<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT963076.3	1	CCGATCAAGCAGCATTCCCTTCACCGTGTCAATCAACCATCGTCTTCTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	131912	CCGATCAAGCAGCATTCCCTTCACCGTGTCAATCAACCATCGTCTTCTCT	131961

CT963076.3	51	ACATTTCCCATTCCAGGGAACAAAAAAAATGAATCAGCAACACCCATTGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	131962	ACATTTCCCATTCCAGGGAACAAAAAAAATGAATCAGCAACACCCATTGC	132011

CT963076.3	101	CCTCAGCTTCTTCATCAATGGCAGACTGGTCACAACTCCCAAAAGATCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132012	CCTCAGCTTCTTCATCAATGGCAGACTGGTCACAACTCCCAAAAGATCTC	132061

CT963076.3	151	CTCCAACTAATTTCCTCAAAACTCGACAGCGAATTCTACCAACTCCGTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132062	CTCCAACTAATTTCCTCAAAACTCGACAGCGAATTCTACCAACTCCGTTT	132111

CT963076.3	201	CCGATCCGTTTGTTCATCATGGCGCTCTTCCGTTCCCAAAAACCATCACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132112	CCGATCCGTTTGTTCATCATGGCGCTCTTCCGTTCCCAAAAACCATCACC	132161

CT963076.3	251	ACCATCTCACTTTACCTTCTCACCTCCCAACTCCTTCCGATTCCAACAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132162	ACCATCTCACTTTACCTTCTCACCTCCCAACTCCTTCCGATTCCAACAAT	132211

CT963076.3	301	CTCCATCATTCCAAATCCATCACTTTCCCTCTTTCCAAACGAACCATTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132212	CTCCATCATTCCAAATCCATCACTTTCCCTCTTTCCAAACGAACCATTTT	132261

CT963076.3	351	CCTTATCACACCCCCCACAAATCATCATCATCATCATCAACAAACCCTAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132262	CCTTATCACACCCCCCACAAATCATCATCATCATCATCAACAAACCCTAA	132311

CT963076.3	401	ACAACAACCCTTGGTTAATCAAAATCGGTCCTGACTCACGTGACCGAACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132312	ACAACAACCCTTGGTTAATCAAAATCGGTCCTGACTCACGTGACCGAACT	132361

CT963076.3	451	CGTCTCTGGAATCCTCTCTCACGTGACAAACAATTATCTATTTATCTCCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132362	CGTCTCTGGAATCCTCTCTCACGTGACAAACAATTATCTATTTATCTCCC	132411

CT963076.3	501	ACAAGTCATTAATTTCAACGAACACCGTGTCATTGATCTGGGACGTGAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132412	ACAAGTCATTAATTTCAACGAACACCGTGTCATTGATCTGGGACGTGAAT	132461

CT963076.3	551	TCGTAATCGGTAATTTCAACGAATACAGCTCGTTATATATGGAAAAGGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132462	TCGTAATCGGTAATTTCAACGAATACAGCTCGTTATATATGGAAAAGGTT	132511

CT963076.3	601	ATTGTTCTTGACGCTGACATGTGGGGAGGTAAAGAGCGTTGTTCGGTTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132512	ATTGTTCTTGACGCTGACATGTGGGGAGGTAAAGAGCGTTGTTCGGTTCT	132561

CT963076.3	651	TTTCACTATTCATATTTCTGGGAAAATTGCGTTTTTTCGATGTGGTGATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132562	TTTCACTATTCATATTTCTGGGAAAATTGCGTTTTTTCGATGTGGTGATG	132611

CT963076.3	701	AGCGGTGGACGATTGTACCTGAAATGCCGTCACCTTTTGATGATGTTTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132612	AGCGGTGGACGATTGTACCTGAAATGCCGTCACCTTTTGATGATGTTTGT	132661

CT963076.3	751	GTATTTAAAGGGAGGCCGGTTGCGGTTGATGGTACCGGTAGGACTGTTGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132662	GTATTTAAAGGGAGGCCGGTTGCGGTTGATGGTACCGGTAGGACTGTTGC	132711

CT963076.3	801	GTTGAGACCGGATTTAAGTTTGGATTTGGTGGCTGAGCCTGTGTTTGGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132712	GTTGAGACCGGATTTAAGTTTGGATTTGGTGGCTGAGCCTGTGTTTGGGG	132761

CT963076.3	851	GAGATAAGAAATTTTTAGTGGAGAGTGATGGTGAGTTATTGTTAGTTGAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132762	GAGATAAGAAATTTTTAGTGGAGAGTGATGGTGAGTTATTGTTAGTTGAT	132811

CT963076.3	901	AAATATTTGTCTTGTTTTCGTGATGGTAATTTTGTGGATCATACCGATGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132812	AAATATTTGTCTTGTTTTCGTGATGGTAATTTTGTGGATCATACCGATGT	132861

CT963076.3	951	TCCATATGGTGATGTTAACGTTGTTAATTTTGATGTTGATGTTGATGTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132862	TCCATATGGTGATGTTAACGTTGTTAATTTTGATGTTGATGTTGATGTTG	132911

CT963076.3	1001	ATGATGATGATGATGATGGTGAGATTTTTAGGATTGGATCGGAGAGAGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132912	ATGATGATGATGATGATGGTGAGATTTTTAGGATTGGATCGGAGAGAGCT	132961

