<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU302222.6	2000	AAGCTTTATTATAAATGGATTCTAAAACCATGCTCAAGCCTAGCTGGCCC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1	AAGCTTTATTATAAATGGATTCTAAAACCATGCTCAAGCCTAGCTGGCCC	50

C  CU302222.6	1950	AAACCCTAAATTTATTTTTAAAGGGATATATCCTAAATTTATGAAACATA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	51	AAACCCTAAATTTATTTTTAAAGGGATATATCCTAAATTTATGAAACATA	100

C  CU302222.6	1900	TATTTAAAAATAGAAAAATATTAACTTTTTAAATAATATTATCGTCTATA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	101	TATTTAAAAATAGAAAAATATTAACTTTTTAAATAATATTATCGTCTATA	150

C  CU302222.6	1850	TTTTTATTTTGTGACAAATTTTGTCATCTGCTAGCATTTACATGCACCCG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	151	TTTTTATTTTGTGACAAATTTTGTCATCTGCTAGCATTTACATGCACCCG	200

C  CU302222.6	1800	TCTTTCCTCTCTTCTTATAAAATTTTGGTTTTGATTAAAAGTATAAATAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	201	TCTTTCCTCTCTTCTTATAAAATTTTGGTTTTGATTAAAAGTATAAATAT	250

C  CU302222.6	1750	AAATGCTTTTTACTTTTAAATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	251	AAATGCTTTTTACTTTTAAATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTA	300

C  CU302222.6	1700	ATTATCTTTATCTATTTGAATGACACCGAAAATATAAAAAAATTATATCA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	301	ATTATCTTTATCTATTTGAATGACACCGAAAATATAAAAAAATTATATCA	350

C  CU302222.6	1650	TAAATTCTTATCTTTTTAATCACACCAACAACAATTATTATTATTATAGA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	351	TAAATTCTTATCTTTTTAATCACACCAACAACAATTATTATTATTATAGA	400

C  CU302222.6	1600	AAAAGTTGCTTAAGGGTATAATATGGATGATGAAAAAGTCAGCCCAAAAG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	401	AAAAGTTGCTTAAGGGTATAATATGGATGATGAAAAAGTCAGCCCAAAAG	450

C  CU302222.6	1550	ATTGTAGTTGTTGTGAATTCGATGAGAAAACACACCAATAACAAACTTGA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	451	ATTGTAGTTGTTGTGAATTCGATGAGAAAACACACCAATAACAAACTTGA	500

C  CU302222.6	1500	TGTGTGGATCAAGGGATAGTCAAGCAACCAAAACAAAGTGTATGGAACAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	501	TGTGTGGATCAAGGGATAGTCAAGCAACCAAAACAAAGTGTATGGAACAA	550

C  CU302222.6	1450	TTATAAACACAAGCCAAAGGGAGAAAACACCGAGAGAGAACACAAAAGAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	551	TTATAAACACAAGCCAAAGGGAGAAAACACCGAGAGAGAACACAAAAGAA	600

C  CU302222.6	1400	TTTGTTGACCCAGTTCGGTCCAAATTGACCTAGTCTGGGGAGATAGCAGC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	601	TTTGTTGACCCAGTTCGGTCCAAATTGACCTAGTCTGGGGAGATAGCAGC	650

C  CU302222.6	1350	CCTCCGTTTTACTATATGATGAGTAAATTTACAAAAGACATATCAATGGG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	651	CCTCCGTTTTACTATATGATGAGTAAATTTACAAAAGACATATCAATGGG	700

C  CU302222.6	1300	TTACAAGAATAAGTCTCCTGCCTAAGTCTACCCTCAAACCCTAGTGTTTG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	701	TTACAAGAATAAGTCTCCTGCCTAAGTCTACCCTCAAACCCTAGTGTTTG	750

C  CU302222.6	1250	TTCCAAAGTGACAAACTCTATACAAACCCTAGTTTTGTTGTTGTCATTCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	751	TTCCAAAGTGACAAACTCTATACAAACCCTAGTTTTGTTGTTGTCATTCT	800

C  CU302222.6	1200	AAACCTTTGTTTCAGTCCCCTCTATCTCAAGGTTTACCCTGATTCAAGGT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	801	AAACCTTTGTTTCAGTCCCCTCTATCTCAAGGTTTACCCTGATTCAAGGT	850

C  CU302222.6	1150	CTATATTTATAGTAAAAGTATAACTCATAAATTTGGAACGAATACCAGAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	851	CTATATTTATAGTAAAAGTATAACTCATAAATTTGGAACGAATACCAGAT	900

C  CU302222.6	1100	TGAAGATACGTTTTTTTTCTCCTTCAGTGAAAGAATATTTGCATCAAAAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	901	TGAAGATACGTTTTTTTTCTCCTTCAGTGAAAGAATATTTGCATCAAAAA	950

C  CU302222.6	1050	TATAATATTCCCTTTCAAAATATATTTGCATCAAATCGTTCTTCATACGG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	951	TATAATATTCCCTTTCAAAATATATTTGCATCAAATCGTTCTTCATACGG	1000

C  CU302222.6	1000	TACAAAAATATATTTGTTGTCCATAAATATATTTTCAGCACAAAATATAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1001	TACAAAAATATATTTGTTGTCCATAAATATATTTTCAGCACAAAATATAT	1050

C  CU302222.6	950	TTAAAACAAATCTTTTATATTTTTAGCAACAATATTCTCCATCCATCAAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1051	TTAAAACAAATCTTTTATATTTTTAGCAACAATATTCTCCATCCATCAAA	1100

C  CU302222.6	900	TTTTGAGTCATACTACAACATTCTCCACCTTGACTCTAAATTAGCGATGA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1101	TTTTGAGTCATACTACAACATTCTCCACCTTGACTCTAAATTAGCGATGA	1150

C  CU302222.6	850	TGCCAATTTAACATCAACCACCATGCTGCTCTTTCCCTTGCTTCCCACTA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1151	TGCCAATTTAACATCAACCACCATGCTGCTCTTTCCCTTGCTTCCCACTA	1200

C  CU302222.6	800	CACCAAGTAGCTTCACAAGTTTACACCCTAACCTCTTCAACCATCGGAAT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1201	CACCAAGTAGCTTCACAAGTTTACACCCTAACCTCTTCAACCATCGGAAT	1250

C  CU302222.6	750	GCCTTCCGCCCTTTTGAAGATCTTTGTGTCCAAACTACTCAAGGCATTTA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1251	GCCTTCCGCCCTTTTGAAGATCTTTGTGTCCAAACTACTCAAGGCATTTA	1300

C  CU302222.6	700	GGTAGTTCCACAAGTGCACACCTAAACCTCTTCAGCCATCGGAATGTCTT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1301	GGTAGTTCCACAAGTGCACACCTAAACCTCTTCAGCCATCGGAATGTCTT	1350

C  CU302222.6	650	CCGCCTTTTCGATATGCTTGTAGTCCAACTACGCTAGGAATTTCAGGTAG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1351	CCGCCTTTTCGATATGCTTGTAGTCCAACTACGCTAGGAATTTCAGGTAG	1400

C  CU302222.6	600	TTCTACAAGACTATCCTCTTCAATACGAGACATCTCCCGCTTCCTTGAAG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1401	TTCTACAAGACTATCCTCTTCAATACGAGACATCTCCCGCTTCCTTGAAG	1450

C  CU302222.6	550	ATCTACTTGTGCCTAATCACCCTTGGCTTTTAGAGTAATCAACAAGTATA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1451	ATCTACTTGTGCCTAATCACCCTTGGCTTTTAGAGTAATCAACAAGTATA	1500

C  CU302222.6	500	CACCTTAATCCCTTCAGCCCTCGGAATATCTTGTGTCTTCTCGAAGGTCC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1501	CACCTTAATCCCTTCAGCCCTCGGAATATCTTGTGTCTTCTCGAAGGTCC	1550

C  CU302222.6	450	TTGCAATCTAATTATGCTAGGTATTTTAGGTAGTTCAACAAGCATTCACC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1551	TTGCAATCTAATTATGCTAGGTATTTTAGGTAGTTCAACAAGCATTCACC	1600

C  CU302222.6	400	ATAACATCTTCAACGCAGGACATCTCCCGCTTCCTTGAAGATCTCCTTGC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1601	ATAACATCTTCAACGCAGGACATCTCCCGCTTCCTTGAAGATCTCCTTGC	1650

C  CU302222.6	350	ATCCAATCACTCTTGGCTATTTTTTAGGGTAATCCCGCAAGCTGTGTTAT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1651	ATCCAATCACTCTTGGCTATTTTTTAGGGTAATCCCGCAAGCTGTGTTAT	1700

C  CU302222.6	300	ACATTCTTCAACCTCCGGAATGTCTTCTGTCTTCATGAAGAAATCCCTTG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1701	ACATTCTTCAACCTCCGGAATGTCTTCTGTCTTCATGAAGAAATCCCTTG	1750

C  CU302222.6	250	CTCACCATAGAGCATAGCACCCAAGGTCCTCCATAGTCGTACTATTACCG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1751	CTCACCATAGAGCATAGCACCCAAGGTCCTCCATAGTCGTACTATTACCG	1800

C  CU302222.6	200	GTGTTTAACTCCACCTCACGCTGAGCGTACTCTACCTCAACTAGAAAATG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1801	GTGTTTAACTCCACCTCACGCTGAGCGTACTCTACCTCAACTAGAAAATG	1850

C  CU302222.6	150	CGTACATCCCACTATGTCTTCAACCTTGAAACTCCACCTCAACAGGTAGA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1851	CGTACATCCCACTATGTCTTCAACCTTGAAACTCCACCTCAACAGGTAGA	1900

C  CU302222.6	100	TCATGAGTATTTTTGCCTCCACCTCTCCAGACTGATCATGAGTATTCTTA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1901	TCATGAGTATTTTTGCCTCCACCTCTCCAGACTGATCATGAGTATTCTTA	1950

C  CU302222.6	50	CCACCGCCTCTCCAGGCTAATGTTGAGTGTTTAATGTCTCTCCAGACGAC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT009565.10	1951	CCACCGCCTCTCCAGGCTAATGTTGAGTGTTTAATGTCTCTCCAGACGAC	2000

Overview

Query
CU302222.6 - 6250 bps
Hit
CT009565.10 - 151325 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link