<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU207378.2	1	TATTTATTTAATTCATTCATTCATTCATTTGTTTATTTATTTATTTATAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	123658	TATTTATTTAATTCATTCATTCATTCATTTGTTTATTTATTTATTTATAT	123707

CU207378.2	51	TAGTGTCTTTCTCCCTCTCAAGGCTGTAAACTCACTGTAGGCAGGGAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	123708	TAGTGTCTTTCTCCCTCTCAAGGCTGTAAACTCACTGTAGGCAGGGAATA	123757

CU207378.2	101	TGTCTGTTTATTGTTATACTGTACTCTCCCAAGAGCTTAGTACAGTGATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	123758	TGTCTGTTTATTGTTATACTGTACTCTCCCAAGAGCTTAGTACAGTGATG	123807

CU207378.2	151	TACACACAGTGAGTGCTCAATAACTACAGTTGAAGGAATGATTAACTTGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	123808	TACACACAGTGAGTGCTCAATAACTACAGTTGAAGGAATGATTAACTTGT	123857

CU207378.2	201	ATTTATCCCAGAGCTTGACACAGAGTGAGGTCTTAACAAAATACTGTGAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	123858	ATTTATCCCAGAGCTTGACACAGAGTGAGGTCTTAACAAAATACTGTGAT	123907

CU207378.2	251	TAATTAGCATTACTTGGTTTCCCTTCCATGGTTGGACCTGAAATGAAGCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	123908	TAATTAGCATTACTTGGTTTCCCTTCCATGGTTGGACCTGAAATGAAGCC	123957

CU207378.2	301	AAGCACTAAAAGTGGCCAAAAATCTACCACAGTCATACATGACCTCCCCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	123958	AAGCACTAAAAGTGGCCAAAAATCTACCACAGTCATACATGACCTCCCCA	124007

CU207378.2	351	GTTAAAGCAAGAGCCGGACGGTGAGTTGTTCTCATCCTGTTTCACTTGGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124008	GTTAAAGCAAGAGCCGGACGGTGAGTTGTTCTCATCCTGTTTCACTTGGG	124057

CU207378.2	401	AAGTTGACAAGATCAAACAAGGCAGTACTCTATCCAACATATTTCCCCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124058	AAGTTGACAAGATCAAACAAGGCAGTACTCTATCCAACATATTTCCCCTC	124107

CU207378.2	451	TCTGAAGAGAACTCCACAACTCCTCCTTTCAGGGATTTCCCCCCATTCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124108	TCTGAAGAGAACTCCACAACTCCTCCTTTCAGGGATTTCCCCCCATTCTC	124157

CU207378.2	501	CTGATTGAAAGCCCAGTCGGAGACAGTGGGCCTCCCTTCGATCCACCTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124158	CTGATTGAAAGCCCAGTCGGAGACAGTGGGCCTCCCTTCGATCCACCTGG	124207

CU207378.2	551	GTCCCAACCTTGCCAGACAGGGTCACCAACCTGAGAAACACTGCCCACAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124208	GTCCCAACCTTGCCAGACAGGGTCACCAACCTGAGAAACACTGCCCACAG	124257

CU207378.2	601	TCACCGAACAGTCCCTCCCTCCCATGGGGAAGCCTGCAATAAGTCCATCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124258	TCACCGAACAGTCCCTCCCTCCCATGGGGAAGCCTGCAATAAGTCCATCA	124307

CU207378.2	651	TCAGCCGGAAAAAATATCGCCACCCGCGGCCAGCAACCTGGCCAATATCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124308	TCAGCCGGAAAAAATATCGCCACCCGCGGCCAGCAACCTGGCCAATATCT	124357

CU207378.2	701	CTCTTAGGCTCCAGTGGAGAGGGTTATGGACTAGAAGACAAGGCCAGGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124358	CTCTTAGGCTCCAGTGGAGAGGGTTATGGACTAGAAGACAAGGCCAGGGA	124407