CT963076.3	1051	GTGAGATTTGATGTGTTTAGGCTTGATGAGAAGGAGAAGAAGTGGGTGGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	132962	GTGAGATTTGATGTGTTTAGGCTTGATGAGAAGGAGAAGAAGTGGGTGGA	133011

CT963076.3	1101	GGTGAGAAATTTGGGGGATATGGTTTTGTTTTTGGGGGAAGAATGTGCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133012	GGTGAGAAATTTGGGGGATATGGTTTTGTTTTTGGGGGAAGAATGTGCTT	133061

CT963076.3	1151	TTTCTGCTTCGGCTTCGGATTTGTGTATTGGCAATGGGAACTGTGTGATA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133062	TTTCTGCTTCGGCTTCGGATTTGTGTATTGGCAATGGGAACTGTGTGATA	133111

CT963076.3	1201	TTTAGGGATTATGTTTTGAACGATTTTCATTCCACCGAGGTTGGCAACCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133112	TTTAGGGATTATGTTTTGAACGATTTTCATTCCACCGAGGTTGGCAACCG	133161

CT963076.3	1251	TGTTTTTCACTTGGATCAACGTCGAATTTCACCATTGTCTGATTTCCCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133162	TGTTTTTCACTTGGATCAACGTCGAATTTCACCATTGTCTGATTTCCCAA	133211

CT963076.3	1301	TTTATTCTAAGTTGTTTTGGCCACCTCCAGAATGGGTCGGGTTGCATTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133212	TTTATTCTAAGTTGTTTTGGCCACCTCCAGAATGGGTCGGGTTGCATTGA	133261

CT963076.3	1351	CAACAACATAAATGGATGGAAAGGTTTGTAATTTAAAACTGTTGAGTTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133262	CAACAACATAAATGGATGGAAAGGTTTGTAATTTAAAACTGTTGAGTTGT	133311

CT963076.3	1401	GCTGGATTTGGAAACACACTTATTTGCTAGTATTGTAGATGCAGTTCTAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133312	GCTGGATTTGGAAACACACTTATTTGCTAGTATTGTAGATGCAGTTCTAC	133361

CT963076.3	1451	AAAACACCTGATGTTATTATTTTTATGTTTTTTCAACATGAACTCGTACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133362	AAAACACCTGATGTTATTATTTTTATGTTTTTTCAACATGAACTCGTACA	133411

CT963076.3	1501	ATGTTGAAATGTTTTTACAATGTTTGTTGGTCTTTTAACTAATTATTACT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133412	ATGTTGAAATGTTTTTACAATGTTTGTTGGTCTTTTAACTAATTATTACT	133461

CT963076.3	1551	TTTTGTATAAATTGAAATTGTCTTATTTAACTTGTTAATGAGCAGCTTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133462	TTTTGTATAAATTGAAATTGTCTTATTTAACTTGTTAATGAGCAGCTTTA	133511

CT963076.3	1601	AATTCATGTGAGCCTTTTGATTAGGATCTAAATGCTTTAGTCACTTGAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133512	AATTCATGTGAGCCTTTTGATTAGGATCTAAATGCTTTAGTCACTTGAGA	133561

CT963076.3	1651	AGGTTTCTATTGTGAAAATAGAGAATCATGCTATCAATTATCAACATTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133562	AGGTTTCTATTGTGAAAATAGAGAATCATGCTATCAATTATCAACATTCA	133611

CT963076.3	1701	CTTATTAGTATTGTTGCAGATGTAGATGCAGTTTTAAAATAAACATTGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133612	CTTATTAGTATTGTTGCAGATGTAGATGCAGTTTTAAAATAAACATTGAT	133661

CT963076.3	1751	TTACTTCATTCTGAATGCACTCATTATTTTAGTTTGACTTTCTGTTGTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133662	TTACTTCATTCTGAATGCACTCATTATTTTAGTTTGACTTTCTGTTGTAA	133711

CT963076.3	1801	GATTATATAAACTTTTCAGTAAGTACTTGTAGAAAATAGAACTTTTCTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133712	GATTATATAAACTTTTCAGTAAGTACTTGTAGAAAATAGAACTTTTCTGA	133761

CT963076.3	1851	TATGCTACTGAGTTTTTTTTTTTAATTGAGGGAATGACAATGAGTTTTTT	1900
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133762	TATGCTACTGAGTTTTTTTTTT-AATTGAGGGAATGACAATGAGTTTTTT	133810

CT963076.3	1901	ATTTTATAAGTATGAGTTGAAATTAGTTTCTATGCTTCTATTCTTTCAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133811	ATTTTATAAGTATGAGTTGAAATTAGTTTCTATGCTTCTATTCTTTCAGA	133860

CT963076.3	1951	AGCTTTTTCATTTGACTATTTAGTAAGCACATGTAAACTTATGAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133861	AGCTTTTTCATTTGACTATTTAGTAAGCACATGTAAACTTATGAAAGCTT	133910

Compact alignment

skip 1850 bps 100% identity alignment

CT963076.3	1851	TATGCTACTGAGTTTTTTTTTTTAATTGAGGGAATGACAATGAGTTTTTT	1900
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
CT009508.6	133762	TATGCTACTGAGTTTTTTTTTT-AATTGAGGGAATGACAATGAGTTTTTT	133810

skip 100 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT963076.3 - 19298 bps
Hit
CT009508.6 - 133910 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95193720001200011319121339101
Short-link