<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CT967306.8	1	TAGTTAAATATTACATTTCATGGTTTTCATTCTTATGTTTGTTGCTTGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	2000	TAGTTAAATATTACATTTCATGGTTTTCATTCTTATGTTTGTTGCTTGTT	1951

  CT967306.8	51	ATTAATTTCCTGATTTTTTACTTTCCTTAGGTTTCGAACAAAATCTTGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1950	ATTAATTTCCTGATTTTTTACTTTCCTTAGGTTTCGAACAAAATCTTGAT	1901

  CT967306.8	101	GGAAACGCATTGCATAGTTGCAGTCAGATGAAAGATAATAATTTATTGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1900	GGAAACGCATTGCATAGTTGCAGTCAGATGAAAGATAATAATTTATTGCA	1851

  CT967306.8	151	TGGTTATAATGAAAACATAGCCATGATTGGGCTGGATTCCATGCAAAAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1850	TGGTTATAATGAAAACATAGCCATGATTGGGCTGGATTCCATGCAAAAGG	1801

  CT967306.8	201	CAAATTCTACCCTTGAGGATTTTGTAAGTATATATTTCAAGAGTATTTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1800	CAAATTCTACCCTTGAGGATTTTGTAAGTATATATTTCAAGAGTATTTTC	1751

  CT967306.8	251	TTTGATATGCTCAAGATATTCTGCTATAATACTCATCACTTGGTGATTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1750	TTTGATATGCTCAAGATATTCTGCTATAATACTCATCACTTGGTGATTAA	1701

  CT967306.8	301	TTGGGAAAAAATGTGCTAGTAGTTGCATATCATAGCTGTAAGTCTGTGAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1700	TTGGGAAAAAATGTGCTAGTAGTTGCATATCATAGCTGTAAGTCTGTGAC	1651

  CT967306.8	351	AGCCTAAAAGTGGTTGGTCACAGTGGATGTGGGCTGTGATCCCCCAACAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1650	AGCCTAAAAGTGGTTGGTCACAGTGGATGTGGGCTGTGATCCCCCAACAA	1601

  CT967306.8	401	AATTTACTTGCAAATTTTGAGGTTTGAAACCTACAGTTATCTTTCTAGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1600	AATTTACTTGCAAATTTTGAGGTTTGAAACCTACAGTTATCTTTCTAGAG	1551

  CT967306.8	451	GAGGGGGAGGGGGATTTACCTAACCACCATCTTCGGCCCAATAGTATGTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1550	GAGGGGGAGGGGGATTTACCTAACCACCATCTTCGGCCCAATAGTATGTC	1501

  CT967306.8	501	TATCACAACTACGGTGGTGAGGATGCTTAGTCAAAGATTAAAGAAAGCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1500	TATCACAACTACGGTGGTGAGGATGCTTAGTCAAAGATTAAAGAAAGCAA	1451

  CT967306.8	551	TGTGGAAATCTTGGAACCCGGAAATAAACTTGATTGGTATCCTAAGAATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1450	TGTGGAAATCTTGGAACCCGGAAATAAACTTGATTGGTATCCTAAGAATC	1401

  CT967306.8	601	CCTGTCTAACTACCGTATCTATCATATTGATTAATGGATAAATAAAGTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1400	CCTGTCTAACTACCGTATCTATCATATTGATTAATGGATAAATAAAGTTC	1351

  CT967306.8	651	CATTTGCTTGCTTCTTTCTACAGAAAATTAAAACAAGAGTAGTTTGGTAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1350	CATTTGCTTGCTTCTTTCTACAGAAAATTAAAACAAGAGTAGTTTGGTAG	1301

  CT967306.8	701	AAGGCTTGATACAATTTAACAGATGTGCTTAGCCACCTGAAATTTGCTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1300	AAGGCTTGATACAATTTAACAGATGTGCTTAGCCACCTGAAATTTGCTTT	1251

  CT967306.8	751	GTGATTCCAATGTTGACGTGAACTTTTTTTCAGTGCAGATCATATTTTAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1250	GTGATTCCAATGTTGACGTGAACTTTTTTTCAGTGCAGATCATATTTTAT	1201

  CT967306.8	801	GTTTCATGGATTGGATGTAAGCAAGCCACAATCGATCTTCAAATTCTTAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1200	GTTTCATGGATTGGATGTAAGCAAGCCACAATCGATCTTCAAATTCTTAC	1151

  CT967306.8	851	CTATTCTTTCATTCACAGAGAGCTATATTTATCAGGTACATGATGCATTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1150	CTATTCTTTCATTCACAGAGAGCTATATTTATCAGGTACATGATGCATTT	1101

  CT967306.8	901	AGGTGATGGGTGGCGTGGGCCAATTTTTTGGCTTAAAAGCATCACTTTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1100	AGGTGATGGGTGGCGTGGGCCAATTTTTTGGCTTAAAAGCATCACTTTTA	1051

  CT967306.8	951	AGAAAAACTTTGTTCATAATTCTATCTTACTATCCTACAGTTCAACAAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1050	AGAAAAACTTTGTTCATAATTCTATCTTACTATCCTACAGTTCAACAAAT	1001

