<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL929206.6	2000	TCACTTGAAACGAATAAACACCGCGTGATTAAAGATTTGTATCCTTGTTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1	TCACTTGAAACGAATAAACACCGCGTGATTAAAGATTTGTATCCTTGTTT	50

C  AL929206.6	1950	TAAAAAAGACAGTTGTAATGAATAAATTGGCATGCGTAAAAACCCGCAAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	51	TAAAAAAGACAGTTGTAATGAATAAATTGGCATGCGTAAAAACCCGCAAA	100

C  AL929206.6	1900	AACACTAAGAAACAATAATGCAAATTACATTAAAACGCACTTGGTCCATA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	101	AACACTAAGAAACAATAATGCAAATTACATTAAAACGCACTTGGTCCATA	150

C  AL929206.6	1850	TGTGCTACCTGTGTCGATGCCTGCACACACCCTGGGTGGGTAGCAGGGCG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	151	TGTGCTACCTGTGTCGATGCCTGCACACACCCTGGGTGGGTAGCAGGGCG	200

C  AL929206.6	1800	CTATCCTGGTTTCTTCGCGGGAGTTTAGATGCTTCAAATTCCATTGGCAC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	201	CTATCCTGGTTTCTTCGCGGGAGTTTAGATGCTTCAAATTCCATTGGCAC	250

C  AL929206.6	1750	CTGTTTCGCGCGCTTGTGATTGTTTACGACCCCTGCGACAAGTGTGGCGC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	251	CTGTTTCGCGCGCTTGTGATTGTTTACGACCCCTGCGACAAGTGTGGCGC	300

C  AL929206.6	1700	GTGACTAGCCCGGTAATCACTTGTCGCTAAACACTTTGCCCACTTCCACC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	301	GTGACTAGCCCGGTAATCACTTGTCGCTAAACACTTTGCCCACTTCCACC	350

C  AL929206.6	1650	TTACTGTGCACTTGTTGCTTAATTCCCGTTAGCGCTTCACTCATTTTTTG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	351	TTACTGTGCACTTGTTGCTTAATTCCCGTTAGCGCTTCACTCATTTTTTG	400

C  AL929206.6	1600	TAAATGCTAGTGTACAATTACACATTCATGATGGTATTTCATCCTACAGT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	401	TAAATGCTAGTGTACAATTACACATTCATGATGGTATTTCATCCTACAGT	450

C  AL929206.6	1550	ACAAATCATAAAAAGTGACACGTTGGCCAATTAATAAAATGGCTAATATA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	451	ACAAATCATAAAAAGTGACACGTTGGCCAATTAATAAAATGGCTAATATA	500

C  AL929206.6	1500	ATGTTGGTTAATATAATATAATATAACAAGCCTAAAATAGTGAAATAAAG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	501	ATGTTGGTTAATATAATATAATATAACAAGCCTAAAATAGTGAAATAAAG	550

C  AL929206.6	1450	TTGTGTATTCAATTTTAAGCTAATTTTAAACTTGGAGTATTTGCTTGCAC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	551	TTGTGTATTCAATTTTAAGCTAATTTTAAACTTGGAGTATTTGCTTGCAC	600

C  AL929206.6	1400	TACTACTTAAGAACAGAAAACAGGTTGAATTGTCTTCGTGTGTGGCATCA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	601	TACTACTTAAGAACAGAAAACAGGTTGAATTGTCTTCGTGTGTGGCATCA	650

C  AL929206.6	1350	CTAATCATATCTTCAGATTCAGCATGTATATATAGTCTAGAGAAGAGGCT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	651	CTAATCATATCTTCAGATTCAGCATGTATATATAGTCTAGAGAAGAGGCT	700

C  AL929206.6	1300	GATTCCATGTGTCGTGTGCCCCACCTTTAACCTAACCCCTAAGATATTTA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	701	GATTCCATGTGTCGTGTGCCCCACCTTTAACCTAACCCCTAAGATATTTA	750

C  AL929206.6	1250	TTTTGACCACAGCTGAGACGAAAGGGCTTCTTGAAACGAGGCCCTTAACC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	751	TTTTGACCACAGCTGAGACGAAAGGGCTTCTTGAAACGAGGCCCTTAACC	800

C  AL929206.6	1200	AGTTGCCAATCATAGCATGAACATGATGGGATTTGCGGTCAAAGGTCTCA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	801	AGTTGCCAATCATAGCATGAACATGATGGGATTTGCGGTCAAAGGTCTCA	850

C  AL929206.6	1150	GGATGTTTTTTTTCCTCCCCGATTGCGTTTAAAGTTTTGAATGCAGAATA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	851	GGATGTTTTTTTTCCTCCCCGATTGCGTTTAAAGTTTTGAATGCAGAATA	900

C  AL929206.6	1100	TAATTTTTATCTGAGATATTTTCAGAGTGGCAGGGGTATTTTTTTCTTTA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	901	TAATTTTTATCTGAGATATTTTCAGAGTGGCAGGGGTATTTTTTTCTTTA	950

C  AL929206.6	1050	CCCCAGTGTCCCCTTCCTCTCTGAGAAAGTTGGAGTCCTCTTTTGTGCGT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	951	CCCCAGTGTCCCCTTCCTCTCTGAGAAAGTTGGAGTCCTCTTTTGTGCGT	1000

C  AL929206.6	1000	CTGTACTCGACCGGAACCTGCTCCGTCCACAGCTGCTCCTGCTTTGTGAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1001	CTGTACTCGACCGGAACCTGCTCCGTCCACAGCTGCTCCTGCTTTGTGAT	1050

