<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX957262.7	2000	TGCCGATAGCGTAAAGTGCTTTCTGGGAGGCGAGTCTTTAATACTCATTA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1	TGCCGATAGCGTAAAGTGCTTTCTGGGAGGCGAGTCTTTAATACTCATTA	50

C  BX957262.7	1950	TGTACAGTATACATTATGTATGCATTATGTATGTATGTATATATTTATAC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	51	TGTACAGTATACATTATGTATGCATTATGTATGTATGTATATATTTATAC	100

C  BX957262.7	1900	ACACACTACCTTATAAAAGTCTTGTCATGATTCCCAGTTGTAAGAGCAAC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	101	ACACACTACCTTATAAAAGTCTTGTCATGATTCCCAGTTGTAAGAGCAAC	150

C  BX957262.7	1850	AAATAATAACTCGACTTCTAGTTGATCATTTGGAAATTTTTAGATGGATC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	151	AAATAATAACTCGACTTCTAGTTGATCATTTGGAAATTTTTAGATGGATC	200

C  BX957262.7	1800	ATCTTTTAACTGCATCCCAATCATCGCAAATACTGCAGAAGACCTACTGG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	201	ATCTTTTAACTGCATCCCAATCATCGCAAATACTGCAGAAGACCTACTGG	250

C  BX957262.7	1750	AGCCCTTATGGACCCAAGATTCTTACAGAAATCAGAAGTTTGATGAAGTA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	251	AGCCCTTATGGACCCAAGATTCTTACAGAAATCAGAAGTTTGATGAAGTA	300

C  BX957262.7	1700	AAAATCAGAGTTTGGGGTTACATTCAGTATGGGGGTGTGTGAGAGATCTG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	301	AAAATCAGAGTTTGGGGTTACATTCAGTATGGGGGTGTGTGAGAGATCTG	350

C  BX957262.7	1650	CAGAGTGGATGACAACATCAACAGCCTGAGGTATCAAGACATTTGTGCTG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	351	CAGAGTGGATGACAACATCAACAGCCTGAGGTATCAAGACATTTGTGCTG	400

C  BX957262.7	1600	CCTGTTACATTACAAACCACAGGAGACGGCAAATTCTTCAGCAGGATAGC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	401	CCTGTTACATTACAAACCACAGGAGACGGCAAATTCTTCAGCAGGATAGC	450

C  BX957262.7	1550	CCTCCTTCTCATACTACATGCACTACACTACATACTACATCATTCTACAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	451	CCTCCTTCTCATACTACATGCACTACACTACATACTACATCATTCTACAT	500

C  BX957262.7	1500	CAAAGTTCCTTAAAGCAAAGAAGGTTAAGGTGCTTCCGGTTTGAAACTAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	501	CAAAGTTCCTTAAAGCAAAGAAGGTTAAGGTGCTTCCGGTTTGAAACTAA	550

C  BX957262.7	1450	TTTTTGAAGCTGCGTCATGGACATGACATAATAGTGTTGTATTCCAGCGT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	551	TTTTTGAAGCTGCGTCATGGACATGACATAATAGTGTTGTATTCCAGCGT	600

C  BX957262.7	1400	GCAGACTGGACGTCTGTGCCAGAGTGTGTCTTATTACGTCTTACAGTGTG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	601	GCAGACTGGACGTCTGTGCCAGAGTGTGTCTTATTACGTCTTACAGTGTG	650

C  BX957262.7	1350	CTGCATTAATGCTTGAGTAAATGTTACGACTGAAGTTTATTTATTTGTTT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	651	CTGCATTAATGCTTGAGTAAATGTTACGACTGAAGTTTATTTATTTGTTT	700

C  BX957262.7	1300	ATTATTGCGGATTGTACTCTTTTTCATTTGTCCCGCCTCCTTGCTGTTTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	701	ATTATTGCGGATTGTACTCTTTTTCATTTGTCCCGCCTCCTTGCTGTTTT	750

C  BX957262.7	1250	TCTGTTGTCTTATAGGCTCCCACGCCGGCGTGATTCCCTGCTCTGATTGG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	751	TCTGTTGTCTTATAGGCTCCCACGCCGGCGTGATTCCCTGCTCTGATTGG	800

C  BX957262.7	1200	CTGCTGGTCTACGAGGCCTGTATATAAGGGAGCTTCCGGCAGGGATCGGA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	801	CTGCTGGTCTACGAGGCCTGTATATAAGGGAGCTTCCGGCAGGGATCGGA	850

C  BX957262.7	1150	GAGCTCATTTCTGCTGCGTTCGGTGTTTGGAGTGGAGCTCCTGCGTTTCC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	851	GAGCTCATTTCTGCTGCGTTCGGTGTTTGGAGTGGAGCTCCTGCGTTTCC	900

C  BX957262.7	1100	CTCACCCCTTCGGCCGACGACCAACAATAATCAACTTTGTATTGATGACC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	901	CTCACCCCTTCGGCCGACGACCAACAATAATCAACTTTGTATTGATGACC	950

C  BX957262.7	1050	ATCCTATGCATGAATAGTTTTTGAGAGTTTGAGCGTGTAGGTGTGACCTG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	951	ATCCTATGCATGAATAGTTTTTGAGAGTTTGAGCGTGTAGGTGTGACCTG	1000

C  BX957262.7	1000	CCTATTTATTTGATTACGTTTGACTTTGTTTATGGGAGTAAGGTAAGATT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1001	CCTATTTATTTGATTACGTTTGACTTTGTTTATGGGAGTAAGGTAAGATT	1050

C  BX957262.7	950	CTTGTATTTTTATTTAAATAGTATTAGGTAATTTAGTGGATTTGTTTTGT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1051	CTTGTATTTTTATTTAAATAGTATTAGGTAATTTAGTGGATTTGTTTTGT	1100

C  BX957262.7	900	AGATTCTTTTGTTTGTTATTTTGGCCTGTGGTCACCCTGACGAAATGCTC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1101	AGATTCTTTTGTTTGTTATTTTGGCCTGTGGTCACCCTGACGAAATGCTC	1150

C  BX957262.7	850	ATCTATATAAACCCTATTTTTCTATAATAAATATCTTTTATATATACTCT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1151	ATCTATATAAACCCTATTTTTCTATAATAAATATCTTTTATATATACTCT	1200

C  BX957262.7	800	CAATTGAGTGTGTGAGTTTGGTTGTCGACCGAAGGGAATCTTTTGCTTTA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1201	CAATTGAGTGTGTGAGTTTGGTTGTCGACCGAAGGGAATCTTTTGCTTTA	1250

C  BX957262.7	750	AGTTTTGTTTAGTTTGGGAAATCCACCACCCCAACACATTTGTTTTTTCT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1251	AGTTTTGTTTAGTTTGGGAAATCCACCACCCCAACACATTTGTTTTTTCT	1300

C  BX957262.7	700	TCGTTTATTATGCCCTTTTTGTTTCCCCTAGACTTGGGGCGTAATAGTAA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1301	TCGTTTATTATGCCCTTTTTGTTTCCCCTAGACTTGGGGCGTAATAGTAA	1350

C  BX957262.7	650	AGCTTGGTTCAAACCAATCAGCGCGCTCTATTGTGCAACTTCATTAATAT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1351	AGCTTGGTTCAAACCAATCAGCGCGCTCTATTGTGCAACTTCATTAATAT	1400

C  BX957262.7	600	TCATTACTGTCACAGTGTTTAGACGACTGAGACGCCACGTTGTGTTGGCA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1401	TCATTACTGTCACAGTGTTTAGACGACTGAGACGCCACGTTGTGTTGGCA	1450

