<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT025558.1	1	GAATTCTCCCACTTTTTATTTTGACATATTGATATTTCCATAAACTTGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192010	GAATTCTCCCACTTTTTATTTTGACATATTGATATTTCCATAAACTTGCA	192059

CT025558.1	51	AGTGGAAAATAAGCTGTTTAATAAAAGCCTTCTTACGTATATAATATACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192060	AGTGGAAAATAAGCTGTTTAATAAAAGCCTTCTTACGTATATAATATACA	192109

CT025558.1	101	GAAATTATTTTAGAAGTCTGTTCATATAACAGATTATTTTGGCACTAACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192110	GAAATTATTTTAGAAGTCTGTTCATATAACAGATTATTTTGGCACTAACA	192159

CT025558.1	151	AAAATTGTATACAATCCATCAATTGTATGGCTAGAAATGAAACCATCACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192160	AAAATTGTATACAATCCATCAATTGTATGGCTAGAAATGAAACCATCACT	192209

CT025558.1	201	AAACCAAGACACACAGGGCTTTCCTGCACTTAGTTTCAGGAAAAAGTTCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192210	AAACCAAGACACACAGGGCTTTCCTGCACTTAGTTTCAGGAAAAAGTTCC	192259

CT025558.1	251	AAGTAATTCTTACTGTGTTAGAAGAATAAAGTACATTTGTCATAGTATAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192260	AAGTAATTCTTACTGTGTTAGAAGAATAAAGTACATTTGTCATAGTATAC	192309

CT025558.1	301	ATTATCATATTCCCTTAAAGCAGGGACTAAAGTTTTTAAATTAAACAATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192310	ATTATCATATTCCCTTAAAGCAGGGACTAAAGTTTTTAAATTAAACAATG	192359

CT025558.1	351	TCCAGGCTTACTTCTGTCTGTACATTCAGGAATAATCATATCACTGGTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192360	TCCAGGCTTACTTCTGTCTGTACATTCAGGAATAATCATATCACTGGTTA	192409

CT025558.1	401	CATACAATTCTCTCCTCATGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTCAAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192410	CATACAATTCTCTCCTCATGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTCAAAA	192459

CT025558.1	451	AAAAAAAACCAAAACCTGTTTTTTTCTTAAGTCTAATTAAGCCAAACAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192460	AAAAAAAACCAAAACCTGTTTTTTTCTTAAGTCTAATTAAGCCAAACAAA	192509

CT025558.1	501	CTAATAATAGCAATTTAATTAGCAAGCTATAAATCAGAGAGGTATAAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192510	CTAATAATAGCAATTTAATTAGCAAGCTATAAATCAGAGAGGTATAAAAA	192559

CT025558.1	551	TTCAGCAGTTAAACTGTATTTCCCGCCTATAGTACTGCTGCTACTCAATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192560	TTCAGCAGTTAAACTGTATTTCCCGCCTATAGTACTGCTGCTACTCAATC	192609

CT025558.1	601	ATTTTCTTCATGTATTAGAAGAATTAATAGGCATTGATGGTCAAAATAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192610	ATTTTCTTCATGTATTAGAAGAATTAATAGGCATTGATGGTCAAAATAAG	192659

CT025558.1	651	AATTTCAATATTGCAGCAAATGACAGAGGAGTGAGCGAAAGAGTTCCTAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192660	AATTTCAATATTGCAGCAAATGACAGAGGAGTGAGCGAAAGAGTTCCTAA	192709

CT025558.1	701	TGTGTGACAGTCTTAATGATTCTTTAAAAGGTAAAGGATTGTGTGCATGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192710	TGTGTGACAGTCTTAATGATTCTTTAAAAGGTAAAGGATTGTGTGCATGT	192759

CT025558.1	751	GTGTGGAAAGGAGTAGGAAATAAAAGTAGGAGGTTAAGACAGGTGTTTAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192760	GTGTGGAAAGGAGTAGGAAATAAAAGTAGGAGGTTAAGACAGGTGTTTAT	192809

CT025558.1	801	AGGGAATGCCAAGATAGCTGCATTAGAATGTTTATTTTTTAAAAAACTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192810	AGGGAATGCCAAGATAGCTGCATTAGAATGTTTATTTTTTAAAAAACTGA	192859

CT025558.1	851	AGTCTGCCCAGTGTACCAAAAACATTAAAAAAAAAAAGCAGACATTAGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192860	AGTCTGCCCAGTGTACCAAAAACATTAAAAAAAAAAAGCAGACATTAGTG	192909

CT025558.1	901	CAAGTTTAACCTGTGAGAAAAAAGCTAGTTTTGATGAGAAAAAGTTCAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192910	CAAGTTTAACCTGTGAGAAAAAAGCTAGTTTTGATGAGAAAAAGTTCAGT	192959

CT025558.1	951	CTTTTCCTTGTAAATACAAAGAAATGCAACAGGAATTTTAAAGGTAGTAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	192960	CTTTTCCTTGTAAATACAAAGAAATGCAACAGGAATTTTAAAGGTAGTAG	193009

