<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1992 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR933563.5	1	AAGCTTGCATTTTAATGGGGGAAAGATAACACATGAAGGGAAGTTACAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33124	AAGCTTGCATTTTAATGGGGGAAAGATAACACATGAAGGGAAGTTACAAA	33173

CR933563.5	51	GTATGAGGAAGGAAGGAGGAGAGGAAAGAGAGGAGGAAGGAAGGAAGGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33174	GTATGAGGAAGGAAGGAGGAGAGGAAAGAGAGGAGGAAGGAAGGAAGGAA	33223

CR933563.5	101	GGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33224	GGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGG	33273

CR933563.5	151	AAGGAAGGAAGGAAGGAAG--------AGAGGGAGGGAAGGACCCACACA	192
			|||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| |
CT027995.2	33274	AAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAGAGGGAGGGAAGGACCCACATA	33323

CR933563.5	193	GGAGCATGGTAGAAAAAGAAAGAAGTCCTGAGGCTCAGGAGTGGAGCCCA	242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33324	GGAGCATGGTAGAAAAAGAAAGAAGTCCTGAGGCTCAGGAGTGGAGCCCA	33373

CR933563.5	243	GAGAGGAAGGAAGAAGTGCAGATGACTGGCCTGGGCACTTCTTTTAAAAT	292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33374	GAGAGGAAGGAAGAAGTGCAGATGACTGGCCTGGGCACTTCTTTTAAAAT	33423

CR933563.5	293	GGAGGTTTCAAGAGAAGTTGAGGAATCAGAGGAAGGGGCCACAGGGGCAA	342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33424	GGAGGTTTCAAGAGAAGTTGAGGAATCAGAGGAAGGGGCCACAGGGGCAA	33473

CR933563.5	343	AGAAAGGCACAGGAGAAAAGGGATCTTCCATACTGAGAAAGCTACTAAAC	392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33474	AGAAAGGCACAGGAGAAAAGGGATCTTCCATACTGAGAAAGCTACTAAAC	33523

CR933563.5	393	ATGGTAGGGATACAAATCCTGAGAGTCAAGAGCAGTGAGATACTCCAGAG	442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33524	ATGGTAGGGATACAAATCCTGAGAGTCAAGAGCAGTGAGATACTCCAGAG	33573

CR933563.5	443	AAACCTGTAGTTTGGAATATATAAAACAGTGGAAAGACCACTCACTGTGG	492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33574	AAACCTGTAGTTTGGAATATATAAAACAGTGGAAAGACCACTCACTGTGG	33623

CR933563.5	493	AGTCATATGATTGTAATCAATCTCTCTCACTTACTATACTCCTCATATTA	542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33624	AGTCATATGATTGTAATCAATCTCTCTCACTTACTATACTCCTCATATTA	33673

CR933563.5	543	GCTGTAAGACTTTGGGCTAGTCCCTCTCACTCTCTAGGACTCCATTTCTC	592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33674	GCTGTAAGACTTTGGGCTAGTCCCTCTCACTCTCTAGGACTCCATTTCTC	33723

CR933563.5	593	CATCTGTATTATTATTGTTATTATTATTAGTGAAAATAATAATAATAAAC	642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33724	CATCTGTATTATTATTGTTATTATTATTAGTGAAAATAATAATAATAAAC	33773

CR933563.5	643	TAACATTTAAGGTTTGCAAGTGACTTTGCAAATGAGTTTGTTGATCTCAT	692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33774	TAACATTTAAGGTTTGCAAGTGACTTTGCAAATGAGTTTGTTGATCTCAT	33823

CR933563.5	693	TTGATCAACAAACCTGGGAGATAAGTACATTTTACAGATGAAGAAACTGA	742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33824	TTGATCAACAAACCTGGGAGATAAGTACATTTTACAGATGAAGAAACTGA	33873

CR933563.5	743	GGCAGCAAAATTTAAGTGATTTAAACAAACTCATTTAATTAATTAATGAA	792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33874	GGCAGCAAAATTTAAGTGATTTAAACAAACTCATTTAATTAATTAATGAA	33923

CR933563.5	793	ATTTAAGGGGCTGTACCATAGTATCTCAAAGTTTTTAGGGGCAGCTACGT	842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33924	ATTTAAGGGGCTGTACCATAGTATCTCAAAGTTTTTAGGGGCAGCTACGT	33973

CR933563.5	843	GGCATAGTAGATAGAGCACCAGCCCTGGAGTCAGGAGGACCTGAGTTTAA	892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	33974	GGCATAGTAGATAGAGCACCAGCCCTGGAGTCAGGAGGACCTGAGTTTAA	34023

CR933563.5	893	ATCCACCCTCAGACACTTGACATTTACTGGCTGTGTGACCCTGGGCATGT	942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34024	ATCCACCCTCAGACACTTGACATTTACTGGCTGTGTGACCCTGGGCATGT	34073

CR933563.5	943	CATTTAACCCTGATTGCCTCCAAAAAAAAGTTTTTCTCCAGCTCTAAATA	992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34074	CATTTAACCCTGATTGCCTCCAAAAAAAAGTTTTTCTCCAGCTCTAAATA	34123

CR933563.5	993	TCCTGTGATACTGTTAATCTACCTACCAAAGTCCCATCAATTTAGTCCTT	1042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34124	TCCTGTGATACTGTTAATCTACCTACCAAAGTCCCATCAATTTAGTCCTT	34173

CR933563.5	1043	GGCATGTAACTCATCTGCCTGAGATGTCCTCTTAAAAATATATATTGCTG	1092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34174	GGCATGTAACTCATCTGCCTGAGATGTCCTCTTAAAAATATATATTGCTG	34223

