<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU024880.19	72114	AAGCTTTTTGACATTGACTTGCGTAAGTTGTGCTCATTTTGTTTCTACCA	72163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1	AAGCTTTTTGACATTGACTTGCGTAAGTTGTGCTCATTTTGTTTCTACCA	50

CU024880.19	72164	TTTGCACATCTTGTGATTTTTTGATAGAGTTAGACGTTAGTATCATGTTT	72213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	51	TTTGCACATCTTGTGATTTTTTGATAGAGTTAGACGTTAGTATCATGTTT	100

CU024880.19	72214	AAGATGGATCTAAGGATTTCTGAATTGCTAGAGCAGATCCTCAGCAAAAA	72263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	101	AAGATGGATCTAAGGATTTCTGAATTGCTAGAGCAGATCCTCAGCAAAAA	150

CU024880.19	72264	TTAATCATATATACATGATTTACATTCTCTAATATTACGAAACTTGGAAA	72313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	151	TTAATCATATATACATGATTTACATTCTCTAATATTACGAAACTTGGAAA	200

CU024880.19	72314	GCAGGAAAAACTAATAAATTATGAAAATAATACACATCAAATCTTTGTTA	72363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	201	GCAGGAAAAACTAATAAATTATGAAAATAATACACATCAAATCTTTGTTA	250

CU024880.19	72364	TTCACAGAAATTACACCACAAAATATACAACTAAGTTTTATATACATGGT	72413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	251	TTCACAGAAATTACACCACAAAATATACAACTAAGTTTTATATACATGGT	300

CU024880.19	72414	TTGCACGAATTGATTTACCACATTGATTGTGAAAGACATATCTGGTCTGG	72463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	301	TTGCACGAATTGATTTACCACATTGATTGTGAAAGACATATCTGGTCTGG	350

CU024880.19	72464	TTATTGTAAGGTACTATGATACCATCCAAATTCCAAACAAGGGACGTTAA	72513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	351	TTATTGTAAGGTACTATGATACCATCCAAATTCCAAACAAGGGACGTTAA	400

CU024880.19	72514	AGCTTGGTAGTTGTTGTAATTTCAATTTTTAACCTAACGAGTTTCTTGTC	72563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	401	AGCTTGGTAGTTGTTGTAATTTCAATTTTTAACCTAACGAGTTTCTTGTC	450

CU024880.19	72564	CTGTCCAGAAAACTTAAAGCTGATCGCGGAGTATTTTCAGAGAAGTGAAA	72613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	451	CTGTCCAGAAAACTTAAAGCTGATCGCGGAGTATTTTCAGAGAAGTGAAA	500

CU024880.19	72614	CTTTTGGTGGTCCAACTAGAGATTGGATCGGTATTTATGAAGAATGTGCA	72663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	501	CTTTTGGTGGTCCAACTAGAGATTGGATCGGTATTTATGAAGAATGTGCA	550

CU024880.19	72664	ACGTAAGTATTACAAACATTATGTTAGAAGGAAATTTCACCTTCCCTCAT	72713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	551	ACGTAAGTATTACAAACATTATGTTAGAAGGAAATTTCACCTTCCCTCAT	600

CU024880.19	72714	TATATGTTGAAGTTTGAGCAACTCTTTCTAGCCTCATTAATTTTCTGTCA	72763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	601	TATATGTTGAAGTTTGAGCAACTCTTTCTAGCCTCATTAATTTTCTGTCA	650

CU024880.19	72764	GTAATTATTCTTGCCATCATTCTTAATACTTTGCACATTGTCTTTTATAA	72813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	651	GTAATTATTCTTGCCATCATTCTTAATACTTTGCACATTGTCTTTTATAA	700

CU024880.19	72814	TTAATACTGTCCTGCATATGCTACTTTTCAGGATTTTATACCAAGAAATT	72863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	701	TTAATACTGTCCTGCATATGCTACTTTTCAGGATTTTATACCAAGAAATT	750

CU024880.19	72864	GATTATATAAATGAAGGGAAGAATGCTGATAGGTTCCGTCGTGATTTTCG	72913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	751	GATTATATAAATGAAGGGAAGAATGCTGATAGGTTCCGTCGTGATTTTCG	800

CU024880.19	72914	AAACATAAAGTGGGTCCGAGTACCTGTATGTTTCTTTCTGCAATACTAGA	72963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	801	AAACATAAAGTGGGTCCGAGTACCTGTATGTTTCTTTCTGCAATACTAGA	850

CU024880.19	72964	TCCTTTGAAATATTTGTATTGATTTTGCTTCCTTGAAACTTGATTTACTC	73013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	851	TCCTTTGAAATATTTGTATTGATTTTGCTTCCTTGAAACTTGATTTACTC	900

CU024880.19	73014	TGACCTTCATAATCATGTCTCATATATTGCAAACTTGTCGAATATAACCT	73063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	901	TGACCTTCATAATCATGTCTCATATATTGCAAACTTGTCGAATATAACCT	950

CU024880.19	73064	TTATAAATTTCCAATCTCTAGCCCTAATTTTAATATTAACCGCATATCGT	73113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	951	TTATAAATTTCCAATCTCTAGCCCTAATTTTAATATTAACCGCATATCGT	1000

