<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974565.8	1	AACCTCATGGTTCCTAGTTGGATTTGCTTCTTCTGCACTGCAATGGGAAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164119	AACCTCATGGTTCCTAGTTGGATTTGCTTCTTCTGCACTGCAATGGGAAC	164168

CR974565.8	51	GCCAACATTAAGATTTTTATTAGAAGGAGTTCCTGTTGTGGTGCACCGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164169	GCCAACATTAAGATTTTTATTAGAAGGAGTTCCTGTTGTGGTGCACCGGA	164218

CR974565.8	101	AACAAATCTGACTAATATCCATGAGGATGTGGATTTAATCCCTGGCCTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164219	AACAAATCTGACTAATATCCATGAGGATGTGGATTTAATCCCTGGCCTCA	164268

CR974565.8	151	CTCAGTGGGTCGAGGATCCCACATTGCTGAAGGAGGATTGAGGGAGGAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164269	CTCAGTGGGTCGAGGATCCCACATTGCTGAAGGAGGATTGAGGGAGGAGG	164318

CR974565.8	201	AGGTGAATTAGCAGAAGGGCACAGATGTGGCTCAGATCCCGAACTGCTGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164319	AGGTGAATTAGCAGAAGGGCACAGATGTGGCTCAGATCCCGAACTGCTGT	164368

CR974565.8	251	GGCTGTGGCATAGGTCGGCAGCTGTAGATCCAATTTGACTCCTAGCCTGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164369	GGCTGTGGCATAGGTCGGCAGCTGTAGATCCAATTTGACTCCTAGCCTGG	164418

CR974565.8	301	GAACTTCCGTATGCCATAGGCATGGCACTAAAAAGCACAAATTAGAAATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164419	GAACTTCCGTATGCCATAGGCATGGCACTAAAAAGCACAAATTAGAAATG	164468

CR974565.8	351	GCTAGTGACTTTTACCAAATATCGTTTAGCATCTATAGACTTAATCATGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164469	GCTAGTGACTTTTACCAAATATCGTTTAGCATCTATAGACTTAATCATGT	164518

CR974565.8	401	TGCTTTGTTAATGTGATAAATTAATCCTTGTGATGGATTCTTGAAAACCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164519	TGCTTTGTTAATGTGATAAATTAATCCTTGTGATGGATTCTTGAAAACCA	164568

CR974565.8	451	TTCTGGCATTCCTGGAATAAACCCCATTTGTTCATGATATTTTACCCATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164569	TTCTGGCATTCCTGGAATAAACCCCATTTGTTCATGATATTTTACCCATA	164618

CR974565.8	501	CGATGGAGGGCTTAATTCCATTTAACTAGGATGCTGCCTTTCATCCTTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164619	CGATGGAGGGCTTAATTCCATTTAACTAGGATGCTGCCTTTCATCCTTCT	164668

CR974565.8	551	CTTAGTCTGGAAGAATTAGGTAACACAAAGGAGTTATCTGTTGATTAGTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164669	CTTAGTCTGGAAGAATTAGGTAACACAAAGGAGTTATCTGTTGATTAGTC	164718

CR974565.8	601	CCCATCAGGGCTCCTGAAATGCATCATTTAGTCACTTATCTATAGTCATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164719	CCCATCAGGGCTCCTGAAATGCATCATTTAGTCACTTATCTATAGTCATA	164768

CR974565.8	651	GGTCTTAGATCTATATGTTGGTTTTATTTTTGATAGCAACTTAAAACAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164769	GGTCTTAGATCTATATGTTGGTTTTATTTTTGATAGCAACTTAAAACAGC	164818

CR974565.8	701	ACAAACTTTTTTTTTTTTTTTTTATGGCCATACCCACGGCATATGGAAGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164819	ACAAACTTTTTTTTTTTTTTTTTATGGCCATACCCACGGCATATGGAAGT	164868

CR974565.8	751	TCCTGGGCCAAGGAATGAATCTGAGCTATAGCTTCCACTGAGATGCAGGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164869	TCCTGGGCCAAGGAATGAATCTGAGCTATAGCTTCCACTGAGATGCAGGT	164918

CR974565.8	801	GAGCCAACTGAGCCAATGCCAGATCCTTTAACCCACTGCACCAAGCCAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164919	GAGCCAACTGAGCCAATGCCAGATCCTTTAACCCACTGCACCAAGCCAGG	164968

CR974565.8	851	GATCAAACCCGCAACAACCCACAGTTGGACTCTTAACTCACTGCACTATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	164969	GATCAAACCCGCAACAACCCACAGTTGGACTCTTAACTCACTGCACTATG	165018

CR974565.8	901	GTGGGAACCCGAGCACAAGCATTCTTAATGAATGAGGAATGAAAGATGAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165019	GTGGGAACCCGAGCACAAGCATTCTTAATGAATGAGGAATGAAAGATGAA	165068

CR974565.8	951	ATAAGTCCAACATCAAAATGAGATAAATGATTTGAATCATAATTCTTTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165069	ATAAGTCCAACATCAAAATGAGATAAATGATTTGAATCATAATTCTTTCA	165118

CR974565.8	1001	AACATTAGAAATACCTACCTAATGAATTCAGGAATAAATTTTGGCTGAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165119	AACATTAGAAATACCTACCTAATGAATTCAGGAATAAATTTTGGCTGAAA	165168

CR974565.8	1051	TTTAGAAAGAATAAACAGTAGGTCAGTAAAACATGCTAGGACTACCATAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165169	TTTAGAAAGAATAAACAGTAGGTCAGTAAAACATGCTAGGACTACCATAG	165218

