<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CU019604.4	1	AGGGTAAGGGTACCCATTGGTGATTTGCGACTATGTTTTTTGTGTTTTCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	2000	AGGGTAAGGGTACCCATTGGTGATTTGCGACTATGTTTTTTGTGTTTTCG	1951

  CU019604.4	51	TTCTTATCAACATTCGTGTGAACTCGGCTGAGTTGTTTCGAGTAAGATAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1950	TTCTTATCAACATTCGTGTGAACTCGGCTGAGTTGTTTCGAGTAAGATAC	1901

  CU019604.4	101	TAAAGGAGTAAATAGTCAATTTCCCCCCTTAAATTGTAAGTTTCATCAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1900	TAAAGGAGTAAATAGTCAATTTCCCCCCTTAAATTGTAAGTTTCATCAAT	1851

  CU019604.4	151	TATTCTTTGAAATTAACAAAACTTCAATTACCTCCTGAAATTTCACAACG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1850	TATTCTTTGAAATTAACAAAACTTCAATTACCTCCTGAAATTTCACAACG	1801

  CU019604.4	201	TTAGTCAATTTACCCCCTCCGTCAAATTTTTCTGTTAGTGAACATGACGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1800	TTAGTCAATTTACCCCCTCCGTCAAATTTTTCTGTTAGTGAACATGACGT	1751

  CU019604.4	251	TTTGCAAATACCCCTCTGAAGTTTTGCACTTATGTGCAAAATGCCTCCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1750	TTTGCAAATACCCCTCTGAAGTTTTGCACTTATGTGCAAAATGCCTCCCA	1701

  CU019604.4	301	AACTTAAAAATTTATATTATTTTTTTCTTAAAAACAAACAATTAATAGTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1700	AACTTAAAAATTTATATTATTTTTTTCTTAAAAACAAACAATTAATAGTT	1651

  CU019604.4	351	AAATATTAAAGCTAACTATTAATTTTGGAGTTTGGAAAAACTACATACAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1650	AAATATTAAAGCTAACTATTAATTTTGGAGTTTGGAAAAACTACATACAT	1601

  CU019604.4	401	ATATACATCAAAATAGGGAAAAATGTGTATTTTTAAAGTGATAATAATGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1600	ATATACATCAAAATAGGGAAAAATGTGTATTTTTAAAGTGATAATAATGG	1551

  CU019604.4	451	TTATTTTTAATAGACAAATTATTATTTTTAGAGGTTTATAAACAAATTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1550	TTATTTTTAATAGACAAATTATTATTTTTAGAGGTTTATAAACAAATTAA	1501

  CU019604.4	501	TAATCAGATTTAAATTTATATTTTCTCCTTCACCATCTTAATCTTTTAAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1500	TAATCAGATTTAAATTTATATTTTCTCCTTCACCATCTTAATCTTTTAAC	1451

  CU019604.4	551	TCCTCCAACTCCTTCAACAATTTGCTCAAACCATTTAAACTACACAACCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1450	TCCTCCAACTCCTTCAACAATTTGCTCAAACCATTTAAACTACACAACCC	1401

  CU019604.4	601	CCAATATTAATCCACAAATCATCCCATTATTGTCACTTTAAAAAATACAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1400	CCAATATTAATCCACAAATCATCCCATTATTGTCACTTTAAAAAATACAT	1351

  CU019604.4	651	ATTTTTCTCCATTTTGGAGCCTATTTTGATGTGTATATGCATGTAGTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1350	ATTTTTCTCCATTTTGGAGCCTATTTTGATGTGTATATGCATGTAGTTTT	1301

  CU019604.4	701	CCCAAATTCCAAAATTAATAGTTAGTTTTAATATTTAACTATTAATTGTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1300	CCCAAATTCCAAAATTAATAGTTAGTTTTAATATTTAACTATTAATTGTT	1251

  CU019604.4	751	TGTTTTTAAGAAAAAAATAATATAAATTTTTAAGTTTCGGGGGCATTTTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1250	TGTTTTTAAGAAAAAAATAATATAAATTTTTAAGTTTCGGGGGCATTTTG	1201

  CU019604.4	801	CACATAAGTGCAAAACTTCAGGGGGGTATTTGCAAAACGTCATGTTCACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1200	CACATAAGTGCAAAACTTCAGGGGGGTATTTGCAAAACGTCATGTTCACT	1151

  CU019604.4	851	AACAGAAAAATTTGACGGAGGGGGTAAATTGACTAACGTTGTGAAATTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1150	AACAGAAAAATTTGACGGAGGGGGTAAATTGACTAACGTTGTGAAATTTC	1101

  CU019604.4	901	AGGGGGGTAATTGAAGTTTTGTTAATTTCATGGGGGTAATTGATGAAACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1100	AGGGGGGTAATTGAAGTTTTGTTAATTTCATGGGGGTAATTGATGAAACT	1051

  CU019604.4	951	TACAATTTCAGAGGGAAAATTGACTATTTACTCGATAGTAAATCTTAATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1050	TACAATTTCAGAGGGAAAATTGACTATTTACTCGATAGTAAATCTTAATA	1001

  CU019604.4	1001	TTCGAACGATTATCGAGCATGTGCTTACTTTTCGCACTCCCCGTTTTTGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	1000	TTCGAACGATTATCGAGCATGTGCTTACTTTTCGCACTCCCCGTTTTTGC	951

