<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 5127 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR354584.8	5127	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	5078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38428	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	38477

C  CR354584.8	5077	TATATATATATATATATATATATATAATATTTTTATATATATTTCATAAA	5028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38478	TATATATATATATATATATATATATAATATTTTTATATATATTTCATAAA	38527

C  CR354584.8	5027	TTGAATAATGCGGGGCCGGCTGCAAGTAATTATTAGCACATGATCCTCTC	4978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38528	TTGAATAATGCGGGGCCGGCTGCAAGTAATTATTAGCACATGATCCTCTC	38577

C  CR354584.8	4977	AAAATTAGTTTATAAATAAACTTTACAAAGATTCAAATACTACATACTGG	4928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38578	AAAATTAGTTTATAAATAAACTTTACAAAGATTCAAATACTACATACTGG	38627

C  CR354584.8	4927	AATCATTTTTTTTTTCTTAAAAGAGAAAATAACTTTATTAGTTGTGCACT	4878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38628	AATCATTTTTTTTTTCTTAAAAGAGAAAATAACTTTATTAGTTGTGCACT	38677

C  CR354584.8	4877	TTGGTCTGTTAAACTTTGCAGACCCATTATGTAAAAAGAAAATTATAATG	4828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38678	TTGGTCTGTTAAACTTTGCAGACCCATTATGTAAAAAGAAAATTATAATG	38727

C  CR354584.8	4827	GGAGCATCTATAAATTTGAATGATAAAATTCCCATACAAAAATATGATTG	4778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38728	GGAGCATCTATAAATTTGAATGATAAAATTCCCATACAAAAATATGATTG	38777

C  CR354584.8	4777	TCAATATATGCAAAAGTCATATATAGCATTTTAGATTTATAAAATATGTC	4728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38778	TCAATATATGCAAAAGTCATATATAGCATTTTAGATTTATAAAATATGTC	38827

C  CR354584.8	4727	ATTTATAAAAACACTTGAATTACAAGAAAGATAAAAAATTATCACTTTTG	4678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38828	ATTTATAAAAACACTTGAATTACAAGAAAGATAAAAAATTATCACTTTTG	38877

C  CR354584.8	4677	TATATCTTTCCATCACTGAAATTGGAATTTTCGCTGGAAGTATATAAGCT	4628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38878	TATATCTTTCCATCACTGAAATTGGAATTTTCGCTGGAAGTATATAAGCT	38927

C  CR354584.8	4627	ATAATGTTATTGTCACAGCCAAGCCAGATTCTCCTCACTCCCAATCACAA	4578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38928	ATAATGTTATTGTCACAGCCAAGCCAGATTCTCCTCACTCCCAATCACAA	38977

C  CR354584.8	4577	ATATTACCGCTCACAGTCACCCCAAGCAGCACAATCTCCATTACCTGAGT	4528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	38978	ATATTACCGCTCACAGTCACCCCAAGCAGCACAATCTCCATTACCTGAGT	39027

C  CR354584.8	4527	ACTAATCACTCCCACACCTGCATGAAACCATCTGTCGTCACGCCAGCCCC	4478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39028	ACTAATCACTCCCACACCTGCATGAAACCATCTGTCGTCACGCCAGCCCC	39077

C  CR354584.8	4477	ATAAAACTCTGCACTCTGCTTTATTTAGTGTCCGCCTCATCGCACTTGAG	4428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39078	ATAAAACTCTGCACTCTGCTTTATTTAGTGTCCGCCTCATCGCACTTGAG	39127

C  CR354584.8	4427	AAGGACAAACTTCCTATTAGCTATCTGTACCTTATCTGGTCCAGTTTATC	4378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39128	AAGGACAAACTTCCTATTAGCTATCTGTACCTTATCTGGTCCAGTTTATC	39177

C  CR354584.8	4377	TATAGTGTCTTCATCTCTCCTCCTAATGTGGTTTCCCTCCTTATTGTGAT	4328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39178	TATAGTGTCTTCATCTCTCCTCCTAATGTGGTTTCCCTCCTTATTGTGAT	39227