CR933563.5	1093	ATCAAAGGAGGATCTTCTTGTTGAAAAGAATCATTAGCAGAGGAATTAGT	1142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34224	ATCAAAGGAGGATCTTCTTGTTGAAAAGAATCATTAGCAGAGGAATTAGT	34273

CR933563.5	1143	AGTTCAGTGAAAAGAGCACTAGATTCAAGGTCAGGAGACGTGGATTCAAG	1192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34274	AGTTCAGTGAAAAGAGCACTAGATTCAAGGTCAGGAGACGTGGATTCAAG	34323

CR933563.5	1193	GCTTCCTTCCAGCTCTGGGTATCTGTGACAACGCAGGGTATGTTGTACTG	1242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34324	GCTTCCTTCCAGCTCTGGGTATCTGTGACAACGCAGGGTATGTTGTACTG	34373

CR933563.5	1243	GATGACGCACTTAACTATTTTCTGTTAACTTGAACAGAATGTCTTAGGAA	1292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34374	GATGACGCACTTAACTATTTTCTGTTAACTTGAACAGAATGTCTTAGGAA	34423

CR933563.5	1293	TCACTGAACCACTTTGCCATCAGCATTTGCCCCATCCCTCCAAAACTGCA	1342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34424	TCACTGAACCACTTTGCCATCAGCATTTGCCCCATCCCTCCAAAACTGCA	34473

CR933563.5	1343	GTCAACAATCCTGGTGTTCTGAGTCTGTGCCTCATGCTTGGGCTGGGGTG	1392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34474	GTCAACAATCCTGGTGTTCTGAGTCTGTGCCTCATGCTTGGGCTGGGGTG	34523

CR933563.5	1393	GGATGGGCATCAGAAGAAAGGACTCCTTGGGTAGTCCTGTGGCTACTGTC	1442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34524	GGATGGGCATCAGAAGAAAGGACTCCTTGGGTAGTCCTGTGGCTACTGTC	34573

CR933563.5	1443	GCCTCCATGGCTCCTGGGCTGCCTTCTCAACAACGCTTTCCTTATGCAGC	1492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34574	GCCTCCATGGCTCCTGGGCTGCCTTCTCAACAACGCTTTCCTTATGCAGC	34623

CR933563.5	1493	CCAACCTGATTCAGATACTCCTTCTGGAGCAAGAGCTGCCAACTTTTGGT	1542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34624	CCAACCTGATTCAGATACTCCTTCTGGAGCAAGAGCTGCCAACTTTTGGT	34673

CR933563.5	1543	GGAAATGGACTTCTCCCAAATCAAAAAAAAAAAAAAATCTACAAATTCAG	1592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34674	GGAAATGGACTTCTCCCAAATCAAAAAAAAAAAAAAATCTACAAATTCAG	34723

CR933563.5	1593	AGAACTCAGAGACCATGTAGTCCAACCTGTGTTTGAAAATTATAAATCCC	1642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34724	AGAACTCAGAGACCATGTAGTCCAACCTGTGTTTGAAAATTATAAATCCC	34773

CR933563.5	1643	CAAGCAATCATCTAGCCTCCACTTGAAGACTTCCAGTGATAGGGATCTTA	1692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34774	CAAGCAATCATCTAGCCTCCACTTGAAGACTTCCAGTGATAGGGATCTTA	34823

CR933563.5	1693	GACCCTCCTAAAGAAGCCCCTGCCGTCCCTTCCTCTGATTGGTCTGTTTC	1742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34824	GACCCTCCTAAAGAAGCCCCTGCCGTCCCTTCCTCTGATTGGTCTGTTTC	34873

CR933563.5	1743	TCTTAAAACCTCCATTTTCAAGGAAATGCCCATCTTCACTCCTTCATTCC	1792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34874	TCTTAAAACCTCCATTTTCAAGGAAATGCCCATCTTCACTCCTTCATTCC	34923

CR933563.5	1793	TCTCTGGGATCCTCTCCTGACTCTCAGGACTTCTTTCCTTCTCCACCATG	1842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34924	TCTCTGGGATCCTCTCCTGACTCTCAGGACTTCTTTCCTTCTCCACCATG	34973

CR933563.5	1843	CCTCTATGTGGATACTTTCTTTCTCTCCTCCCTCTTCACCCAATGCTTTT	1892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	34974	CCTCTATGTGGATACTTTCTTTCTCTCCTCCCTCTTCACCCAATGCTTTT	35023

CR933563.5	1893	CAGATTCTTTTCATGTGGTACCTCCCCCCATTAGAAAGTAAGATTTTGAG	1942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	35024	CAGATTCTTTTCATGTGGTACCTCCCCCCATTAGAAAGTAAGATTTTGAG	35073

CR933563.5	1943	GACAGGGATTTGTATTGTATTGAATTGTATTTGTATCCCCAGTAATTAGT	1992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT027995.2	35074	GACAGGGATTTGTATTGTATTGAATTGTATTTGTATCCCCAGTAATTAGT	35123

Compact alignment

skip 150 bps 100% identity alignment

CR933563.5	151	AAGGAAGGAAGGAAGGAAG--------AGAGGGAGGGAAGGACCCACACA	192
			|||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| |
CT027995.2	33274	AAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAGAGGGAGGGAAGGACCCACATA	33323

skip 1800 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR933563.5 - 179531 bps
Hit
CT027995.2 - 35123 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1992 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.551946199211992133124351231
295.883597761721891590111
310033671214561215221894390091
490.69167925163438036895-112784153171
589.2174027814452947309-112784155311
676.83341513416134311-115381155311
784.7278144116337116480-132096322391
881.4279182100027100208-132104322861
91003265121455121519133206332701
Short-link