  CU019604.4	1051	TTTGTACTGTCCGAATCATTACTTTTCAAGGGGTTTGTACTTTAGTATTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	950	TTTGTACTGTCCGAATCATTACTTTTCAAGGGGTTTGTACTTTAGTATTT	901

  CU019604.4	1101	TTTTTCTTGTCAGTCAGGATATAATCTGTATTGCATAGTGGTTCTATTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	900	TTTTTCTTGTCAGTCAGGATATAATCTGTATTGCATAGTGGTTCTATTTT	851

  CU019604.4	1151	GTGTTTAGATTTAGAATCAAATGAATTTTGGAATGTTCAAATACCAAAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	850	GTGTTTAGATTTAGAATCAAATGAATTTTGGAATGTTCAAATACCAAAAG	801

  CU019604.4	1201	TGTTTTTCATTATGGCTAAAAAATTTTAGAATGAAGAAAGCCGAAAAATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	800	TGTTTTTCATTATGGCTAAAAAATTTTAGAATGAAGAAAGCCGAAAAATG	751

  CU019604.4	1251	ATATGCATGCAGTCTAGTTTACACCAGGGTTCAATAAGAACAGAGCATTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	750	ATATGCATGCAGTCTAGTTTACACCAGGGTTCAATAAGAACAGAGCATTT	701

  CU019604.4	1301	AGTAGTTATTTCTAACAGACGATCAATTCTTATTAAATGATGGTGTAAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	700	AGTAGTTATTTCTAACAGACGATCAATTCTTATTAAATGATGGTGTAAGC	651

  CU019604.4	1351	TATTTTACACCATCTGTATAACTATTAAACTAAAAAATATCTGTTTTTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	650	TATTTTACACCATCTGTATAACTATTAAACTAAAAAATATCTGTTTTTCT	601

  CU019604.4	1401	CTTTAGGATCGATCCAACCAGTTCGTCACCAGATTGGTTTGGTTTAGTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	600	CTTTAGGATCGATCCAACCAGTTCGTCACCAGATTGGTTTGGTTTAGTTT	551

  CU019604.4	1451	TTCCATAAAAAATTACAGGTTAGGTACCGACCCATGTATACCCCATTACC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	550	TTCCATAAAAAATTACAGGTTAGGTACCGACCCATGTATACCCCATTACC	501

  CU019604.4	1501	CTGTCCCTTTATTTCTAAGTTCTAACAAAACTTGAACTTGGTATTATTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	500	CTGTCCCTTTATTTCTAAGTTCTAACAAAACTTGAACTTGGTATTATTTT	451

  CU019604.4	1551	CATTTTTTACCAACATTACTAGCAGGCATGGATTCAAAAGACTAAAATAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	450	CATTTTTTACCAACATTACTAGCAGGCATGGATTCAAAAGACTAAAATAT	401

  CU019604.4	1601	AAACTGACAAATGCAGCCAAAACAGATCATAAGCCAAATAATTTTAAAGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	400	AAACTGACAAATGCAGCCAAAACAGATCATAAGCCAAATAATTTTAAAGC	351

  CU019604.4	1651	CTGGGTACCAAATAAAGAAATTATAAATAGTTTCTACAATCAACCATATC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	350	CTGGGTACCAAATAAAGAAATTATAAATAGTTTCTACAATCAACCATATC	301

  CU019604.4	1701	CATATTGGTGGTGCATGGTTATCAACATTGAAGAACAGAAAGTGAGCGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	300	CATATTGGTGGTGCATGGTTATCAACATTGAAGAACAGAAAGTGAGCGCA	251

  CU019604.4	1751	GTTACAAGGAAGCCTATTCATGTATGTGTTCACATTAAACATGCTAACAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	250	GTTACAAGGAAGCCTATTCATGTATGTGTTCACATTAAACATGCTAACAT	201

  CU019604.4	1801	TCCTATAGAAAATTCAAATTCAGCATTCCACAGTGTATACAATCACAGAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	200	TCCTATAGAAAATTCAAATTCAGCATTCCACAGTGTATACAATCACAGAT	151

  CU019604.4	1851	TTCTATCAGCACCAACTTGTTATAACAAAATTCTCTATCACGGTAAGCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	150	TTCTATCAGCACCAACTTGTTATAACAAAATTCTCTATCACGGTAAGCAA	101

  CU019604.4	1901	TATAGCTTCAGCCTCTGCTCGGGAAAACTAATGTGCTTGCTGGTTCTCGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	100	TATAGCTTCAGCCTCTGCTCGGGAAAACTAATGTGCTTGCTGGTTCTCGT	51

  CU019604.4	1951	CATTACTTGTATAGAACTAGTTGCTTCTTGCAGCACCGGGTAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT009553.4	50	CATTACTTGTATAGAACTAGTTGCTTCTTGCAGCACCGGGTAACAAGCTT	1

Overview

Query
CU019604.4 - 91524 bps
Hit
CT009553.4 - 125987 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001895200012000112000-1
281.082728781069831101818951
388.46396650125321318116162362297-1
494.554055131841323816158461638-1
582.9261915221769219213138428399191
684.054681016176921870711171101181191
782.94113258189431920011182291184811
893.45229320691886950719210692426-1
979.993095697516984519177791872-1
Short-link