C  CR354584.8	4327	TGTGTGTCTTCCGATCTCTTGTGTGTCCATTCAACACCTTCCGTGTCTGG	4278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39228	TGTGTGTCTTCCGATCTCTTGTGTGTCCATTCAACACCTTCCGTGTCTGG	39277

C  CR354584.8	4277	TTCATTCCATCCACCTGCAAGATAAAGACTTTACCTGTTGCCATATTTAC	4228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39278	TTCATTCCATCCACCTGCAAGATAAAGACTTTACCTGTTGCCATATTTAC	39327

C  CR354584.8	4227	CTGAATACTCTACATTATATTACAATAAACTGTCATTTATATTCACAGTT	4178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39328	CTGAATACTCTACATTATATTACAATAAACTGTCATTTATATTCACAGTT	39377

C  CR354584.8	4177	CTGGTCTCAGGGGAGCCTTCTTGTGACCGTTATATATGTTTATCCATGGC	4128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39378	CTGGTCTCAGGGGAGCCTTCTTGTGACCGTTATATATGTTTATCCATGGC	39427

C  CR354584.8	4127	CATATATGAACATATACTGTATAAACATATATAATTATAGCCAGGGCCAG	4078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39428	CATATATGAACATATACTGTATAAACATATATAATTATAGCCAGGGCCAG	39477

C  CR354584.8	4077	ACGGAATTTGCGGACGTTTTTTGCTATTTCTGCAGAGAATTTTGGTAAAA	4028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39478	ACGGAATTTGCGGACGTTTTTTGCTATTTCTGCAGAGAATTTTGGTAAAA	39527

C  CR354584.8	4027	ATCTGCGGATTTCTGCGGAATTATTTTGGGAGTATCCAGTGGAGTATCAT	3978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39528	ATCTGCGGATTTCTGCGGAATTATTTTGGGAGTATCCAGTGGAGTATCAT	39577

C  CR354584.8	3977	AACTAAAAACTTAAAATATTAAATAAAAAGTAATAAATTACTGAATAAAA	3928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39578	AACTAAAAACTTAAAATATTAAATAAAAAGTAATAAATTACTGAATAAAA	39627

C  CR354584.8	3927	ACTGAATAAATTCAGATTTACACATTTAGCAAATAAACAAAATTAATAAT	3878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39628	ACTGAATAAATTCAGATTTACACATTTAGCAAATAAACAAAATTAATAAT	39677

C  CR354584.8	3877	GGGCTAAAAATCTGCAGATATATTTTGAAACATGTTGCATATTATGACAT	3828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39678	GGGCTAAAAATCTGCAGATATATTTTGAAACATGTTGCATATTATGACAT	39727

C  CR354584.8	3827	GAACAGTATTTTATGTAAAATCTAAATGTGAACTTGTATGTCATACATGT	3778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39728	GAACAGTATTTTATGTAAAATCTAAATGTGAACTTGTATGTCATACATGT	39777

C  CR354584.8	3777	AATTTGCATATATTTCCATGTATCATATTTCTAAATGGGCTGGTGCATTA	3728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39778	AATTTGCATATATTTCCATGTATCATATTTCTAAATGGGCTGGTGCATTA	39827

C  CR354584.8	3727	AAATCTCCAAAAAGCTCTAACCCCAGTCAAACATTAAAAAGTAAAGCGTG	3678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39828	AAATCTCCAAAAAGCTCTAACCCCAGTCAAACATTAAAAAGTAAAGCGTG	39877

C  CR354584.8	3677	TTTTACCTATTAAAAAGTAAAGCGTGTTTTATCTATCAGGCTAAACTTAT	3628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39878	TTTTACCTATTAAAAAGTAAAGCGTGTTTTATCTATCAGGCTAAACTTAT	39927

C  CR354584.8	3627	GCAATTCATGCACACCTGGGTTGAAGTATTCTCATATAAGCATGGGACTT	3578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39928	GCAATTCATGCACACCTGGGTTGAAGTATTCTCATATAAGCATGGGACTT	39977

