<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009533.6	1	AAGCTTGCTGCCTATTACCCTGTTGCTCCTTGTAGTTGTGCAAGAGCAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51490	AAGCTTGCTGCCTATTACCCTGTTGCTCCTTGTAGTTGTGCAAGAGCAGA	51539

CT009533.6	51	GAGAGAGGAACTGCAGATGCAAAGTGGATATGTGGACTTAACTTCTCTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51540	GAGAGAGGAACTGCAGATGCAAAGTGGATATGTGGACTTAACTTCTCTGT	51589

CT009533.6	101	GCCTTGGTTTCCCCATCTGCAAAATGGGGATTCAATACCTGTTCTCCCGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51590	GCCTTGGTTTCCCCATCTGCAAAATGGGGATTCAATACCTGTTCTCCCGC	51639

CT009533.6	151	CTTCTTTACTCTGGAGTCCCATGTGGGACTTGAATTTTCTTAATCTACCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51640	CTTCTTTACTCTGGAGTCCCATGTGGGACTTGAATTTTCTTAATCTACCC	51689

CT009533.6	201	CAGCACTTAGTACATTGCTTTGTATAAAGTGCTAAACAAATATTGCTATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51690	CAGCACTTAGTACATTGCTTTGTATAAAGTGCTAAACAAATATTGCTATT	51739

CT009533.6	251	ATTATTATTATTGTTGTATGTGTGGGGAGCAGAAGCTCCTGAGGTCTTGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51740	ATTATTATTATTGTTGTATGTGTGGGGAGCAGAAGCTCCTGAGGTCTTGG	51789

CT009533.6	301	TGTGGTCTTCTGAATTATTTGTTGATTTATCACTCAGCTGTGTCAAGAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51790	TGTGGTCTTCTGAATTATTTGTTGATTTATCACTCAGCTGTGTCAAGAGA	51839

CT009533.6	351	CTGATGAGAGGTTATGGAACCTGTGAAAAATTATCTCTAGCAGCAACAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51840	CTGATGAGAGGTTATGGAACCTGTGAAAAATTATCTCTAGCAGCAACAGT	51889

CT009533.6	401	TTCCCAGCAGACAACTCTTTAGGGGTAATTGATTTTAAAAAAAATATTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51890	TTCCCAGCAGACAACTCTTTAGGGGTAATTGATTTTAAAAAAAATATTTT	51939

CT009533.6	451	GCCTCTCCAGTTTGCTTGCTCTTATTTGCTTTTTCAATATGTCTTTGCTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51940	GCCTCTCCAGTTTGCTTGCTCTTATTTGCTTTTTCAATATGTCTTTGCTT	51989

CT009533.6	501	GTGTGACGTCCAAATCAGTCAAGCCTTTTGAGCTTAAAACCTCAGTGGGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	51990	GTGTGACGTCCAAATCAGTCAAGCCTTTTGAGCTTAAAACCTCAGTGGGG	52039

CT009533.6	551	AATCTTGGCTGAATCACAGGGTTGTCAGACCGGTCACCGTGGGGAGTGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52040	AATCTTGGCTGAATCACAGGGTTGTCAGACCGGTCACCGTGGGGAGTGTT	52089

CT009533.6	601	TAATGCTCATCTCTCCTGCAACTGCAACCCCTGGCCAGCAGTCCAGATGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52090	TAATGCTCATCTCTCCTGCAACTGCAACCCCTGGCCAGCAGTCCAGATGC	52139

CT009533.6	651	TATGGAGTACTGTTCTCTCACAAGCGCTTAGTACACTATACTCTCCCAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52140	TATGGAGTACTGTTCTCTCACAAGCGCTTAGTACACTATACTCTCCCAAG	52189

CT009533.6	701	TGCTTAGTACAGTATTCTGCACATAGGAGCCACTGCTCCATCAAACAGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52190	TGCTTAGTACAGTATTCTGCACATAGGAGCCACTGCTCCATCAAACAGAG	52239

CT009533.6	751	CAGACTGAAATGGAGCCATTCTGGGTGAGTCTCTCTCTGGACACAGTCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52240	CAGACTGAAATGGAGCCATTCTGGGTGAGTCTCTCTCTGGACACAGTCCC	52289

CT009533.6	801	TGTCCCACAAAGGTCTCACAGTCTTAATCCCCGTTTTACAGATGAGGTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52290	TGTCCCACAAAGGTCTCACAGTCTTAATCCCCGTTTTACAGATGAGGTTA	52339

CT009533.6	851	CTGAGGCACAGAGAAGTGAGGTGAAATGCCCAGGGTCACACAGCAGACAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52340	CTGAGGCACAGAGAAGTGAGGTGAAATGCCCAGGGTCACACAGCAGACAG	52389

CT009533.6	901	GTGGCAGAGCCTGGATTAGAACTCAGGTCCTTCTGACTTCCAGGCCCATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52390	GTGGCAGAGCCTGGATTAGAACTCAGGTCCTTCTGACTTCCAGGCCCATG	52439

CT009533.6	951	CTCTGTTCACTAAGCCAAAGACGTGCCTGCTGTAGTATGAGTTCCACTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52440	CTCTGTTCACTAAGCCAAAGACGTGCCTGCTGTAGTATGAGTTCCACTTA	52489

CT009533.6	1001	ATGAAAGATTGTTCAGGAACTTAGGCGAGCTGAGGATATCCAGATGGCAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52490	ATGAAAGATTGTTCAGGAACTTAGGCGAGCTGAGGATATCCAGATGGCAT	52539

CT009533.6	1051	AGCTACTGTTATATTGTTATGCCCTTGCTGCATCAGCCACAGGAGTCATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52540	AGCTACTGTTATATTGTTATGCCCTTGCTGCATCAGCCACAGGAGTCATG	52589