CU207378.2	751	TGACTGGAAGCCAGCCACATCCTGTACCCGGACGAACCAGTCCATTCTCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124408	TGACTGGAAGCCAGCCACATCCTGTACCCGGACGAACCAGTCCATTCTCC	124457

CU207378.2	801	AACCGGCCTTGAAACCCAAAACCCTTCAGTTGCCTTGACTTAAGGCCTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124458	AACCGGCCTTGAAACCCAAAACCCTTCAGTTGCCTTGACTTAAGGCCTTA	124507

CU207378.2	851	GCCAAGCCATAGACAAGGGTGGAGTATCCAGCAGATCAATTCCAGCCTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124508	GCCAAGCCATAGACAAGGGTGGAGTATCCAGCAGATCAATTCCAGCCTCA	124557

CU207378.2	901	CTGTGGTTTCTGACCCAGATGGTCACACGACCACGCTGACCCTGAATTGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124558	CTGTGGTTTCTGACCCAGATGGTCACACGACCACGCTGACCCTGAATTGC	124607

CU207378.2	951	AAAGTCACCGATCCCCTCTCCTAACCAACTGTACATTAGAAATTTTGGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124608	AAAGTCACCGATCCCCTCTCCTAACCAACTGTACATTAGAAATTTTGGAA	124657

CU207378.2	1001	GGAACTGTCGGTGTTGGTAAAGTGCTAAATATTTGTTACTTTGGCTTTAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124658	GGAACTGTCGGTGTTGGTAAAGTGCTAAATATTTGTTACTTTGGCTTTAT	124707

CU207378.2	1051	CCAATGCTGTTCCTTTCTTATAATGGAAAAATTCTGGGCTTTACCAGTCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124708	CCAATGCTGTTCCTTTCTTATAATGGAAAAATTCTGGGCTTTACCAGTCC	124757

CU207378.2	1101	AAAAATAATACATCTTGATTTCCTCTGGCAACTATTTGCTTATCCTTGTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124758	AAAAATAATACATCTTGATTTCCTCTGGCAACTATTTGCTTATCCTTGTT	124807

CU207378.2	1151	CACAAAGCTGGTAGTTTTATCTCTGACTCATCTGGATGTCAAAGTCTTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124808	CACAAAGCTGGTAGTTTTATCTCTGACTCATCTGGATGTCAAAGTCTTAA	124857

CU207378.2	1201	CGTCTGGGAGCTGAGTTTGCTCTCTCTGGAATGTGCCAGGCCTTAATCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124858	CGTCTGGGAGCTGAGTTTGCTCTCTCTGGAATGTGCCAGGCCTTAATCAT	124907

CU207378.2	1251	TACATATACAGTGCAAAAGGAGGGAACTCAGCGTGGCCTAGTGGAAAGAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124908	TACATATACAGTGCAAAAGGAGGGAACTCAGCGTGGCCTAGTGGAAAGAC	124957

CU207378.2	1301	CATGGGCTTGGGAGTCAGAGGACCTGGATTCTAACCCCGACTTTGCCACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	124958	CATGGGCTTGGGAGTCAGAGGACCTGGATTCTAACCCCGACTTTGCCACT	125007

CU207378.2	1351	CGCCTTATGTGTGACCTCGGGCAAGTCACTTAACTTCTCTGTGCCCCAGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125008	CGCCTTATGTGTGACCTCGGGCAAGTCACTTAACTTCTCTGTGCCCCAGT	125057

CU207378.2	1401	TTTCTCATCTGTAAAATAGGGATTAAATCCTTCTCCCTTCTACTTAGACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125058	TTTCTCATCTGTAAAATAGGGATTAAATCCTTCTCCCTTCTACTTAGACT	125107

CU207378.2	1451	GTGACCCCTAGTGGAACAGGGACTGTGTCTTAGCTGAGTTTCTTGTATCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125108	GTGACCCCTAGTGGAACAGGGACTGTGTCTTAGCTGAGTTTCTTGTATCT	125157