C  CR354584.8	3577	TTGATTCTTTCCATGAGTGTCCCTGCTGAACAATGAAGAGCAAAAAAAGC	3528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	39978	TTGATTCTTTCCATGAGTGTCCCTGCTGAACAATGAAGAGCAAAAAAAGC	40027

C  CR354584.8	3527	TTTAACAGTGTAGACTGAAAATACATATAATGTGAGTTATCATGATAATG	3478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40028	TTTAACAGTGTAGACTGAAAATACATATAATGTGAGTTATCATGATAATG	40077

C  CR354584.8	3477	TGAGACATAGCGCATTGTGAAATCCAGCAGTGATACTGAAATCCATGATT	3428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40078	TGAGACATAGCGCATTGTGAAATCCAGCAGTGATACTGAAATCCATGATT	40127

C  CR354584.8	3427	CAGATCACATCTTAAACAGCATGCAGAGGCCAAAGGCAAGATTGTGTGCC	3378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40128	CAGATCACATCTTAAACAGCATGCAGAGGCCAAAGGCAAGATTGTGTGCC	40177

C  CR354584.8	3377	ATATACAATATCCTATCCAGAGTTAAAGCAAAGGATCAGCATGCTGGGCA	3328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40178	ATATACAATATCCTATCCAGAGTTAAAGCAAAGGATCAGCATGCTGGGCA	40227

C  CR354584.8	3327	GAAATTCCTAGCATATTGGCATCTGGAGGGGCTGAGATTTTTCATAATTT	3278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40228	GAAATTCCTAGCATATTGGCATCTGGAGGGGCTGAGATTTTTCATAATTT	40277

C  CR354584.8	3277	CAGATATCATCAGACCTTCTGGTTTAGAAGAGGCCACAGACACGTGAATA	3228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40278	CAGATATCATCAGACCTTCTGGTTTAGAAGAGGCCACAGACACGTGAATA	40327

C  CR354584.8	3227	TAATTAATCCCCTCAAAAAATAGTTTTAGTGATAATTGAAGAGAATTATT	3178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40328	TAATTAATCCCCTCAAAAAATAGTTTTAGTGATAATTGAAGAGAATTATT	40377

C  CR354584.8	3177	GAATAAAGTGTGTAAATACTATGTCAAAAAGCCCAATTCACATTAAAATC	3128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40378	GAATAAAGTGTGTAAATACTATGTCAAAAAGCCCAATTCACATTAAAATC	40427

C  CR354584.8	3127	AACATTTACAGGTCAAAACTGACAATCATTATTTACTCAACCTCCTGTCA	3078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40428	AACATTTACAGGTCAAAACTGACAATCATTATTTACTCAACCTCCTGTCA	40477

C  CR354584.8	3077	ATTAAATATCATATTGTTGTTCCTGTGGAAAATACATTTTCAAAACCCTC	3028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40478	ATTAAATATCATATTGTTGTTCCTGTGGAAAATACATTTTCAAAACCCTC	40527

C  CR354584.8	3027	ATGTTATTACCCACATTATCACCCACTGTTATGTTAAGTTCATTTAAAAA	2978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40528	ATGTTATTACCCACATTATCACCCACTGTTATGTTAAGTTCATTTAAAAA	40577

C  CR354584.8	2977	TAAAAAAAACTTATCATTAAACTATGAGGGCAATAAATAAATGAAATAAT	2928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40578	TAAAAAAAACTTATCATTAAACTATGAGGGCAATAAATAAATGAAATAAT	40627

C  CR354584.8	2927	TGTTCATTAATCGTAATCAAGTTCAAATGTTCAATAAATTGAGATTTTGA	2878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40628	TGTTCATTAATCGTAATCAAGTTCAAATGTTCAATAAATTGAGATTTTGA	40677

C  CR354584.8	2877	TTTTAGGCCACATCGCCCAGCACTATCCCATATACTTGCTATAGAAGCCT	2828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40678	TTTTAGGCCACATCGCCCAGCACTATCCCATATACTTGCTATAGAAGCCT	40727