CR974565.8	1101	ATAGCTAATAAAGAAAACAGACCACTCACATGGTGTGAGAGATCCGCATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165219	ATAGCTAATAAAGAAAACAGACCACTCACATGGTGTGAGAGATCCGCATC	165268

CR974565.8	1151	CATAATGATTATGTAGTTTCCTGTGGCGTGCTTCATCCCATGAATATATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165269	CATAATGATTATGTAGTTTCCTGTGGCGTGCTTCATCCCATGAATATATG	165318

CR974565.8	1201	CAGTTCCTAAAAATGAAAATATGTATATCCATTAGAGAAAACCACCAAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165319	CAGTTCCTAAAAATGAAAATATGTATATCCATTAGAGAAAACCACCAAAA	165368

CR974565.8	1251	ATGCTTAGGAGCATATCTGAACAGGTACGAAATTGACAAGCATACATTAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165369	ATGCTTAGGAGCATATCTGAACAGGTACGAAATTGACAAGCATACATTAG	165418

CR974565.8	1301	TCCTTTAAAATTGATACTGACCTATAATTCCTATTTATTCTTTATTAAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165419	TCCTTTAAAATTGATACTGACCTATAATTCCTATTTATTCTTTATTAAAA	165468

CR974565.8	1351	ACATCTCAAGTGACTGTATCTAGTCACTTGTGATGGAACATGACAGAAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165469	ACATCTCAAGTGACTGTATCTAGTCACTTGTGATGGAACATGACAGAAGA	165518

CR974565.8	1401	TAACATGAGAAAAAGAATGTATATATATATATATATATATATATATATAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165519	TAACATGAGAAAAAGAATGTATATATATATATATATATATATATATATAT	165568

CR974565.8	1451	ATACACACACACACACGTATATCATGTGTGACTGGGTCACTTTGCTGTAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165569	ATACACACACACACACGTATATCATGTGTGACTGGGTCACTTTGCTGTAT	165618

CR974565.8	1501	AGTAGAAAACTGACAGAACTCTGTAAGCCAACTATAATGGAAAAAATAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165619	AGTAGAAAACTGACAGAACTCTGTAAGCCAACTATAATGGAAAAAATAAA	165668

CR974565.8	1551	AATCATTAAAAAAAATCTCGAGTTCCTTCTTTGCCTCCAACTTCGCCTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165669	AATCATTAAAAAAAATCTCGAGTTCCTTCTTTGCCTCCAACTTCGCCTTG	165718

CR974565.8	1601	GTGCTTGACACCATCCTCTGCTGCTTGGATTCCTACCCAAGCATTCTCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165719	GTGCTTGACACCATCCTCTGCTGCTTGGATTCCTACCCAAGCATTCTCTC	165768

CR974565.8	1651	TGCTCCTGCTCTTCTCATCACTCCAGTCCCACAAAAGCCCCCCAGGCAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165769	TGCTCCTGCTCTTCTCATCACTCCAGTCCCACAAAAGCCCCCCAGGCAAT	165818

CR974565.8	1701	GTCTTCTACACTGTAAGCTTGGGACAAGAGAGTCCTGCTCTGGTGTCAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165819	GTCTTCTACACTGTAAGCTTGGGACAAGAGAGTCCTGCTCTGGTGTCAGG	165868

CR974565.8	1751	GGCCAAAGGCACAGCTGGCAGTTACTTAGCCACCCTCAGGCCTAAAAGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165869	GGCCAAAGGCACAGCTGGCAGTTACTTAGCCACCCTCAGGCCTAAAAGTT	165918

CR974565.8	1801	CCTTAGGGACTTGACAGGTAAGGGTACCTGGTCAAGGACAGGATGAGGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165919	CCTTAGGGACTTGACAGGTAAGGGTACCTGGTCAAGGACAGGATGAGGGA	165968

CR974565.8	1851	GTTCCTGTGTCTTGAGGCCCAAACCATCACACTATCTTAAGAGCAAGGAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	165969	GTTCCTGTGTCTTGAGGCCCAAACCATCACACTATCTTAAGAGCAAGGAT	166018

CR974565.8	1901	GAACTCTAACCTCTTTTGGTAAAAATGACTACCCACAGCTTTCTGCATAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	166019	GAACTCTAACCTCTTTTGGTAAAAATGACTACCCACAGCTTTCTGCATAT	166068

CR974565.8	1951	CCACTGACTGGTTTCTAATTCTTACTGGCTTTCATTGCAGTTTCAAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009560.9	166069	CCACTGACTGGTTTCTAATTCTTACTGGCTTTCATTGCAGTTTCAAGATC	166118

Overview

Query
CR974565.8 - 19804 bps
Hit
CT009560.9 - 166118 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197120001200011641191661181
285.081292521672516976-1218824351
389.53186276469349681807383491
492.431912511672616976-1807783271
588.721692571672016976124674249301
693.281852381673916976125281255181
791.181682371548015716-125286255231
891.4317724546844928-125287255311
987.3812821546934907150828510411
1088.691392211548015700164791650111
1186.1415426946934961164792650581
1286.991452451672416968-164803650481
1384.58139265154801574411118771121421
1488.341792824693497411118781121601
1589.4718226646934958-11144491147141
1688.721742651548015744-11144501147151
1787.69164260167171697611144511147101
1891.571912601671716976-11221801224401
1983.531282734693496511301911304511
2089.131832754693496711336521339271
2188.761612481672916976-11336561339041
2289.08155237154791571511363571365941
2390.761782491672816976-11363631366111
Short-link