<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX640535.7	154676	AAGCTTGACTACAAAATAAAATCACAAATCAAATCTAAATCGCAATATCT	154627
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	69915	AAGCTTGACTACAAAATAAAATCACAAATCAAATCTAAATCGCAATATCT	69964

C  BX640535.7	154626	GTTAAGCAAAATCGCAATTAGATATTATCCTCAAATCACACAGCCCTGGA	154577
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	69965	GTTAAGCAAAATCGCAATTAGATATTATCCTCAAATCACACAGCCCTGGA	70014

C  BX640535.7	154576	TGTTAAATGTCAAGAAGAAATCAAAGCAAACAGTTCGGAACATTTGTGAT	154527
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70015	TGTTAAATGTCAAGAAGAAATCAAAGCAAACAGTTCGGAACATTTGTGAT	70064

C  BX640535.7	154526	TTGTTATTATTATACCATAGTACAATGAATGTTCATCTGTCACTTTGTAA	154477
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70065	TTGTTATTATTATACCATAGTACAATGAATGTTCATCTGTCACTTTGTAA	70114

C  BX640535.7	154476	ACAATCCATAGCTTTATTTCCATCCACCTATTTTTATGCGCATTTTAGAT	154427
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70115	ACAATCCATAGCTTTATTTCCATCCACCTATTTTTATGCGCATTTTAGAT	70164

C  BX640535.7	154426	ATGCACATAAAAAAGTCAAAGGAAACTCCAAGATGCGCATAAATTTTGAA	154377
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70165	ATGCACATAAAAAAGTCAAAGGAAACTCCAAGATGCGCATAAATTTTGAA	70214

C  BX640535.7	154376	AATATGCATAAAAGAATTTCATTCAACATTCAGTTCATGTCTGCATCGTC	154327
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70215	AATATGCATAAAAGAATTTCATTCAACATTCAGTTCATGTCTGCATCGTC	70264

C  BX640535.7	154326	TTCTGAGGTGCAAATCATTTATTAAATAAGGAAAAGATTCACGCTGCTTC	154277
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70265	TTCTGAGGTGCAAATCATTTATTAAATAAGGAAAAGATTCACGCTGCTTC	70314

C  BX640535.7	154276	TCGTACCACAGCAAACTCAATTTTTGCTTCCGATATTTGGCGCCAGTTTA	154227
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70315	TCGTACCACAGCAAACTCAATTTTTGCTTCCGATATTTGGCGCCAGTTTA	70364

C  BX640535.7	154226	TCGGGAAGTGACTATTTTGTTTTCTTTGACTCGTTGGATGGAAACGCTGC	154177
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70365	TCGGGAAGTGACTATTTTGTTTTCTTTGACTCGTTGGATGGAAACGCTGC	70414

C  BX640535.7	154176	TTTATTCACACATACCTTTTGCGACATTGCAGTTTTGACCATAATGTTAA	154127
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70415	TTTATTCACACATACCTTTTGCGACATTGCAGTTTTGACCATAATGTTAA	70464

C  BX640535.7	154126	TTCACATTTTTGGATGGTAACATAGCTCATGAGAGTTGTAGCTTTAACAA	154077
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70465	TTCACATTTTTGGATGGTAACATAGCTCATGAGAGTTGTAGCTTTAACAA	70514

C  BX640535.7	154076	AAAAGACAGAGTAAGTTTATTTGATTAACCATTTCTATACCTGAATATGG	154027
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70515	AAAAGACAGAGTAAGTTTATTTGATTAACCATTTCTATACCTGAATATGG	70564

C  BX640535.7	154026	TTAGTCTCCCGAGAAAAGCACTGTTTATATCATTTGTGCCTTTGTTTTGT	153977
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70565	TTAGTCTCCCGAGAAAAGCACTGTTTATATCATTTGTGCCTTTGTTTTGT	70614

C  BX640535.7	153976	TGTATTTATCCATGGTTTCCGCTACATTCATTCCTCCATAGTGGGGCGTC	153927
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70615	TGTATTTATCCATGGTTTCCGCTACATTCATTCCTCCATAGTGGGGCGTC	70664

C  BX640535.7	153926	ACATCAAAATTCATCCTGCCAATACAGCATCTCATTTAAAATATTCAGTC	153877
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70665	ACATCAAAATTCATCCTGCCAATACAGCATCTCATTTAAAATATTCAGTC	70714

C  BX640535.7	153876	GTGTTTTTCAAAAGCAGTTTATAACTGCACCATAACATATTAAAAGGTAA	153827
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70715	GTGTTTTTCAAAAGCAGTTTATAACTGCACCATAACATATTAAAAGGTAA	70764

C  BX640535.7	153826	GTGAATTATAACAGAGCAAACTTTGCTGTAATCGTAGTAGTGCTGTGCGC	153777
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70765	GTGAATTATAACAGAGCAAACTTTGCTGTAATCGTAGTAGTGCTGTGCGC	70814

C  BX640535.7	153776	TATTTTTTTTTAACCCTTAAAGGTTATGTGCAGACTGACTGACAGGTGCG	153727
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70815	TATTTTTTTTTAACCCTTAAAGGTTATGTGCAGACTGACTGACAGGTGCG	70864

C  BX640535.7	153726	TGATGCATGAGACTAGCAAACACGACGTAGCTTTCAGTTATGATGAACAG	153677
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70865	TGATGCATGAGACTAGCAAACACGACGTAGCTTTCAGTTATGATGAACAG	70914

C  BX640535.7	153676	TTTCCATAATTATACTTTATAGATAAAGGTCTAGCGCTCTGCATATTATG	153627
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70915	TTTCCATAATTATACTTTATAGATAAAGGTCTAGCGCTCTGCATATTATG	70964

C  BX640535.7	153626	GGCCCTATCGTACACCCGGCGCAATGTGGTGCAGGGCGTGACGCAACTGT	153577
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	70965	GGCCCTATCGTACACCCGGCGCAATGTGGTGCAGGGCGTGACGCAACTGT	71014

C  BX640535.7	153576	TGTTTGCTAGTTTTAGCTTGGTCCAAGAGTCGTTTTGCGCCACGCTGTTT	153527
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71015	TGTTTGCTAGTTTTAGCTTGGTCCAAGAGTCGTTTTGCGCCACGCTGTTT	71064

C  BX640535.7	153526	AAATAGCAAATGCATCTGCGCTCATATGGGGGCCTATAGGCGTTCTGGTC	153477
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71065	AAATAGCAAATGCATCTGCGCTCATATGGGGGCCTATAGGCGTTCTGGTC	71114

C  BX640535.7	153476	TAAAAAGGTAGGTGTGTTGAGGCGCATTGCTGGCGCGTTGCTATTTTGGG	153427
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71115	TAAAAAGGTAGGTGTGTTGAGGCGCATTGCTGGCGCGTTGCTATTTTGGG	71164

C  BX640535.7	153426	AAACTATAACAGATTTTTCAATAGACCGGATATCCCTTGCACGTGTAACA	153377
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71165	AAACTATAACAGATTTTTCAATAGACCGGATATCCCTTGCACGTGTAACA	71214

C  BX640535.7	153376	TGTTTACAAAATTCACTTACCTCTATGCTGCTACTTTGCACTTTGCACTT	153327
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71215	TGTTTACAAAATTCACTTACCTCTATGCTGCTACTTTGCACTTTGCACTT	71264

C  BX640535.7	153326	TTGCCATACTGCACCTAATTGCACTACAATAAATACCTCAACTTGGTCAT	153277
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71265	TTGCCATACTGCACCTAATTGCACTACAATAAATACCTCAACTTGGTCAT	71314

C  BX640535.7	153276	ATTCTGGAACAATAGGATATATGGTAATTGTTCACACTTTTTTTATTGTC	153227
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71315	ATTCTGGAACAATAGGATATATGGTAATTGTTCACACTTTTTTTATTGTC	71364

C  BX640535.7	153226	TATTTATTCAATTTATCTTGTACTATATTAGTTAAATGTTTAGTTTATGT	153177
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71365	TATTTATTCAATTTATCTTGTACTATATTAGTTAAATGTTTAGTTTATGT	71414

C  BX640535.7	153176	CTAGTGTGTGTCATATTTTTGTTTTTAAATTGCACATTGGAGTATGGGAG	153127
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71415	CTAGTGTGTGTCATATTTTTGTTTTTAAATTGCACATTGGAGTATGGGAG	71464

C  BX640535.7	153126	AAACGCAACTTCAGTCTGCTGTGTAATGTACTGTTGCATGGTTTGATTGA	153077
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71465	AAACGCAACTTCAGTCTGCTGTGTAATGTACTGTTGCATGGTTTGATTGA	71514

C  BX640535.7	153076	CAATAAAGTTGACTTGACTTGACAAAGCCGGTCTATTGTTCAGCGCAGAG	153027
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71515	CAATAAAGTTGACTTGACTTGACAAAGCCGGTCTATTGTTCAGCGCAGAG	71564

C  BX640535.7	153026	CGCCTTGCTTACACACTGCTTAATACACACAAGATGTAGAGCAATAAGCA	152977
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71565	CGCCTTGCTTACACACTGCTTAATACACACAAGATGTAGAGCAATAAGCA	71614

C  BX640535.7	152976	AATATCTTTACATATGAAAAATAATTTAAATATTAAGGATATATATATAT	152927
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71615	AATATCTTTACATATGAAAAATAATTTAAATATTAAGGATATATATATAT	71664

C  BX640535.7	152926	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAGGCAATAAAT	152877
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71665	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAGGCAATAAAT	71714

C  BX640535.7	152876	AATTACAAAACATTATTTTCTAGCCTACATAAATATAAAAACCATACTTT	152827
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71715	AATTACAAAACATTATTTTCTAGCCTACATAAATATAAAAACCATACTTT	71764

C  BX640535.7	152826	CATGCCTTCTTCTCGGGGGGTTTTTTCAGTTTATTTGTGACAATTTGCTT	152777
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71765	CATGCCTTCTTCTCGGGGGGTTTTTTCAGTTTATTTGTGACAATTTGCTT	71814

C  BX640535.7	152776	TTGTATAATGTTATCGTTATTAGCAGCATTATTTATTATATCCATATTTA	152727
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71815	TTGTATAATGTTATCGTTATTAGCAGCATTATTTATTATATCCATATTTA	71864

C  BX640535.7	152726	TATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTTAGATGTCAGATGTCAAACCTGTCAG	152677
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009618.10	71865	TATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTTAGATGTCAGATGTCAAACCTGTCAG	71914

Overview

Query
BX640535.7 - 154676 bps
Hit
CT009618.10 - 71914 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000152677154676-169915719141
Short-link