C  CR354584.8	2827	AAGGAAACATAAACATGGACATAAACAGAATTCAGTAGTGCTATTGCAAG	2778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40728	AAGGAAACATAAACATGGACATAAACAGAATTCAGTAGTGCTATTGCAAG	40777

C  CR354584.8	2777	TAAATGAATGTTTGCTTTCTGAAACAGGTAAACAGAGAAAGACGAGTAAG	2728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40778	TAAATGAATGTTTGCTTTCTGAAACAGGTAAACAGAGAAAGACGAGTAAG	40827

C  CR354584.8	2727	AAGGAAAGCTTCCCATCTTCTTCTCCAAATTTCTGAGTGTGTTTGTCAAA	2678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40828	AAGGAAAGCTTCCCATCTTCTTCTCCAAATTTCTGAGTGTGTTTGTCAAA	40877

C  CR354584.8	2677	TTTTAACCTGTGTCCTTCCTGTTGAACTGTCTGAACTGATTTGATGTGAA	2628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40878	TTTTAACCTGTGTCCTTCCTGTTGAACTGTCTGAACTGATTTGATGTGAA	40927

C  CR354584.8	2627	TTAGAAGTGGCTGCTCATGACTGCGCATGGTGTGTTGACTTGTGTGTGTT	2578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40928	TTAGAAGTGGCTGCTCATGACTGCGCATGGTGTGTTGACTTGTGTGTGTT	40977

C  CR354584.8	2577	TGTGTGTTGATGTGTGTGTCTTTGTAATTCTTGAGACGTCTCTCCCGCAT	2528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	40978	TGTGTGTTGATGTGTGTGTCTTTGTAATTCTTGAGACGTCTCTCCCGCAT	41027

C  CR354584.8	2527	GGTTGGGTCTTAGTGGGTGTGCGCTGACATTTGAGTCCTCCTGGCCCCCC	2478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41028	GGTTGGGTCTTAGTGGGTGTGCGCTGACATTTGAGTCCTCCTGGCCCCCC	41077

C  CR354584.8	2477	ATCAGCGGGACTCAAGGCTCTCCTGGTCCTCTGAGGCTAACAGACAAAAC	2428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41078	ATCAGCGGGACTCAAGGCTCTCCTGGTCCTCTGAGGCTAACAGACAAAAC	41127

C  CR354584.8	2427	TACACTATTACTACTATTTTCTTTGGGCTATCTCTGGCCCTGCAGTTGCC	2378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41128	TACACTATTACTACTATTTTCTTTGGGCTATCTCTGGCCCTGCAGTTGCC	41177

C  CR354584.8	2377	ATTTGTGTAAAATGCTGTACTTGACTTTAGATCTAATAATGCAAATTTAT	2328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41178	ATTTGTGTAAAATGCTGTACTTGACTTTAGATCTAATAATGCAAATTTAT	41227

C  CR354584.8	2327	TAGGGCTCTTGTAATGAATAACAGATCATATTTCTCATTAAAATGGTAAA	2278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41228	TAGGGCTCTTGTAATGAATAACAGATCATATTTCTCATTAAAATGGTAAA	41277

C  CR354584.8	2277	TACACTATTAGATACTTTATTGTATTTTTGTAATAACTTACTGGCAGCAA	2228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41278	TACACTATTAGATACTTTATTGTATTTTTGTAATAACTTACTGGCAGCAA	41327

C  CR354584.8	2227	TGTTGTCAGCAAGTTACCCCAACAAACTAAGCCAACTTCATTTTAATTGC	2178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41328	TGTTGTCAGCAAGTTACCCCAACAAACTAAGCCAACTTCATTTTAATTGC	41377

C  CR354584.8	2177	AAGGAAAAAAGAGATGATGACAAATGGGCGAGCAGCAAGATGGGACCAAC	2128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41378	AAGGAAAAAAGAGATGATGACAAATGGGCGAGCAGCAAGATGGGACCAAC	41427

C  CR354584.8	2127	TGTTGTGTAACAAGTATAAATGCTTAAAAATATAAGTCGTGAGTTACGGC	2078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41428	TGTTGTGTAACAAGTATAAATGCTTAAAAATATAAGTCGTGAGTTACGGC	41477

C  CR354584.8	2077	TGGGCAGTGTATATGGTGTAGAGTGTACTGTAAAAGAAAATTTATTCTGT	2028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41478	TGGGCAGTGTATATGGTGTAGAGTGTACTGTAAAAGAAAATTTATTCTGT	41527

C  CR354584.8	2027	GTATATGACGAAATGTTAATAAGTGGGCGTGGCCAACTCATGTGCAACAT	1978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41528	GTATATGACGAAATGTTAATAAGTGGGCGTGGCCAACTCATGTGCAACAT	41577

C  CR354584.8	1977	GTTGCCAATTGTTTTGTAGTTTATCCTTTACATTAGCGAGCAATTAGTTT	1928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41578	GTTGCCAATTGTTTTGTAGTTTATCCTTTACATTAGCGAGCAATTAGTTT	41627

C  CR354584.8	1927	CAACATTTACAAAGGAATTGTATTTGTTTATATTTTAGTATTTCTGAAAA	1878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41628	CAACATTTACAAAGGAATTGTATTTGTTTATATTTTAGTATTTCTGAAAA	41677

C  CR354584.8	1877	AGACAAAACAGTTTGATATTTCATTTAAGTATTTACATATTTAATTTTTT	1828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41678	AGACAAAACAGTTTGATATTTCATTTAAGTATTTACATATTTAATTTTTT	41727

C  CR354584.8	1827	TCCTTTTAATACAAAATTATCAAATAAGATCAAGTAATTTTCTTTTCTTA	1778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41728	TCCTTTTAATACAAAATTATCAAATAAGATCAAGTAATTTTCTTTTCTTA	41777

C  CR354584.8	1777	AGCATTCAAGTTTAATTGTTATCTAAAGCTCTTTTGTAATTTTTAACTAT	1728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41778	AGCATTCAAGTTTAATTGTTATCTAAAGCTCTTTTGTAATTTTTAACTAT	41827

C  CR354584.8	1727	TTTTACTTTTTGTAAATTTTTTAAAAATCTTAAAATAACTACCTTTGTTT	1678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41828	TTTTACTTTTTGTAAATTTTTTAAAAATCTTAAAATAACTACCTTTGTTT	41877

C  CR354584.8	1677	TAAAAAAAATGCTTAAAAATTGTTACCATGAAATAAACATTCTTTTGCCG	1628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41878	TAAAAAAAATGCTTAAAAATTGTTACCATGAAATAAACATTCTTTTGCCG	41927

C  CR354584.8	1627	TGAAATCAATTTTTTTATTCATACCACTCATCCTTATCATGGTTATATTT	1578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41928	TGAAATCAATTTTTTTATTCATACCACTCATCCTTATCATGGTTATATTT	41977

C  CR354584.8	1577	ATATATATATTTATTATAAATAATAGTAATATTAACAATAATAAAATGTA	1528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	41978	ATATATATATTTATTATAAATAATAGTAATATTAACAATAATAAAATGTA	42027

C  CR354584.8	1527	TATTTACAATAAGAATTTATTATTACTATTTATTATGACTACAAATGAGA	1478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42028	TATTTACAATAAGAATTTATTATTACTATTTATTATGACTACAAATGAGA	42077

C  CR354584.8	1477	AAACCGAACAATGAAACTTTTTGTCATTTTCATTTTAATGTTGTTAAGTG	1428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42078	AAACCGAACAATGAAACTTTTTGTCATTTTCATTTTAATGTTGTTAAGTG	42127

C  CR354584.8	1427	CTTTTGTTACATTTAATACTTTAATTTGGGTTTATATTGTATTTGTTAAT	1378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42128	CTTTTGTTACATTTAATACTTTAATTTGGGTTTATATTGTATTTGTTAAT	42177

C  CR354584.8	1377	TTTTTTTATTGATCATTATACTTATTTACATTTTACTTTTAGTATATTTA	1328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42178	TTTTTTTATTGATCATTATACTTATTTACATTTTACTTTTAGTATATTTA	42227

