<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956640.5	1	GATCCTCAACCCAATGAGCGAGGCCAGGGATTGAACCCGCAACCTCATGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	43575	GATCCTCAACCCAATGAGCGAGGCCAGGGATTGAACCCGCAACCTCATGG	43624

CR956640.5	51	TTCCTAGTCAGATTCGTTAACCACTGAGCCACGACAAGACCTCCAAAGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	43625	TTCCTAGTCAGATTCGTTAACCACTGAGCCACGACAAGACCTCCAAAGTT	43674

CR956640.5	101	CCCTCTTTCTGTAACATGAAGAAATCCTGCTTTGCTGAGACCCTTTGCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	43675	CCCTCTTTCTGTAACATGAAGAAATCCTGCTTTGCTGAGACCCTTTGCTC	43724

CR956640.5	151	TGATCCATACCATGCTCGTTTTTGTGTATCCAAACCAAGAATCAAAAGCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	43725	TGATCCATACCATGCTCGTTTTTGTGTATCCAAACCAAGAATCAAAAGCC	43774

CR956640.5	201	TTTCATTTCACAAGATTCCACCCTGAGGAAAAGCAATTACGATTTCTGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	43775	TTTCATTTCACAAGATTCCACCCTGAGGAAAAGCAATTACGATTTCTGTT	43824

CR956640.5	251	TTTTCCTTTTACCTACACAAGGTATTGTGACCATAGAGACAACACACGTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	43825	TTTTCCTTTTACCTACACAAGGTATTGTGACCATAGAGACAACACACGTC	43874

CR956640.5	301	CTGTCTTTTTTTAAGAAGTCAGAGGATAGAGCGGAGAAGGAAAAAAAGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	43875	CTGTCTTTTTTTAAGAAGTCAGAGGATAGAGCGGAGAAGGAAAAAAAGAG	43924

CR956640.5	351	TCAGTACGCCAGGTACTGAGGCCGCACAGACAGGGCTGGAAAAACTAGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	43925	TCAGTACGCCAGGTACTGAGGCCGCACAGACAGGGCTGGAAAAACTAGGA	43974

CR956640.5	401	ACGTTTTTCTTCTCATTCACCTTTCCTCCCTGTTGACAAATTTCAGAGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	43975	ACGTTTTTCTTCTCATTCACCTTTCCTCCCTGTTGACAAATTTCAGAGAC	44024

CR956640.5	451	ATTTTGGCCCCAAGCATTTGTATTTACTGTTCCCTCTCCTTAGAATGCTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44025	ATTTTGGCCCCAAGCATTTGTATTTACTGTTCCCTCTCCTTAGAATGCTT	44074

CR956640.5	501	TGCCTGCAGGAAGCAGCATGGCTCACCCCATACGCCACGCAGATCTCTGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44075	TGCCTGCAGGAAGCAGCATGGCTCACCCCATACGCCACGCAGATCTCTGA	44124

CR956640.5	551	TCAGAGGTCCCCACTTTGGGACATTCCCAGGGTTCCCTGGCTCCCAGCGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44125	TCAGAGGTCCCCACTTTGGGACATTCCCAGGGTTCCCTGGCTCCCAGCGT	44174

CR956640.5	601	TGGATTGCGCCTCATCCGTGACATCCATTCTGCATCCTCTCCCATTGTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44175	TGGATTGCGCCTCATCCGTGACATCCATTCTGCATCCTCTCCCATTGTGA	44224

CR956640.5	651	CCTGTCGCCCTACATATGTCAGTGTTTACTTGGCTGGGGTCTCTTTCCCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44225	CCTGTCGCCCTACATATGTCAGTGTTTACTTGGCTGGGGTCTCTTTCCCC	44274

CR956640.5	701	ACTCACATGTCAGCTCCCTCAGGGCATCTTCTTCCTATTCACGGCGGCAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44275	ACTCACATGTCAGCTCCCTCAGGGCATCTTCTTCCTATTCACGGCGGCAT	44324

