<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CT962501.4	1	AATTTTCAGTTTTTCTCTCATCATAGCAATGGATTAACATAAACAAGAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	2000	AATTTTCAGTTTTTCTCTCATCATAGCAATGGATTAACATAAACAAGAAG	1951

  CT962501.4	51	AATGAAATGAGTTATACTTATATGATAGAAGATGACCTGAAGAGTGAGCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1950	AATGAAATGAGTTATACTTATATGATAGAAGATGACCTGAAGAGTGAGCA	1901

  CT962501.4	101	GTAGAGGAAGCTGATCCTAACAATGTTCGTTTGATTCTCAAGTGCTGCAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1900	GTAGAGGAAGCTGATCCTAACAATGTTCGTTTGATTCTCAAGTGCTGCAC	1851

  CT962501.4	151	CATAATCTTCAGTTGTGTAGTACAGTACTACTATGATGTAATAATACCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1850	CATAATCTTCAGTTGTGTAGTACAGTACTACTATGATGTAATAATACCCT	1801

  CT962501.4	201	GTTCCTAGTCCCTTGTAGAAGAACTAAAGTTTTATCGTGTTTCAGTGCCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1800	GTTCCTAGTCCCTTGTAGAAGAACTAAAGTTTTATCGTGTTTCAGTGCCG	1751

  CT962501.4	251	TATGTATCCAAACGCGAAACAAAACAGACCTGGTGTTCTATTATCAAATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1750	TATGTATCCAAACGCGAAACAAAACAGACCTGGTGTTCTATTATCAAATG	1701

  CT962501.4	301	TGGATGTTTTCTCCTACTTGCAAATGGAATTTTGTTTATTTATTTCTTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1700	TGGATGTTTTCTCCTACTTGCAAATGGAATTTTGTTTATTTATTTCTTTA	1651

  CT962501.4	351	TTATATTCATATATTTTATTTTTCTTGACGGAAGTTAAATGTAAAATAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1650	TTATATTCATATATTTTATTTTTCTTGACGGAAGTTAAATGTAAAATAAA	1601

  CT962501.4	401	TTATTTATGTGACGAAAACATAAACATATGAACTGTGGGTGGGTGTAACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1600	TTATTTATGTGACGAAAACATAAACATATGAACTGTGGGTGGGTGTAACC	1551

  CT962501.4	451	GTCTCAAGAGAGAAAGGGAACAAATTATTTATGATAGGGTAAGAAAAATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1550	GTCTCAAGAGAGAAAGGGAACAAATTATTTATGATAGGGTAAGAAAAATT	1501

  CT962501.4	501	GATCCCAAATTTGCAGTCAAACTGTCATAGTCAACAACGACCACTCACCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1500	GATCCCAAATTTGCAGTCAAACTGTCATAGTCAACAACGACCACTCACCA	1451

  CT962501.4	551	TATATCAAGGCAAAAAAATATAATCATACGATGAAACTGAAGCTCCAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1450	TATATCAAGGCAAAAAAATATAATCATACGATGAAACTGAAGCTCCAAAA	1401

  CT962501.4	601	AACAGCTTCTGCATTGAATCTACCTCAGCTCGGCATGTTAGGAAAAAACT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1400	AACAGCTTCTGCATTGAATCTACCTCAGCTCGGCATGTTAGGAAAAAACT	1351

  CT962501.4	651	ATTTTCAGCTTACAATCAAACATGCATTTAGTCTAGTTTAGACTTTGAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1350	ATTTTCAGCTTACAATCAAACATGCATTTAGTCTAGTTTAGACTTTGAGC	1301

  CT962501.4	701	TATGGAGCTGCAAATATAAATTGTTTTCACAAAAGACAATAGTACATAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1300	TATGGAGCTGCAAATATAAATTGTTTTCACAAAAGACAATAGTACATAAA	1251

  CT962501.4	751	TTTCACTGTGGTACTTTGTACAGCCTGTGTCCTTCAATCTAAATTGTTTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1250	TTTCACTGTGGTACTTTGTACAGCCTGTGTCCTTCAATCTAAATTGTTTC	1201

  CT962501.4	801	ATAAAAGATGTTGAAGCATTTAGCATCGCCCTAATCGTTGAAGCACCTAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1200	ATAAAAGATGTTGAAGCATTTAGCATCGCCCTAATCGTTGAAGCACCTAC	1151

  CT962501.4	851	AAAGACATTAATCATAAATTCATGGATCTCAAGGACCAACAAGACAACAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1150	AAAGACATTAATCATAAATTCATGGATCTCAAGGACCAACAAGACAACAC	1101

  CT962501.4	901	ATTGTTAAGCAGCAACTACATGCCCACCAATACTCTATAACCATATCCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1100	ATTGTTAAGCAGCAACTACATGCCCACCAATACTCTATAACCATATCCCA	1051

  CT962501.4	951	AGCAGAGTTGTGCCAGCAACATTCAATCTAACACTTTCTTTTTAACATTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1050	AGCAGAGTTGTGCCAGCAACATTCAATCTAACACTTTCTTTTTAACATTT	1001

