Full alignment

C  CT967315.8	2000	AAGCTTTAAAGCTTTCCGATACGTAAAGATACTCACCAAAATAATAGTGT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1	AAGCTTTAAAGCTTTCCGATACGTAAAGATACTCACCAAAATAATAGTGT	50

C  CT967315.8	1950	CATCATCATCTGCATGCATCCACTGAAAAAATAATGGAAAAATGCGCCTG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	51	CATCATCATCTGCATGCATCCACTGAAAAAATAATGGAAAAATGCGCCTG	100

C  CT967315.8	1900	AAGTGAGCTAAAAGCACAAGACCAACTCCATTAAGTAGTGAATCAACAGA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	101	AAGTGAGCTAAAAGCACAAGACCAACTCCATTAAGTAGTGAATCAACAGA	150

C  CT967315.8	1850	TTTAAGCCATGCAATGCGGCGCTCTTTGTTTCTTGGCTGACGCTCCAAGT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	151	TTTAAGCCATGCAATGCGGCGCTCTTTGTTTCTTGGCTGACGCTCCAAGT	200

C  CT967315.8	1800	GACTTAACATCTCATTCAACATCTTTTCAAACCTACTCAAGACATTTAAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	201	GACTTAACATCTCATTCAACATCTTTTCAAACCTACTCAAGACATTTAAA	250

C  CT967315.8	1750	AAATGAAATTCCAGATACAAGATAGGCCAAAGTTAAGTTAGTAACATTGA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	251	AAATGAAATTCCAGATACAAGATAGGCCAAAGTTAAGTTAGTAACATTGA	300

C  CT967315.8	1700	AGGCTAATCATTGACCAATTGTAAAGTTTGTATGCAATATAAATGAGGTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	301	AGGCTAATCATTGACCAATTGTAAAGTTTGTATGCAATATAAATGAGGTT	350

C  CT967315.8	1650	ATAAATCAGTTAGTTAAGTTGGTTATTAGTTGGTTTTGTTTGTTAGGCTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	351	ATAAATCAGTTAGTTAAGTTGGTTATTAGTTGGTTTTGTTTGTTAGGCTT	400

C  CT967315.8	1600	GTTACATGGAGGATAGTAGTTATTTTGTGTTTATCAACTCTGTTTGTATT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	401	GTTACATGGAGGATAGTAGTTATTTTGTGTTTATCAACTCTGTTTGTATT	450

C  CT967315.8	1550	TTGGCCCTATCTGTTGTAAATAGGACTAAACCCCTCCCAATGGAAGGAAG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	451	TTGGCCCTATCTGTTGTAAATAGGACTAAACCCCTCCCAATGGAAGGAAG	500

C  CT967315.8	1500	GTAATCATTTTATGAAATAGTAAAGTAGAGAATGCTTATTTGGAGTAGCC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	501	GTAATCATTTTATGAAATAGTAAAGTAGAGAATGCTTATTTGGAGTAGCC	550

C  CT967315.8	1450	TTGTGCGCAAGGTTATCATCTTGTTCATTCCTATCATTTCCATTCAATTG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	551	TTGTGCGCAAGGTTATCATCTTGTTCATTCCTATCATTTCCATTCAATTG	600

C  CT967315.8	1400	ATAATACCAGAAAGAAAGCTTTATTCTATTTCGAATTATTCCTCTGCTTA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	601	ATAATACCAGAAAGAAAGCTTTATTCTATTTCGAATTATTCCTCTGCTTA	650

C  CT967315.8	1350	TTCAATTTTGCCCAGTTTTGGCAATTATTTCTTATACGAAAAGAAAGGAC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	651	TTCAATTTTGCCCAGTTTTGGCAATTATTTCTTATACGAAAAGAAAGGAC	700

C  CT967315.8	1300	CCAACACAATATTGCTCATAGCTAAAAGTTAAAGCCCAAATGTAGCCCAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	701	CCAACACAATATTGCTCATAGCTAAAAGTTAAAGCCCAAATGTAGCCCAT	750

C  CT967315.8	1250	TGTTAATAAACCTGAGATACTAATATACACTTTCTGACATCCACCATGGG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	751	TGTTAATAAACCTGAGATACTAATATACACTTTCTGACATCCACCATGGG	800

C  CT967315.8	1200	TATGGTTTTGTTATGCCAAAGTGTTTTATTACCTCAAGGAAAAGGGGAAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	801	TATGGTTTTGTTATGCCAAAGTGTTTTATTACCTCAAGGAAAAGGGGAAA	850

C  CT967315.8	1150	TCCTATTTGATTATAACTCTGAAGAACTTTGAGGATCTGCAATCTCTGTA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	851	TCCTATTTGATTATAACTCTGAAGAACTTTGAGGATCTGCAATCTCTGTA	900

C  CT967315.8	1100	ATCTAAGGACTCATTTATCTCAAATGATAAGATATCTATCCATCTCAACC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	901	ATCTAAGGACTCATTTATCTCAAATGATAAGATATCTATCCATCTCAACC	950

C  CT967315.8	1050	CTCTTCTTATTTACAAGGACATGCCTTTTTATCTAATCATCCCAGCCTCC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	951	CTCTTCTTATTTACAAGGACATGCCTTTTTATCTAATCATCCCAGCCTCC	1000

C  CT967315.8	1000	TGCTACTAACCAACTAACTCTAACTCCCTCAACTAGTCTAATTATCTAAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1001	TGCTACTAACCAACTAACTCTAACTCCCTCAACTAGTCTAATTATCTAAT	1050

C  CT967315.8	950	TTTCCATCTGTCAGTTTATCCAAACTAAATGACTCCCTCTCAAGTTTTTA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1051	TTTCCATCTGTCAGTTTATCCAAACTAAATGACTCCCTCTCAAGTTTTTA	1100

C  CT967315.8	900	ATAATATTTTTCACTTGCAACACAGCATTTCGAATCTGCCCATATCCGTC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1101	ATAATATTTTTCACTTGCAACACAGCATTTCGAATCTGCCCATATCCGTC	1150

C  CT967315.8	850	AGTATATCTTTTGACTCTGCAATCAATGAGATCAAAGGTCATTTGATCGA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1151	AGTATATCTTTTGACTCTGCAATCAATGAGATCAAAGGTCATTTGATCGA	1200

C  CT967315.8	800	ACATAATATAACAGCAACAATGGTCAAAGTTTTCCCATTTGGTGTACTCT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1201	ACATAATATAACAGCAACAATGGTCAAAGTTTTCCCATTTGGTGTACTCT	1250

C  CT967315.8	750	GCTACAGCCTACTTGGACCAAACGTCAAAATGTCCTATCATGAACTAAAT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1251	GCTACAGCCTACTTGGACCAAACGTCAAAATGTCCTATCATGAACTAAAT	1300

C  CT967315.8	700	CTACAGATCTCCATCTATTAAAAATAAACATTATCAGCTAATTCAGCTCT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1301	CTACAGATCTCCATCTATTAAAAATAAACATTATCAGCTAATTCAGCTCT	1350

C  CT967315.8	650	CTTGAACACAAAAATAAACATGATAACAGTTGGTAAAAGATAACATAATA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1351	CTTGAACACAAAAATAAACATGATAACAGTTGGTAAAAGATAACATAATA	1400

C  CT967315.8	600	TGTGCTCCTTGGCTTATTGATGTGAAGTCGTTAATCTCTCTTTATTAGCT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1401	TGTGCTCCTTGGCTTATTGATGTGAAGTCGTTAATCTCTCTTTATTAGCT	1450

C  CT967315.8	550	ATTTGAAAGCAAAATAAAAAAGCACGTCTGCGTAATTTGTTACTCTCTCT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1451	ATTTGAAAGCAAAATAAAAAAGCACGTCTGCGTAATTTGTTACTCTCTCT	1500

C  CT967315.8	500	AATAAGTAATAATCAAGTCAAGGAAATCAGGACCAGTCAACTATAATTAC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1501	AATAAGTAATAATCAAGTCAAGGAAATCAGGACCAGTCAACTATAATTAC	1550

C  CT967315.8	450	TGGTTCCTATAAAATACCACATTTCTGAAGACAGTCTTTCAAATTTCAGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1551	TGGTTCCTATAAAATACCACATTTCTGAAGACAGTCTTTCAAATTTCAGT	1600

C  CT967315.8	400	CTAGACGACAGTCAAGAACCAAATTCATTTTCTTTCTAATGCACAAAGAC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1601	CTAGACGACAGTCAAGAACCAAATTCATTTTCTTTCTAATGCACAAAGAC	1650

C  CT967315.8	350	ATAGGAATTCATAGTTAAACGATAATCATTTTCCAGCATATTCAGTTTGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1651	ATAGGAATTCATAGTTAAACGATAATCATTTTCCAGCATATTCAGTTTGT	1700

C  CT967315.8	300	TTAGCTAATCATTCCAGTTCTAAAATTTTACATGGTATTTATCACGTGAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1701	TTAGCTAATCATTCCAGTTCTAAAATTTTACATGGTATTTATCACGTGAA	1750

C  CT967315.8	250	GATATTAAAATTCCTATGTCGCTAAACCATTTAAAATAAAATGGGATGGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1751	GATATTAAAATTCCTATGTCGCTAAACCATTTAAAATAAAATGGGATGGA	1800

C  CT967315.8	200	AAAAGATCAACACACCACGGACTGCGCGGATTACTTTTCTGCGTAAGAGA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1801	AAAAGATCAACACACCACGGACTGCGCGGATTACTTTTCTGCGTAAGAGA	1850

C  CT967315.8	150	CATGAGAGTTATTGATGCCTCAACTACACAATCCCATACTTCATCATCGG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1851	CATGAGAGTTATTGATGCCTCAACTACACAATCCCATACTTCATCATCGG	1900

C  CT967315.8	100	CAGCAATATTCTGGCAACAGGCATCAAGTATCACATCCTCAAACCCACCA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1901	CAGCAATATTCTGGCAACAGGCATCAAGTATCACATCCTCAAACCCACCA	1950

C  CT967315.8	50	AGCTCAGCAGCATCCACATTTTTCCCAAGATGCGCAAAGCTAACCATGCC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT961056.6	1951	AGCTCAGCAGCATCCACATTTTTCCCAAGATGCGCAAAGCTAACCATGCC	2000