACTCAAGACATTTAAA 1751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 201 GACTTAACATCTCATTCAACATCTTTTCAAACCTACTCAAGACATTTAAA 250 C CT967315.8 1750 AAATGAAATTCCAGATACAAGATAGGCCAAAGTTAAGTTAGTAACATTGA 1701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 251 AAATGAAATTCCAGATACAAGATAGGCCAAAGTTAAGTTAGTAACATTGA 300 C CT967315.8 1700 AGGCTAATCATTGACCAATTGTAAAGTTTGTATGCAATATAAATGAGGTT 1651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 301 AGGCTAATCATTGACCAATTGTAAAGTTTGTATGCAATATAAATGAGGTT 350 C CT967315.8 1650 ATAAATCAGTTAGTTAAGTTGGTTATTAGTTGGTTTTGTTTGTTAGGCTT 1601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 351 ATAAATCAGTTAGTTAAGTTGGTTATTAGTTGGTTTTGTTTGTTAGGCTT 400 C CT967315.8 1600 GTTACATGGAGGATAGTAGTTATTTTGTGTTTATCAACTCTGTTTGTATT 1551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 401 GTTACATGGAGGATAGTAGTTATTTTGTGTTTATCAACTCTGTTTGTATT 450 C CT967315.8 1550 TTGGCCCTATCTGTTGTAAATAGGACTAAACCCCTCCCAATGGAAGGAAG 1501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 451 TTGGCCCTATCTGTTGTAAATAGGACTAAACCCCTCCCAATGGAAGGAAG 500 C CT967315.8 1500 GTAATCATTTTATGAAATAGTAAAGTAGAGAATGCTTATTTGGAGTAGCC 1451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 501 GTAATCATTTTATGAAATAGTAAAGTAGAGAATGCTTATTTGGAGTAGCC 550 C CT967315.8 1450 TTGTGCGCAAGGTTATCATCTTGTTCATTCCTATCATTTCCATTCAATTG 1401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 551 TTGTGCGCAAGGTTATCATCTTGTTCATTCCTATCATTTCCATTCAATTG 600 C CT967315.8 1400 ATAATACCAGAAAGAAAGCTTTATTCTATTTCGAATTATTCCTCTGCTTA 1351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 601 ATAATACCAGAAAGAAAGCTTTATTCTATTTCGAATTATTCCTCTGCTTA 650 C CT967315.8 1350 TTCAATTTTGCCCAGTTTTGGCAATTATTTCTTATACGAAAAGAAAGGAC 1301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 651 TTCAATTTTGCCCAGTTTTGGCAATTATTTCTTATACGAAAAGAAAGGAC 700 C CT967315.8 1300 CCAACACAATATTGCTCATAGCTAAAAGTTAAAGCCCAAATGTAGCCCAT 1251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 701 CCAACACAATATTGCTCATAGCTAAAAGTTAAAGCCCAAATGTAGCCCAT 750 C CT967315.8 1250 TGTTAATAAACCTGAGATACTAATATACACTTTCTGACATCCACCATGGG 1201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 751 TGTTAATAAACCTGAGATACTAATATACACTTTCTGACATCCACCATGGG 800 C CT967315.8 1200 TATGGTTTTGTTATGCCAAAGTGTTTTATTACCTCAAGGAAAAGGGGAAA 1151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 801 TATGGTTTTGTTATGCCAAAGTGTTTTATTACCTCAAGGAAAAGGGGAAA 850 C CT967315.8 1150 TCCTATTTGATTATAACTCTGAAGAACTTTGAGGATCTGCAATCTCTGTA 1101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 851 TCCTATTTGATTATAACTCTGAAGAACTTTGAGGATCTGCAATCTCTGTA 900 C CT967315.8 1100 ATCTAAGGACTCATTTATCTCAAATGATAAGATATCTATCCATCTCAACC 1051 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 901 ATCTAAGGACTCATTTATCTCAAATGATAAGATATCTATCCATCTCAACC 950 C CT967315.8 1050 CTCTTCTTATTTACAAGGACATGCCTTTTTATCTAATCATCCCAGCCTCC 1001 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 951 CTCTTCTTATTTACAAGGACATGCCTTTTTATCTAATCATCCCAGCCTCC 1000 C CT967315.8 1000 TGCTACTAACCAACTAACTCTAACTCCCTCAACTAGTCTAATTATCTAAT 951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1001 TGCTACTAACCAACTAACTCTAACTCCCTCAACTAGTCTAATTATCTAAT 1050 C CT967315.8 950 TTTCCATCTGTCAGTTTATCCAAACTAAATGACTCCCTCTCAAGTTTTTA 901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1051 TTTCCATCTGTCAGTTTATCCAAACTAAATGACTCCCTCTCAAGTTTTTA 1100 C CT967315.8 900 ATAATATTTTTCACTTGCAACACAGCATTTCGAATCTGCCCATATCCGTC 