  CT967306.8	1001	GTACTTTAACAGTAAGTATGAAATATGCAAAAGTTCCTAGTTCTGCTGAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	1000	GTACTTTAACAGTAAGTATGAAATATGCAAAAGTTCCTAGTTCTGCTGAC	951

  CT967306.8	1051	AATTTGTAGCTGTTATCATGCAGTTGGATAAAATGAACGAGAATTTGCTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	950	AATTTGTAGCTGTTATCATGCAGTTGGATAAAATGAACGAGAATTTGCTG	901

  CT967306.8	1101	CAAACACCAAGAAGGAAAGATGAGGTGATTGATCACATTTAAAGTTATTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	900	CAAACACCAAGAAGGAAAGATGAGGTGATTGATCACATTTAAAGTTATTC	851

  CT967306.8	1151	AAATCTTCATTTTTTAAGTAATAATAAATTTCAACTTATATAATTTTAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	850	AAATCTTCATTTTTTAAGTAATAATAAATTTCAACTTATATAATTTTAAT	801

  CT967306.8	1201	TTGCATGTAGAAAGCAACACAAGATTTAGTTTCTTGTTTCTCAACTGACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	800	TTGCATGTAGAAAGCAACACAAGATTTAGTTTCTTGTTTCTCAACTGACC	751

  CT967306.8	1251	CATTTGGACCACTTGTGACTATTTTTGAACAAAGGGGTCTTTTGACTGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	750	CATTTGGACCACTTGTGACTATTTTTGAACAAAGGGGTCTTTTGACTGAA	701

  CT967306.8	1301	AGGTATTATTCTGAATTCATTACCATACCTTTCTTGGGAGTAAGTCAGGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	700	AGGTATTATTCTGAATTCATTACCATACCTTTCTTGGGAGTAAGTCAGGC	651

  CT967306.8	1351	TGAGCTTAATTTGGTCCTTTGTTCTTTTTACTTCTTGAGCTAAGGATAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	650	TGAGCTTAATTTGGTCCTTTGTTCTTTTTACTTCTTGAGCTAAGGATAAC	601

  CT967306.8	1401	CGAAGAACTTAGACACGGGGAAGAGTATTGGGCCCTTGAAAGAAAGCTCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	600	CGAAGAACTTAGACACGGGGAAGAGTATTGGGCCCTTGAAAGAAAGCTCT	551

  CT967306.8	1451	GTCATGCACTGATAAACGAAGAAGAGGTATACATAGTTCATGTACTCTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	550	GTCATGCACTGATAAACGAAGAAGAGGTATACATAGTTCATGTACTCTTT	501

  CT967306.8	1501	TCATTCTCTTCAGAGAATGTATACAAAGAGTGAAATCCTTCTCAATGTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	500	TCATTCTCTTCAGAGAATGTATACAAAGAGTGAAATCCTTCTCAATGTTC	451

  CT967306.8	1551	CTTGTTTGAAATCTAATGATTAATTTGCTACTCAGATTCTTATTGATGAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	450	CTTGTTTGAAATCTAATGATTAATTTGCTACTCAGATTCTTATTGATGAT	401

  CT967306.8	1601	GTGATGAAGGCTATTCATTTAAAGTCTTTTGATTATCGAGTGCTGAATCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	400	GTGATGAAGGCTATTCATTTAAAGTCTTTTGATTATCGAGTGCTGAATCT	351

  CT967306.8	1651	TCTTCTCTATCAACTGCAAGGAGCTAAGGTACACGGATAATAAGCAAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	350	TCTTCTCTATCAACTGCAAGGAGCTAAGGTACACGGATAATAAGCAAAAA	301

  CT967306.8	1701	AATGACGGCAACATAAATTTCTGTATAAACCGACATAAAAATTATTAGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	300	AATGACGGCAACATAAATTTCTGTATAAACCGACATAAAAATTATTAGCT	251

  CT967306.8	1751	AAATATATGTCATCATGAGGATAATTCTATTCTTCTGAATCTGGTTTGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	250	AAATATATGTCATCATGAGGATAATTCTATTCTTCTGAATCTGGTTTGAA	201

  CT967306.8	1801	GGCCGAGGAGTTGCATATGGAGTTCCTTTCAATTTCAGAGTTCTTGGTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	200	GGCCGAGGAGTTGCATATGGAGTTCCTTTCAATTTCAGAGTTCTTGGTGG	151

  CT967306.8	1851	AAGTTTCTGATGATCTGTAAGTACTATTTTTTGTTTCAGATGGTGCTGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	150	AAGTTTCTGATGATCTGTAAGTACTATTTTTTGTTTCAGATGGTGCTGAA	101

  CT967306.8	1901	TAGTGAATACCTTGATATCTCATGCACAAATTCATATGTGAGTAGAATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	100	TAGTGAATACCTTGATATCTCATGCACAAATTCATATGTGAGTAGAATTT	51

  CT967306.8	1951	TGGAGTTGCTTCTATCATGGTGCCTATTTTTTAATAATATTTCAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT030028.4	50	TGGAGTTGCTTCTATCATGGTGCCTATTTTTTAATAATATTTCAAAGCTT	1

Overview

Query
CT967306.8 - 134090 bps
Hit
CT030028.4 - 85486 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link