<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974468.5	1	AAGCTTAGGGGGGTGACATTGGTGGAATTGTGATTTAATGATGGCTTTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54137	AAGCTTAGGGGGGTGACATTGGTGGAATTGTGATTTAATGATGGCTTTGG	54186

CR974468.5	51	AGGATTTGAAGGATTATGGTGTGGAGGATGAGGAACCAGCTGCTTTTGCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54187	AGGATTTGAAGGATTATGGTGTGGAGGATGAGGAACCAGCTGCTTTTGCT	54236

CR974468.5	101	CGCTTGAGGCACTGGGGACTGAGCTGCGGGAAGTGGGCTTAAACGGTAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54237	CGCTTGAGGCACTGGGGACTGAGCTGCGGGAAGTGGGCTTAAACGGTAAT	54286

CR974468.5	151	GGCTGCGATTTAGAGTAGACAGGTTAGTGGCGATGGCTGCCAGTGGGATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54287	GGCTGCGATTTAGAGTAGACAGGTTAGTGGCGATGGCTGCCAGTGGGATG	54336

CR974468.5	201	CTGAGAAAGCGCCTTCTTGGGAAAACACTATCTGATGGAAATGGAAGCAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54337	CTGAGAAAGCGCCTTCTTGGGAAAACACTATCTGATGGAAATGGAAGCAG	54386

CR974468.5	251	TGGGAGGATGACAGGTGACCTAGACCCTATAGCATGGGACTTTGGGAGCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54387	TGGGAGGATGACAGGTGACCTAGACCCTATAGCATGGGACTTTGGGAGCT	54436

CR974468.5	301	TGTGGGGAGGCAGGCTCCCTGGAGAGTGACGGGGTGGTCTTGGCTGTAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54437	TGTGGGGAGGCAGGCTCCCTGGAGAGTGACGGGGTGGTCTTGGCTGTAGC	54486

CR974468.5	351	AAGGACAGAGCACACACCTCAGGGAAGCATGGCATGTATGCAAAAGCTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54487	AAGGACAGAGCACACACCTCAGGGAAGCATGGCATGTATGCAAAAGCTCA	54536

CR974468.5	401	GGACTTGTGGATCTAGCCTCTGGACGACACCTCCCCTGAGAATCTATAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54537	GGACTTGTGGATCTAGCCTCTGGACGACACCTCCCCTGAGAATCTATAAT	54586

CR974468.5	451	CTAACCCCTTCTGCAGCCCATCTTTCTCAGTGAATTAAAAGAAAGACCAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54587	CTAACCCCTTCTGCAGCCCATCTTTCTCAGTGAATTAAAAGAAAGACCAG	54636

CR974468.5	501	CTAAGTTCCCATCGTAGCTCAGTGGAAACGAATCTGACTAGCATCCATGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54637	CTAAGTTCCCATCGTAGCTCAGTGGAAACGAATCTGACTAGCATCCATGA	54686

CR974468.5	551	GGACGCAGGTTTGATCCCTGGCCTCTCTCAGTGGGTTAAGGATCTGGCAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54687	GGACGCAGGTTTGATCCCTGGCCTCTCTCAGTGGGTTAAGGATCTGGCAT	54736

CR974468.5	601	TGCCATAAGATGTGGTGTAGGTCTCAGATGCGGCTTGGATCTGGTGTTGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54737	TGCCATAAGATGTGGTGTAGGTCTCAGATGCGGCTTGGATCTGGTGTTGC	54786

CR974468.5	651	TGTATCTGTGGCTCAGGCCTGCAGCTACAGCTCTGATTCAACTCCCAGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54787	TGTATCTGTGGCTCAGGCCTGCAGCTACAGCTCTGATTCAACTCCCAGCC	54836

CR974468.5	701	TGGGAACCTCTGTATGCCATGGGTGTGGCCCAAAAAAAAGGACAAAAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54837	TGGGAACCTCTGTATGCCATGGGTGTGGCCCAAAAAAAAGGACAAAAAAA	54886

CR974468.5	751	GAATGACAAGGGAGGTATTCCCTTGTGGTGCATCAGGTTAAGGATCCAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54887	GAATGACAAGGGAGGTATTCCCTTGTGGTGCATCAGGTTAAGGATCCAGC	54936

CR974468.5	801	GTTGTCACTGCAGCGGCTTGGGTCACTACTGTGATGTGGGTTCGACCCCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54937	GTTGTCACTGCAGCGGCTTGGGTCACTACTGTGATGTGGGTTCGACCCCT	54986

CR974468.5	851	GGCCCTTGAATTTTCACATGCTGCAGCTACAGGAAAGGGAGGGAGGGAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	54987	GGCCCTTGAATTTTCACATGCTGCAGCTACAGGAAAGGGAGGGAGGGAGA	55036

CR974468.5	901	AAGAGAGAGAAGGAGAGAGAAAGAGAAAGAGAGAAAGAAAGAAAGGAAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55037	AAGAGAGAGAAGGAGAGAGAAAGAGAAAGAGAGAAAGAAAGAAAGGAAAG	55086

CR974468.5	951	AAGGAAAGAAAAGACAAGGGAATCTAGCATTATTCACAATAGCAAGTAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55087	AAGGAAAGAAAAGACAAGGGAATCTAGCATTATTCACAATAGCAAGTAGG	55136

CR974468.5	1001	TTCCTTTGAGCTCTGTGAAGGAACTGAGAATGTTTATTTGGAGAAGAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55137	TTCCTTTGAGCTCTGTGAAGGAACTGAGAATGTTTATTTGGAGAAGAAAA	55186