851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1101 ATAATATTTTTCACTTGCAACACAGCATTTCGAATCTGCCCATATCCGTC 1150 C CT967315.8 850 AGTATATCTTTTGACTCTGCAATCAATGAGATCAAAGGTCATTTGATCGA 801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1151 AGTATATCTTTTGACTCTGCAATCAATGAGATCAAAGGTCATTTGATCGA 1200 C CT967315.8 800 ACATAATATAACAGCAACAATGGTCAAAGTTTTCCCATTTGGTGTACTCT 751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1201 ACATAATATAACAGCAACAATGGTCAAAGTTTTCCCATTTGGTGTACTCT 1250 C CT967315.8 750 GCTACAGCCTACTTGGACCAAACGTCAAAATGTCCTATCATGAACTAAAT 701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1251 GCTACAGCCTACTTGGACCAAACGTCAAAATGTCCTATCATGAACTAAAT 1300 C CT967315.8 700 CTACAGATCTCCATCTATTAAAAATAAACATTATCAGCTAATTCAGCTCT 651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1301 CTACAGATCTCCATCTATTAAAAATAAACATTATCAGCTAATTCAGCTCT 1350 C CT967315.8 650 CTTGAACACAAAAATAAACATGATAACAGTTGGTAAAAGATAACATAATA 601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1351 CTTGAACACAAAAATAAACATGATAACAGTTGGTAAAAGATAACATAATA 1400 C CT967315.8 600 TGTGCTCCTTGGCTTATTGATGTGAAGTCGTTAATCTCTCTTTATTAGCT 551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1401 TGTGCTCCTTGGCTTATTGATGTGAAGTCGTTAATCTCTCTTTATTAGCT 1450 C CT967315.8 550 ATTTGAAAGCAAAATAAAAAAGCACGTCTGCGTAATTTGTTACTCTCTCT 501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1451 ATTTGAAAGCAAAATAAAAAAGCACGTCTGCGTAATTTGTTACTCTCTCT 1500 C CT967315.8 500 AATAAGTAATAATCAAGTCAAGGAAATCAGGACCAGTCAACTATAATTAC 451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1501 AATAAGTAATAATCAAGTCAAGGAAATCAGGACCAGTCAACTATAATTAC 1550 C CT967315.8 450 TGGTTCCTATAAAATACCACATTTCTGAAGACAGTCTTTCAAATTTCAGT 401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1551 TGGTTCCTATAAAATACCACATTTCTGAAGACAGTCTTTCAAATTTCAGT 1600 C CT967315.8 400 CTAGACGACAGTCAAGAACCAAATTCATTTTCTTTCTAATGCACAAAGAC 351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1601 CTAGACGACAGTCAAGAACCAAATTCATTTTCTTTCTAATGCACAAAGAC 1650 C CT967315.8 350 ATAGGAATTCATAGTTAAACGATAATCATTTTCCAGCATATTCAGTTTGT 301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1651 ATAGGAATTCATAGTTAAACGATAATCATTTTCCAGCATATTCAGTTTGT 1700 C CT967315.8 300 TTAGCTAATCATTCCAGTTCTAAAATTTTACATGGTATTTATCACGTGAA 251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1701 TTAGCTAATCATTCCAGTTCTAAAATTTTACATGGTATTTATCACGTGAA 1750 C CT967315.8 250 GATATTAAAATTCCTATGTCGCTAAACCATTTAAAATAAAATGGGATGGA 201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1751 GATATTAAAATTCCTATGTCGCTAAACCATTTAAAATAAAATGGGATGGA 1800 C CT967315.8 200 AAAAGATCAACACACCACGGACTGCGCGGATTACTTTTCTGCGTAAGAGA 151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1801 AAAAGATCAACACACCACGGACTGCGCGGATTACTTTTCTGCGTAAGAGA 1850 C CT967315.8 150 CATGAGAGTTATTGATGCCTCAACTACACAATCCCATACTTCATCATCGG 101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1851 CATGAGAGTTATTGATGCCTCAACTACACAATCCCATACTTCATCATCGG 1900 C CT967315.8 100 CAGCAATATTCTGGCAACAGGCATCAAGTATCACATCCTCAAACCCACCA 51 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1901 CAGCAATATTCTGGCAACAGGCATCAAGTATCACATCCTCAAACCCACCA 1950 C CT967315.8 50 AGCTCAGCAGCATCCACATTTTTCCCAAGATGCGCAAAGCTAACCATGCC 1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CT961056.6 1951 AGCTCAGCAGCATCCACATTTTTCCCAAGATGCGCAAAGCTAACCATGCC 2000
Overview
- Query
- CT967315.8 - 78815 bps
- Hit
- CT961056.6 - 132908 bps
- Total alignments
- 5
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon