<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT963080.2	2000	AAGCTTGGAGTTAATCTACATCATTTGTACAATAACCATGTTTCTAAAAA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1	AAGCTTGGAGTTAATCTACATCATTTGTACAATAACCATGTTTCTAAAAA	50

C  CT963080.2	1950	ATGCTGTTGTTGTTCACTGTCAACTTATTGAAAATCAATTTGTGAAGTAT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	51	ATGCTGTTGTTGTTCACTGTCAACTTATTGAAAATCAATTTGTGAAGTAT	100

C  CT963080.2	1900	AATTCTAAAATACATGGTATGCCCTAAACCGGTTTAGTATATAGAAAAAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	101	AATTCTAAAATACATGGTATGCCCTAAACCGGTTTAGTATATAGAAAAAA	150

C  CT963080.2	1850	CAATATGCTTGGTTATGTGTTAAAATAAACGGTAAATTAAGATCACCATC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	151	CAATATGCTTGGTTATGTGTTAAAATAAACGGTAAATTAAGATCACCATC	200

C  CT963080.2	1800	CTTTTTAGGAAAAATTCTATAATACCATTGTCATTTTTCAGATTTTGTAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	201	CTTTTTAGGAAAAATTCTATAATACCATTGTCATTTTTCAGATTTTGTAA	250

C  CT963080.2	1750	ATCATAAATTCCTTTTAAATTTCAACAAAGACGGTTTTCGTTAGTTGTGT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	251	ATCATAAATTCCTTTTAAATTTCAACAAAGACGGTTTTCGTTAGTTGTGT	300

C  CT963080.2	1700	CATTTGCAATGACTATTAAGAAGAGTCAATGACAATCACTAAAGCATGTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	301	CATTTGCAATGACTATTAAGAAGAGTCAATGACAATCACTAAAGCATGTT	350

C  CT963080.2	1650	GGAGTGTATCTCCCAATTCCTGTTTTTTCTCACAGACAATTGTATGTTGC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	351	GGAGTGTATCTCCCAATTCCTGTTTTTTCTCACAGACAATTGTATGTTGC	400

C  CT963080.2	1600	TGTTTCGAGAGTTACATATAAGGAAGGGCTAAAGATTTTGATTACTGATG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	401	TGTTTCGAGAGTTACATATAAGGAAGGGCTAAAGATTTTGATTACTGATG	450

C  CT963080.2	1550	AAGATGGTGAGGACACTACTGTGACATCTAATGTAGTTTATGATAAAGTA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	451	AAGATGGTGAGGACACTACTGTGACATCTAATGTAGTTTATGATAAAGTA	500

C  CT963080.2	1500	TTTCGTAACGTGTAATGTTATATCTCAATGAAGTACTAAGATTTTCAAAC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	501	TTTCGTAACGTGTAATGTTATATCTCAATGAAGTACTAAGATTTTCAAAC	550

C  CT963080.2	1450	TTCAATTGCCAAATTATTTTTACTATCAATGACTACTCATATTTACTATT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	551	TTCAATTGCCAAATTATTTTTACTATCAATGACTACTCATATTTACTATT	600

C  CT963080.2	1400	TTAAGACATTCTACAAATTCATATATGTTCTTATTTCTCCTAACATATAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	601	TTAAGACATTCTACAAATTCATATATGTTCTTATTTCTCCTAACATATAT	650

C  CT963080.2	1350	TATTATCATTTATCTTTCATAACATTACAGTACTGAATGCATTATATTAT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	651	TATTATCATTTATCTTTCATAACATTACAGTACTGAATGCATTATATTAT	700

C  CT963080.2	1300	TACCATTAAATTTTAGCTCGCAAGATCCATGCGGCGCACGGGTCATCATT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	701	TACCATTAAATTTTAGCTCGCAAGATCCATGCGGCGCACGGGTCATCATT	750

C  CT963080.2	1250	CTAGTTTCTAATTAAATAAGAAAAAAAAATGAATTTGAACATTCTTGTCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	751	CTAGTTTCTAATTAAATAAGAAAAAAAAATGAATTTGAACATTCTTGTCT	800

C  CT963080.2	1200	AAATCTAAACTTAATAATGATTGAAAATAAATTATAGCATTGGACATACA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	801	AAATCTAAACTTAATAATGATTGAAAATAAATTATAGCATTGGACATACA	850

C  CT963080.2	1150	TTTTGGAGGCATGTTTTGATGAAGGCAACATGTCCACATACAATACGGCA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	851	TTTTGGAGGCATGTTTTGATGAAGGCAACATGTCCACATACAATACGGCA	900

C  CT963080.2	1100	CATAAATGTAAAGCAAACATAGGAAGGAATTATGCTACCAACGAGACTTA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	901	CATAAATGTAAAGCAAACATAGGAAGGAATTATGCTACCAACGAGACTTA	950

C  CT963080.2	1050	ACTTCCGTTGGTAAGTTATTGAACGTGAATCGGCGTGAGTTAACTCATGT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	951	ACTTCCGTTGGTAAGTTATTGAACGTGAATCGGCGTGAGTTAACTCATGT	1000