CU024880.19	73114	TCATTTGCACCCTTGTAGCTGGTTTATTGGGATTATACAGCAATGAAGGT	73163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1001	TCATTTGCACCCTTGTAGCTGGTTTATTGGGATTATACAGCAATGAAGGT	1050

CU024880.19	73164	GTTGACCTTGGAGTATGTACCAGGTTATCATCTTGAATAATGCATATTCC	73213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1051	GTTGACCTTGGAGTATGTACCAGGTTATCATCTTGAATAATGCATATTCC	1100

CU024880.19	73214	TTTTCTTTAAATTAAAGCTAATAACTTTATTTCCTTGAAGTGTTGTCTCT	73263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1101	TTTTCTTTAAATTAAAGCTAATAACTTTATTTCCTTGAAGTGTTGTCTCT	1150

CU024880.19	73264	ATCAATATGCCACCGAACCTGGATTCATAATTGCTCTTATTTGATTTTTT	73313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1151	ATCAATATGCCACCGAACCTGGATTCATAATTGCTCTTATTTGATTTTTT	1200

CU024880.19	73314	TTTCTTCCCGGGAGCAGGTATTAAAATAAATCAAGTGGATACACTGACTT	73363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1201	TTTCTTCCCGGGAGCAGGTATTAAAATAAATCAAGTGGATACACTGACTT	1250

CU024880.19	73364	CTCGTGGTTATGATCGATTAAGAATATCATCACGTGCTATTGAGGCGTAC	73413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1251	CTCGTGGTTATGATCGATTAAGAATATCATCACGTGCTATTGAGGCGTAC	1300

CU024880.19	73414	TTGATTCAGGTCTCAACCTTGTTCCTGTCTGAAACTTGATCTAATATCCG	73463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1301	TTGATTCAGGTCTCAACCTTGTTCCTGTCTGAAACTTGATCTAATATCCG	1350

CU024880.19	73464	ATGTTGAATATATTCATCTGATTGGTTCATGGCAATTTTTTTATTTTTTT	73513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1351	ATGTTGAATATATTCATCTGATTGGTTCATGGCAATTTTTTTATTTTTTT	1400

CU024880.19	73514	TTGCTTGTGTTACAGATACTGAAAACAGGTTTCTTTCACGCTGATCCACA	73563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1401	TTGCTTGTGTTACAGATACTGAAAACAGGTTTCTTTCACGCTGATCCACA	1450

CU024880.19	73564	TCCTGGAAATCTTGCTATCGATGTTGATGAATCAATTATTTATTATGACT	73613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1451	TCCTGGAAATCTTGCTATCGATGTTGATGAATCAATTATTTATTATGACT	1500

CU024880.19	73614	TTGGCATGATGGGGGAGATTAAATCTTTCACTCGTGAGAGATTGCTCGAA	73663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1501	TTGGCATGATGGGGGAGATTAAATCTTTCACTCGTGAGAGATTGCTCGAA	1550

CU024880.19	73664	TTGTTTTATTCTGTTTATGAGAAGGATGCCAAAAAGGTCTAGTTTCTTTT	73713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1551	TTGTTTTATTCTGTTTATGAGAAGGATGCCAAAAAGGTCTAGTTTCTTTT	1600

CU024880.19	73714	ATTTTTGCTATACTTGCAATATTTAAAACTTCAAGGTGTTTACTAGTAAC	73763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1601	ATTTTTGCTATACTTGCAATATTTAAAACTTCAAGGTGTTTACTAGTAAC	1650

CU024880.19	73764	TTTGCCGCACAATCATTTTTAACTAAGGTGCAATATTTAAAACTTCGAAC	73813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1651	TTTGCCGCACAATCATTTTTAACTAAGGTGCAATATTTAAAACTTCGAAC	1700

CU024880.19	73814	ATCATTGTAGCAAACAATTATAATCTGATATCTTGATTGTTGATACGCTA	73863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1701	ATCATTGTAGCAAACAATTATAATCTGATATCTTGATTGTTGATACGCTA	1750

CU024880.19	73864	TTAGGAAAACTTTTTCTTTGTCTGCCTGTTTGTGTCTTCTTGTAATGCAA	73913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1751	TTAGGAAAACTTTTTCTTTGTCTGCCTGTTTGTGTCTTCTTGTAATGCAA	1800

CU024880.19	73914	AGATGCGTAAGATATTCACATTCACACACACATTAAGGCTCTTAATTTTT	73963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1801	AGATGCGTAAGATATTCACATTCACACACACATTAAGGCTCTTAATTTTT	1850

CU024880.19	73964	TTTATAATAAGACTGAATTATAGCAAAAATCTGTCCTAATTATCTATTCT	74013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1851	TTTATAATAAGACTGAATTATAGCAAAAATCTGTCCTAATTATCTATTCT	1900

CU024880.19	74014	AATAAAGGAAATACAGTTAGAAACACACACTATTACAACAACTTAATACA	74063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1901	AATAAAGGAAATACAGTTAGAAACACACACTATTACAACAACTTAATACA	1950

CU024880.19	74064	CTGAATTATATATCAGCGATTCAGCATGCCTCTCAGACAGTTTCTCTAAA	74113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT030180.3	1951	CTGAATTATATATCAGCGATTCAGCATGCCTCTCAGACAGTTTCTCTAAA	2000

Overview

Query
CU024880.19 - 74113 bps
Hit
CT030180.3 - 141577 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001901200072114741131120001
21003232314313146211078851079161
Short-link