C  BX957262.7	550	AAACAAGCGTGAAGTGTTGCTTTTATAGTTTGCTGCAGTTAAGTTTTGTT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1451	AAACAAGCGTGAAGTGTTGCTTTTATAGTTTGCTGCAGTTAAGTTTTGTT	1500

C  BX957262.7	500	TTCATTTTCTCTCTGTGAGAGCGCAGCTGGAGTCACGCGTGGATTACAGT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1501	TTCATTTTCTCTCTGTGAGAGCGCAGCTGGAGTCACGCGTGGATTACAGT	1550

C  BX957262.7	450	GTACGCGACGCTCGACAACAATAACTTACGTGTCTAAGGAGGATTATTGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1551	GTACGCGACGCTCGACAACAATAACTTACGTGTCTAAGGAGGATTATTGT	1600

C  BX957262.7	400	TTACCTGAGAGCTGTTCTCATCTGCAAATGCTGAGATCCAGATTTGCTTG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1601	TTACCTGAGAGCTGTTCTCATCTGCAAATGCTGAGATCCAGATTTGCTTG	1650

C  BX957262.7	350	TAGTCTCCTCTTAATAAAGACGCGGCTCTAGTTGCTGGTGATTGTCTTGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1651	TAGTCTCCTCTTAATAAAGACGCGGCTCTAGTTGCTGGTGATTGTCTTGT	1700

C  BX957262.7	300	CTCTACAAGTTTGGTAAGTGAGTGACCAGTGCTCTTTGTTTATTCAGTTT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1701	CTCTACAAGTTTGGTAAGTGAGTGACCAGTGCTCTTTGTTTATTCAGTTT	1750

C  BX957262.7	250	GTTCGTATCTAACAAACAATTGCACCGAGTCTAAACATGTTAGCACTACA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1751	GTTCGTATCTAACAAACAATTGCACCGAGTCTAAACATGTTAGCACTACA	1800

C  BX957262.7	200	ACCAAACTTTAACCTCGTGTAGGATTTTTACCGCATTTTGTGACCGGAAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1801	ACCAAACTTTAACCTCGTGTAGGATTTTTACCGCATTTTGTGACCGGAAT	1850

C  BX957262.7	150	AACCCACGCGGCTTTCTAAGTTTCCGGGAAATGCTGAGTTTTTTTTTCTC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1851	AACCCACGCGGCTTTCTAAGTTTCCGGGAAATGCTGAGTTTTTTTTTCTC	1900

C  BX957262.7	100	TCATTCGCCGTGCGGTATCAAACATTGCATGAAAAATGCACGCTTAGAGC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1901	TCATTCGCCGTGCGGTATCAAACATTGCATGAAAAATGCACGCTTAGAGC	1950

C  BX957262.7	50	ATTTCCTCGAATCAAATATCTCGTTTGTCGCGAGGGACATGAATGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT027799.12	1951	ATTTCCTCGAATCAAATATCTCGTTTGTCGCGAGGGACATGAATGAATTC	2000

Overview

Query
BX957262.7 - 143812 bps
Hit
CT027799.12 - 41575 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001960200012000-1120001
294.2112138477354787215336701
394.811121355214952283-15366701
484.6233673047868485971134620801
593.684125315162352153-1134618671
691.781061445127351416-1208922341
782.2912571134081136641394641981
883.23102342121495121836-1400043271
978.47822581276171278741578560441
1087.8380140128376128515-1590760541
1185.79801839806498246-1873689181
1288.5651481111781113251885490011
1390.4357115130767130881-1945395671
1488.465613079078792071945895871
1595.271071699806098228-1945896261
1690.42791701111141112831946096261
1798.1751051108751109791949395971
1887.0873150113483113632-120337204831
1987.3373145121676121820120342204831
2092.651041367506475199-126628267631
2183.46154354128303128656-126629269971
2287.07691176751967635126633267481
2382.283193127611127803-140658408481
Short-link