C  CR354584.8	1327	ATACTTTAACTAACTTACTTACTCCCAGGGCTGTCTATATCGATGTTGAT	1278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42228	ATACTTTAACTAACTTACTTACTCCCAGGGCTGTCTATATCGATGTTGAT	42277

C  CR354584.8	1277	ATTTAGAAATGTTGGTGTTTTGTAACATCAAATTTTTACGAGGTGGGTTG	1228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42278	ATTTAGAAATGTTGGTGTTTTGTAACATCAAATTTTTACGAGGTGGGTTG	42327

C  CR354584.8	1227	TAAGCCCAATGCTCAACCCCCAACCCCCAACCTGGAGGACTATGGCATAC	1178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42328	TAAGCCCAATGCTCAACCCCCAACCCCCAACCTGGAGGACTATGGCATAC	42377

C  CR354584.8	1177	ACAAATACAATACAAACAATTTACCCATTTACCAATATAGCACTTCTTTG	1128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42378	ACAAATACAATACAAACAATTTACCCATTTACCAATATAGCACTTCTTTG	42427

C  CR354584.8	1127	GACTTGTGGGGAAAACTGTAGCACCTGGAGGAAACCCAAGCGAACGTGGA	1078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42428	GACTTGTGGGGAAAACTGTAGCACCTGGAGGAAACCCAAGCGAACGTGGA	42477

C  CR354584.8	1077	GAGAACTCGCAAACTCCACACAGAAATGCCAGTGACCCAGCAGGGGCTCA	1028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42478	GAGAACTCGCAAACTCCACACAGAAATGCCAGTGACCCAGCAGGGGCTCA	42527

C  CR354584.8	1027	AACCAGCGACCTTCTTGCCGTGAAGCAACAGTGCTAACCACTGAGCCACC	978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42528	AACCAGCGACCTTCTTGCCGTGAAGCAACAGTGCTAACCACTGAGCCACC	42577

C  CR354584.8	977	ATGTCGCCAATACTTTATAAATTTAATTTAGTTTAATTTACTTTTTTATT	928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42578	ATGTCGCCAATACTTTATAAATTTAATTTAGTTTAATTTACTTTTTTATT	42627

C  CR354584.8	927	TCATTTTAATCTTAGACGAACTGCAAGAAAAATGTTAGTACATCATGAAA	878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42628	TCATTTTAATCTTAGACGAACTGCAAGAAAAATGTTAGTACATCATGAAA	42677

C  CR354584.8	877	ATTTATTAACATTTTTTGCTGTAAAGTTTTCATTAAAATTTGAAACACAG	828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42678	ATTTATTAACATTTTTTGCTGTAAAGTTTTCATTAAAATTTGAAACACAG	42727

C  CR354584.8	827	TAAGCATATAAACACGCAACTGCATGAAAAAAATTGCAGTTCTAATTTTG	778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42728	TAAGCATATAAACACGCAACTGCATGAAAAAAATTGCAGTTCTAATTTTG	42777

C  CR354584.8	777	AGAAAATAGCCAGGATTCTTAAAAAAAAGTCAGAATTCTGATACATAAAA	728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42778	AGAAAATAGCCAGGATTCTTAAAAAAAAGTCAGAATTCTGATACATAAAA	42827

C  CR354584.8	727	CTTTAGAAACTTAGAAAGTTGTCTGAAAAAGAGAGAAAAAATGTTTTACC	678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42828	CTTTAGAAACTTAGAAAGTTGTCTGAAAAAGAGAGAAAAAATGTTTTACC	42877

C  CR354584.8	677	ATTTGCTGCAAATAATATACTTTATCGAGTGCAAGTATAATACTAATATT	628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42878	ATTTGCTGCAAATAATATACTTTATCGAGTGCAAGTATAATACTAATATT	42927

C  CR354584.8	627	ACGTAAATGATTTTCCCTATAACTGCGCACATTCAGTAAAGGGCATGAGA	578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42928	ACGTAAATGATTTTCCCTATAACTGCGCACATTCAGTAAAGGGCATGAGA	42977