CR956640.5	751	CCCCGGCACCCAGAACAGTGCCTGGTACATAGAAGATGCCCCGTAAATAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44325	CCCCGGCACCCAGAACAGTGCCTGGTACATAGAAGATGCCCCGTAAATAT	44374

CR956640.5	801	CTACTGGATGAATGAATGAACGTGTAAATGAATGACACAGAAGCTAGTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44375	CTACTGGATGAATGAATGAACGTGTAAATGAATGACACAGAAGCTAGTTT	44424

CR956640.5	851	CCCACAGGTGTACGAGACAAGGGGTAATATCTTGCACAGACGGTAGGCAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44425	CCCACAGGTGTACGAGACAAGGGGTAATATCTTGCACAGACGGTAGGCAT	44474

CR956640.5	901	TTCTACACACTGGGTGGTATTCCAGCTCATCTCTATTATTTCCCCAAGTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44475	TTCTACACACTGGGTGGTATTCCAGCTCATCTCTATTATTTCCCCAAGTA	44524

CR956640.5	951	CCATGGAGAGACCTCTGAGAAGCCTCTGCTCTGAAATAAAATTATAGGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44525	CCATGGAGAGACCTCTGAGAAGCCTCTGCTCTGAAATAAAATTATAGGGA	44574

CR956640.5	1001	AAACCAGTCATTTCATTCAAACGTACTCATGCTTCTGCAGAATAATTCAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44575	AAACCAGTCATTTCATTCAAACGTACTCATGCTTCTGCAGAATAATTCAC	44624

CR956640.5	1051	TGTGAAAAGACATGGAAAGATATGAGTCCTATGAGTCCCTATTGTCAGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44625	TGTGAAAAGACATGGAAAGATATGAGTCCTATGAGTCCCTATTGTCAGCA	44674

CR956640.5	1101	TCCTTTTTTCCTTTAAGTATTTTTTTTTTTTTGGCCACCCCTGTAGTATG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44675	TCCTTTTTTCCTTTAAGTATTTTTTTTTTTTTGGCCACCCCTGTAGTATG	44724

CR956640.5	1151	TGGGCATGTGGGATTGAACCCACGCCACAGCAGCGACCCCGCAGGCGCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44725	TGGGCATGTGGGATTGAACCCACGCCACAGCAGCGACCCCGCAGGCGCTG	44774

CR956640.5	1201	TAGTGACAACAGATCCTTAAACCTGAAGGACCACAAGGAGAACTCCTAAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44775	TAGTGACAACAGATCCTTAAACCTGAAGGACCACAAGGAGAACTCCTAAG	44824

CR956640.5	1251	TGTTTAAACGTCAAGTCTCCTCTGCTTGTCTTGCCCTTTCATCCATCAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44825	TGTTTAAACGTCAAGTCTCCTCTGCTTGTCTTGCCCTTTCATCCATCAGG	44874

CR956640.5	1301	TTGGGAGCCCCCCAAGGAAGCTCTGGGGGAGCTGGGGACCTGGCTTCAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44875	TTGGGAGCCCCCCAAGGAAGCTCTGGGGGAGCTGGGGACCTGGCTTCAGG	44924

CR956640.5	1351	ACAGGGCTGCGTGTCTGGGGGTGGATGTGTTTCCCTAAGTCCTGCGAGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44925	ACAGGGCTGCGTGTCTGGGGGTGGATGTGTTTCCCTAAGTCCTGCGAGCT	44974

CR956640.5	1401	ATTCTAGCAAATTATCAGACCCAAAGAGGGGGAGTTCTCAGTGTGGCTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	44975	ATTCTAGCAAATTATCAGACCCAAAGAGGGGGAGTTCTCAGTGTGGCTCA	45024

CR956640.5	1451	GCAGGCTAAGAACCCGTCCAGTATCTGTGAGGATGTCAGTTCGATCCCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45025	GCAGGCTAAGAACCCGTCCAGTATCTGTGAGGATGTCAGTTCGATCCCTG	45074