  CT962501.4	1001	ACTTTTTATGAAGTTGAAATATTTGCAAGACTTTATGTTTTTCCATTTTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	1000	ACTTTTTATGAAGTTGAAATATTTGCAAGACTTTATGTTTTTCCATTTTC	951

  CT962501.4	1051	AAAATGGTTTAACCTACATATTTTCCACTTAATGAGTGAGTGCTAAGAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	950	AAAATGGTTTAACCTACATATTTTCCACTTAATGAGTGAGTGCTAAGAAA	901

  CT962501.4	1101	GAAATTATTAGAATGAGTGTTGCCAGCACTCGATTATTTTGAAGCGCGGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	900	GAAATTATTAGAATGAGTGTTGCCAGCACTCGATTATTTTGAAGCGCGGA	851

  CT962501.4	1151	TATGTTTTGACGGGTATGCTTATTATAATTTATAGACAACCTCCATGAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	850	TATGTTTTGACGGGTATGCTTATTATAATTTATAGACAACCTCCATGAGA	801

  CT962501.4	1201	GTGTTCTTACAAACTCAGACTAATAGTAGGCCATTATCTCAACAAGAAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	800	GTGTTCTTACAAACTCAGACTAATAGTAGGCCATTATCTCAACAAGAAAC	751

  CT962501.4	1251	CAGAGTAAACAAGCCATTATATAAAAGATCTTGGGTTTGGTGTTTGTATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	750	CAGAGTAAACAAGCCATTATATAAAAGATCTTGGGTTTGGTGTTTGTATG	701

  CT962501.4	1301	TCACCCTTAATCCTTAATTGGTAGATCATTTAAGTTGTCACCAACATTTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	700	TCACCCTTAATCCTTAATTGGTAGATCATTTAAGTTGTCACCAACATTTG	651

  CT962501.4	1351	TCACGTGTCTTGAATTTGGAGATTTCCCTTCTTAAGCTTCATATTAGACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	650	TCACGTGTCTTGAATTTGGAGATTTCCCTTCTTAAGCTTCATATTAGACT	601

  CT962501.4	1401	AAAAAACTTTCAAAGCAACGAACATCACATAGAAAATAAATTCCATAATC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	600	AAAAAACTTTCAAAGCAACGAACATCACATAGAAAATAAATTCCATAATC	551

  CT962501.4	1451	AAAGGAATTTTATTATTCTCTTTCAATGAATGAAATATGTACAAACTAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	550	AAAGGAATTTTATTATTCTCTTTCAATGAATGAAATATGTACAAACTAAT	501

  CT962501.4	1501	AGGTTGAATAACAGTAAACTGTTGTAATCTCTTTTTGTTGTTTATATGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	500	AGGTTGAATAACAGTAAACTGTTGTAATCTCTTTTTGTTGTTTATATGCC	451

  CT962501.4	1551	CTTTTCCCTTCTTTACTTACTGGCCTCTATCAGTCAGGCAGTAACCCTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	450	CTTTTCCCTTCTTTACTTACTGGCCTCTATCAGTCAGGCAGTAACCCTCA	401

  CT962501.4	1601	AAAACTTCAAAACCATTTTCATGTGGCATATGCACAAGCAGTGTTTGGCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	400	AAAACTTCAAAACCATTTTCATGTGGCATATGCACAAGCAGTGTTTGGCT	351

  CT962501.4	1651	TTTTGATAAATCCTGAGAGCACATCTTCTCACTTGGGCAACTAGTGTCCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	350	TTTTGATAAATCCTGAGAGCACATCTTCTCACTTGGGCAACTAGTGTCCA	301

  CT962501.4	1701	GTTTCATCCAAAACAACCAGAAAGAAAAGAAGCCATCCGCACAGAGAATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	300	GTTTCATCCAAAACAACCAGAAAGAAAAGAAGCCATCCGCACAGAGAATG	251

  CT962501.4	1751	TAGATGAATATCATGAATGCAAGTGAGGTGTCAGAGGCCAAGGACCAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	250	TAGATGAATATCATGAATGCAAGTGAGGTGTCAGAGGCCAAGGACCAAAA	201

  CT962501.4	1801	AAATCACATATCAGAATGCTATCAAATCTCAGTTTAAATTTTTATATTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	200	AAATCACATATCAGAATGCTATCAAATCTCAGTTTAAATTTTTATATTTG	151

  CT962501.4	1851	AAGTGATCGTGTCAATATATTCTTCCCTTTCGGGGATGCCGCTGTAATTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	150	AAGTGATCGTGTCAATATATTCTTCCCTTTCGGGGATGCCGCTGTAATTG	101

  CT962501.4	1901	GAGAACGGATGGATCAGAAATCTGAAAATCATCTCTTCCACCAATCTGGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	100	GAGAACGGATGGATCAGAAATCTGAAAATCATCTCTTCCACCAATCTGGT	51

  CT962501.4	1951	ATTTTAAGCCTTTGGCTCCTATGAACTGATTGTCTTATTCCTGGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT737180.5	50	ATTTTAAGCCTTTGGCTCCTATGAACTGATTGTCTTATTCCTGGAAGCTT	1

Overview

Query
CT962501.4 - 32605 bps
Hit
CT737180.5 - 130239 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link