CT025558.1	1001	GCCAGAAAATGTAACAGGAATTTTAAAGGTAGTAGGCCAGAAAATGTAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193010	GCCAGAAAATGTAACAGGAATTTTAAAGGTAGTAGGCCAGAAAATGTAAC	193059

CT025558.1	1051	AGTAACTCTTACAATCCTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193060	AGTAACTCTTACAATCCTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTT	193109

CT025558.1	1101	GAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCACGATCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193110	GAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCACGATCT	193159

CT025558.1	1151	CGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCGTCCTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193160	CGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCGTCCTCA	193209

CT025558.1	1201	GCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACGCCTGGCTAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193210	GCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACGCCTGGCTAGT	193259

CT025558.1	1251	TTTTTGTATTTTTTTTTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGGTAGTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193260	TTTTTGTATTTTTTTTTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGGTAGTC	193309

CT025558.1	1301	AGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193310	AGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCA	193359

CT025558.1	1351	AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCAGGTCACAATCCTTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193360	AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCAGGTCACAATCCTTTT	193409

CT025558.1	1401	CAATTAAACAGACAAATCAAGTTGAAGACAAGTGTTAAAATACTATTCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193410	CAATTAAACAGACAAATCAAGTTGAAGACAAGTGTTAAAATACTATTCAG	193459

CT025558.1	1451	CCTGAATATTTATCAGCATATATATCCTGTTGTTCAATTGGCTTTTGGTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193460	CCTGAATATTTATCAGCATATATATCCTGTTGTTCAATTGGCTTTTGGTT	193509

CT025558.1	1501	AAAAAAAAAAGTCAACAAACTTTATAAGAGCTATCACCACATTTAGAGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193510	AAAAAAAAAAGTCAACAAACTTTATAAGAGCTATCACCACATTTAGAGTG	193559

CT025558.1	1551	ATGAAAATAAATTAGTTCCCCCCCAAAGATATTGTTTAACCTCTAAAGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193560	ATGAAAATAAATTAGTTCCCCCCCAAAGATATTGTTTAACCTCTAAAGCA	193609

CT025558.1	1601	TGAAAAGCTATATAATATACAAATTAACCAGTGTTTTTACAAAAGTAATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193610	TGAAAAGCTATATAATATACAAATTAACCAGTGTTTTTACAAAAGTAATA	193659

CT025558.1	1651	CAGTTTTGGACTGATGATATTACACCGTATTTGTGGTAAAAGTACTAGGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193660	CAGTTTTGGACTGATGATATTACACCGTATTTGTGGTAAAAGTACTAGGC	193709

CT025558.1	1701	GCAAGAATATATATATCAATTAGGCATTTTCAGTCTAATCAGTCTTTAAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193710	GCAAGAATATATATATCAATTAGGCATTTTCAGTCTAATCAGTCTTTAAG	193759

CT025558.1	1751	GTTTTCATTTAATTCTTGGCAATATATAATAACTGGTATGCATTTTGGTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193760	GTTTTCATTTAATTCTTGGCAATATATAATAACTGGTATGCATTTTGGTA	193809

CT025558.1	1801	CTTAAGTCATGACTTGTGGAGAACGAGAAGCAATGTGTTATAGCAACGGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193810	CTTAAGTCATGACTTGTGGAGAACGAGAAGCAATGTGTTATAGCAACGGG	193859

CT025558.1	1851	GTTCATATCTAACAAACAATTAGAGTGTTGAACAAATCTCTTCTATGAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193860	GTTCATATCTAACAAACAATTAGAGTGTTGAACAAATCTCTTCTATGAAC	193909

CT025558.1	1901	TTCGTGATTTATTTTGCTGTTGGTCACTTGCAGTAGATCCTTGATTTGAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193910	TTCGTGATTTATTTTGCTGTTGGTCACTTGCAGTAGATCCTTGATTTGAT	193959

CT025558.1	1951	TCTTCCGTATTCCTGCTTTCTCCATGTGCAGTCTCTAACATTTCTTCAAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT025621.2	193960	TCTTCCGTATTCCTGCTTTCTCCATGTGCAGTCTCTAACATTTCTTCAAC	194009

Overview

Query
CT025558.1 - 163525 bps
Hit
CT025621.2 - 194009 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193320001200011920101940091
289.61862791029291032071621864961
394.49601742148629149370-1914998911
491.79218305107970108274-115111154151
590.11993053756837872115111154131
690.612042984211242409115112154091
790.3320330810771384-115116154151
895.22269334149612149945142691430251
993.777841009148613149621-143025440351
1087.48251472149332149803148645491151
1185.87288533148802149334-150076506061
1288.82199311107964108274-156557568691
1388.551912974211242408156558568541
1492.83224293107982108274159131594231
1581.33711078149264150341-11022361032991
1682.4742211233022031342-11024331035391
1788.8118929410797010826311150781153721
1879.47924299515033915333311179931209831
1981.67286707298733057911884491891521
2089.82033121073138411904841907871
2191.8622630710797010827611904881907941
2290.711972818133841311905041907831
2390.2920330110796910826911930851933931
Short-link