C  CR354584.8	577	AGCTAGTGGGATGACACAATGTGAATTAGACTAATTAGTTATCTGCTGGC	528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	42978	AGCTAGTGGGATGACACAATGTGAATTAGACTAATTAGTTATCTGCTGGC	43027

C  CR354584.8	527	TACAAATTAAAAGAGTAATTCAGTTCTACACAGCATTAAGCGAGGCGAAG	478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43028	TACAAATTAAAAGAGTAATTCAGTTCTACACAGCATTAAGCGAGGCGAAG	43077

C  CR354584.8	477	ATGTTCCTCCTGCATTATAACTAGATGTGGCAGCCTACGAATAATTGCTG	428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43078	ATGTTCCTCCTGCATTATAACTAGATGTGGCAGCCTACGAATAATTGCTG	43127

C  CR354584.8	427	ATAAAATTCCTCAACACAGACCCAAAGATCCAGAATCCTTCTACATAAAA	378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43128	ATAAAATTCCTCAACACAGACCCAAAGATCCAGAATCCTTCTACATAAAA	43177

C  CR354584.8	377	CACGAATGCACAGAGGAAATGTGACAGCGCTGCCTGTATAGGCTCTCATT	328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43178	CACGAATGCACAGAGGAAATGTGACAGCGCTGCCTGTATAGGCTCTCATT	43227

C  CR354584.8	327	GAGATGACTGCATTCTAACTGGTTGTAATGCTGCAATAAATTGCGTAATG	278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43228	GAGATGACTGCATTCTAACTGGTTGTAATGCTGCAATAAATTGCGTAATG	43277

C  CR354584.8	277	ATTATTACAATTAAATGAGACAAACTTACATAATTATACATATGACTCAG	228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43278	ATTATTACAATTAAATGAGACAAACTTACATAATTATACATATGACTCAG	43327

C  CR354584.8	227	AACGACATGGTTCTGTAATTTGTGTTAGGTTTATAGCTATCAGATCTTTA	178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43328	AACGACATGGTTCTGTAATTTGTGTTAGGTTTATAGCTATCAGATCTTTA	43377

C  CR354584.8	177	TTTAATTAGTCAACATTAGTCAACCTCATTAGACTCCCATTGTTTTGTAC	128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43378	TTTAATTAGTCAACATTAGTCAACCTCATTAGACTCCCATTGTTTTGTAC	43427

C  CR354584.8	127	TGACATTAAAATAACAAATGAAGGTTTAATGCTTAAGTTACACATATTGC	78
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43428	TGACATTAAAATAACAAATGAAGGTTTAATGCTTAAGTTACACATATTGC	43477

C  CR354584.8	77	ACTATGATTCTTGTTTTAAAGGGCACCTATAAGATGTAAGATAAGACTTT	28
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43478	ACTATGATTCTTGTTTTAAAGGGCACCTATAAGATGTAAGATAAGACTTT	43527

C  CR354584.8	27	GCTGTCTCCAGAATGTCTGTAAAGCTT	1
			|||||||||||||||||||||||||||
  CT573274.3	43528	GCTGTCTCCAGAATGTCTGTAAAGCTT	43554

Overview

Query
CR354584.8 - 218091 bps
Hit
CT573274.3 - 169507 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 5127 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11004882512715127-138428435541
299.9519346197907373993528-11197901
381.493546341048981055311915698141
499.9559946150503611185119810259601
599.9910455107761115721932126552373271
687.276789357373974673137372383061
787.44238371175836176206-164655650441
898.06531566155970156535173454740191
9100267142757121830494001996351272041
1095.5260311289902930011054971058071
1186.16321574286822925511056121061821
1286.24325571278072837711064871070601
1395.5258311276922800211067951071051
1487.3725937811408211445911106551110421
1585.6823536212146512182611106641110471
1690.2126537217583517620611106661110431
1799.811963820547493596990511289111494581
1810039544069697087377611497291537971
1998.8299333739437427511537601540941
2099.733113757373974113-11541951545691
Short-link