<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573298.1	1	TAGAGGTCGTGGGAGGACATCCTCTAGGGGAAGAGGACAAGCGCCCGTCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158433	TAGAGGTCGTGGGAGGACATCCTCTAGGGGAAGAGGACAAGCGCCCGTCC	158482

CT573298.1	51	CATCTAGTACTAGGGCGGTGACTCCTCCACCGACTAAAGAAGTAGTAAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158483	CATCTAGTACTAGGGCGGTGACTCCTCCACCGACTAAAGAAGTAGTAAGA	158532

CT573298.1	101	GAGGGTGAGGAAGGGGAAACTGAGCAAGTGCAGAATGAGGAACTACCACC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158533	GAGGGTGAGGAAGGGGAAACTGAGCAAGTGCAGAATGAGGAACTACCACC	158582

CT573298.1	151	CCAACCTACCCCAGAGATGATAAATCAGGTCCTTACTTATCTTAGTGGGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158583	CCAACCTACCCCAGAGATGATAAATCAGGTCCTTACTTATCTTAGTGGGT	158632

CT573298.1	201	TATCTGATCAAGGTCAAACACCTCCAGTGTTTTCTGCACCAGCACCTCAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158633	TATCTGATCAAGGTCAAACACCTCCAGTGTTTTCTGCACCAGCACCTCAG	158682

CT573298.1	251	GCTCTGGAGGTACAACATGCGGCTACTATGGCTCCCCGCATGGATGCCTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158683	GCTCTGGAGGTACAACATGCGGCTACTATGGCTCCCCGCATGGATGCCTC	158732

CT573298.1	301	ATTGGAAATAGGTACGTTTCCTCGTCTGACTACAGGGCCGATAATGACAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158733	ATTGGAAATAGGTACGTTTCCTCGTCTGACTACAGGGCCGATAATGACAA	158782

CT573298.1	351	ATGATCAGCATGAACTTTTCAGTAAGTTCTTGAAATTGAAACCTCCAGTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158783	ATGATCAGCATGAACTTTTCAGTAAGTTCTTGAAATTGAAACCTCCAGTC	158832

CT573298.1	401	TTCAAGGGTGCTGAATCTGAGGATGCCTACGATTTTTTGGTTAACTATCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158833	TTCAAGGGTGCTGAATCTGAGGATGCCTACGATTTTTTGGTTAACTATCA	158882

CT573298.1	451	TGAGCTACTACACAAGATGGGTATAGTAGAACGGTTTGGTGTTGAGTTTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158883	TGAGCTACTACACAAGATGGGTATAGTAGAACGGTTTGGTGTTGAGTTTG	158932

CT573298.1	501	TGACTTATCAGTTTCAAGGGAACGCCAAAATGTGGTGGCGGTCACATGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158933	TGACTTATCAGTTTCAAGGGAACGCCAAAATGTGGTGGCGGTCACATGTT	158982

CT573298.1	551	GAGTGTCAACCAACAGAGGCACCACCTATGACTTGGGCATCATTCTCTAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	158983	GAGTGTCAACCAACAGAGGCACCACCTATGACTTGGGCATCATTCTCTAG	159032

CT573298.1	601	CTTGTTTATGGAGAAGTATATCCCCCGGACTTTGAGGGATATGAAAAGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159033	CTTGTTTATGGAGAAGTATATCCCCCGGACTTTGAGGGATATGAAAAGAG	159082

CT573298.1	651	ATGAATTTTTGAGCCTAGAGCAAGGTAGGATGTCGGTTACTGCATATGAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159083	ATGAATTTTTGAGCCTAGAGCAAGGTAGGATGTCGGTTACTGCATATGAG	159132

CT573298.1	701	GCTAAGTTTCGTGCATTATCCCGGTATGCCACCCAACTATGTTTCAGTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159133	GCTAAGTTTCGTGCATTATCCCGGTATGCCACCCAACTATGTTTCAGTCT	159182

CT573298.1	751	ACAAGAGCGGATTCACTGTTTTGTGAAGGGGTTGTGATCAGAGTTGCGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159183	ACAAGAGCGGATTCACTGTTTTGTGAAGGGGTTGTGATCAGAGTTGCGGA	159232

CT573298.1	801	TTTCAGCCTTACAGGTAGCAACTACAGCGAAATCTTTTCAAAAAGTGGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159233	TTTCAGCCTTACAGGTAGCAACTACAGCGAAATCTTTTCAAAAAGTGGTA	159282

CT573298.1	851	GACTTCGTGATAGAGGTAGAGGAAGTGAAGCCAGATTACTTCACCATGGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159283	GACTTCGTGATAGAGGTAGAGGAAGTGAAGCCAGATTACTTCACCATGGC	159332

CT573298.1	901	AACTACATCAAAAAGGTTTCGAAAGGGAGGTGAGTTTAATGGTTCTTACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159333	AACTACATCAAAAAGGTTTCGAAAGGGAGGTGAGTTTAATGGTTCTTACT	159382

CT573298.1	951	CTAGAGGACAGGGTTCAGGAGGTTACTCAGTCTGACCAATTCAGTCTTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159383	CTAGAGGACAGGGTTCAGGAGGTTACTCAGTCTGACCAATTCAGTCTTCA	159432

CT573298.1	1001	CTACAGACTGTAGTTGGGGGTCCACCTCAGACCGGTCAACACTTCTCTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159433	CTACAGACTGTAGTTGGGGGTCCACCTCAGACCGGTCAACACTTCTCTGA	159482