CT009533.6	1101	GCCCTGCAGCTCATCCAGGGTCCTGACCACTGTATGGAGATAGATTAGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52590	GCCCTGCAGCTCATCCAGGGTCCTGACCACTGTATGGAGATAGATTAGAG	52639

CT009533.6	1151	CTCAAAGGGCAATCTTGGCACTTGCAAAATGGCTGCCACTATCCTCTATC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52640	CTCAAAGGGCAATCTTGGCACTTGCAAAATGGCTGCCACTATCCTCTATC	52689

CT009533.6	1201	CATGAGATCAGGAGGCACCAGAGACATCCTCTCCGTTTACCAATGGGGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52690	CATGAGATCAGGAGGCACCAGAGACATCCTCTCCGTTTACCAATGGGGAA	52739

CT009533.6	1251	TCCAAGGCACAAAGAGGGGAAGTGACTTGACTGGGAAAATGAGTTGATTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52740	TCCAAGGCACAAAGAGGGGAAGTGACTTGACTGGGAAAATGAGTTGATTG	52789

CT009533.6	1301	AATGGCAGAACCAGGATTTGAACCCAGGGCTTCTGATTCTCAGTCCAGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52790	AATGGCAGAACCAGGATTTGAACCCAGGGCTTCTGATTCTCAGTCCAGTG	52839

CT009533.6	1351	CTCTACCTGTCATTCAAGGGAACCACTTCCTTCTAATTCTATTGTATTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52840	CTCTACCTGTCATTCAAGGGAACCACTTCCTTCTAATTCTATTGTATTGT	52889

CT009533.6	1401	ACTCTCTCAAGCACTTAGTACAGTGCTCTGCACATAGTAAGCACTCAGTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52890	ACTCTCTCAAGCACTTAGTACAGTGCTCTGCACATAGTAAGCACTCAGTA	52939

CT009533.6	1451	AATACCATTGACTGATTGATTTTAAGTTTGGCTCCCCAAATTCTCACCTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52940	AATACCATTGACTGATTGATTTTAAGTTTGGCTCCCCAAATTCTCACCTC	52989

CT009533.6	1501	CTACTCCTCGATCATTGGATTCCATTGCTAATAATAATTGTGGTATTTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	52990	CTACTCCTCGATCATTGGATTCCATTGCTAATAATAATTGTGGTATTTTT	53039

CT009533.6	1551	AAAGCACTTTCTAAGTGTCCGGCACTATACTAAGCACTGTGGTAGGTACA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	53040	AAAGCACTTTCTAAGTGTCCGGCACTATACTAAGCACTGTGGTAGGTACA	53089

CT009533.6	1601	CGTTGAGTAGAATCCCACTGCAGGGAATTTCCTGCTGAGATGCACTCTGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	53090	CGTTGAGTAGAATCCCACTGCAGGGAATTTCCTGCTGAGATGCACTCTGT	53139

CT009533.6	1651	TCCACTTATTTTGATATCACATTCTATCCAGATAGATGCACATTCTCAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	53140	TCCACTTATTTTGATATCACATTCTATCCAGATAGATGCACATTCTCAGA	53189

CT009533.6	1701	AGATGGATTCTCTAATTCCCTAATAATGTGTTATCAGTCAAACCTCAATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	53190	AGATGGATTCTCTAATTCCCTAATAATGTGTTATCAGTCAAACCTCAATA	53239

CT009533.6	1751	TTATTTATTTACTGTATGCAGAACACCCTATTAAACACCTGGGGTAGTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	53240	TTATTTATTTACTGTATGCAGAACACCCTATTAAACACCTGGGGTAGTGC	53289

CT009533.6	1801	AGGTGTTGGAATGGCAGTTCGTGGCAGATCATTCCCTTTCTCAGCAGGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	53290	AGGTGTTGGAATGGCAGTTCGTGGCAGATCATTCCCTTTCTCAGCAGGAG	53339

CT009533.6	1851	TAAGTCAGTCGTTCATATTTATTGAGCACTTACTGGGTGCAGATCACTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	53340	TAAGTCAGTCGTTCATATTTATTGAGCACTTACTGGGTGCAGATCACTGT	53389

CT009533.6	1901	ACTAAGAGTTTAGGAGTGTACAATATAACAGGAGCTATTCCAACTGGATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	53390	ACTAAGAGTTTAGGAGTGTACAATATAACAGGAGCTATTCCAACTGGATA	53439

CT009533.6	1951	TACTCAGCTCTATGTTCCTGAACAATCTTTCATTAAGTGGAACTCATACT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573041.4	53440	TACTCAGCTCTATGTTCCTGAACAATCTTTCATTAAGTGGAACTCATACT	53489

Overview

Query
CT009533.6 - 149919 bps
Hit
CT573041.4 - 53489 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001987200012000151490534891
295.2230270110439110708-1147817481
397.362442651200131202771147817421
496.252372671476961479621147817441
596.6324026722848231141148117471
690.91191266147694147959-113548138111
791.121902592208522343-113550138081
896.42232502284823097-135846360951
997.23232253120013120265-135846360981
1097.63235253147696147948-135846360981
1195.65218252110457110708135846360981
1296.64241268110443110710-137762380291
1397.36243266120012120277137763380271
1496.24235267147696147962137764380291
1597.342412642284823111137767380291
1694.982202592208522343-140900411581
1792.371922498192082168140901411491
1891.281922652284823112-143675439381
1991.46195269110442110710143675439431
2092.42201265147698147962-143676439391
2192.75202263120015120277-143678439391
2293.822092582208622343-143681439391
2391.7920727719202196-152277525561
Short-link