C  CT963080.2	1000	TGGGGGTATTTTCGGTAGCTTATGTGGGAATGAGCAATTTTGATTTGGAG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1001	TGGGGGTATTTTCGGTAGCTTATGTGGGAATGAGCAATTTTGATTTGGAG	1050

C  CT963080.2	950	AAGAGCAATTTTATGAAAGTATTTATATACTTATTAAAGTTTCATTCGAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1051	AAGAGCAATTTTATGAAAGTATTTATATACTTATTAAAGTTTCATTCGAA	1100

C  CT963080.2	900	AGTTGTACCTTTTTTTTTTTTATTGAGGGAATTCGAAAGTTGTACCTATC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1101	AGTTGTACCTTTTTTTTTTTTATTGAGGGAATTCGAAAGTTGTACCTATC	1150

C  CT963080.2	850	TACCTTATTTCCACGACAGACAGTATCATGTAAGATCAGTAGAGCGTTTT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1151	TACCTTATTTCCACGACAGACAGTATCATGTAAGATCAGTAGAGCGTTTT	1200

C  CT963080.2	800	AATTGCTCCTATAGATAATAATTTTAACTTGTCATCAGGTACAACTTATT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1201	AATTGCTCCTATAGATAATAATTTTAACTTGTCATCAGGTACAACTTATT	1250

C  CT963080.2	750	CAACAACTTATTCAACGTACAATCATGAATTTTCAAAAATTATAAATTTT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1251	CAACAACTTATTCAACGTACAATCATGAATTTTCAAAAATTATAAATTTT	1300

C  CT963080.2	700	ATTTAAGTTTAATTAAAGGAGGAGTTACACGGGATGGCCTGCCAACTTGT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1301	ATTTAAGTTTAATTAAAGGAGGAGTTACACGGGATGGCCTGCCAACTTGT	1350

C  CT963080.2	650	CAACTTTTTTTTGTTAAATTGGTAAGAATTTTTTTAAAGTGGAGCGACCT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1351	CAACTTTTTTTTGTTAAATTGGTAAGAATTTTTTTAAAGTGGAGCGACCT	1400

C  CT963080.2	600	AATAACTCAAATTTTGTATCATAAACTTGTTTTTAGCATAATTTTTTTTT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1401	AATAACTCAAATTTTGTATCATAAACTTGTTTTTAGCATAATTTTTTTTT	1450

C  CT963080.2	550	TTTGGCCAATTTTATTTTAAAAAAAAAACAATATATTTTTTATAGCAACA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1451	TTTGGCCAATTTTATTTTAAAAAAAAAACAATATATTTTTTATAGCAACA	1500

C  CT963080.2	500	AAATTGTCAAAAAAGTGCATTAAAGATTATTGTTTTGGTTGACGGACCGG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1501	AAATTGTCAAAAAAGTGCATTAAAGATTATTGTTTTGGTTGACGGACCGG	1550

C  CT963080.2	450	CCCGCCAGTAAAGATATGATGAGGGATTTCAGACTTGGCCATCTAATTTG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1551	CCCGCCAGTAAAGATATGATGAGGGATTTCAGACTTGGCCATCTAATTTG	1600

C  CT963080.2	400	ACTTGTTTCATCTCATCATGTTTTTGGCGGACTTAAACAGGGTGGGCCTA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1601	ACTTGTTTCATCTCATCATGTTTTTGGCGGACTTAAACAGGGTGGGCCTA	1650

C  CT963080.2	350	AATGGATGGGCGGGCTTTGGCGTCCCGAATGAAATGACGTGAATAATAAT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1651	AATGGATGGGCGGGCTTTGGCGTCCCGAATGAAATGACGTGAATAATAAT	1700

C  CT963080.2	300	GTCTAAAAAAAGCATGTAACAACAAAAATATGATACTCATTACCTATGAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1701	GTCTAAAAAAAGCATGTAACAACAAAAATATGATACTCATTACCTATGAT	1750

C  CT963080.2	250	CAAATAATTTTATATGAAAATATCCTACAAACTGTTCAACTAATGCATAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1751	CAAATAATTTTATATGAAAATATCCTACAAACTGTTCAACTAATGCATAA	1800

C  CT963080.2	200	TTATGTTGTCACGTTGATGTTGCATTATTTGTACAAATAAATTCGTTGTG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1801	TTATGTTGTCACGTTGATGTTGCATTATTTGTACAAATAAATTCGTTGTG	1850

C  CT963080.2	150	GTTGAACAATTTTAAATTCTTGTTTTCTTACCCCTTTCTATCATGAAAGG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1851	GTTGAACAATTTTAAATTCTTGTTTTCTTACCCCTTTCTATCATGAAAGG	1900

C  CT963080.2	100	TTAAAAGGTTAAAAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGTTATAATG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1901	TTAAAAGGTTAAAAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGTTATAATG	1950

C  CT963080.2	50	ATTACCTTTTTTTTTTGTTACCCCTTTAGTAACTGTGATAAATGGACAAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT030192.6	1951	ATTACCTTTTTTTTTTGTTACCCCTTTAGTAACTGTGATAAATGGACAAA	2000

Overview

Query
CT963080.2 - 139569 bps
Hit
CT030192.6 - 112216 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001874200012000-1120001
292.051001482472224869-125888260381
392.21071418140481544153093532331
Short-link