CR974468.5	1051	GGCTAAGACCTAACAAATGCTTCCAGACACTAAAAGAGCAGGGATGGGGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55187	GGCTAAGACCTAACAAATGCTTCCAGACACTAAAAGAGCAGGGATGGGGT	55236

CR974468.5	1101	AAAATGAGTAGATTTCCTATGTTTCCTTAGATGACAGAACTAGAGCCAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55237	AAAATGAGTAGATTTCCTATGTTTCCTTAGATGACAGAACTAGAGCCAAT	55286

CR974468.5	1151	GGGTGGTAGAAATAGGGGCACAGGATTTAACTCAAAGGAAGACAGAACTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55287	GGGTGGTAGAAATAGGGGCACAGGATTTAACTCAAAGGAAGACAGAACTT	55336

CR974468.5	1201	TCTAAGGAGGTAATGCTGCAAGTGAGATCTGAATGACCAAGCTGAAGAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55337	TCTAAGGAGGTAATGCTGCAAGTGAGATCTGAATGACCAAGCTGAAGAAA	55386

CR974468.5	1251	TGGTTGAATTAATTTGCTCACTCAACAACATCATTTTCTTTTCTTTCTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55387	TGGTTGAATTAATTTGCTCACTCAACAACATCATTTTCTTTTCTTTCTTT	55436

CR974468.5	1301	CCTTTTTTTTTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTTTTAGGGCTGCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55437	CCTTTTTTTTTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTTTTAGGGCTGCA	55486

CR974468.5	1351	CCTGTGGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGCAGAATCAGAGCTATGGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55487	CCTGTGGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGCAGAATCAGAGCTATGGC	55536

CR974468.5	1401	TGCTGACCTACACCACAGCAACTTGGGATCAGAGCCACATCTGTGACCTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55537	TGCTGACCTACACCACAGCAACTTGGGATCAGAGCCACATCTGTGACCTA	55586

CR974468.5	1451	CACCACAGTTCACAGCAATGCCAGATCCTTAATCCACTGAGCGAGGCCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55587	CACCACAGTTCACAGCAATGCCAGATCCTTAATCCACTGAGCGAGGCCAG	55636

CR974468.5	1501	GGATCAAACCCACAGCCTCACGGTTCCCAGTTGGATTTGTTTTCCGCTGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55637	GGATCAAACCCACAGCCTCACGGTTCCCAGTTGGATTTGTTTTCCGCTGC	55686

CR974468.5	1551	GCCGTGATGGGAACTCCTGACCAACGTTTTCTGAGTTCTTCCTATGTGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55687	GCCGTGATGGGAACTCCTGACCAACGTTTTCTGAGTTCTTCCTATGTGCA	55736

CR974468.5	1601	GTGTCCTGTGCCAGCCTGGAGAATACGTGGCTTTTGAGGGTCTGGTAGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55737	GTGTCCTGTGCCAGCCTGGAGAATACGTGGCTTTTGAGGGTCTGGTAGAA	55786

CR974468.5	1651	AAAAAATTCTGCATTGATGAGAAATTGGCAACTTCTTAGACGCCTTCCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55787	AAAAAATTCTGCATTGATGAGAAATTGGCAACTTCTTAGACGCCTTCCAA	55836

CR974468.5	1701	TTCTAGGGTCTATTCAGAGCTACACTTGCTGGCCTACACCACAGCCACAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55837	TTCTAGGGTCTATTCAGAGCTACACTTGCTGGCCTACACCACAGCCACAG	55886

CR974468.5	1751	CAACACGGGATCTGAGCCGCATCTGCGAACTACTCTGCAGCTCATGGCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55887	CAACACGGGATCTGAGCCGCATCTGCGAACTACTCTGCAGCTCATGGCCA	55936

CR974468.5	1801	CACCAGATCCCCAACCCACTGATCGAGGCCAGGGATTGAATCCACATCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55937	CACCAGATCCCCAACCCACTGATCGAGGCCAGGGATTGAATCCACATCCT	55986

CR974468.5	1851	CATGGTTACTAGTTGGATTCATTTCCACTGTGCCACTACAGGAACTCCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	55987	CATGGTTACTAGTTGGATTCATTTCCACTGTGCCACTACAGGAACTCCTC	56036

CR974468.5	1901	TTCCAGCTTTTTGGAAGTCTCCTCTTTCATCTCCATGTGTCTCTCAGGCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	56037	TTCCAGCTTTTTGGAAGTCTCCTCTTTCATCTCCATGTGTCTCTCAGGCC	56086

CR974468.5	1951	CACAATTCAAAGCCCTTCTCCTCGAAAACATCCCTGACCTACTTGCATCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009701.6	56087	CACAATTCAAAGCCCTTCTCCTCGAAAACATCCCTGACCTACTTGCATCC	56136

Overview

Query
CR974468.5 - 120695 bps
Hit
CT009701.6 - 56136 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001996200012000154137561361
284.9513024637081373261432945741
387.7316727023492618-116842171101
488.811752692234522613116842171091
592.652082758792488198116842171131
683.021202609090091159116847171111
793.872102622595126212116849171091
890.871882648176882031116849171111
984.62136259117549117807116849171081
1094.22112602815228411-116850171081
1183.271212552341023664-116852171081
1293.51942463708137326116863171081
1394.241962436722567467116866171081
1488.531352175749657712116891171081
1585.781162173498335199-116892171091
1682.61122632594926211-119882201341
1783.771152376723167467-119882201091
1885.3813826323512613119882201341
1989.691281923502735218-121205213981
2083.91152347373273965-121207214421
2185.65119215113869114083-121227214421
2286.731161975751357709134437346321
Short-link