CR956640.5	1501	GCCTCGCTCAGTGGGTTAAGGATCCCGTGTTGCCGTGGGCTGCAGTGTAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45075	GCCTCGCTCAGTGGGTTAAGGATCCCGTGTTGCCGTGGGCTGCAGTGTAG	45124

CR956640.5	1551	GTCGCAGACAAGGCTCAGATCTGGTGTTGCTGTGGCTCTGACTGGACCCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45125	GTCGCAGACAAGGCTCAGATCTGGTGTTGCTGTGGCTCTGACTGGACCCC	45174

CR956640.5	1601	TAGCCTGGGAACCTCCATATGCTGTGGGTGCAGCCCTAAAAAGACGAAGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45175	TAGCCTGGGAACCTCCATATGCTGTGGGTGCAGCCCTAAAAAGACGAAGG	45224

CR956640.5	1651	AAGGACGGAAGGGAGGGAGGGGGGAGGGAGAAGGGAGGAAAGAGGAGAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45225	AAGGACGGAAGGGAGGGAGGGGGGAGGGAGAAGGGAGGAAAGAGGAGAGA	45274

CR956640.5	1701	GAGAGAGAGGGAGGAAGGCAGTCCCAAAGAGGGGAGTCACAGGAACCCTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45275	GAGAGAGAGGGAGGAAGGCAGTCCCAAAGAGGGGAGTCACAGGAACCCTG	45324

CR956640.5	1751	ATTTATAGCCAGTCGGTCAGAAGTACAGGTAACAACCTGGGACTTGCACC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45325	ATTTATAGCCAGTCGGTCAGAAGTACAGGTAACAACCTGGGACTTGCACC	45374

CR956640.5	1801	TGCCATCCCAAGAGGGGCTGGCCTTGTGGGACTGCGCCCTGAACTTGTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45375	TGCCATCCCAAGAGGGGCTGGCCTTGTGGGACTGCGCCCTGAACTTGTGG	45424

CR956640.5	1851	GATTGGACACAGACCCCAGGTAGACAGCATCAGAACGGAACTGATTTCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45425	GATTGGACACAGACCCCAGGTAGACAGCATCAGAACGGAACTGATTTCTC	45474

CR956640.5	1901	GGACAGCCAGTTAGCATCAGAGAATTGGTTGATGGGGGGGTGTCGACCGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45475	GGACAGCCAGTTAGCATCAGAGAATTGGTTGATGGGGGGGTGTCGACCGC	45524

CR956640.5	1951	TACTCTTCTGGAGACAGTGTGAGTAGCAGAAGAGAAACAAAATGTTTTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573419.4	45525	TACTCTTCTGGAGACAGTGTGAGTAGCAGAAGAGAAACAAAATGTTTTTT	45574

Overview

Query
CR956640.5 - 182043 bps
Hit
CT573419.4 - 45574 bps
Total alignments
31
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11002000200012000143575455741
282.19118265143617143881-11844471
382.24118262711827144311844421
484.911120914870714891511853961
582.35111238794407967711894261
689.01121182846508483112143951
786.811342319653896768110999112331
885.24112208116133116340-111027112361
985.31112073496335169111027112371
1088.52134208100773100980111028112361
1182.891272633016230424-116794170561
1280.22109279164036164314-116796170731
1386.37124222116159116380125484257031
1483.561052219206092280125485257031
1584.651132181197912196-125490257041
1685.05114217102242102458-125490257031
1782.881052231198012202-132191324121
1881.64111256109828110083139089393441
1983.21122259158648158906139089393441
2083.541212445953659779139090393321
2181.5109257102578102834-139091393441
2285119221159749159969139091393101
2384.97105193102268102460139116393081
2485.95132238100773101010-141809420431
2588.231712713492335193-141813420841
2688.3167266116115116380141820420841
2787.121582679652396789-141821420841
2891.91822491198012228-141838420841
2983.951222457119271436-143416436581
3084.98134255158650158904-143416436681
3184.43125246102580102825143416436591
Short-link