CT573298.1	1051	GAGAACTATGCTTGAATCCAGAAAGTGTTATGGATGTGGGGAGACTGGAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159483	GAGAACTATGCTTGAATCCAGAAAGTGTTATGGATGTGGGGAGACTGGAC	159532

CT573298.1	1101	ACATTAAGAGGTATTGTCCAAAACAGAGTTACAGACCTCCAAATGTTAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159533	ACATTAAGAGGTATTGTCCAAAACAGAGTTACAGACCTCCAAATGTTAGA	159582

CT573298.1	1151	GGTAGAGGTGGTTATGGAAGAGGCCGTCATTCTGGAGGACGCGGTGGTCG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159583	GGTAGAGGTGGTTATGGAAGAGGCCGTCATTCTGGAGGACGCGGTGGTCG	159632

CT573298.1	1201	AGGTAATGGTGGTCACCAAAACGGCCGGGGTGATGGGCAAACTGGAGCCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159633	AGGTAATGGTGGTCACCAAAACGGCCGGGGTGATGGGCAAACTGGAGCCA	159682

CT573298.1	1251	CTACATCACAACATGGTAGGGGCAACGGACAGACAGGTGAGAGGGCCCAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159683	CTACATCACAACATGGTAGGGGCAACGGACAGACAGGTGAGAGGGCCCAT	159732

CT573298.1	1301	TGTTACGCTTTCCCTGGGCGGTCGGAAGCGGAGACATCAGATGCTGTTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159733	TGTTACGCTTTCCCTGGGCGGTCGGAAGCGGAGACATCAGATGCTGTTAT	159782

CT573298.1	1351	CACAGGTAATCTTTTGGTTTGTGATTGTATGGCTTCTGTATTATTTGACC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159783	CACAGGTAATCTTTTGGTTTGTGATTGTATGGCTTCTGTATTATTTGACC	159832

CT573298.1	1401	CTGGATCCACATTTTCTTATATATCTTCCTCATTTGCTAATGGTCATAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159833	CTGGATCCACATTTTCTTATATATCTTCCTCATTTGCTAATGGTCATAAT	159882

CT573298.1	1451	TTACATTGTGAATTGCTTGACATGCCTATTCGTGTTTCTACTCCGGTGGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159883	TTACATTGTGAATTGCTTGACATGCCTATTCGTGTTTCTACTCCGGTGGG	159932

CT573298.1	1501	TGAGTCTGTGATAGTTGAAAAAGTATATAGGTCTGGTCTGGTGACTTTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159933	TGAGTCTGTGATAGTTGAAAAAGTATATAGGTCTGGTCTGGTGACTTTTG	159982

CT573298.1	1551	TGGGGAGCAATACTTATGTAGACTTGGTTATCTTAGAAATGGTGGATTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	159983	TGGGGAGCAATACTTATGTAGACTTGGTTATCTTAGAAATGGTGGATTTT	160032

CT573298.1	1601	GATGTAATTCTGGGTATGACTTGGCTTTCTCCGAATTTTGCGATCTTGGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	160033	GATGTAATTCTGGGTATGACTTGGCTTTCTCCGAATTTTGCGATCTTGGA	160082

CT573298.1	1651	TTGCAATGCTAAAACCGTGACGTTAGCCAAGCCTGGTACAGATCCATTAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	160083	TTGCAATGCTAAAACCGTGACGTTAGCCAAGCCTGGTACAGATCCATTAG	160132

CT573298.1	1701	TGTGGGAGGGTGACTACACTTCCAATCCGGTTCGTATTATCTCCTTTCTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	160133	TGTGGGAGGGTGACTACACTTCCAATCCGGTTCGTATTATCTCCTTTCTT	160182

CT573298.1	1751	CGTGCTAAGAAAATGGTTAGTAAGGGTTGTTTAGCGTTCTTGGCACACCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	160183	CGTGCTAAGAAAATGGTTAGTAAGGGTTGTTTAGCGTTCTTGGCACACCT	160232

CT573298.1	1801	CCGAGATGATACTACCCAAGTACCTCCAATTGAGTCGGTTTCGGTAGTCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	160233	CCGAGATGATACTACCCAAGTACCTCCAATTGAGTCGGTTTCGGTAGTCC	160282

CT573298.1	1851	GTGAGTTTCTGGATGTGTTCCCTGCAGATCTTCCTGGTATGCCACCAGAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	160283	GTGAGTTTCTGGATGTGTTCCCTGCAGATCTTCCTGGTATGCCACCAGAT	160332

CT573298.1	1901	AGGGATATTGACTTCTGCATTGATCTTGAACCGGGTACTCGCCCCATTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	160333	AGGGATATTGACTTCTGCATTGATCTTGAACCGGGTACTCGCCCCATTTC	160382

CT573298.1	1951	TATACCCCCTTATAAAATGGCTCCCGCGGAGTTAAGAGAGTTAAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT476825.1	160383	TATACCCCCTTATAAAATGGCTCCCGCGGAGTTAAGAGAGTTAAAAGCTT	160432

Overview

Query
CT573298.1 - 11681 bps
Hit
CT476825.1 - 160432 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198920001200011584331604321
288.862519388710424928-11374271413111
387.06641105111051-11413381423881
485.893708016687748711488061495991
596.88163518654821668511562441580981
691.281201705774594311571201572911
784.39681395851598911571201572601
897.271001105702581111572021573111
Short-link