CU207378.2	1501	ACCTCTGTACTTGAGTACAATCTTGGACACAAAGTAAGTGCTTAACAAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125158	ACCTCTGTACTTGAGTACAATCTTGGACACAAAGTAAGTGCTTAACAAAT	125207

CU207378.2	1551	ACAACTAAAAAAAAACAACTTGGAAATTTAGAGGTGTTATAGAGGAATGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125208	ACAACTAAAAAAAAACAACTTGGAAATTTAGAGGTGTTATAGAGGAATGA	125257

CU207378.2	1601	CTTTTAAAACTGATAAGTATAGTTTAGTAGAAGGTTCTACTCCTGTCTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125258	CTTTTAAAACTGATAAGTATAGTTTAGTAGAAGGTTCTACTCCTGTCTCT	125307

CU207378.2	1651	GTCACATGCCCCCTGTATGACCTTGGGCAAGTCACTTCACTTCTTTGTGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125308	GTCACATGCCCCCTGTATGACCTTGGGCAAGTCACTTCACTTCTTTGTGC	125357

CU207378.2	1701	CTCAGTTACCTCATCTGTAAAGTGGGGAGTCAATCCCTGTTCTCCCCAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125358	CTCAGTTACCTCATCTGTAAAGTGGGGAGTCAATCCCTGTTCTCCCCAGT	125407

CU207378.2	1751	ACTTAGATTGTGAGCCCTCTTTGGGACAGGGACTGTTTCTGTTTCTGACC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125408	ACTTAGATTGTGAGCCCTCTTTGGGACAGGGACTGTTTCTGTTTCTGACC	125457

CU207378.2	1801	TGATTATCGTGTATCTTTTCCAGCAAGAAAGTTGCTTGACACATAGTCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125458	TGATTATCGTGTATCTTTTCCAGCAAGAAAGTTGCTTGACACATAGTCAT	125507

CU207378.2	1851	TGCTTAACAAATACCACAGTCATTATCACCTACCCCTCTGCACACATGCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125508	TGCTTAACAAATACCACAGTCATTATCACCTACCCCTCTGCACACATGCC	125557

CU207378.2	1901	CTCCTTCCACTAGGCTTAGTTCTCAGGATGCCAAGCCACTGGGAGGAGCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125558	CTCCTTCCACTAGGCTTAGTTCTCAGGATGCCAAGCCACTGGGAGGAGCT	125607

CU207378.2	1951	TCCTGAGGTGAAGCTGTGAGAGGTTGGTGTTATCTCTAGACTGTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573042.6	125608	TCCTGAGGTGAAGCTGTGAGAGGTTGGTGTTATCTCTAGACTGTAAGCTT	125657

Overview

Query
CU207378.2 - 83453 bps
Hit
CT573042.6 - 125657 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198820001200011236581256571
295.652202531508415336116448167001
393.572012492469824946116452167001
490.191842631562015882-164547648111
591.441912573993940195-164550648061
698.511912014047140671164557647571
790.911812511860718857-164558648101
896.432252521508515336-164560648111
998.392372492469824946-164560648081
1092.031912511561615866174358746081
1192.181862431861018852174366746081
1292.5618824239084149-174367746081
1391.051882573993940195-175025752811
1490.231852641561515878-175026752911
1594.072082531508415336-175035752871
1693.171982492469824946-175035752831
1787.363817336044061172190437911641
1890.531862621561715878197354976171
1990.511812531508415336197356976081
2093.312032543994140194197364976171
2190.49185261156181587811058041060661
2291.7190253150841533611058051060571
2391.3184251186071885711058071060591
2490.74192268156151588211135161137851
2596.44226253150841533611135201137721
2690.91181251186071885711135221137741
2796.79225249246982494611135241137721
2892.22197257399394019511135261137821
2997.011832014047140671-11135751137751
Short-link