C  AL929206.6	950	GGGGAATGCGTCATTTCACCATCTTTCACACACACTAATCTATTTATCCC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1051	GGGGAATGCGTCATTTCACCATCTTTCACACACACTAATCTATTTATCCC	1100

C  AL929206.6	900	CACTTCCCTGTTTTTCCACTTCTCTGTATTCTTCATTCGATTTAAGAATA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1101	CACTTCCCTGTTTTTCCACTTCTCTGTATTCTTCATTCGATTTAAGAATA	1150

C  AL929206.6	850	TTCCGGTAGGCTGTATAAGCTGCCTTTCCCTTTTGGGATTCATAAATTTG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1151	TTCCGGTAGGCTGTATAAGCTGCCTTTCCCTTTTGGGATTCATAAATTTG	1200

C  AL929206.6	800	ACATCACTTGTCATAAGTAAAAAAGAATCTATCCACAGCGTTTCTGAAGA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1201	ACATCACTTGTCATAAGTAAAAAAGAATCTATCCACAGCGTTTCTGAAGA	1250

C  AL929206.6	750	ATTAAGATTTGTTTTACCATATTTAAATTCGACTTGCCATAAAGGTAGGC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1251	ATTAAGATTTGTTTTACCATATTTAAATTCGACTTGCCATAAAGGTAGGC	1300

C  AL929206.6	700	TATATTGAATTTTTGGATGGCTAAAATGACTCAGTTGAACTAAAAGATGA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1301	TATATTGAATTTTTGGATGGCTAAAATGACTCAGTTGAACTAAAAGATGA	1350

C  AL929206.6	650	AAGAAGACGTTAAGATGAAGGTGACTGTCCCGATAATTGTTTAATAACGA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1351	AAGAAGACGTTAAGATGAAGGTGACTGTCCCGATAATTGTTTAATAACGA	1400

C  AL929206.6	600	ATTATAGGGCGGAAGTGAGAGGTGGAAGTGATGCTCCGGTGGGTTAGATA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1401	ATTATAGGGCGGAAGTGAGAGGTGGAAGTGATGCTCCGGTGGGTTAGATA	1450

C  AL929206.6	550	TAAAGGTTTTCATCTCCGTTTCACTATTGTGTTCAGTCTAGACCGCCCGC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1451	TAAAGGTTTTCATCTCCGTTTCACTATTGTGTTCAGTCTAGACCGCCCGC	1500

C  AL929206.6	500	TTTTCTTTCCTTCTGCTGCTCTCATGAAAGGTGAACGTTTAATGACGGTG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1501	TTTTCTTTCCTTCTGCTGCTCTCATGAAAGGTGAACGTTTAATGACGGTG	1550

C  AL929206.6	450	AATAGGGTGGTGGGCATGCAGGCTTTTTAGATCTACCGAGAGTTAAAACA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1551	AATAGGGTGGTGGGCATGCAGGCTTTTTAGATCTACCGAGAGTTAAAACA	1600

C  AL929206.6	400	TGGTTCAGCAAAGATTTTAATAATTACTGGTTTGTTTGGGCCTTATTCAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1601	TGGTTCAGCAAAGATTTTAATAATTACTGGTTTGTTTGGGCCTTATTCAT	1650

C  AL929206.6	350	GCATTTCATTCACTTCAACTTTAAAAAGATTATATTATATTATTTGTAGG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1651	GCATTTCATTCACTTCAACTTTAAAAAGATTATATTATATTATTTGTAGG	1700

C  AL929206.6	300	TGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTCAACACTACCCACAATATAAAAAAATTAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1701	TGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTCAACACTACCCACAATATAAAAAAATTAT	1750

C  AL929206.6	250	ATAAACAGCATGACTGCATATGATTTTAGTTTATTGTAACTTATTAAATT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1751	ATAAACAGCATGACTGCATATGATTTTAGTTTATTGTAACTTATTAAATT	1800

C  AL929206.6	200	AGATTAATCGTGTTCTAACTTAATTTATAAGTTATGCAAGCAGTTTTAAG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1801	AGATTAATCGTGTTCTAACTTAATTTATAAGTTATGCAAGCAGTTTTAAG	1850

C  AL929206.6	150	TTAGTTTAACATAAGTTCAATGGATTCATAAGCTTATGAAAATGTACCTA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1851	TTAGTTTAACATAAGTTCAATGGATTCATAAGCTTATGAAAATGTACCTA	1900

C  AL929206.6	100	TTCTTTTCTTTCTTTCTATGAGTCAAGTAACAGTTTTTTTTTATTGAATA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1901	TTCTTTTCTTTCTTTCTATGAGTCAAGTAACAGTTTTTTTTTATTGAATA	1950

C  AL929206.6	50	GAGACATAATGAATATTATATAACATATGCTCTGGAATTAGGCAGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573478.17	1951	GAGACATAATGAATATTATATAACATATGCTCTGGAATTAGGCAGAATTC	2000

Overview

Query
AL929206.6 - 153126 bps
Hit
CT573478.17 - 123273 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001948200012000-1120001
280.0790274139359139632-1562258971
379.81120322145586145907173296736121
481.75551395470054838-184269844051
598.984499118834118932192652927491
698.9948100118832118931-192652927501
71003436125220125255195722957571
894.174710311883211893411011461012481
994.1749103118832118934-11011471012491
1081.0195304735167381911014071017011
1110035357739777431-11025201025541
1298.463265118834118898-11091671092311
13100346211883211889311091701092311
14100336112307312313311091721092321
1510031575874758803-11091761092321
1694.79429611883311892811093461094411
1794.794296118833118928-11093461094411
1890921432550625648-11094671096061
1978.26320713946213966811127601129701
2083.06192516391143962911214451219751
2179.681064407251672955-11214471218941
Short-link